海南文昌海草床沉积物硫氧化细菌的多样性

以热带海草床沉积物土著硫氧化微生物资源的开发为目的,首先选择培养基并对海南文昌海草床沉积物中可培养硫氧化细菌进行了富集培养和分离纯化,进而利用16S rRNA测序方法获得了硫氧化细菌的分类信息并建立了系统发育树,最后对其硫氧化性质进行检测,共分离鉴定出38株具有硫氧化功能的菌株,它们均来源于变形菌门（Proteobacteria）中的γ-变形菌纲（Gamma-Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）.其中弧菌属（Vibrio）、芽孢杆菌属（Bacillus）和产微球茎菌属（Microbulbifer）为优势属,同时获得了嗜盐单胞菌属（Halomonas）、海杆菌属（Marinobacter）和深海海旋菌属（Thalassospira）中常见的硫化物氧化细菌.测序分析结果表明,海南文昌海草床环境样品中硫氧化细菌的多样性丰富,且不同站位之间受沉积物间隙水硫化物浓度的影响也存在差异.本研究获得了海南文昌海草床不同类型的硫氧化细菌菌株,丰富了海南海草床土著硫氧化细菌的菌种资源,为海草床沉积物硫化物微生物治理技术的开发奠定了基础.     

贵州天洞洞穴的细菌群落特征及产酶菌株分析

洞穴作为一种长期阴暗、潮湿、营养匮乏的特殊生境,蕴藏着代谢类型独特的丰富微生物类群.研究从贵州天洞洞穴土壤、钟乳石表面和水样中分离了623株细菌,分属于89个属的228个种,其中放线菌纲(50.72%),α-变形菌纲(18.45%)和γ-变形菌纲(16.85%)是优势类群;在属水平上,假单胞菌属(14.45%)、微杆菌属(12.20%)及链霉菌属(9.31%)为优势属.土壤、钟乳石表面和水样中的优势属分别为链霉菌属(13.72%)、微杆菌属(15.44%)和柄杆菌属(18.95%).土壤样品Shannon指数、Margalef丰富度指数最高,而水样的最低.在分离的623株洞穴细菌中,产淀粉酶、纤维素酶和蛋白酶细菌种类分别有86、64种和79种;土壤中产淀粉酶和蛋白酶菌株比例高于钟乳石表面和水样,水样中产纤维素酶菌株比例高于土壤和钟乳石表面.     

金钗石斛根际可培养细菌多样性及抑菌活性研究

根际土壤微生物对植物根系发育和植物生长具有重要促进作用.为探究金钗石斛根际土壤细菌的多样性,利用稀释涂布平板法和16S r DNA序列分析技术,对贵州贵阳、金沙和赤水三地栽培的金钗石斛根际土壤中的细菌进行分离和初步鉴定.同时,通过双层平板打孔法和对峙培养法筛选具抑菌活性菌株.结果表明,从金钗石斛根际土壤共分离了1010株细菌,包括67个OTUs,隶属于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门α亚群(aProteobacteria)、变形菌门β亚群(β-Proteobacteria)、变形菌门γ亚群(γ-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)的32个属.其中厚壁菌门(54.5%),芽孢杆菌属(Bacillus,44.5%)为优势类群.不同地栽培的金钗石斛根际土壤细菌群落组成存在差异,Shannon-Wiener指数为2.80~2.94.此外,通过筛选共获得23株抑菌活性菌株,其中,JCSHGTTB03-24和CYSHGTR2A05-20两株菌对多种植物病原菌具抑菌活性.金钗石斛根际土壤细菌具丰富的多样性和潜在的生物活性.研究为今后金钗石斛栽培和农业生物防治提供了宝贵的微生物资源.     

滇重楼根可培养内生细菌多样性分析及促生菌筛选

为了探究滇重楼根的内生细菌的多样性以及筛选促生菌株,从云南丽江采集5年生滇重楼,并从0.1 g根中分离获得228株内生细菌. 16S rDNA序列分析结果表明,这些内生细菌归属到4个门,5个纲,7个目,11个科,13个属,其中假单胞菌属(40.35%)和芽孢杆菌属(22.37%)为优势属.之后,通过与小麦幼苗的共培养,筛选获得10株具有促进生长作用的菌株. YNR32016菌株对小麦幼苗的株高的促进作用最强,与对照相比增长了72.43%;YNR32041菌株对小麦幼苗的根长的促进作用最强,与对照相比增长了602.51%; YNR32046菌株对小麦幼苗的茎粗的促进作用最强,与对照相比增长了26.87%.结果为深入分析滇重楼不同组织内生菌的多样性以及开发促生菌资源奠定了基础.     

白虎头红树林区海泥可培养细菌分离鉴定及其活性研究

【目的】研究北海白虎头红树林区海泥可培养细菌多样性及其代谢产物的生物活性。【方法】采用纯培养法和分子生物学方法对样品中细菌多样性进行研究,利用滤纸片法和卤虫致死法测试其生物活性。【结果】从海泥中分离获得相关可培养细菌17株,选取9个代表性菌株采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,其中5株菌属于Firmicutes门,其余4株菌为Proteobacteria门。5株细菌的代谢产物有较好的抑菌活性,2株菌的代谢产物对卤虫致死活性明显,其中1株菌兼具两种活性。【结论】北海白虎头红树林区海泥中的细菌多样性较为丰富,并且部分细菌具有一定的生物活性。     

热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性

为了研究热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性,从海南莺歌海盐场域近海及潮间带沉积物中分离可培养细菌,通过16S rDNA序列比对,分析菌株遗传多样性.结果表明,9株分离自近海沉积物的细菌菌株均属于Bacil-lus;8株分离自潮间带沉积物细菌菌株分为5个属,分别为Acinetobacter、Massilia、Pseudomonas、Pantoea、Paenibacillus;系统发育树结果表明,分离自近海沉积物的菌株YGHWSB2、YGHWSB3、YGHWSB4、YGHWSB5、YGHWSB6、YGHWSB10、YGHWSB21与B.amyloliquefaciens聚为一支,而菌株YGHWSB13、YGHWSB30与B.altitudinis、B.aerophilus、B.stratosphericus、B.xiamenensis聚为一支;分离自潮间带沉积物的菌株聚类较分散,YGHISB1、YGHISB2、YGHISB3、YGHISB4与A.johnsonii聚类;而其他4株菌株YGHISB5、YGHISB6、YGHISB7、YGHISB8分别与4个属的菌株M.haematophila、P.psychrotolerans、P.eucrina、P.peoriae亲缘关系较近.这些结果展现了分离自潮间带沉积物可培养细菌存在丰富的遗传多样性.可见莺歌海近海沉积物中可培养细菌资源分类地位单一,而潮间带沉积物由于所处环境变化多样,可培养细菌资源多样性丰富.     

以培养和非培养技术研究文昌红树林土壤中疣孢菌的多样性

目的:以培养和非培养的方法研究文昌红树林土壤中疣孢菌的生物多样性.方法:通过疣孢菌特异性PCR和克隆文库的方法对样品中非培养的疣孢菌进行生物多样性分析;用九种选择性培养基对样品中可培养的疣孢菌进行生物多样性分析.结果:非培养方法发现文昌红树林土壤放线菌的多样性指数Shanno-Wiener index和Chao1物种多样性指数(Schao1)分别为2.3217和74.5;培养方法分别获得3株疣孢菌和74株疣孢菌类似菌.结论:文昌红树林土壤环境中蕴藏着丰富的疣孢菌多样性资源,其中大部分为目前未培养菌.     

摩洛哥自然发酵驼乳中乳酸菌分离鉴定及特性研究

为了丰富菌种资源库资源,探索乳品细菌多样性及菌株生化特性,对摩洛哥阿尤恩地区4份自然发酵驼乳的乳酸菌应用传统纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术进行分离、鉴定,同时对细菌宏基因组测序进行多样性研究及单菌株生化特性研究。由纯培养结果可知:4份样品中分离乳酸菌株包含3个属、8个种,共82株乳酸菌,其中58.54%为Lactococcus lactis；根据宏基因组测序结果可知:4份样品中分离的细菌分属于7个门、78个属和147个种,Proteobacteria(54.64%)和Firmicutes(41.77%)是样品中的优势菌门,Lactococcus(31.87%)及Lactococcus lactis(22.95%)占比较高,是样品中优势菌属及菌种。通过比较不同乳酸菌在相同环境下的生长情况及产酸速率,从样品中分离得到的48株Lactococcus lactis中筛选得到2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。2株菌最适生长温度为37℃,pH值为5.5~7.5,且有一定的盐耐受性,NaCl质量分数小于6%时生长不会受到明显抑制。2种菌株在37℃发酵18h后其OD₆₀₀可达到2.5218和2.5172。研究结果表明:摩洛哥阿尤恩地区自然发酵驼乳中包含多类细菌,Lactococcus lactis是其中的优势菌种,并从其中筛选出2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。     

产低温蛋白酶海洋菌筛选、鉴定及性质的初步研究

通过脱脂牛奶平板法从深海海泥中筛选到35株在低温条件(4℃)下具有蛋白酶活性的菌株,并对这35株菌进行了分子生物学鉴定和酶活测定,发现这35株菌分别属于动性球菌属(Planococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、Fictibacillus、发光杆菌属(Photobacterium)、冷蛇菌属(Psychroserpens)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、交替假单胞菌属(Pseudoalteromonas).选择各个属活性最高的菌株为研究对象,以酪蛋白为反应底物对其所产蛋白酶粗酶液酶学性质进行初步研究.结果表明,动性球菌属菌株PL4-1所产蛋白酶酶活最适反应温度为40℃,10℃时可保持50%以上的酶活,在60℃时酶活下降至40%以下,为典型的低温蛋白酶.     

天漠嗜盐和耐盐细菌产淀粉酶活性及菌株多样性

采用平板水解圈法对分离自张家口天漠沙土的嗜盐和耐盐细菌（含放线菌）进行淀粉酶活性筛选,运用基于16S rRNA基因序列的分析方法对活菌株进行系统发育多样性分析.结果表明,76个受试菌株中,有34株淀粉水解酶活性呈阳性（44.7%）,其中有6株具有较强的淀粉水解酶活性;系统发育分析显示34个阳性菌株类群多样性和物种多样性较高,可以归为18个物种,分属于细菌域（Bacteria）的2门（Actinobacteria,Firmicutes）2科（Streptomycetaceae,Bacillaceae）8属（Streptomyces,Bacillus,Gracilibacillus,Halobacillus,Oceanobacillus,Piscibacillus,Thalassobacillus,Virgibacillus）;产淀粉酶活性较强的6株菌均属于厚壁菌门（Firmicutes）芽孢杆菌科（Bacillaceae）,分属于该科的3个属.其中菌株JSM 1684012,JSM 1684041和JSM 1685098属于芽孢杆菌属（Bacillus）;JSM 1684067和JSM 1685082属于纤长芽孢杆菌属（Gracilibacillus）;JSM 1685081属于喜盐芽孢杆菌属（Halobacillus）.以上结果说明分离自张家口天漠沙土的嗜盐和耐盐菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性和物种多样性.     

四川传统烟区烤烟叶面可培养细菌的遗传多样性分析

为认识烤烟(Flue-cured tobaccos)叶面可培养细菌的多样性,挖掘叶面可培养细菌资源.本研究以四川省各传统烟区旺长期烤烟叶片为材料,通过纯培养法及测定菌株的产吲哚乙酸(IAA)能力、溶磷溶钾特性、纤维素降解活性、拮抗病原菌等,并通过反转录重复因子扩增(BOXA1R-PCR)技术、16S rRNA基因测序和系统发育分析研究叶面可培养细菌的遗传多样性和功能特征.结果表明:分离得到的86株叶面细菌中有12株菌株(占总分离菌株的13.95%)具有产IAA的能力,4株产量较高(57μg/mL);有9株(占总分离菌株的10.47%)表现溶磷活性,8株(占总分离菌株的9.30%)表现溶钾活性.基于BOXA1R-PCR图谱选取12株代表菌株进行16S rRNA基因序列测定,系统发育分析显示,86株菌株分别属于节杆菌属(Arthrobacter)、短小芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、无色杆菌属(Achromobacter)和假单胞菌属(Pseudomona),其中以假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属.表明四川传统烟区烤烟叶面存在着丰富的细菌资源.     

2009年附属医院产超广谱β内酰胺酶大肠埃希菌耐药性监测

目的:了解大理学院附属医院2009年临床分离的产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌的分布及耐药性.方法:按美国临床和实验室标准化研究所(CLSI)标准进行ESBLs初筛、表型确证试验和病例回顾性分析.结果:临床各科室共分离肠杆菌科细菌286株,其中大肠埃希菌170株,产ESBLs大肠埃希菌有72株,检出率为42.4%(72/170),产ESBLs菌株对亚胺培南、美洛培南、头孢哌酮/舒巴坦和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率分别为1.4%、4.2%、16.7%和16.7%.结论:临床分离大肠埃希菌中产ESBLs菌株耐药性明显高于非产ESBLs菌株,因此加强产ESBLs大肠埃希菌酎药性监测很重要,有助于指导临床医生合理使用抗生素,防止产ESBLs菌株的广泛流行.     

黄河故道湿地可培养细菌多样性及产木聚糖酶菌株筛选

研究黄河故道湿地可培养细菌的多样性及其产木聚糖酶的应用潜力.采用稀释平板涂布法从湿地样品中获得119株菌株,形态去重复后对93株进行16SrRNA基因系统发育分析以及利用刚果红染色法进行木聚糖酶活性筛选.结果表明,分离得到的菌株分属于4个门的18个科、21个属,其中优势类群为变形菌门(Proteobacteria)(41株,44%).该地区可培养细菌的Shannon-Wienner多样性指数H′=3.66,Simpson指数D=0.97;Margalef物种丰富度指数dMa=10.59;Shannon物种均匀度指数E=0.94,且样点青龙湖多样性指数高于样点刘寨.93株代表性菌株的木聚糖酶筛选结果显示,11.82%具有木聚糖酶活性,链霉菌和芽孢杆菌在木聚糖酶活性菌株中比例最高.以上结果表明豫北黄河故道湿地蕴含丰富的细菌资源,可为木聚糖酶的研发提供良好的菌种来源.     

广西北部湾局部海域海洋沉积物细菌多样性及生物活性评估

为有效探究海洋新型天然微生物资源,本研究以广西北部湾局部海域海洋沉积物样品为研究对象,采用高通量测序技术和纯培养分离方法分析海洋沉积物样品中细菌群落组成及多样性,利用双层琼脂扩散法检测纯培养菌株的抗菌活性,通过PCR扩增法筛选基因组中含有7种功能基因的阳性菌株。高通量测序结果显示：海洋沉积物中检测到1407个操作分类单元（Operational Taxonomic Units,OTUs）;在门水平上,变形菌门（Proteobacteria）的物种丰度最高,其次是厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）。纯培养分离纯化鉴定出278株菌,分布在3门5纲16目24科31属,其中YIM 150853为1个潜在新分离单元。生物活性评估实验表明,76.34%的纯培养菌株至少对1种指示菌有抑制作用,其中链霉菌YIM 150601、YIM 150634抑菌谱广、抑菌活性强,放线菌的功能基因检出率高于非放线菌。广西北部湾局部海域海洋沉积物中蕴藏着丰富的细菌资源,纯培养菌株具有抗菌及合成生物活性产物的潜力,是开发新型天然产物的新菌源。     

牡蛎鳃部腐败菌的分离鉴定及产胺特性分析

为探究牡蛎在腐败过程中产胺菌的种类及产胺特性，通过划线分离和16S rDNA分子鉴定菌株，并采用高效液相色谱检测生物胺质量浓度，结合高通量测序技术分析鳃部微生物的群落组成，.结果表明牡蛎鳃部分离纯化获得的16株菌，分别属于Shewanella、Oceanisphaera、Aeromonas、Marinomonas、Kocuria和Priestia菌属，其中Shewanella和Marinomonas菌属的菌株产胺能力较强.菌株产胺结果表明腐胺、色胺、β-苯乙胺和酪胺为牡蛎保藏过程中产胺菌株所产的主要生物胺，而亚精胺、精胺和组胺产量较低.研究结果将为牡蛎优势产胺菌的分离鉴定提供理论基础，并为牡蛎保鲜技术的应用提供科学指导.     

会仙湿地底泥可培养微生物

利用平板涂布法分离会仙湿地底泥可培养原核微生物,共获得65个分离株,基于细菌16S rRNA基因序列的相似性和系统聚类分析显示,它们分属4个门,12个属,24个种,包括厚壁菌门的芽孢杆菌属Bacillus、类芽孢杆菌属Paenibacillus、Fictibacillus属、Lysinibacillus属和肠球菌属Enterococcus;放线菌门的链霉菌属Streptomyces和红球菌属Rhodococcus;变形菌门的假单胞菌属Pseudomonas、寡养单胞菌属Stenotrophomonas、泛菌属Pantoea、代尔夫特菌属Delftia以及拟杆菌门的金黄杆菌属Chryseobacterium。分离株中芽孢杆菌属的菌株占53.85%,为优势菌群,其在有机物含量高的条件下会大量繁殖,与湿地富营养化特征相吻合;分离的微生物中含10株4种条件致病性菌,占分离株的15.38%,有机砷耐受菌株30株12种,占46.15%,表明该生态环境已被人为活动严重影响。此外,还分离获得对农药五氯硝基苯(PCNB)耐受性在300 mg/L以上的菌株1株,它们的出现与当地农药与化肥的滥用有着直接关系。     

人类活动对织金洞洞穴水中可培养细菌多样性的影响

采用涂布平板法分离细菌,基于16S rRNA基因序列进行系统发育分析织金洞洞穴水中的细菌结构和组成。结果表明:从织金洞洞穴水中共分离到60株细菌,其中池水中分到31株细菌,滴水中分到29株细菌;16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果表明所分离到的细菌隶属4门13属,其中厚壁菌门(Firmicutes)占50.00%,为优势门,其次为变形菌门(Proteobacteria)占26.67%,放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)各占11.67%;芽孢杆菌属为优势属,在池水中占48.39%,滴水中占51.72%;池水和滴水中细菌物种组成相似性指数为0.54,为中度相似。不同人为扰动程度洞厅的水生细菌多样性不同,其Shannon-Wiener多样性指数为0~2.58。结论:织金洞洞穴水生细菌具有较高的多样性,洞穴的旅游开放使得洞穴水中细菌的结构和组成发生了改变。     

东太平洋结核区细菌调查及鉴定

对东太平洋结核区6个站点沉积物样品进行细菌培养和数量统计,发现各个站点间的细菌总量变化幅度较大,站点E2003-01的细菌量最多;细菌量纵向分布规律基本是从表层到深层逐渐递减.对所获得的菌株进一步用RFLP和16S rDNA 基因序列分析,发现所获得的菌株主要来自变形菌门(Proteobacteria)的α、β、γ亚群和放线菌门(Actinobacteria),厚壁菌门(Firmicutes) 等类群.此外还发现了与已知细菌菌种相似性在97%～95%之间的有12株,它们可能是新种;与已知细菌菌种相似性小于或等于95%的有4株,它们可能是新的属种.     

南海海域几丁质降解菌的筛选及其特性研究

从南海海域水样和沉积物中分离并筛选到两株几丁质降解菌,分别为SCSS04和SCSWE13.16S rDNA序列分析结果表明,菌株SCSS04属于芽孢杆菌属,菌株SCSWE13属于弧菌属.两株菌几丁质酶的产生均需要几丁质的诱导,并在富营养培养基中产酶量较高.菌株SCSS04在培养第9天产酶量达到最高,所产生的几丁质酶最适反应温度为40～50℃.菌株SCSWE13属于低温酶,在培养第7天产酶量达到最高,所产生的几丁质酶最适反应温度为20～28℃.     

八角莲植株地下茎内生真菌的分离

从云南省文山县老君山产的八角莲(Dysosma versipellis)植株的韧皮部(地下茎)中分离得到41株内生真菌,初步鉴定它们分属半知菌亚门的10个属,其中镰刀菌属(Fusarium)和青霉属(Penicil lium)占总数的60%,为优势属,结果表明八角莲内生真菌有着丰富的多样性特点。