肝细胞癌中异常甲基化差异表达基因的生物信息学分析

肝细胞癌是全球常见的高死亡率癌症之一,为找到可以作为其诊断和治疗的生物标志物,通过GEO数据库中的相关数据分析,获取异常甲基化差异表达基因;其中,甲基化下调表达上调的交集基因68个,甲基化上调表达下调的交集基因59个.对所获取的基因进行功能和通路富集分析,进而阐明与肝细胞癌相关的生物学功能及通路;构建蛋白互作网络并对其...     

肝癌胰岛素样生长因子Ⅱ基因启动子P3甲基化的检测及意义

目的：建立检测肝癌胰岛素样生长因子Ⅱ(IGF-Ⅱ)基因启动子P3甲基化状态的方法。方法：培养三株肝癌细胞系(BEL7402、SMMC7721、HepG2)，选取正常肝组织3例；提取基因组DNA，亚硫酸氢钠修饰，巢式聚合酶链反应(nested PCR)加甲基化特异性PCR(MSP)检测IGF-Ⅱ基因启动子P3的甲基化状态，PCR产物经克隆、测序验证。结果：三株肝癌细胞系IGF-Ⅱ基因启动子P3去甲基化，正常肝组织IGF-Ⅱ基因启动子P3甲基化，目的片段无突变，甲基化修饰完全。结论：巢式PCR加甲基化特异性PCR可准确检测IGF-Ⅱ基因启动子P3的甲基化状态。     

C57小鼠胸腺和睾丸中mPer1基因启动子区CpGs甲基化分析

利用实时定量PCR方法检测胸腺和睾丸组织中mper1基因表达时相特点,采用亚硫氢酸修饰法对两种组织两个时间点该基因2个启动子区域5个E-box CpGs甲基化情况进行研究.结果显示:C57 BL/6J小鼠胸腺和睾丸组织中mPer1基因表达没有显著波动性,mPer1基因启动子区CpGs呈低甲基化状态(<10%).两种组织中E3和E4甲基化频率存在显著差异(P<0.01).在睾丸中,不同时间点E3和E4甲基化频率有显著变化(P<0.01).说明在睾丸中,mPer1启动子E-box3的甲基化状态能够随时间波动.但在胸腺和睾丸中,甲基化并不是mPer1基因调节的主要方式.     

C57小鼠胸腺和睾丸中roPer1基因启动子区CpGs甲基化分析

利用实时定量PCR方法检测胸腺和睾丸组织中roPer1基因表达时相特点,采用亚硫氢酸修饰法对两种组织两个时间点该基因2个启动子区域5个E-boxCpGs甲基化情况进行研究．结果显示：C57BL／6J小鼠胸腺和睾丸组织中mnrl基因表达没有显著波动性,roPer1基因启动子区CpGs呈低甲基化状态（〈10％）．两种组织中E3和E4甲基化频率存在显著差异（P〈0．01）．在睾丸中,不同时间点E3和E4甲基化频率有显著变化（P〈0．01）．说明在睾丸中,roPer1启动子E-box3的甲基化状态能够随时间波动．但在胸腺和睾丸中,甲基化并不是roPer1基因调节的主要方式．     

甲状腺乳头状癌RASSF1A启动子异常甲基化的检测

为了研究甲状腺乳头状癌组织中RASSF1A基因启动子区甲基化状态,探讨其甲基化与临床参数之间的关系,运用甲基化特异性PCR(MSP)技术,对51例甲状腺乳头状癌组织及10例正常甲状腺组织中RASSF1A基因的甲基化状况进行分析。结果表明:甲状腺乳头状癌组织中RASSF1A基因甲基化率为68.6%(35/51),而正常甲状腺组织中未检测到该基因的甲基化,两者之间的差异有统计学意义(P<0.05);RASSF1A基因甲基化与患者年龄、性别无相关性与肿瘤的浸润和转移有相关性,差异有统计学意义(P<0.05)。因此,RASSF1A基因甲基化是甲状腺乳头状癌组织中常见的分子生物学事件,在腺癌的发生发展过程中发挥重要作用。     

肝癌胰岛素样生长因子II基因启动子P3甲基化的检测及意义

目的:建立检测肝癌胰岛素样生长因子II(IGF-II)基因启动子P3甲基化状态的方法.方法:培养三株肝癌细胞系(BEL7402、SMMC7721、HepG2),选取正常肝组织3例;提取基因组DNA,亚硫酸氢钠修饰,巢式聚合酶链反应(nested PCR)加甲基化特异性PCR(MSP)检测IGF-II基因启动子P3的甲基化状态,PCR产物经克隆、测序验证.结果:三株肝癌细胞系IGF-II基因启动子P3去甲基化,正常肝组织IGF-II基因启动子P3甲基化,目的片段无突变,甲基化修饰完全.结论:巢式PCR加甲基化特异性PCR可准确检测IGF-II基因启动子P3的甲基化状态.     

PTEN抑癌基因与胃癌关系的研究进展

PTEN基因是近年发现的新抑癌基因,目前已经证实其与多种肿瘤的发生发展有密切的关系。在许多肿瘤中都有PTEN基因表达异常,且其表达异常与肿瘤发生发展的生物学行为有一定相关性。胃癌是我国常见的多发性的恶性肿瘤之一,在胃癌组织中PTEN通过多种途径表达降低。PTEN的突变和异常表达与胃癌的发生、发展、浸润、转移显著相关,可能成为检测胃癌的有效指标之一。     

人类乳腺癌异常甲基化基因分析

运用Illumina HumanMethylation27BeadChip数据,利用sam函数中Delta值与FDR值的关系,选取最佳Delta值,识别人类乳腺肿瘤组织和正常乳腺组织中显著差异甲基化基因.分析这些差异甲基化基因在人类各条染色体的分布,进一步通过这些差异甲基化基因对肿瘤样本和正常样本进行双向非监督聚类分析.接着,利用limma包计算乳腺肿瘤组织样本和正常乳腺组织样本中差异表达基因,对既发生差异甲基化又同时发生差异表达的基因,进行GO生物分子功能富集分析.结果发现低甲基化的基因皆与蛋白质及核苷酸结合功能相关,高甲基化基因则主要富集到与运输载体活性相关的分子功能上.这些研究结果,有助于我们从基因功能角度进一步理解乳腺癌发生的原因,对乳腺癌的预后和临床诊断起到帮助作用.     

人野生型抑癌基因PTEN的逆转录PCR法克隆及序列分析

以正常人胎盘组织总RNA为模板，通过优化引物和PCR条件，采用逆转录PCR法扩增出人野生型PTEN基因cDNA片段，并克隆到pMD18-T载体，获得重组子pMD-PTEN．序列分析表明，该cDNA长1212 bp，与GenBank中PTEN基因序列相比有3个碱基发生了变化，但全部为同义突变，证实获得了人野生型抑癌基因PTEN的cDNA克隆，为进一步构建原核表达载体及研究PTEN蛋白的抑癌效果、抑癌机理打下基础．     

Nodal基因5′末端侧翼序列启动子的分析

为了鉴定Ｎｏｄａｌ基因的基本启动子元件,将Ｎｏｄａｌ基因５′侧翼序列的各缺失片段构建以荧光素酶为报告基因的重组质粒。用这些拾报告基因的质粒转化Ｆ９细胞并测定了它们的瞬时表达荧光素酶海性。Ｎｏｄａｌ基因的基本启动子元件位于转录起始位点上游约６０ｂｐ,其中含有一个位于－３３ｂｐ处的ＴＡＴＡｂｏｘ,它对于转录起始起着重要作用。这个基本启动子在多种细胞类型中都有活性,但其活性不强。     

DNA甲基化异常与人类肿瘤

DNA甲基化是表遗传学上研究最深入的一种机制,是一种酶介导的化学修饰过程,在DNA的某些碱基上增加一个甲基.在人类的肿瘤中都可以发现不同程度的DNA异常甲基化现象.介绍DNA甲基化在基因表达中的作用及其抑制基因转录、表达的机理,尤其发生在抑癌基因CpG岛和其他相关基因的甲基化异常与肿瘤发生、演进的关系,甲基化的检测方法以及去甲基化在肿瘤治疗方面的应用前景.     

PTEN和FHIT在口腔鳞癌中的表达及意义

目的：检测抑癌基因VIEN、FHIT在正常口腔黏膜上皮和口腔鳞癌中的表达情况，并探讨其与肿瘤组织学类型的关系。方法：采用SP法免疫组化方法检测62例口腔鳞癌中和12例正常口腔黏膜中FHIT、PTEN的蛋白表达。结果：在正常口腔黏膜中PTEN均为强阳性表达(12／12)，在口腔鳞癌中24．2％(15／62)表现为PTEN蛋白表达的缺乏或减少；而FHIT在正常口腔黏膜中也均为强阳性表达(12／12)；在口腔鳞癌中17．7％(11／62)表现为FHIT蛋白表达缺乏或减少。结论：PTEN、FHIT在口腔鳞癌的发生过程中起着一定的作用。     

Diagnosis of Hepatocellular Carcinoma by Using Methylation Specific-PCR

To find a more sensitive and earlier diagnostic marker for hepatocellular carcinoma, methylation-profils of CpG islands in the promoter of eleven genes in hepatocellular carcinoma（HCC） carcinoma and pericarcinoma tissues from ten patients were examined by using methylation-specific PCR （MSP） method. MSP was used to detect the methylation of p16, p53, Secreted frizzled-related protein 1 （SFRP 1） and SFRP2 promoters. Meanwhile, plasma alpha-fetoprotein （AFP） levels in 53 patients were also determined. The results showed that HCC was closely correlated to methylation in promoter of tumor-suppressing gene p16, p53, SFRP1 and SFRP2. The results suggest that methylation of SFRP2 promoter is possible a better marker for diagnosis of HCC than plasma Alpha-fetoprotein （AFP） levels. The false negative of SFRP1 and SFRP2 are perfectly complementary. If SFRP1 and SFRP2 were both considered as a complementary positive marker at the same time, the accurate rate for diagnosis of HCC is 100%.     

Analysis of IGF2 mRNA expression and its methylation status between cattle yaks and their parents

s irrelevant to the lower expression of IGF2 in cattle yaks;other factors perhaps play roles in its expression.     

人IDE基因启动子生物信息学分析

对人IDE基因启动子进行生物信息学分析以获得人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点特征.从UCSC基因组数据库成功获得人IDE基因5’调控区2 000 bp序列.Promoter 2.0、FPROM、NNPP预测人IDE基因分别有3个、2个、6个启动子.Relative profile score threshold选择80%、85%、90%、95%、100%时,JASPAR预测该序列存在5170、1771、454、87和5个可能的转录因子结合位点.Relative profile score threshold选择80%,搜索到6个潜在的TCF7L2转录因子结合位点.采用进化足迹法,LAGAN预测方法获得位于人和小鼠同源IDE基因启动子保守区域相同位置的转录因子结合位点为14个,包含转录因子SPI-1、cap、c-FOS、FREAC-3、c-ETS、Cdxa、HSF2等.发现一个CpG岛,位于1 303～1 705 bp 之间,大小为403 bp.人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点的生物学信息学分析,为下一步基因表达调控实验奠定了基础.     

抑癌基因PTEN在食管癌发生过程中的表达

目的:探讨PTEN基因表达在食管癌发生过程中的变化及作用.方法:采用SP免疫组织化学方法检测50例原发性食管鳞状上皮癌,19例单纯增生,18例非典型增生和41例正常组织中PTEN基因的表达,结合临床病理资料进行分析.结果:癌组织中PTEN的表达与正常组织相比差异极显著(P<0.001),与单纯增生和非典型增生组织之间差异显著(P<0.05).结论:在食管癌的发生过程中,PTEN基因起一定的作用.     

头颈部鳞癌中p53-mdm2基因异常的研究

目的:检测头颈部鳞癌患者p53基因突变、mdm2基因扩增的状况,了解其与头颈部鳞癌患者的性别、鳞癌分级、淋巴结转移等的相关性及两异常基因的相关性。方法:收集50例行手术切除的头颈部鳞癌患者的新鲜肿瘤组织及其相应的癌旁正常组织,提取标本DNA;用PCR-SS-CP-银染法检测p53基因第5~8外显子的突变状况;用dPCR法检测mdm2基因扩增情况;采用SPSS 10.0统计软件包行2检验分析实验结果。结果:在50例头颈部鳞癌患者标本中,检测出17例存在p53基因突变,突变率为34%,所有的癌旁正常组织未发现p53基因突变;在50例鳞癌标本中检测出6例标本存在mdm2基因扩增,扩增率为12%,其中有一例同时存在p53基因突变;p53基因突变、mdm2基因扩增与患者的鳞癌分级、淋巴结转移、性别等相关性分析结果均无统计学意义(P>0.05)。结论:p53基因突变与mdm2基因扩增在头颈部鳞癌中较常见,可能是头颈部鳞癌发生发展的主要分子机制。     

DNA甲基化对杆状病毒极早期和滞早期启动子转录活性的影响

利用体外DNA甲基化酶和荧光素酶报告系统分析了DNA甲基化对杆状病毒苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(Autographa californica multicapsid nucleopolyhedrovirus,AcMNPV)的8个极早期和滞早期基因启动子表达活性的影响.研究结果表明,病毒极早期基因ie1和ie0启动子的活性受到甲基化修饰的强烈抑制,pe38启动子活性受到部分抑制;同时滞早期启动子p35、DNApol、lef1、lef3和lef8的启动子则在甲基化处理后得到一定程度的激活.转染的同时用AcMNPV感染细胞,在多数启动子中并没有改变甲基化处理对它们表达活性的影响,但使其影响程度有所减弱.在另一些启动子(pe38,p35,lef1)中,AcMNPV的感染使甲基化的作用基本消失.这些结果表明DNA甲基化对一些杆状病毒启动子的转录活性有一定的调控作用.