西沙野生诺尼内生细菌群落多样性初步研究

采用构建16S rDNA克隆文库方法,首次对我国海南永兴岛西沙野生诺尼果内生细菌的群落结构和多样性进行初步研究.首次采用Mothur软件对诺尼果内生细菌克隆文库数据进行分析,构建Mothur软件数据分析平台.构建的西沙野生诺尼果内生细菌16S rDNA克隆文库中,93个克隆分属于12个不同可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),序列比对结果表明大部分克隆与已知细菌16S rDNA序列相似性较高.分别属于变形菌门(Proteobacteria)的Alpha、Beta、Gamma亚群,放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes).水库杆菌属(Piscinibacter sp.)细菌为野生诺尼果内生细菌优势菌群.优势菌属分别为水库杆菌属(Piscinibacter sp.)为80.65%,蛋白胨菌属(Peptoniphilus sp.)和链球菌属(Streptococcus sp.)均为3.23%,甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)为2.15%.研究结果表明西沙野生诺尼果中存在较为丰富的内生细菌资源,将为进一步研究奠定理论基础.     

16SrDNA克隆文库法分析油藏细菌群落结构多样性

本文利用细菌16S rDNA克隆文库法对大港油田油藏内源微生物群落结构进行系统分析。文库构建结果表明,油藏细菌由8个门类构成,分别为Alphaproteobacteria(46%)、Betaproteobacteria(35%)、Firmicutes(8%)、Nitrospirae(2%)、Synergistetes(1%)、Dictyoglomia(1%)、Deferribacteres(1%)、Gammaproteobacteria(1%)以及Unclassified bacteria。其中,存在如鞘胺醇单胞菌(Sphingomonas)、代尔夫特菌(Delftia)等大量具有石油烃降解功能的细菌种属。探索极端油藏环境中微生物群落结构特征,为微生物驱油技术的开发奠定了良好的基础。     

分子生态学方法对油藏细菌群落结构分析的比较

目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于PCR扩增的三种分子生态技术DGGE、T-RFLP、建立16SrDNA文库比较和分析了混合菌液细菌多样性。使用PCR-DGGE方法时发现,DGGE方法可灵敏地检测到序列1 bp的变化,能将不同菌株分开,但该方法经过切胶测序后的的目标序列较短,信息量不大且有时有一定误差,较适合用于定性对比;而用于菌群结构的分析时应结合其他方法。T-RFLP法可区分大部分菌属,但数据库不够完整,不能确定细菌群落组成;因此也不适合单独用在细菌群落检测中,可用作多个样品种群多样性的对比或结合其他方法对样品进行系统透彻解析。建立16srDNA克隆文库法成功鉴定到7个菌属8个菌种16SrDNA序列,更适用于油藏细菌群落结构的分析。     

“硅酸盐”细菌浸出铝土矿及细菌群落结构的变化

采用摇瓶浸出、分批搅拌浸出与连续浸出3种方式,研究3株"硅酸盐"细菌(胶质芽孢杆菌,Bacillus mucilaginosus,BMN;环状芽孢杆菌,Bacillus circulans,BCM;根瘤菌Rhizobium spp.HJ07)对铝土矿中硅的单一浸出和混合浸出效果,并对浸矿过程中混合菌群落结构的动态变化进行分析。研究结果表明:混合菌对铝土矿中硅的浸出率高于单一菌对铝土矿中硅的浸出率;连续浸出方式的脱硅率最高,其次为搅拌浸出,摇瓶浸出的脱硅率最低,浸出15 d后,3种混合菌对铝土矿中Si O2的浸出率分别为71.3%,49.5%和39.2%,铝土矿的m(Al)/m(Si)从5.17分别提高到13.51,10.2和8.76;在铝土矿混合菌浸出前期,没有明显的优势菌种,而到中后期,Bacillus mucilaginosus的比例则会上升,并最后取代Bacillus circulans和Rhizobium spp.成为优势菌种。     

福建红曲醋发酵液的细菌群落结构分析

采用非培养法和培养法对福建红曲醋的细菌菌落结构进行分析.从红曲醋发酵液样品中提取基因组DNA,构建16S r DNA文库.随机挑取16S r DNA文库中的克隆子进行ARDRA分析,通过部分克隆序列测定构建系统发育树.结果显示,非培养法16S r DNA克隆文库得到15种OTUs,主要分为3大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属、Pseudomonas属;培养法16S r DNA克隆文库得到11种OTUs,主要分为2大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属.在文库的标准多样性指数方面,非培养法文库的香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalef's richness index)分别为2.56、0.075、3.04,培养法文库香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalefs'richness index)分别为2.26、0.104、2.17.两个文库的均一度指数(Evenness index)数值均高于0.90,显示出两个文库自身较高的多样性.实验结果表明:Acetobacter属和Lactobacillus属是红曲醋发酵的优势菌群,占整个细菌群落的85%以上.红曲醋发酵是一个多菌种的发酵过程,福建红曲醋的非挥发性酸含量与其醋酸发酵伴随乳酸发酵过程产生丰富的有机酸是相关的.     

利用PCR-DGGE分析胆固醇结石中细菌群落结构

本研究运用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）方法对来自8名胆石病人的8份胆固醇结石和4份胆汁样品中细菌群落结构进行分析和比较研究。DGGE结果显示,胆固醇结石中细菌含有Enterococcus,Pseudomonas等13个属细菌,其中Pseudomonas检出率最高,Klebsiella和Bacillus两个属细菌含量较多;胆固醇结石中6个属细菌在胆汁中也检测到。不同病人之间胆固醇结石细菌群落结构高度相似,但胆汁相似度较低;胆固醇结石中细菌群落结构与胆汁细菌群落结构最高相似度仅为38%,胆汁中细菌种类虽与胆固醇结石有同源性,但细菌群落结构差异较大。因此,导致胆固醇结石形成的细菌种类有一定偏好性,不因人而异,临床上对这些细菌的控制将有利于抑制结石的生成。     

英那河细菌群落结构及其与环境因子的相关性研究

利用高通量测序技术分析比较了英那河2018年5月、7月和9月的三个国控断面细菌群落结构及其与环境的相关性.序列比对结果显示,除分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,英那河共发现细菌39门95纲173目311科583属,在门水平上,变形菌门(PROTEOBACTERIA),蓝菌门(CYANOBACTERIA),放线菌门(ACTINOBACTERIA),拟杆菌门(BACTEROIDETES)是优势菌门,在属水平上,HGCL-CLADE、鞘脂杆属(SPHINGOBIUM)、METHYLOVERSATILIS是优势菌属.细菌群落多样性指数(SHANNON WIENER指数)平均值为3. 74,细菌群落多样性从月份角度排序为9月 5月 7月.通过共有独有分析发现相邻的两个月份细菌群落结构相似,地理距离较近的两个断面群落结构相似.冗余分析(RDA)结果表明溶解氧(DO)、高锰酸盐指数(COD_(MN))、氨氮(NH_3-N)、化学需氧量(COD)和总磷(TP)对细菌的群落结构有影响.     

子午岭森林凋落叶对土壤细菌群落结构的影响

为了深入认识森林凋落物与土壤微生物群落结构间的关系,通过小盆模拟凋落叶覆盖实验,运用PCR-DGGE技术,研究了黄土高原子午岭主要树种凋落叶覆盖对土壤细菌群落结构的影响.多样性分析结果显示,单一种类凋落叶处理后的细菌群落其Shannon-Wiener指数的变化趋势为辽东栎(3.54)油松(3.49)白桦(3.30);不同凋落叶混合处理后,细菌群落多样性增高或降低,以油松-辽东栎-白桦凋落叶混合处理的Shannon-Wiener指数最高;聚类分析结果显示,8种处理土样可分为4个类群,分别代表了凋落叶混合处理土壤(S2、S5、S3和S4),单一种类凋落叶处理土壤(S7和S8),单一种类凋落叶处理土壤(S6)和无凋落叶处理的土壤对照(S1).研究表明:凋落叶覆盖处理可使细菌群落结构发生明显改变,凋落叶单独处理和混合处理所造成的细菌群落结构的变化不同,这些变化与凋落叶种类及其交互作用方式有关.     

武进港浮游微生物群落研究

通过 T-RFLP 分析和构建 16S rRNA小型基因文库相结合的方法, 研究了江苏省常州市武进港塘桥段微生物群落结构特点。T-RFLP 分析结果表明, 该群落的多样性较高,但均匀度较低。基于 Ribosomal Database Project Ⅱ的分析结果表明, 该处水样的浮游微生物群落种类较多, 还含有尚未分出门的微生物种群, 而变形菌门为最优势的类群。通过与 GenBank 中已知序列对比(BLAST)发现, 具有较高相似性的克隆数较多, 但也存在很多未知种类的新细菌。此外,还探讨了一些已知属的微生物的环境意义。     

功能化石墨烯对海洋环境中细菌群落结构及生长的影响

功能化石墨烯因其优异的导电、传热和机械性能,应用前景广阔.为了解功能化石墨烯对海洋环境可能的生态毒性效应,其分别加入近岸海水(终质量浓度50mg/L)和沉积物(终质量分数50mg/kg)中,模拟海洋环境对样品培养2周,并采用DNA高通量测序技术分析功能化石墨烯对海洋细菌群落结构的影响.结果表明功能化石墨烯对两种海洋环境来源的细菌物种组成均有明显影响,但效果不同:暴露于功能化石墨烯后,海水中细菌的物种多样性和丰度降低,而沉积物中细菌的物种多样性和丰度升高,这可能是功能化石墨烯在海水和海洋沉积物中分散、吸附和团聚等环境行为存在差异所致.然而,在两种海洋环境来源的处理组中,功能化石墨烯的存在均对光合细菌(蓝细菌门)的生长起促进作用.上述结果可为功能化石墨烯的海洋生态安全性评估提供参考.     

夏季校园室外空气微生物群落结构和生态分布

为了解校园室外空气微生物情况及研究空气微生物群落结构和生态分布特点,对河北大学学校室外3个功能区5个监测点进行采样,分别检测细菌和霉菌菌落总数.结果表明校园室外空气质量属于清洁和较清洁;校园空气微生物以细菌为主,占62.4％;校园室外微生物的生态分布有以下规律:北院主道路＞北院足球场＞南院主道路＞南院篮球场＞毓秀园;校...     

东苕溪夏季浮游动物群落结构及水环境的初步研究

2013年7月对东苕溪(太湖主要入湖河流)的浮游动物群落结构及相关环境因子进行了水生态调查.结果表明,共采集浮游动物41种,其中轮虫23种,桡足类11种,枝角类7种.卜氏晶囊轮虫(Asplanchn.brightwelli)、长三肢轮虫(Filinia.longiseta)、针簇多肢轮虫(Polyarthra.trigla)为优势种.浮游动物的丰度以轮虫占优势,浮游动物的生物量以枝角类和桡足类占优势,东苕溪水系浮游动物的丰度和生物量范围分别为1.99~1964.42ind/L和0.05~8.15mg/L.Shannon-wiener多样性指数(H)为0.10~3.35;Pielou均匀度指数(J)为0.06~0.86,根据浮游生物物种多样性指数评价表明,东苕溪水系处于轻度污染、β-中度污染水平.相关性分析表明,夏季浮游动物群落结构与水体中的总氮、总磷和叶绿素有显著的影响.浮游动物种类数与叶绿素a含量有显著的正相关,浮游动物生物量与总氮、总磷含量有显著正相关.     

厦门海域桡足类卵的分子鉴定

由于传统物种分类技术无法快速有效地鉴定大部分桡足类休眠卵的种类,急需建立具有发展前景的分类鉴定方法.根据本实验室建立的快速鉴定沉积物中桡足类休眠卵的方法,在厦门海域采集几种常见桡足类成体及其新产出的卵,通过测定28S rRNA上约300 bp的目标序列,查找比对Genbank中同种和同属桡足类的序列,对该方法种类鉴定的...     

厦门市推行股份期权制的初步设想

党的十五届五中全会把“实行年薪制和股权、期权的试点”提到了议事日程。本文对厦门实施股份期权试点的内涵和原则进行了阐述 ,并结合厦门的实际对实施的范围、对象、持股份额、来源、价格确定、获取方式、红利兑现和期权变现提出了设想和对策建议     

厦门滨海湿地鸟类群落多样性研究

秋季对厦门滨海湿地12个样区的鸟类种类和数量进行了调查.结果说明:厦门滨海湿地鸟类共有19科52种.其中,白鹭、环颈、苍鹭、普通鸬鹚和中白鹭为数量优势种,反映出厦门滨海湿地主要作为水鸟的越冬栖息场所.鸟类群落多样性指数以杏林湾水库和湖两个样区较高,分别为3.66和3.35,西堤和高浦的多样性指数较低,分别为1.42和1.17,群落多样性指数的高低主要受物种数量和各物种种群数量均匀度的影响.     

厦门夏季滨海湿地鸟类群落多样性研究

在夏季(1999年6月~1999年8月)对厦门滨海湿地11个样区鸟类的种类和数量进行的调查中,显示出厦门滨海湿地鸟类共有11科27种.其中,小白鹭(Egretta garzetta)和环颈鸻(Charadrius alexandrinus)为数量优势种.鸟类群落多样性指数以香山和筼筜湖两个样区为最高,分别为3.18和2.33,刘山多样性指数最低,为0.     

薛河附草螺类群落结构初步研究

薛河是南四湖重要的入湖河流.2010年10月和12月先后两次对薛河的附草螺类和水生植物群落进行采样调查.结果表明,所采集的水生植物隶属6科6属,共8种,优势种为菹草、竹叶眼子菜、莕菜和满江红;附草螺类5种,以个体较小、硬壳的前鳃亚纲种类为主.附草螺类的密度和生物量分别为289 ind/m2和152.67g/m2,其中前鳃亚纲现存量显著高于肺鳃亚纲;梨形环棱螺、长角涵螺和纹沼螺为薛河附草螺类的优势种.相关分析表明,附草螺类的密度和生物量均与水生植物生物量呈显著的正相关关系.     

厦门港间隙水中碘的地球化学行为初探

调查了厦门港沉积物间隙水中碘的存在形式，结果分别是碘离子为１．６１－３．１２μｍｏｌ／ｌ，碘酸根为０．２９～０．６０μｍｏｌ／ｌ。这表明了在间隙水中碘离子形式存在。排污口地区沉积物间隙水中碘的浓度比港湾中碘的浓度低，污口区总碘仅为港湾的６７．７９％，碘离子仅６１．６１％，说明污染导致沉积物氧化还原状态的改变，它控制着间隙水中碘的浓度。计算了离子态碘由沉积物向上覆水扩散的通量。变动在４．１～８．４μ     

吕梁山南端野皂荚群落特征的初步研究

本文通过抽样方法对野皂荚群落的区系组成、地理成份、生活型、结构、种群分布格局及多样性的分析，说明该群落物种丰富度低；以北温带分布为主；生活型以高位芽占优势；结构简单，由灌木层和草本层组成；优势种为集群分布。     

黄刺玫群落特征及种群分布格局的研究

本文对黄刺玫群落的区系组成、地理成分、生活型、群落结构以及种群分布格局进行定量分析。结果表明：该群落物种丰富度低，以北温带分布为主；生活型以高位芽占优势；群落结构简单，只有灌木层和草本层组成；优势种大部分为集群分布，非优势种则多为随机分布。