细胞色素b基因序列变异与东亚 科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列，所得序列与GenBank中分布于日本，韩国和俄罗斯的 科2属9种鱼类同一基因序列排序，并选用鲇形目鲇科的大口鲇，钝头Wei科的鳗尾 以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群，分析了细胞色素b基因序列，计算了Kimura双因子遗传距离和 科鱼类线粒体DNA的进化速率，用最是约法和邻接法构建了 科鱼类分子系统树，得出如下结论：（1）线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中，存在3bp的缺失。（2）系统发育分析示 科构成一单系类群； 属为较为特化的属，拟 属为一明显的类群，而黄颡鱼属与Wei属关系较为混乱；（3）东亚 科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%-0.30%,本文是中国鲇形目 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道。     

鲇细胞色素b基因序列分析

对4个种群的鲇（Silurus asotus）的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）细胞色素b（cytochrome b,Cytb）基因片段的500bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400bp序列．结果表明：鲇种群内碱基的变异较低,雅砻江和涣阳河种群均为0,岷江种群为0．25％,乌江种群为1．25％．雅砻江和澳阳河种群只有1种单倍型,岷江和乌江种群有2种单倍型但单倍型间变异位点很少．雅砻江和涣阳河种群内无变异位点,岷江种群仅有1个变异位点,乌江种群有5个变异位点．结论：细胞色素b基因在鲇种群内是比较保守的,种群间的变异较大．     

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.       

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

 测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.     

从细胞色素b基因序列分析羚牛分子系统进化

目的分析羚牛分子系统进化,解决多年来关于羚牛分类地位及其与麝牛关系的争论。方法应用聚合酶链式反应(PCR)分别扩增羚牛、绵羊、山羊细胞色素b基因,并对其全序列(1140bp)进行测定。结合GenBank检索序列,对9种偶蹄类动物(麝牛、绵羊、羚牛等)、1种奇蹄类动物(斑马)的细胞色素b基因序列差异进行分析,并基于序列差异构建分子系统树。结果羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近(序列差异分别为9.085%和11.652%),与其他动物亲缘关系较远(序列差异为12.344%~23.333%),与麝牛的差异达到了13.658%。羚牛与绵羊分歧的时间约在360万年前,而与麝牛的分歧时间约在550万年前。结论将羚牛归入羊亚科较为合理,羚牛和麝牛形态和行为上很强的相似性可能是趋同进化的结果。     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离(0.042~0.072)小于鲱科内属间遗传距离(0.065~0.106)。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

羚牛细胞色素b基因序列分析和系统进化研究

应用聚合酶链式反应（PCR）分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素b基因,并对其全序列（1140bp）进行了测定。其中羚牛细胞色素b基因序列属首次报道。通过对8种偶蹄类动物细胞色素b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的分子系统树,发现羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近,与其他动物亲缘关系较远。表明将羚牛放入羊亚科较为合理,序列差异分析还表明羚羊约在距今500万年前（上新世）从牛类动物中分化出来,牛类分化时间约在600万年前的中新世（Miocene）。     

青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定，其全序列长度为1140bp，其中T、C、A、G含量分别为355(31．1％)、296(26％)、305(26．8％)、184(16．1％)。GC含量为42．1％；分子量为349693u。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)

通过PCR及PCR产物的直接测序技术,测定了蜻蜓目蜻科蜻亚科的灰蜻属、宽腹蜻属和蜻属共7种蜻蜓的线粒体DNA细胞色素b基因的部分核苷酸序列（长度为576bp）,探讨了蜻亚科的分子系统学．在所有序列中A＋T平均含量较高,为70．2％,而氨基酸密码子第3位点的A＋T平均含量最高,为85．4％．多态住点数为180个,占总位点数的31．25％,显示出DNA序列变异丰富．基于邻接法、最大简约法和贝叶斯法的分子系统发生,分析结果支持灰蜻属是较进化的类群,宽腹蜻属次之,蜻属是相对分化较早、较古老的类群,这3个属的关系是蜻属→宽腹蜻属→灰蜻属。     

嘉陵江鲿科鱼类骨学研究（Ⅲ）─—头骨的比较

对从嘉陵江合川至北碚段收集的４属１１种科鱼类脊头骨作了系统的比较研究。结果表明，属、黄颡鱼属、拟属和属在下颞骨的有无，嗅神经孔和舌颌骨与颅骨关节面的构成，泪骨的形态，上枕骨嵴的长短及其与背鳍第一辐鳍骨的关系，颅骨的比例性状等方面具有一分明显的属间差异，头骨形态亦可作为种间分类的重要依据之一。     

基于细胞色素b基因的彩鹬系统分类研究

本文测定彩鹬(Rostratula benghalensis)的细胞色素b(Cyt b)基因全序列,从分子生物学的角度探讨彩鹬的系统分类地位.结合从GenBank检索的鸻形目22个物种和鹳形目白鹳的Cyt b全序列,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法,以白鹳为外群,重建鸻形目共23个鸟类物种的Cyt b序列的分子系统树.结果表明,彩鹬类是鹬亚目中独特的一支,其传统分类上的科级地位应当继续保留.     

静电作用对细胞色素b5与细胞色素c之间电子传递的影响

研究了细胞色素b5 E44A,E56A,E44/56A,E44/48/56A/D60A及F35Y突变体蛋白与细胞色素c的结合和电子传递反应.细胞色素b5 E44/48/56A/D60A与细胞色素c结合反应没有显示出特征的紫外-可见差谱峰,这表明静电作用的改变对特征峰的形成产生了明显影响.对野生型细胞色素b5及其突变体蛋白与细胞色素c在不同温度和离子强度下电子传递速率的研究中发现,其电子传递速率的递变规律为:F35Y＞野生型＞E56A＞E44A＞E44/56A＞E44/48/56A/D60A.反应的活化熵和活化焓均无明显变化,表明这些残基突变没有给两蛋白间电子传递的结构造成大的改变.通过对电子传递速率随离子强度的变化趋势的研究表明,静电作用明显影响了电子传递过程.突变体蛋白F35Y以及E44/48/56A/D60A和野生型蛋白反应结果的显著差别,进一步确证了静电作用在电子传递过程中的重要作用.     

蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼细胞色素b(Cyt b)基因序列片段分析

用酚/氯仿提取法提取了蓝鳃太阳鱼、绿色太阳鱼肌肉组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1 119bp Cyt b基因片段,纯化后送上海生工测序。所得序列用Mega3.1软件分析,并结合GenBank中其余9种太阳鲈属鱼类Cyt b基因序列用NJ法构建太阳鲈属鱼类系统发育树。结果表明：（1）蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼序列相似度为82.3%,变异位点198个,平均转换/颠换比为2.1;（2）蓝鳃太阳鱼与L.humilis亲缘关系较近,绿色太阳鱼与L.symmetricus亲缘关系较近,蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼遗传距离为0.206。     

绒螯蟹线粒体细胞色素b基因的RFLP分析

对中国大陆4个水系的8个地理种群绒螯蟹样本的线粒体细胞色素b基因片段进行了PCR扩增，并应用6种限制性内切酶对该PCR产物进行RFLP分析．在应用的6种内切酶中，HinfⅠ，RsaⅠ和EcoRⅤ酶切该PCR片段后，在某些地区绒螯蟹之间表现出限制性片段长度多态性，为多态性的内切酶，但在本研究中尚未发现种群特异的RFLP标记．应用3种多态性的限制性内切酶对8个地理种群的绒鳌蟹个体样本的线粒体细胞色素b基因片段进行RFLP分析，共检测到5种复合限制性酶切类型，即AAA型、BBB型、ABA型、BAB型、ACA型．依据群体间的净遗传距离绘制的UPGMA分子系统树显示，合浦绒螯蟹形成了独立的一支．     

蚁科弓背蚁属部分种的分子系统学研究

对弓背蚁属12种昆虫的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因部分序列进行测定.获得了长度为487 bp的序列片段.基于Cytb基因序列数据,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大相似法(ML)分析其系统发育关系,研究结果表明,弓背蚁属12种蚂蚁分成4支:第一个支系包括杂色弓背蚁C.variegates、拟光腹弓背蚁C.pseudoirritans、黄斑弓背蚁C.albosparsus和弓背蚁C.sp1;第二个支系由尼科巴弓背蚁C.nicobarensis、弓背蚁C.sp2和日本弓背蚁C.japonicus组成;第三个支系包含哀弓背蚁C.dolendus、少毛弓背蚁C.spanis与平和弓背蚁C.mitis;第四个支系由弓背蚁C.sp和浅毛弓背蚁C.albivillosus组成,属内种间的分类关系明确.遗传距离的分子数据支持将未定种弓背蚁C.sp定为弓背蚁属的新种.     

海南产花鳗鲡细胞色素b基因的克隆及序列分析

线粒体细胞色素b基因是目前研究鱼类分子系统进化的重要分子标记.笔者以日本鳗鲡线粒体基因组序列为模板设计并合成引物进行PCR扩增,并将扩增产物经琼脂糖凝胶电泳和纯化后,克隆到pMD18-T载体、测序,成功得到全长为1 140 bp的海南产花鳗鲡细胞色素b(Cyt b)基因序列.将该基因全长序列递交到Genebank数据库,获得序列登录号为EF690363.用DNA分析软件MEGA2比较了海南产花鳗鲡与递交到GenBank中的8种分布在中国东南沿海、日本海域及南太平洋海域的鳗鲡属(Anguillia)细胞色素b基因的地理差异,并构建了系统进化树.结果显示:日本产和夏威夷产花鳗的地理差异小于海南产花鳗与它们之间的地理差异.     

基于细胞色素b序列的罗非鱼选育群体遗传变异分析

对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体细胞色素b序列进行测定和分析,45个样本经重排比较后获得1 064 bp的同源序列.共检测到161个变异位点,占分析位点数的15.13%.同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势,F_0、F_6、F_7、F_8、F_9代分别为14.38%、13.47%、13.38%、10.24%、9.49%.核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F_0、F_6、F_7、F_8、F_9代分别为0.065 47、0.049 05、0.048 81、0.036 19、0.033 81.本研究结果表明,新吉富罗非鱼仍保持了一定程度的遗传变异水平,新吉富罗非鱼逐步趋于纯化.     

基于细胞色素b基因研究两种石鸡的渐渗杂交

大石鸡是我国特有种,分布区狭窄;石鸡为广布种;两者都是我国北方干旱、半干旱荒漠环境的指示鸟类。利用线粒体DNA细胞色素b基因标记分析了大石鸡106个、石鸡48个样品,获得大石鸡单倍型9个,石鸡单倍型13个;在大石鸡种群中发现8个个体呈现石鸡基因模式（Hap-1和Hap-2）,但是在石鸡种群中没有发现大石鸡的基因模式,确认为石鸡和大石鸡之间的渐渗杂交;确认杂交带从六盘山脉向南到陇南地区的礼县一带,杂交带长度为400km,宽度为130km。结果表明目前渐渗杂交对大石鸡种群遗传多样性影响不大,在不长的进化时期内,对增加物种多样性是有好处的。建议进行长期野外监测,以便弄清发生渐渗杂交的野外生态学数据,为物种进化研究提供参考依据。     

不同海域中国花鲈的细胞色素b序列的遗传分析

从辽宁大连、河北黄骅、山东青岛、江苏盐城、浙江宁波、广西北海等6个沿海地区分别采集野生中国花鲈共44尾,通过测定花鲈细胞色素b序列,获得876 bp长度的序列,检测到的变异位点26个,22个单倍型,A、C、G、T的碱基组成分别为22.6%,33.1%,16.4%,28.0%.各群体内的遗传差异从0.1%~1%,群体间的遗传差异从0.2%~1%.构建NJ树,分为两大群,取自北海的花鲈单独成群,其它地区的花鲈合为另一分支.     

孔雀属孔雀线粒体细胞色素b基因全序列分析及其系统进化研究

测定了中国分布的野生绿孔雀和人工驯养的蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀共5个种或亚种或变种的个体的线粒体细胞色素b基因的长为1 140bp的全序列.研究了其碱基组成及变异情况.结合GeneBank中真绿孔雀亚种、非洲孔雀、鸡以及鹑的线粒体细胞色素b(cytb)全序列,利用philip套件分别构建了系统进化树.结果显示:真绿孔雀和绿孔雀形成较接近的类群.蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀形成较接近的类群.进化树结果显示白孔雀和杂色孔雀不能成为蓝孔雀的亚种.