随机扰动下DNA三核苷酸重复序列的弯曲和柔性

利用统计力学模型讨论了与人类遗传病有关的DNA三核苷酸重复序列的弯曲和柔性,提出随机成动模型来近似表示DNA序列和蛋白质的相互作用,发现弯曲很小的三核苷重复序列在有随机扰动的情况下,可以出现大角度的弯曲,且随扰动强度的加大出现大角度弯曲的概率增加,求出了十二种三核苷重复序列的柔性及其长度依赖,发现当序列长度大于150 bp时,柔性的变化开始显,CTG和CGG具有最大的柔性,研究了柔性在有随机扰动时下的变化,发现在序列上不同位置施加扰动,柔性的变化程度不同,对于600bp长的序列,在390bp处的柔性变化程度最大。     

杂鳞库蚊复组28S rRNA基因5′端序列研究

对我国三带喙库蚊、环带库蚊和伪杂鳞库蚊共计79只蚊虫的28SrRNA基因5′端序列进行测定,获得的序列长度为301bp,3蚊种的该段序列相同。为设计杂鳞库蚊复组近缘种的PCR鉴别方法打下基础。     

杂鳞库蚊复组28S rRNA基因5''端序列研究

对我国三带喙库蚊、环带库蚊和伪杂鳞库蚊共计79只蚊虫的28S rRNA基因5′端序列进行测定，获得的序列长度为301bp，3蚊种的该段序列相同。为设计杂鳞库蚊复组近缘种的PCR鉴别方法打下基础。     

杂鳞库蚊复组28S rRNA基因5''端序列研究

对我国三带喙库蚊、环带库蚊和伪杂鳞库蚊共计79只蚊虫的28S rRNA基因5‘端序列进行测定,获得的序列长度为301bp,3蚊种的该段序列相同.为设计杂鳞库蚊复组近缘种的PCR鉴别方法打下基础.     

霍乱弧菌及副溶血弧菌复合PCR检测方法的建立

根据已发表的副溶血弧菌和霍乱弧菌的基因组序列,设计合成了三对引物,用于同时检测这两种弧菌。扩增片段长度分别为285 bp、450 bp、643 bp。经实验验证建立的PCR检测方法特异性较好,三对引物间无互相干扰;同时对建立的PCR检测体系进行了敏感性测定,结果最低检测下限为2.1×103cfu/mL。     

人Megalin基因四个结构域的cDNA克隆

以人肾脏组织cDNA为模板,用PCR技术克隆了编码人Megalin基因四个结构域的cDNA,并对其进行了测序.结果表明,编码人Megalin基因四个结构域的cDNA长度分别为863bp、1,008 bp、1,247 bp及1,359 bp.编码第一结构域的cDNA序列与GenBank报道的序列有99.9%的同源性,其中两个位点有差异(第457位和605位分别为C和G,而非G和A);其余三个结构域对应的基因序列与GenBank报道的序列完全相同.     

Sericin 1上游调控序列多态性分析

在克隆家蚕sericin 1基因上游调控序列时，出现多种扩增情况．为了调查其多态性，对野桑蚕、家蚕70个品系基因组进行了PCR扩增，扩增出660bp（DQ354392）、1000bp及660bp和1000bp同时出现的3种类型,序列分析表明：1000bp的条带与NCBI中登录的sericin 1（AB00783）上游调控序列一样；多态性存在于顺式作用元件之前，而顺式作用元件区域是非常保守的．     

红豆杉

裸子植物红豆杉科红豆杉属,在全世界有11种,我国已知的有5种,它们是:西藏红豆杉、云南红豆杉、红豆杉、南方红豆杉、东北红豆杉。长期以来,随着对森林资源不断地开发利用,野生红豆杉越来越少。目前,我国已将5种红豆杉全部定为国家一级重点保护植物。我国的几种红豆杉都是常绿针     

银杏GbGGPS基因的克隆及序列分析

利用RACE技术克隆并获得了银杏牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因(GbGGPS基因).银杏GbGGPS基因的cDNA全长为1 641 bp,含有1个1 176 bp的可读框,编码391个氨基酸序列.生物信息学预测GbGGPS蛋白的分子质量为42.51 ku,理论等电点为5.98,N端有叶绿体信号肽,其二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成.蛋白质同源分析表明,GbGGPS含有多聚异戊二烯基合成酶家族中保守的5个特征性结构域和2个富含天冬氨酸的区域.同源建模分析显示GbGGPS序列与薄荷GGPS蛋白的三维结构及活性位点高度相似.系统进化分析表明,银杏GGPS蛋白归属植物进化支,且与加拿大红豆杉、挪威云杉、北美冷杉的GGPS蛋白归为同一分支.     

蚶科三种贝类ITS2核苷酸序列分析

对蚶科三种贝类ITS2进行PCR扩增、测序及分析,用Mega3.1软件进行了系统发育初步分析.结果显示:毛蚶、泥蚶和魁蚶的ITS2大小分别为284～288bp、380bp、413～417bp,三种蚶的445个序列比对位点中,共有172个保守位点,245个变异位点,166个简约信息位点,78个单突变位点.系统发育分析结果显示,毛蚶和泥蚶先聚为一支,而后与魁蚶聚在一起.ITS2分析结果显示毛蚶和泥蚶种间的遗传关系较近.     

新疆黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因ITS区的克隆和序列分析

采用真菌核糖体基因内转录间隔区域(ITS)通用引物ITS1和ITS4扩增黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因的ITS,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。实验结果表明,黑白轮枝菌和大丽轮枝菌的ITS区都由541个碱基组成;供试的2个黑白轮枝菌菌株的ITS碱基序列同源性为100%,供试的2个大丽轮枝菌的ITS碱基序列同源性为99.82%,有1个碱基的差别。黑白轮枝菌和大丽轮枝菌核糖体ITS碱基序列同源性为99.40%,供试的黑白轮枝菌与供试的大丽轮枝菌至少有6个碱基的差别,且差异所在区域较集中。     

新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因的克隆及序列分析

参考牛种布鲁氏菌的GroEL（热休克蛋白）基因设计引物,扩增出新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因片段,将其片段克隆到T载体上测序。结果表明：新疆源布鲁氏菌GroEL基因片段长1641bp,编码546个氨基酸,与羊种（B．melitensis）、猪种（B．suis）以及牛种（B．abortus）GroEL基因的核苷酸序列同源性分别为99．88％、99．82％、99．88％,推导的氨基酸序列同源性在99％以上,显示了很强的保守性。     

中国四个小型猪品种生长激素基因克隆测序及分子进化研究

研究对中国四个小型猪五指山猪、贵州香猪、滇南小耳猪和藏猪的生长激素基因(pGH,porcine growth hormone)进行了克隆测序及构建分子进化树,考察该激素对小型猪体型的影响。通过筛选合适的引物,采用PCR技术,扩增了四个小型猪品种的pGH基因全序列,并对其进行了克隆测序分析。4个小型猪品种pGH基因全长为2006bp,包括5个外显子和4个内含子,CDS全长为648bp。将4个品种小型猪和长白猪、雅南猪、内江猪进行了核苷酸序列比对,共有63处发生了变异,变异率为2.9%,其中外显子有12处变异,全部为转换;内含子有51处发生了变异,包括转换、颠换和缺失。聚类结果基本符合其地方猪种的地理位置分布原则。     

PRV广东株gE基因去信号肽片段的克隆与序列测定

根据伪狂犬病病毒（PRV）Rice株gE基因的序列设计并合成了1对引物,以我国PRV地方毒株广东株的基因组DNA为模板,通过PCR方法获得了一大小约1.6kb的DNA片段,并将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,序列测定结果显示,该片段长1665bp,编码555个氨基酸,与PRV Rice株gE基因的核苷酸序列同源性为97.7%,氨基酸序列同源性为95.9%。     

嗜麦芽黄单胞菌CG样受体跨膜域克隆与分析

根据已知生物LH/CG受体同源性较大的跨膜域序列设计引物，以嗜麦芽黄单胞菌基因组DNA为模板进行PCR扩增，将约600bp目的产物克隆到pUCm-T载体上，经酶切及PCR扩增筛选鉴定得到重组质粒pUCm-Rec，以DIG标记的PCR扩增片段作为探针进行DNA斑点杂交，确证目的PCR扩增片段与该菌染色体DNA有同源性，克隆到的593bpCG样受体跨膜域序列在GenBank中的注册号为AY355346，再以地高辛标记的593bp跨膜域序列为探针，从构建的该菌基因组文库中，筛选到可能与CG样受体属于同一跨膜受体家族的编码组氨酸激酶／效应调节杂合蛋白部分序列的685bp核酸片段(其在GenBank中的注册号为AY359445)。     

五指山猪生长激素基因全序列克隆及序列分析

通过筛选一对引物，PCR扩增五指山小型猪GH基因全序列，并进行克隆测序分析、序列分析及氨基酸分析．结果表明，有98个位点不同，同源性为95．026％，外显子有2个碱基发生了突变，其中外显子2有1个位点的碱基突变导致了氨基酸异义取代。     

黑斑蛙Dmrt4基因的克隆测序

Dmrt基因家族是新近发现的一个与性别决定相关的基因家族.该家族成员都含有一个新的具有DNA结合能力的保守基序--DM结构域,它们在性别决定和分化发育的调控中担负重要的功能.本文采用简并PCR技术,扩增并克隆了黑斑蛙基因组中的DM结构域,经序列分析,获得了Dmrt家族的一个成员rnDmrt4.通过对不同进化地位的物种进行Dmrt4基因的氨基酸序列聚类,发现了Dmrt4基因在系统进化中具有高度保守性,提示该基因在性别分化和功能维持上可能具有重要作用.     

大豆11S球蛋白基因Gy1启动子克隆及序列分析

以高蛋白大豆品种南农87C-38总DNA为模板,采用PCR法扩增获得约1100bp大小的DNA片段,回收该片段并克隆到puCm-T载体上,选取阳性克隆进行PCR和酶切检测,再进行测序分析.序列分析显示该片段含1174个核苷酸,采用Vector NTI软件将试验中克隆的序列与GenBank E07850报道的Gy1启动子和GenBank X15121报道的Gy1启动子及信号肽对应序列分别进行比对,同源性分别为99.6%和99.3%.确定该片断为南农87C-38大豆11S球蛋白基因Gy1启动子及信号肽.该启动子的成功克隆,可为今后利用基因工程技术改良大豆种子营养品质研究奠定基础.     

广西巴马小型猪活化素β_A/β_B基因cDNA克隆与序列分析

目的通过克隆广西巴马小型猪活化素(activin)βA/βB基因cDNA,分析其序列,为研究活化素的生物学功能打下基础。方法提取广西巴马小型猪发情母猪的卵巢总RNA,并以其为模板,以下游特异性引物为反转录引物,在AMV酶作用下合成cDNA;用LA-Taq进行PCR扩增出包括成熟肽在内的activinβA及βB基因的部分序列,把两个序列分别连接到PMD-18载体进行克隆和序列分析。结果包括成熟肽在内的activinβA及βB基因的部分序列长度分别为964 bp和791 bp,两个亚基的序列比较保守,与GenBank上发表的猪activin两个亚基同源性达到99.79%和99.62%。activinβA基因有两个碱基发生突变,其中一个在成熟肽序列上,一个在非编码序列上;βB基因信号肽序列上有三个碱基发生突变,其中一个是同义突变。     

王锦蛇(Elaphe carinata)Sox基因保守区的克隆及测序

参照人SRY基因HMG-box保守区序列设计一对兼并引物,PCR扩增了王锦蛇的Sox基因,采用SSCP技术筛选阳性克隆,并对其进行了测序.结果在雌雄个体中共筛选出4个Sox基因,其中一个为雌性独有,显示出性别差异性;4个Sox基因DNA序列及编码的氨基酸序列与人相应SOX基因的相似性分别为91%、91%、92%、91%和96%、98%、96%、96%,显示出高度的保守性.实验结果为王锦蛇的性别决定机制研究提供了分子资料.