SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列的初步比较分析

严重急性呼吸综合症(Severeacuterespiratorysydrome,SARS)是一种全新的传染性疾病,它可能主要是由冠状病毒的一个变种引起的.本文比较SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列变异的情况,初步的结果表明:①尽管SARS病毒与冠状病毒属的另外6种病毒基因组序列上有较大的差异,但是它们具有较相似的基因组组织结构;②SARS病毒与牛冠状病毒、鼠肝炎病毒具有较近的系统发育关系;③虽然SARS病毒扩散的时间极短,但来自不同地区SARS病毒的DNA序列却存在一些突变,且这些突变又大多是改变氨基酸序列的非同义突变.     

中华绒螯蟹内源性白斑综合症病毒基因EjsWSSV的克隆与鉴定(英文)

基于已获得的表达序列标签序列,应用RACE技术从中华绒螯蟹基因组中获得了一个白斑综合症病毒基因(EjsWSSV)的全长cDNA序列,全长为3 864 bp并包含一个3 732 bp的开放阅读框,编码一个138.25 kDa的含1 243个氨基酸的多肽,编码的氨基酸序列包含一个VWA结构域.通过序列比对、序列结构比较和一些生物信息学预测分析,表明EjsWSSV蛋白序列与白斑综合症病毒基因组的ORF16具有高同源性,它不含有信号肽和跨膜区,为非分泌型和α-螺旋型蛋白,可能定位于细胞质.通过PCR检测验证,EjsWSSV基因可能为内源性病毒基因.     

敬畏与审慎——谈谈人类胚胎基因组编辑技术

 2015年生命科学领域里最热门的话题自然是基因组编辑技术,尤其是被科学家称为“基因手术刀”的CRISPR（Clustered regularly interspersedshort palindromic repeats）基因组编辑技术。CRISPR的意思是规律成簇的、间隔短回文重复序列,源自于古细菌及细菌中的后天免疫系统,能帮助细菌有效抵抗病毒等入侵者造成的损伤。当重复序列与入侵病毒“遭遇”时,细菌就会产生一段与病毒序列相匹配的RNA,它被称为“向导RNA”,能够同负责切割DNA的Cas酶结合在一起,二者的职责就是发现并“隔离”病毒序列,从而阻断病毒复制。在细菌这套“防御”系统的基础上,科学家发展出一种新技术即CRISPR基因组编辑技术--通过“修饰”Cas酶与“向导RNA”,促使二者的联合体与他们想要在细胞基因组里“剔除”的某一DNA相匹配,从而“诱导”DNA进行修复。该技术是一种能够对基因组进行精确编辑的分子生物学利器,如同我们可以在电脑上对WORD文档中的文字按照我们的需要进行编辑一样。由于CRISPR基因组编辑技术不受物种限制,因此科学家已经成功在许多动植物中实现了基因编辑。从2012年开始,已有科学家将该技术应用于成人体细胞基因组中,从而为阻断遗传病延续以及治疗基因缺陷疾病打开了通道。至2013年初,有关编辑人类干细胞基因组技术方面的论文开始陆续问世,我国科学家也积极投入到相关研究中。     

ERIC序列在不同细菌基因组中分布的分析

重复 DNA序列是细菌基因组中的一个重要组成部分 ,而 ERIC(IRU )序列是在肠道细菌基因组中发现的一类基因间重复序列。本研究使用 HMMER软件建立 ERIC序列族的模型 ,并用该模型对 4 6个已测序的菌株进行全基因组序列搜索 ,并对搜索结果进行比较分析 ,找出 ERIC(IRU )序列在不同细菌基因组中的分布规律 ,即 ERIC序列主要存在于肠道细菌中 ,并不是在细菌基因组中普遍存在的     

一株Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒强毒株的分离鉴定及全基因组序列分析

目的 对一例典型草鱼出血病的病原进行分离、鉴定和全基因组序列分析.方法 采用细胞培养分离病毒、PCR检测和测序分析、电镜观察、间接免疫荧光(IFA)分析、全基因组序列测定及回归感染鉴定对采集的草鱼出血病样品进行病原分析.结果 接种病毒的细胞没有产生CPE,但电镜观察可见大量呈典型呼肠孤病毒特点的病毒粒子,PCR检测并测...     

蚕豆萎蔫病毒中国分离物RNA2全序列及多聚蛋白切割位点

对蚕豆萎蔫病毒2(BBWV2)分离物B935 RNA2全序列进行了测定,全长由3 601个核苷酸组成(不包括3'端Poly(A)).RNA2包含一个长的开读框,该开读框起始于231位,终止于3 428位,编码一个分子量为119 ku的多聚蛋白.对外壳蛋白亚基N端氨基酸序列测定表明外壳蛋白大亚基(LCP)和小亚基(SCP)是由119 ku多聚蛋白中谷酰胺与甘氨酸及谷酰胺与丙氨酸之间的切割产生的,LCP含有402个氨基酸,SCP含有197个氨基酸.与蚕豆病毒属(Fabavirus)病毒基因组核苷酸及编码的蛋白质氨基酸序列比较表明,B935与BBWV2分离物及广藿香轻花叶病毒具有很高的同源性,而与BBWV1分离物的同源性较低.B935与豇豆花叶病毒属(Comovirus)和线虫传多面体病毒属(Nepovirus)的基因组结构相似,但序列同源性很低.B935与豇豆病毒属病毒的LCP和SCP氨基酸具有共同的保守序列.用4株单克隆抗体进行TAS-ELISA测定表明B935与BBWV1分离物(NRS和PH3)抗原上有差异.     

锌指核酸酶技术最新进展及其在植物基因工程中的应用

锌指核酸酶(zinc finger nucleases,ZFNs)是近年来发展起来的一项定点改变基因组序列的新技术.它能够特异切开基因组中的特定序列,产生双链断裂DNA,诱导细胞启动DNA损伤修复过程,在修复过程中实现对靶基因的敲除或改变.这一技术可以通过删除某一基因或一个基因的一部分、导入点突变等,对该基因的功能进行研究,也可以定向改变基因组序列,使生物体获得新的功能.这项技术在基因功能的研究和新药的研发、新品种选育等方面有着十分广阔的应用前景,是后基因组时代基因功能研究的重要手段.介绍了ZFNs工作原理,重点阐述了该技术近几年的最新进展及其在植物学领域的应用,同时也对ZFNs存在的问题进行了深入分析.     

斜带石斑鱼神经坏死病毒基因组RNA1和RNA2序列测定及分析

根据GenBank数据库公布的鱼类神经坏死病毒(nervous necrosis virus,NNV)同源序列设计了7对特异性引物,采用RT-PCR方法扩增出目的片断,将PCR产物测序和分析.斜带石斑鱼Epinephelus coioides神经坏死病毒(orange-spotted NNV,OGNNV)基因组由两个片断(RNA1和RNA2)组成,RNA1由3 103个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码982个氨基酸;RNA2由1 433个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码338个氨基酸.OGNNV基因组与新加坡GGNNV(greasy grouper NNV)的基因组有高度的相似性.分析病毒的RNA2序列发现:OGNNV与DGNNV(dragon grouper NNV)、RGNNV(redspotted NNV)和GGNNV的亲缘关系很近,并且具有相同的中和位点;分析病毒的RNA1序列,发现在OGNNV的RNA1序列中同样可以找到依赖RNA的RNA聚合酶的6个模序(motif).根据同源性比较和系统进化分析,OGNNV属于RGNNV血清型的成员.     

动物线粒体基因组全序列测定的研究策略

动物线粒体基因组全序列测定是近年来生物学研究中的一个热点。科学技术的发展,对动物线粒体基因组全序列测定的研究策略也产生了深远的影响。在此对几种在动物线粒体基因组全序列测定中常用的几种策略进行了综述,并对其优缺点进行了比较分析。     

对称随机变量线性组合的封闭性

在给出多维对称随机变量分布函数一个充要条件证明的基础上,阐明对称随机变量的线性组合仍是对称随机变量.进一步,应用得到的结果讨论了关于对称随机变量序列部分和的一个不等式.     

中国阳蝇属六异名记述(双翅目:蝇科)

阳蝇属是蝇科最大的属之一,迄今全世界已知阳蝇属约666种,分布于世界各大地理区。近年来对阳蝇属种团和类群的研究,发现在我国阳蝇属中存在一些异名问题。在我国阳蝇属已知226种中,发现小兴安阳蝇(Helina xiaoxinganna Xue,2001)、茂县阳蝇(Helina maoxianica Feng,2008)、后曲阳蝇(Helina postiflexa Xue,Feng& Tong,2008)、团宝山阳蝇(Helina tuanbaoshanica Feng,2007)、兴凯阳蝇(Helina xingkaihuica Feng& Ye,2007)和错那阳蝇(Helinacuonaica Feng&Xu,2008)等6个种存在同物异名问题,并根据模式标本及原始文献,指出了同物异名的理由,明确给予了订正。     

九孔鲍二倍体与三倍体核型的研究

九孔鲍二倍体细胞染色体数及核型为：2n=32，18m 6sm 8t，NF=56，第1、2、3、4、6、7、9、10、11对为中部着丝粒染色体(m)，第5、8、12对为亚中着丝粒染色体(sm)，第13、14、15、16对为端着丝粒染色体(t)，三倍体细胞染色体数及核型为：3n=48，30m 6sm 12t，NF=84，第1、2、3、4、5、7、8、9、10、12组为中部着丝粒染色体(m)，第6、11为亚中部着丝粒染色体(sm)，第13、14、15、16组为端着丝粒染色体(t)。     

中国耳孔蜈蚣属(蜈蚣目:蜈蚣科)部分种类研究

记述我国蜈蚣目Scolopendromorph耳孔蜈蚣亚科Otosigminae耳孔蜈蚣属Otostigmus(耳孔蜈蚣亚属Otostigmus)6种.其中对平耳孔蜈蚣Otostigmus(Otostigmuts)politus Karsch、糙耳孔蜈蚣O.(O.)scaber Porat和多刺耳孔蜈蚣O.(O.)aculeatus Hasse进行了重新描述;马氏耳孔蜈蚣O.(O.)martensi Lewis和贝氏耳孔蜈蚣O.(O.)beroni Lewis为2个我国新记录;刘易斯耳孔蜈蚣O.(O.)lewisi sp.nov.为1新种.附有各种特征图,并编制了种检索表.     

贵州贞丰晚二叠世晚期的介形类

本文描述了贵州贞丰晚二叠世长兴组介形类化石计15属26种(包括新种8个)。这一介形类动物群与北美及我国浙江长兴等地二叠纪地层所产介形类相似,其中二叠纪的特有属种数量丰富、种类繁多。贞丰二叠系与三叠系沉积连续,介形类化石的研究为二叠系与三叠系的界线划分提供了重要的生物依据。     

地彩数字采矿软件应用及性能分析

主要阐述地彩数字化采矿软件系统在采矿工程中的应用及其性能分析.该软件系统专为井工煤矿开发,自建三维图形系统,与CAD兼容,具有网络运行、彩色三维、矢量化、实比例、动态虚拟现实、人-图对话等特点,使图形、数据、管理和监测四者合一.可实现自动计算储量,鼠标完成工程测量和设计,运输、供电、风流、风量动态描述,即时显示传感监测数据及视频图像,精确绘制剖面、平面和立体图等功能.     

五代宋元明清楷书及其衰落原因

楷书是继隶书之后的一种字体端正、用笔合法、波磔势少的书体。它萌芽于西汉,中经魏晋六朝的成熟、繁荣,至唐极盛,成就辉煌。五代以降的宋、元、明、清楷书,主要学魏晋、北朝和唐人。虽小有创变,异彩纷呈,但总的格局却是呈衰落之势。除了时代的、创作主体、楷书自身的原因以外,最根本的原因是沿袭摹拟之风甚浓,真正独创的作品太少。从整体上说,这一时期楷书艺术成就不高,没有产生如钟繇、二王、颜真卿这样的伟大书家和杰出作品。     

Markedness and its Interpretation in Language Use

Language markedness is a common phenomenon in languages, and is reflected from hearing, vision and sense, i.e. the variation in the three aspects such as phonology, morphology and semantics. This paper focuses on the interpretation of markedness in language use following the three perspectives, i.e. pragmatic interpretation, psychological interpretation and cognitive interpretation, with an aim to define the function of markedness.     

根据中国标本对山地异伊螨，波兹南原革罗螨和卡拉阳厉螨的再描述（蜱螨亚纲：中气门目：犹伊螨科，胭螨科，厉螨科）

根据采集的标本，对山地异伊螨All,his montanus Koroleva, 1968，波兹南原革罗螨Protogamasdlopsis pos-naniensis Wisniewski et Hirschmann，1991和卡拉阳厉螨Androlaelaps karawaiewi Berlese，1903作了再描述。     

吊罗山保护区哺乳动物物种多样性初步研究

根据实地调查和资料记载,海南吊罗山共有哺乳动物8目2l科46种,分别占海南省哺乳动物(水生兽类除外)9目、24科、76种的88．89％、87．50％和60．53％,其中华南麝鼯、犬蝠、小菊头蝠、中华鼠耳蝠、大长翼蝠、灰伏翼、屋顶鼠和社鼠等8种为吊罗山保护区新记录;黑长臂猿和云豹2种为国家Ⅰ级重点保护动物,猕猴、黑熊等9种为国家Ⅱ级重点保护动物,分别占海南省国家Ⅰ、Ⅱ级重点保护动物(水生兽类除外)的66．67％和90．0％;还有14种列入国家“三有”保护动物,17种列入中国动物红皮书,6种列入IUCN红皮书,有4、5、4种分别列入CITES公约附录Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ;海南毛猬、大鼯鼠2种为海南特产种(占海南特产种的66．67％)．黑长臂猿(又称海南长臂猿)、小缺齿鼹(又称华南缺齿鼹)、中菊头蝠(海南菊头蝠)等12种为海南特产亚种．     

生物多样性的评估仍是一项艰巨的工作

根据现有的资料对中国和世界动物的种数作了一个初步的比较，无脊椎动的某些门类在中国有多少种目前还不清楚，如：鄂咽动物门Gnathostomula，腹毛动物门Gastrotricha，线形动物门Nematomorpha（部分），有爪动物门Onychophora和心鳃动物门Pterobranchia，此外，下列一些动物门类或其中的部分分类单元，在我国有关物种资源的知识也很贫乏，尚需要作进一步的深入研究，如：海绵动物门Porifera，中生动物门Metazoa,线虫动物门Nematoda，棘头动物门Acanthocephala，益虫动物门Echiura，须腕动物门Pogonophora，软体动物门Mollusca（部分），腕足动物门Branchiopoda，内肛动物门Entoprocta,缓步动物门Tardigrada,五口动物门Pentastoma,节肢动物门Arthropoda(部分）和肠鳃动物门Enteropneusta,本文还对受胁动物的状况进行了讨论，无疑地，森林的破坏和动物资源的过度开发是威胁物种多样性的主要因素，此外，水的污染和富营养化使许多动物，尤其是淡水无脊椎动物面临灭绝的危险，过去数十年间，我国的动物学工作者在分类学研究和野生动物的保护方面，尤其是对珍稀种，特有种和重要的经济种的保护方面作出了巨大的努力，但是，像我国这样一个多样性大国，尚有大量的物种有待调查研究和编目，在1996年IUCN（世界自然保护联盟）出版的《世界物种红色名录》中，中国只有5种无脊椎动物被列为受胁物种，仅占世界受胁物总的总数（1891种）的0．26％，占美国物种总数（594种）类，蛭类和涡虫类这样一些类群竞争没有列出一种是受胁的种类，像珊瑚的这样重要的类群没有列出一种灭绝种，仅仅列出2个易危种，由此，作者在文中强调指出，在物种多样性的调查，编目和红皮书的编写方面，今后的的重点应放到无脊椎动物这一个在生物多样性中占优势类群方面来。