SARS的研究进展

2003年3月,发现SARS病原是一种从未在人类或动物中发现过的新的冠状病毒.其基因组结构与其他的冠状病毒相似,由29727核苷酸组成,有11个开放阅读框.通过多基因分析序列比较说明,SARS冠状病毒与已知的冠状病毒无关.针对SARS冠状病毒的各种特征及研究进展进行了综述.     

SARS冠状病毒基因片段变异分析

采用基因序列和生物信息分析法，研究了SARS-CoV复制酶基因中4个片段。结果发现，片段Ⅰ与已报道的SARS冠状病毒ZJ01有2个位点不同，片段Ⅲ与CUHK-W1、CUHK-Su1O、HKU-39849和Hong-Kong各有1个位点的差别；片段Ⅳ与GZ01间有1个位点的变化。同时对已公布的17个全基因组序列进行比对分析。可找到共137个变异位点，其中仅出现1次的变异位点119个，间约信息位点18个。     

SARS病因、传播途径及治疗方案初探

提出了关于冠状病毒对人体的侵袭方式、SARS的传播途径和SARS治疗方案的假定。     

SARS冠状病毒的基因组结构与药物治疗

介绍了SAPS冠状病毒的基因组结构及其作用机制的最新研究进展，探讨了抗SARS病毒药物的研制。     

对SARS制定科学术语的意见

建议将现称的萨斯(SARS)改称传染性冠状病毒肺炎。     

SARS研究进展

本文对SARS病原学、流行病学、预防和治疗的研究进展进行了综述。     

SARS六问——非典报道中的科学问题

SARS(俗称“非典”)已经引起了人们的全面关注。不过，作为一种新的传染病，人们对SARS的认识还是很有限的。一段时间以来，笔者一直跟踪国内外著名媒体有关SARS的报道，关注其中的科学问题。现在把这些问题整理如下。     

揭开SARS冠状病毒的头盖

自年初至今,“非典型肺炎”(又称SARS)已先后在全球的30个国家和地区发病传播,由于病情严重,又大量殃及救治的医护人员,引起了各国的忧患与关注。而导致这一切的根本原因,是当时人们尚未认清导致这场“非典”的“魔头”究系何种病原体。而搞清病源,对了解“非典”发病机理,采取针对性防治举措,都至关重要。     

SARS病毒的基因诊断方法

导致SARS流行并造成极大危害的主要原因是:早期不能明确诊断,同时缺乏有效的治疗措施,因而死亡率较高;SARS病毒的毒力强,感染人体后的潜伏期短,起病急,且发展非常快;缺乏有效的早期病原学诊断手段,使疾病的早期或症状轻的病人可能成为主要传染源,难于进行有效的隔离与处理,导致传播速度非常快,比较广。所以,明确早期病原学诊断是急需解决的问题之一。     

SARS冠状病毒核蛋白的质谱鉴定

利用质谱技术,对纯化的SARS冠状病毒的核蛋白进行初步鉴定与分析.所获得的质谱分析数据中,分子量为2881.19Da的酶切肽段的氨基酸序列与其它冠状病毒的同源性比较分析表明,SARS冠状病毒和其它冠状病毒均含有一个高度保守的基序“FYYLGTGP”.     

SARS冠状病毒的系统发育基因组研究

对SARS冠状病毒(SARS Coronavirus,SARS-CoV)进行了系统发育基因组研究.应用CLUSAL-X1.83程序,将来自GenBank数据库的全部102条SARS-CoV全基因组序列记录做多序列联配,然后采用MEGA3软件包进行系统发育基因组分析,使用邻接法构建系统发育树.根据该系统树,SARS-CoV全基因组记录可以分为2类.第1类包括2个来源于动物的分离株;第2类则覆盖了所有的人源分离株,并且可进一步分为2组,其中第1组包括5个来自于广东省的分离株,而第2组则覆盖了其他的来自于香港、内地和海外的分离株.这一分支格局代表了SARS-CoV从兽到人、从广东到全球的传播过程,并且基因组的替代变异幅度在传播过程中由大到小,逐渐稳定下来.还详细地给出了区分上述2群和2组的分子标签,为新毒株的鉴定和分型提供了理论依据.     

SARS相关冠状病毒及与动物冠状病毒的关系

比较了6株人、5株禽、4株鼠、7株牛、2株猫、9株猪、4株犬和5株人非典型肺炎共42株冠状病毒S糖蛋白基因序列。DNAstar软件比较表明，人冠状病毒S基因核苷酸序列同源性介于27．2％～99．5％；禽的介于81．5％～100％；鼠的介于79．5％～89．6％；牛的介于97．7％～100％；猫的介于56．2％～93．9％；猪的介于54．8％～100％；犬的介于64．9％～98．8％；人非典型肺炎病毒的介于99．9％～100％。非典型肺炎冠状病毒与所有比较的42株序列的同源性均低于30．8％，预示该病毒似乎不是其它病毒株变异进化的结果，而是人类和畜禽从未接触过的一种新型病毒。     

SARS冠状病毒及相关病毒的分子系统学分析

根据SARS冠状病毒及其相关病毒的基因组核酸序列和3种不同蛋白质序列，应用最大简约法和最小进化法重建系统发育树；并对SARS冠状病毒的11个推测蛋白质(ORF)做BLAST分析。结果表明，SARS冠状病毒和鼠肝炎病毒——牛冠状病毒分支构成姊妹群。其单系群性质得到强有力的统计学支持。这暗示了SARS的爆发可能源自种间屏障的突破事件，该病毒天然宿主可能为猪、牛或鼠。SARS冠状病毒与已知的人冠状病毒分属冠状病毒科的不同分支，因此致病机制可能有很大不同。3个基因的系统树分支格局的一致性表明：SARS冠状病毒这3个主要基因与其他冠状病毒间不存在重组，但全部11个ORF的BLAST分析却认为其基因组上一些小的区段可能与其他病毒存在重组。     

SARS流行与中国都市化的反思

SARS病毒在中国一些高都市化区域的高发 ,叫人不得不重提都市化这一老生常谈的问题。大都市里的居民难于呼吸到新鲜空气的原因有三个方面 ,即目前城市的建筑有缺陷 ,许多大都市空气的自我更新能力在逐步弱化 ,且与外围的空气缺少互动性。并结合有关专家的看法 ,提出了几点改进意见。     

SARS冠状病毒基因芯片的制作与初步临床样本验证

为了实现对非典(SARS)冠状病毒感染患者的早期诊断,构建了一套以基因芯片为基础的SARS冠状病毒基因分析检测系统。首先从患者痰、血样本中快速分离出SARS冠状病毒的RNA,然后通过巢式RT-PCR对分离的RNA进行扩增获得特定的DNA片段,最后让固定在基因芯片上的DNA探针与扩增产物进行杂交以检验扩增产物的序列匹配性,达到最终确认SARS冠状病毒感染患者的目的。对首期两例患者痰样本和两例全血样本的分析结果表明,这4例患者样本中均存在SARS冠状病毒。     

SARS冠状病毒RNA聚合酶基因片段体外组装和siRNA干扰研究

为了安全便捷地获取严重急性呼吸系统综合征冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus,SARS coronavirus)的RdRp基因,作者合成了26条寡聚核苷酸片段,利用组装PCR(assembly PCR)在体外构建了SARS病毒的RdRp基因片段,并建立了基于Vero E6细胞的SARS RdRp基因的稳定表达株.之后设计了4对针对SARS RdRp基因的siRNA,基因干扰表明这4对siRNA均能高效干扰SARS RdRp基因在Vero E6细胞中的表达.至此,本文提供了一种安全便捷地获取病毒基因的方法.     

SARS冠状病毒核衣壳蛋白基因的表达及其在SARS诊断中的应用

目的为SARS感染后建立一种特异性免疫学诊断方法,为基因疫苗的研制提供备选实验材料.方法利用基因重组的方法,在大肠杆菌中表达了SARS冠状病毒(SARS-CoV)N蛋白全长基因,经包涵体的初步纯化,金属螯合层析进一步纯化N蛋白,SDS-PAGE电泳和ELISA方法进行结果检测.结果N蛋白抗原与30名SARS感染患者血清结合全部为阳性,对照组30名正常人血清为阴性,30名发热但非SARS患者血清为阴性.结论利用基因重组的方法对SARS-CoV N蛋白进行了表达和纯化,证明该重组N蛋白抗原具有良好的反应特异性,是良好的应用于病毒感染早期诊断的抗原.完全可用于组构检测核心抗体的诊断试剂.并建立了免疫学的检测方法,为抗体检测提供了安全、方便的手段,并为基因工程疫苗研究奠定了基础.     

SARS冠状病毒的起源和进化初探

发展了一种研究基因序列进化的随机替代模型,根据一组从某个最近共同祖先演化而来的若干序列,可以预测此共同祖先序列,并计算随机替代概率矩阵,确定了从祖先序列的各个碱基到进化序列的各个碱基之间的替代概率。将这一模型应用于分析包括SARS冠状病毒在内的4种冠状病毒全基因组的演化规律,确定了在若干较保守的编码蛋白基因序列中同义替代位点的最近共同祖先序列以及分歧进化后的累计同义替代数目。结果表明,SARS病毒和其他几种已知的冠状病毒具有相当的进化历程,但存在不同的进化途径,支持了SARS病毒在造成此次大规模感染人体之前已经历了较长的进化历程的猜测。     

SARS冠状病毒核衣壳蛋白cDNA的克隆和原核表达载体的构建

目的克隆SARS冠状病毒核衣壳(N)蛋白.方法用RT-PCR技术克隆SARS冠状病毒N蛋白全长cDNA,cDNA经序列分析鉴定后,克隆到pET30a表达载体.结果实现了SARS冠状病毒N蛋白基因的克隆.结论可以对重组成功的pET30a-N进行进一步的应用.     

SARS冠状病毒的诊断性实验研究

严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新的人类感染性疾病，其致病菌为SARS冠状病毒(SARS-CoV)。本文就SARS-CoV发现过程、病毒特点及检测方法的研究进展和应用情况加以概述。