细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

鲇细胞色素b基因序列分析

对4个种群的鲇（Silurus asotus）的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）细胞色素b（cytochrome b,Cytb）基因片段的500bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400bp序列．结果表明：鲇种群内碱基的变异较低,雅砻江和涣阳河种群均为0,岷江种群为0．25％,乌江种群为1．25％．雅砻江和澳阳河种群只有1种单倍型,岷江和乌江种群有2种单倍型但单倍型间变异位点很少．雅砻江和涣阳河种群内无变异位点,岷江种群仅有1个变异位点,乌江种群有5个变异位点．结论：细胞色素b基因在鲇种群内是比较保守的,种群间的变异较大．     

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

 测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.     

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.       

青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定，其全序列长度为1140bp，其中T、C、A、G含量分别为355(31．1％)、296(26％)、305(26．8％)、184(16．1％)。GC含量为42．1％；分子量为349693u。     

从细胞色素b基因序列分析羚牛分子系统进化

目的分析羚牛分子系统进化,解决多年来关于羚牛分类地位及其与麝牛关系的争论。方法应用聚合酶链式反应(PCR)分别扩增羚牛、绵羊、山羊细胞色素b基因,并对其全序列(1140bp)进行测定。结合GenBank检索序列,对9种偶蹄类动物(麝牛、绵羊、羚牛等)、1种奇蹄类动物(斑马)的细胞色素b基因序列差异进行分析,并基于序列差异构建分子系统树。结果羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近(序列差异分别为9.085%和11.652%),与其他动物亲缘关系较远(序列差异为12.344%~23.333%),与麝牛的差异达到了13.658%。羚牛与绵羊分歧的时间约在360万年前,而与麝牛的分歧时间约在550万年前。结论将羚牛归入羊亚科较为合理,羚牛和麝牛形态和行为上很强的相似性可能是趋同进化的结果。     

羚牛细胞色素b基因序列分析和系统进化研究

应用聚合酶链式反应（PCR）分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素b基因,并对其全序列（1140bp）进行了测定。其中羚牛细胞色素b基因序列属首次报道。通过对8种偶蹄类动物细胞色素b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的分子系统树,发现羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近,与其他动物亲缘关系较远。表明将羚牛放入羊亚科较为合理,序列差异分析还表明羚羊约在距今500万年前（上新世）从牛类动物中分化出来,牛类分化时间约在600万年前的中新世（Miocene）。     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离(0.042~0.072)小于鲱科内属间遗传距离(0.065~0.106)。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

基于细胞色素b基因的彩鹬系统分类研究

本文测定彩鹬(Rostratula benghalensis)的细胞色素b(Cyt b)基因全序列,从分子生物学的角度探讨彩鹬的系统分类地位.结合从GenBank检索的鸻形目22个物种和鹳形目白鹳的Cyt b全序列,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法,以白鹳为外群,重建鸻形目共23个鸟类物种的Cyt b序列的分子系统树.结果表明,彩鹬类是鹬亚目中独特的一支,其传统分类上的科级地位应当继续保留.     

静电作用对细胞色素b5与细胞色素c之间电子传递的影响

研究了细胞色素b5 E44A,E56A,E44/56A,E44/48/56A/D60A及F35Y突变体蛋白与细胞色素c的结合和电子传递反应.细胞色素b5 E44/48/56A/D60A与细胞色素c结合反应没有显示出特征的紫外-可见差谱峰,这表明静电作用的改变对特征峰的形成产生了明显影响.对野生型细胞色素b5及其突变体蛋白与细胞色素c在不同温度和离子强度下电子传递速率的研究中发现,其电子传递速率的递变规律为:F35Y＞野生型＞E56A＞E44A＞E44/56A＞E44/48/56A/D60A.反应的活化熵和活化焓均无明显变化,表明这些残基突变没有给两蛋白间电子传递的结构造成大的改变.通过对电子传递速率随离子强度的变化趋势的研究表明,静电作用明显影响了电子传递过程.突变体蛋白F35Y以及E44/48/56A/D60A和野生型蛋白反应结果的显著差别,进一步确证了静电作用在电子传递过程中的重要作用.     

蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼细胞色素b(Cyt b)基因序列片段分析

用酚/氯仿提取法提取了蓝鳃太阳鱼、绿色太阳鱼肌肉组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1 119bp Cyt b基因片段,纯化后送上海生工测序。所得序列用Mega3.1软件分析,并结合GenBank中其余9种太阳鲈属鱼类Cyt b基因序列用NJ法构建太阳鲈属鱼类系统发育树。结果表明：（1）蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼序列相似度为82.3%,变异位点198个,平均转换/颠换比为2.1;（2）蓝鳃太阳鱼与L.humilis亲缘关系较近,绿色太阳鱼与L.symmetricus亲缘关系较近,蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼遗传距离为0.206。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)

通过PCR及PCR产物的直接测序技术,测定了蜻蜓目蜻科蜻亚科的灰蜻属、宽腹蜻属和蜻属共7种蜻蜓的线粒体DNA细胞色素b基因的部分核苷酸序列（长度为576bp）,探讨了蜻亚科的分子系统学．在所有序列中A＋T平均含量较高,为70．2％,而氨基酸密码子第3位点的A＋T平均含量最高,为85．4％．多态住点数为180个,占总位点数的31．25％,显示出DNA序列变异丰富．基于邻接法、最大简约法和贝叶斯法的分子系统发生,分析结果支持灰蜻属是较进化的类群,宽腹蜻属次之,蜻属是相对分化较早、较古老的类群,这3个属的关系是蜻属→宽腹蜻属→灰蜻属。     

银额果蝇(Drosophila albomicans)细胞色素b基因的初步研究

通过PCR直接测序和克隆后测序的方法获得了不同银额果蝇单雌系细胞色素b基因的部分序列,并对这些序列进行分析．结果表明银额果蝇单雌系细胞色素b基因存在着一定的地理分化,银额果蝇细胞色素b基因序列不仅在不同地理群体间存在着差异,而且同一地理群体内也存在着差异,有时群体内的差异比群体间的差异还要显著．通过研究再一次说明了银额果蝇的分化已达到亚种和半种水平．     

绒螯蟹线粒体细胞色素b基因的RFLP分析

对中国大陆4个水系的8个地理种群绒螯蟹样本的线粒体细胞色素b基因片段进行了PCR扩增，并应用6种限制性内切酶对该PCR产物进行RFLP分析．在应用的6种内切酶中，HinfⅠ，RsaⅠ和EcoRⅤ酶切该PCR片段后，在某些地区绒螯蟹之间表现出限制性片段长度多态性，为多态性的内切酶，但在本研究中尚未发现种群特异的RFLP标记．应用3种多态性的限制性内切酶对8个地理种群的绒鳌蟹个体样本的线粒体细胞色素b基因片段进行RFLP分析，共检测到5种复合限制性酶切类型，即AAA型、BBB型、ABA型、BAB型、ACA型．依据群体间的净遗传距离绘制的UPGMA分子系统树显示，合浦绒螯蟹形成了独立的一支．     

基于细胞色素b序列的罗非鱼选育群体遗传变异分析

对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体细胞色素b序列进行测定和分析,45个样本经重排比较后获得1 064 bp的同源序列.共检测到161个变异位点,占分析位点数的15.13%.同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势,F_0、F_6、F_7、F_8、F_9代分别为14.38%、13.47%、13.38%、10.24%、9.49%.核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F_0、F_6、F_7、F_8、F_9代分别为0.065 47、0.049 05、0.048 81、0.036 19、0.033 81.本研究结果表明,新吉富罗非鱼仍保持了一定程度的遗传变异水平,新吉富罗非鱼逐步趋于纯化.     

高原鳅属Triplophysa鱼类的分子系统发育和生物地理学研究

高原鳅属Triplophysa鱼类广泛分布于亚洲中部的高原地区,是青藏高原鱼类区系重要的组成部分.它们对高原环境表现出极强的适应性,是已知世界上分布海拔最高的鱼类.采用线粒体DNA细胞色素b基因序列分析了青藏高原及其邻近地区13个水系30个地点22种高原鳅属鱼类的分子系统发育关系.结果表明高原鳅属鱼类不是一个单系群,赫氏鳅亚属Hedinichthys的种类嵌入到其他条鳅亚科鱼类分支中,而依据第二性征划分的高原鳅亚属Triplophysa是一个单系群.在高原鳅亚属中,最先发生分歧的是分布于黄河上游的似鲶高原鳅T.(T.)siluroides,其次是分布于南盘江上游的抚仙高原鳅T.(T.)fuxianensis.将骨质鳔囊和鳔后室的形态特征图解到分子系统发育树中时,并没有呈现出共近离征的改变.高原鳅亚属内种间系统发育关系在一定程度上反映了地理关系的远近,即相同和相邻水系的物种之间通常具有更近的亲缘关系;进而在生物地理过程中反映了青藏高原东部和西北部水系与青藏高原主体及东南部水系在9.5-7.2 Ma出现分离,这一事件可能与晚新生代青藏高原在8 Ma左右发生的地质构造事件及气候重大转型相关.     

中国花钙细胞色素b基因片段的序列研究

参考鳗Li等鱼类线粒体DNA序列进行了中国花鲈线粒体DNA细胞色素b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为410bp,其A、T、G、C含量分别为101bp（24．63％）、112bp(27．32％）、72bp(17．56％）、125bp(30．49％）,与鳗Li等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

高原鳅属Triplophysa鱼类的分子系统发育和生物地理学研究

高原鳅属Triplophysa鱼类广泛分布于亚洲中部的高原地区，是青藏高原鱼类区系重要的组成部分.它们对高原环境表现出极强的适应性,是已知世界上分布海拔最高的鱼类. 采用线粒体DNA细胞色素b基因序列分析了青藏高原及其邻近地区13个水系30个地点22种高原鳅属鱼类的分子系统发育关系.结果表明高原鳅属鱼类不是一个单系群，赫氏鳅亚属Hedinichthys的种类嵌入到其他条鳅亚科鱼类分支中，而依据第二性征划分的高原鳅亚属Triplophysa是一个单系群.在高原鳅亚属中，最先发生分歧的是分布于黄河上游的似鲶高原鳅T.(T.) siluroides, 其次是分布于南盘江上游的抚仙高原鳅T.(T.) fuxianensis. 将骨质鳔囊和鳔后室的形态特征图解到分子系统发育树中时，并没有呈现出共近离征的改变.高原鳅亚属内种间系统发育关系在一定程度上反映了地理关系的远近，即相同和相邻水系的物种之间通常具有更近的亲缘关系；进而在生物地理过程中反映了青藏高原东部和西北部水系与青藏高原主体及东南部水系在9.5—7.2Ma出现分离，这一事件可能与晚新生代青藏高原在8Ma左右发生的地质构造事件及气候重大转型相关.     

鲑科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息分析

为了深入开展鲑科鱼类的线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息的研究,利用生物信息学的方法分析了已获得的40种鲑科鱼类的线粒体全基因组序列.通过软件Clustal X进行对比,然后用软件MEGA5.05分析DNA的序列差异,并用邻接法生成系统进化树.结果发现:1)鲑科鱼类线粒体基因组的结构和基因排列顺序和其他硬骨鱼类的相同,其全长为16 526~16 997 bp.2)从系统进化树可以看出白鲑亚科(Coregonidaeinae)位于祖先的位置,是最早出现分化的一枝,鲑亚科(Salmoninae)和茴鱼亚科(Thymallinae)亲缘关系较近,互为姐妹群.3)在所有编码基因中,序列变异程度最大的是ND2基因(47.6%),最小的是16S rRNA基因(11.0);Kimura双参数遗传距离最大的是ND2基因(0.203),最小的是12S rRNA基因(0.037).     

两种细胞色素b5水溶性结构域的性质结构比较

分别将编码牛肝微粒体细胞色素ｂ５水溶性结构域片段Ａ１ａ７－Ａｒｇ８８和Ｓｅｒ５－Ｓｅｒ９７基因在大肠杆菌ＪＭ８３中高效表达，分离纯化后得到Ｔｂ５和Ｌｂ５２种重组野生型蛋白。用核磁共振、紫外可见光谱、圆二色散光谱、循环伏安等方法研究结果表明，Ｌｂ５肽链２端残基未能使蛋白质的血红素周围环境与Ｔｂ５蛋白质Ｎ末端的Ｓｅｒ５和Ｌｙｓ６２个残基所贡献。