决策树算法预测人类病毒的蛋白质磷酸化位点

本文基于决策树分类算法构建人类病毒蛋白质磷酸化修饰位点的预测模型。采用氨基酸物理化学性质对蛋白质序列进行特征提取,并分析丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点邻近序列的氨基酸性质。同时考察了不同分类算法对预测结果的影响。通过10倍交叉验证,利用决策树算法预测丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点的MCC分别达到77.31%、75.91%和71.94%,表明本文提出的方法能有效地预测人类病毒的磷酸化修饰位点。     

蛋白质的磷酸化修饰及其研究方法

蛋白质磷酸化是一种重要的翻译后修饰,它参与和调控生物体内的许多生命活动。随着蛋白质组技术的不断发展,蛋白质磷酸化的研究越来越受到广泛的重视。本文介绍了蛋白质磷酸化修饰的主要类型与功能、磷酸化兰白质及磷酸化肽的标记和分离与富集、磷酸化肽及磷酸化位点分析以及蛋白质的磷酸化改性等方法,并综述了近年来国内外的主要研究进展。     

蛋白质磷酸化修饰研究进展

 蛋白质磷酸化是由蛋白质激酶催化的磷酸基转移反应,是最常见、最重要的蛋白质翻译后修饰方式之一,是一种普遍的生命活动调节方式,在细胞信号转导过程中起重要作用。本文介绍了蛋白质磷酸化修饰的主要类型与功能、磷酸化蛋白的鉴定及磷酸化位点的预测等方面研究进展,并着重介绍了一些灵敏度高、特异性强的以同位素标记、免疫印迹-化学发光法等作为核心的磷酸化蛋白质分析方案。Western blot方法被证明是鉴别磷蛋白的灵敏、特异方法,而NanoPro100/1000超微量蛋白分析系统等又在此基础上加以改善。蛋白磷酸化分析工具和软件的发展也很迅猛。     

一种预测判断蛋白质与DNA相互作用位点的新方法

蛋白质-DNA相互作用位点在各类生理生化反应中扮演重要角色.本论文旨在构建一种可以准确预测“相互作用位点”的方法：PdDNA，其内容主要包括支持向量机和序列匹配器.支持向量机通过提取相互作用位点中心残基的特征进行训练并分类，序列匹配器则通过蛋白质特征矩阵（PSSM）对氨基酸序列进行相关性评估，对二者结果进行归一化整合，得到最终的预测结果.利用公开数据集PDNA_62，我们的PdDNA预测准确率为86.87%.为进一步验证PdDNA可靠性，我们还自建了PDNA_224数据集，其预测准确率为83.07%，处于较高水平.因此PdDNA是一种有效的“蛋白质-DNA相互作用位点”预测方法.     

基于KPCA及SVM的蛋白质O-糖基化位点的预测

为了提高蛋白质O-糖基化位点的预测准确率,提出了把核主成分分析（KPCA）与支持向量机（SVM）相结合的方法。实验样本用稀疏编码方式编码,窗口长度为21。首先,用核主成分分析提取了样本的核主成分（特征）;然后,在特征空间中用改进的支持向量机（ISVM）进行分类（预测）。在使用支持向量机分类时,设置了一个边界系数来减少运算的复杂度。实验结果表明,使用KPCA ISVM的方法预测的效果优于PCA SVM的预测效果。预测准确率为87%。更进一步,用不同长度的样本做实验(w=5,7,9,11,21,31,41,51),使用多数投票法综合各子分类器的优势。结果表明,组合分类器的预测准确率优于子分类器的预测准确率,预测准确率为88%。     

基于支持向量机的说话人识别

支持向量机的说话人识别采用对音子的置信度进行综合的原理来完成对说话人身份的确认.以音子的置信度矢量为基础,分别采用支持向量机方法和平均值方法对音子的置信度进行综合,通过等错误率方面的研究发现,采用支持向量机方法大大低于平均值方法所获得的等错误率,等错误率大致可以从28％降至23％,而系统的复杂度仅略微地提高.     

基于多窗口不同特征的蛋白质相互作用位点预测

识别蛋白质相互作用位点在蛋白质功能研究中发挥着重要作用.文章从蛋白质序列出发,提取相关特征——序列谱、序列谱+信息熵,分别形成多个滑动窗口,以此构造输入特征向量.采用"留一法"生成训练数据集和测试数据集,使用支持向量机构建6种分类器,预测测试集中的表面残基是否是蛋白质相互作用位点,得到了较好的结果,说明了实验方法的有效性和可行性.     

基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测

蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%.     

蛋白质组学研究中磷酸化蛋白质(肽)富集策略及展望

蛋白质磷酸化是细胞信号转导途径中重要的调控过程,但磷酸化蛋白质(肽)丰度低、化学计量低、易降解等限制了磷酸化蛋白质(肽)的研究.磷酸化蛋白质(肽)的制备是蛋白质磷酸化研究成功的关键步骤.笔者综述了磷酸化蛋白质(肽)的一些富集策略:基于抗体技术、亲和性标签磷酸化蛋白质富集策略,基于固相金属亲和层析、金属氧化亲和层析、IMAC连续洗脱、离子交换层析、亲水相互作用层析的磷酸化肽富集策略,熟练掌握及综合应用这些磷酸化蛋白质(肽)的富集策略,对于研究细胞信号转导途径中的调控因子具有重要作用.     

使用多样性增量预测磷酸化位点

磷酸化是蛋白质最重要的翻译后修饰之一.应用基于多样性增量的二次判别分析 (Increment of Diversity with Quadratic Discriminant analysis,IDQD)方法对CK2,PKA和PKC三种类型磷酸化位点进行预测,k-fold交叉检验的正确率分别为86%,90%和85%,独立测试集检验的正确率分别为86%,88%和84%.所得结果高于包括支持向量机在内的现有预测方法.     

小鼠Connexin31蛋白磷酸化定位

间隙连接蛋白31(Connexin31,Cx31)是间隙连接蛋(Connexin)家族的一员,目前对于Cx31的功能及其调节方式知之甚少.本文通过免疫沉淀、SDS-PAGE分离、蛋白质条带回收、蛋白质胶块酶解、4-磺酸苯异硫氰酸酯修饰、PSD-MALDI-TOF质谱分析、数据分析、确定小鼠Cx31磷酸化位点.     

利用蛋白质组学技术筛选与BIV基质蛋白MA相互作用蛋白

牛免疫缺陷病毒BIV的基质蛋白MA是由gag基因编码病毒结构蛋白之一,参与病毒运输包装等多种过程.通过蛋白质组学方法,寻找与MA有相互作用的宿主蛋白.通过原核表达MA-CBP融合蛋白,将其结合在几丁质上,并与细胞裂解物混合,纯化特异结合的细胞蛋白.利用双向电泳以及MALDI-TOF质谱分析,筛选到8个与MA具有相互作用的候选蛋白,功能涉及运输、氧化还原、热激反应等.进而克隆所鉴定蛋白之一的PRDX4,利用体外结合实验进一步证实其与BIV MA蛋白存在相互作用.初步建立利用蛋白质组学技术研究病毒与宿主相互作用实验方法,所得结果为了解慢病毒结构蛋白在病毒生活周期中功能提供了线索,有助于探索过氧化物酶家族蛋白在病毒感染过程中的作用及其分子机制.     

抗SARS-CoV人源Fab抗体的表达及鉴定

为进一步研究抗SARS-CoV刺突蛋白S(Spike)的中和抗体2g7,对其进行了原核表达,将2g7转入琥珀突变的非抑制性菌株(SupE-)的大肠杆菌Top10F'中进行可溶性表达。用HPLC纯化后,SDA-PAGE显示2g7的轻重链均存在,ELISA,Westernblot检测显示2g7能与SARS-CoV的S1蛋白结合。BIAcore测定其与抗原的亲和力为2.67×10-8mol。竞争ELISA显示该抗体能与SARS-CoV刺突蛋白S(Spike)结合并阻断该蛋白与其受体ACE2的结合。实验结果表明:利用免疫噬菌体抗体库能在小库容的情况下筛选获得高亲和性的人源抗体,并可以在大肠杆菌中获得高效表达,这一实验结果为有效性地防治病毒性疾病提供了思路。     

Pseudo Rabies Virus Protein UL34 Interacted with UL31 to Disrupt the Human Lamin A

Pseudo rabies virus (PRV) egresses from the nucleus by budding from the inner nuclear membrane (INM). The nuclear lamina forms a rigid meshwork of intermediate filaments underlying the INM. It remains unknown whether PRV infection induces the disruption of lamina. In this paper, it can be observed that nuclear Lamin A became fractured during PRV infection. UL34 was localized at the nuclear rim, but UL31 was accumulated in the nucleus as distinct patches. Interestingly, a part of UL31 was localized at the INM in the presence of UL34. Immunoprecipitation (IP) assay confirmed that PRV UL31 and UL34 interacted in the transfected cells. Importantly, the co-expression of UL31 and UL34 directly disrupted Lamin A, resembling that observed during PRV infection. In conclusion, PRV infection induces the disruption of Lamin A, and UL34 and UL31 play a critical role in the disruption of Lamin A.     

抗艾滋病病毒蛋白CVNH在大肠杆菌中表达条件的优化

CVNH(Cyanovirin-N homology)蛋白家族是具有抗HIV活性的蓝藻抗病毒蛋白-N(Cyanovirin-N,CVN)的同源物。在前期研究中,已首次获得水蕨Ceratopteris thalictroides CVNH基因的全长序列,构建了pET32a-CtCVNH的原核表达载体。以此为基础,对CVNH在大肠杆菌Rosetta 2(DE3)中的表达条件进行优化。分别探讨了最佳培养基类型及成分、培养基初始pH、诱导时机、诱导剂浓度及诱导时间。优化后的诱导条件是:含24 g.L-1酵母提取物和72 g.L-1胰蛋白胨的TB培养基、培养基初始pH为8.0、菌液A600nm为0.6时加入1.6 g.L-1乳糖诱导6 h。CVNH蛋白的表达量较优化前提高了1.9倍。这为进一步开展CVNH的药物研制和开发奠定基础。