新型抗菌肽基因设计、合成及其在酵母中的表达(Ⅰ)——杂合抗菌肽基因的设计与合成

以化学合成并证实抗菌活性和抗菌谱都高于天然抗菌肽的杂合肽ＣｅｃｒｏｐｉｎＡ１－１１Ｄ１２－３７的氨基酸序列为基础,选用酵母高频使用密码子设计了一种新型抗菌肽基因,基因合成采用二次ＰＣＲ（聚合酶链式扩增）方法．设计和合成的基因全长１４０个碱基对,包括氨基酸编码序列、起始密码子、终止密码子和两端限制性内切酶ＢａｍＨＩ、ＥｃｏＲＩ、ＳａｌＩ识别顺序,合成的基因克隆于ＰＣＲＴＭ２．１载体上．经ＤＮＡ序列分析证实,合成基因碱基序列与设计序列完全一致．     

黑曲霉(Aspergillus niger)三磷酸甘油醛脱氢酶基因(GPD)的序列测定与同源性分析

ｐＡＮＧＰＤ是用构巢曲霉ＧＰＤ基因片段为探针,从黑曲霉基因组文库中筛选到的一个三磷酸甘油醛脱氢酶基因（ＧＰＤ）阳性克隆．作者对该阳性克隆进行了亚克隆和序列测定,结果表明,基因片段总长２４４１个核苷酸（ｎ．ｔ）,其中５’－端非编码区长９８１ｎ．ｔ,编码区（从起始密码子ＡＴＧ到终止密码子ＴＡＧ）长１４４６ｎ．ｔ,３’－端非编码区长２４ｎ．ｔ,基因启动子区含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒序列,但无明显的ＣＡＡＴ盒和ＴＡＴＡ盒序列．ＧＰＤ基因由７个外显子和７个内含子构成,外显子全长１００８ｎ．ｔ,编码的蛋白质长３３６个氨基酸残基．通过序列比较分析,发现该基因与构巢曲霉的ＧＰＤ基因有许多相似之处;它们的基因启动子序列都含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒,其同源性分别为９６％和６５％;推测的两个ＧＰＤ蛋白的氨基酸同源性高达９０％;两个基因所含内含子数目及位置相同．     

研究聚ADP核糖基化作用与细胞恶变关系的双基因真核表达重…

本文将聚ＡＤＰ核糖聚合酶基因１．４ｋｂ部分序列反向插入真核表达载体ｐＭＡＭｎｅｏ和ｐＳＭＧ中，同时１２位密码子突变的活化ｒａｓ癌基因也一同克隆到上述载体中，从而获得具有不同真核基因筛选标记的双基因真核表达重组ｐＭＡＭｎｅｏ－Ｃｌ．４－Ｔ２４，ｐＭＡＭｎｅｏ－Ｃｌ．４－ａｒＴ２４，及ｐＳＭＧ－Ｃｌ．４－Ｔ２４，上述质粒的构建成功为研究聚ＡＤＰ核糖基化作用与细胞恶变的关系提供了一种新的分子模型。     

P48L和D74N突变影响P16基因功能

应用ＰＣＲ技术，对Ｐ１６抑癌基因进行体外定突变。在Ｐ１６ｃＤＮＡ中引入第４８位密码子ＣＣＧ（Ｐｒｏ）→ＣＴＧ（Ｌｅｕ）和第７４位密码子ＧＡＣ（Ａｓｐ）→ＡＡＣ（Ａｓｎ）突变，构建了ｐ１６－Ｐ４８Ｌ和ｐ１６－Ｄ７４Ｎ突变体，并把它们导入纯合缺失Ｐ１６基因的人肺癌细胞株Ｈ４６０。     

A型口蹄病毒VP1免疫活性肽基因串联片段的化学合成及克隆…

Ａ型口蹄疫病毒（ＦＭＤＶ）ＶＰＩ蛋白的１４１－１６０位和２００－２１３位氨基酸序列是决定ＦＭＤＶ免疫原性的抗原决定簇片断，人工合成一个免疫活性肽基因的串连片段（２０ＡＡ－１４ＡＡ－２０ＡＡ），全部选用２大肠杆菌偏爱密码子，在５端带有有ＥｃｏＲ１位点和一个起始密码子ＡＴＧ，在３端带有ＢａｍＨＩ位点和一个终止密码子ＴＧＡ，利用这两个酶切位点把该基因连接到ＰＷＲ５９０质粒上，并筛选高表达的菌株，结果表明     

用聚合酶链式反应扩增抗冻肽基因并在双元表达载体中克隆

抗冻肽基因导入植物的第一步合成了５＇－末端分别带有限制性酶ｘｂａＩ和ＫｐｎＩ识别位点的一对引物，以美洲拟鲽抗冻肽的ｃＤＮＡ克隆为模板，用锚定聚合酰酶链反应扩增了抗冻肽基因，并克隆到细菌表达载体ｐＧＥＭ３２ｆ（一）和植物表达盒式载体ｐＧＡ６４３中，以限制性酶切分析和菌落杂交技术证明了转化子质粒ＤＮＡ中的含有抗冻肽基因，又用ＰＣＲ方法扩增了转化子的抗冻肽基因，从而证实了克隆成功。     

eglinC基因的化学合成与克隆

采用固相亚磷酰胺法合成了ｅｇｌｉｎＣ全基因，该基因全长２２１ｂｐ，包括其结构基因，５’－端起始密码子ＡＴＧ和３－端终止密码子ＴＡＧ，并在基因的５－和３－分别装上ＥｃｏＲＩ和ＢａｍＨＩ位点。共分１２个片段，采取分段合成，酶促连接成完整的ｅｇｌｉｎｇＣ基因。合成的基因克隆于Ｍ１３载体，经杂交，检测，筛选出含ｅｇｌｉｎＣ基因的克隆。用双脱氧链终止法测其序列，结果与设计的一致。     

美洲拟鲽（Pseudopleuronectes americanus）抗冻肽基因在大 …

将美洲拟鲽抗冻肽基因克隆于原核高效表达载体ｐＫＫ２３－３中,经酶切分析、ＰＣＲ检测筛选出重组克隆ｐＭＫ１１,转化大肠杆菌ＪＭ１０９和ＤＨ５α,ＩＰＴＧ诱导２￣３ｈ后,超声波裂解细菌产生,在ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳图谱分子量９ｋＤａ处显示出一条明显的蛋白带,与美液拟鲽抗冻肽大小一致,表明美洲拟鲽抗冻肽基因在大肠杆菌中表达,为进一步天空抗冻肽基因在大肠杆菌中的表达水平及条件打下基础。     

美洲拟鲽(Pseudopleuronectes americanus)抗冻肽基因在大肠杆菌中的表达

将美洲拟鲽抗冻肽基因克隆于原核高效表达载体ｐＫＫ２２３－３中,经酶切分析、ＰＣＲ检测筛选出重组克隆ｐＭＫ１１,转化大肠杆菌ＪＭ１０９和ＤＨ５α,ＩＰＴＧ诱导２～３ｈ后,超声波裂解细菌产物,在ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳图谱分子量９ｋＤａ处显示出一条明显的蛋白带,与美洲拟鲽抗冻肽大小一致,表明美洲拟鲽抗冻肽基因在大肠杆菌中表达,为进一步研究抗冻肽基因在大肠杆菌中的表达水平及条件打下基础．     

大肠杆菌SD序列与基因表达水平的关系

依据基因表达水平的理论预测方法从１３７３个大肠杆菌基因中选出了７３个甚高表达基因和１００个甚低表达基因,研究了这两类基因编码区起始密码子ＡＴＧ前－１到－２１位点（包含ＳＤ序列）的碱基构成与基因表达水平的关系。结果表明,ＳＤ序列中的富嘌呤区（约在－７到－１２位点）Ｇ和Ｔ的概率分布曲线中心到ＡＴＧ的距离（记为ＬＨ）与基因表达水平有明显的关系。甚高表达基因ＬＨ约为１０,甚低表达基因的ＬＨ约为８,另外在－     

冬鲽抗冻多肽的分子生物学

前文“鱼类抗冻多肽的结构与功能”已介绍了对抗冻体的存在、分布、分类以及结构和功能的研究工作,本文将着重冬鲽抗冻多肽(Winter Flounder AFP)的分子生物学方面作介绍。冬鲽鱼AFP作为探讨真核生物的分子生物学模型有下列优点: 1.该多肽分子量小,约3300。只含有9种不同的氨基酸,其中丙氨酸占60％。     

大麦紫黄素脱环氧化酶基因片段的克隆与分析

根据紫黄素脱环氧化酶基因(VDE)基因的保守序列设计引物,用RT-PCR的方法从大麦叶片总体RNA中克隆到VDE基因片段,测序结果显示其长度为 639bp,BLASTx比对显示与已发表的VDE基因有较高的同源性。Northern杂交表明VDE基因的表达水平成熟绿叶片中达到最高。     

Isolation, purification and characterization of secondary structure of antifreeze protein fromAmmopiptanthus mongolicus

Antifreeze protein (AFP) from Ammopiptanthus mongolicus leaves was isolated and purified with DEAE cellulose 52, Sephacryl 300, heat treatment and preparative isotachophoresis. The molecular weight of AFP was 50 ku by SDS-PAGE measurement. The average thermal hysteresis activity (THA) of AFP was 0.35℃ at 5 mg/mL using a differential scanning calorimeter (DSC). This AFP showed heated stability. From circular dichroism (CD) of AFP spectral data from 195—240 nm, a well-defined secondary structure of 11% a-helix, 34% antiparallel b-sheet and 55% random coil for the plant AFP was deduced.     

The genome sequence and structure of rice chromosome 1

The rice species Oryza sativa is considered to be a model plant because of its small genome size, extensive genetic map, relative ease of transformation and synteny with other cereal crops. Here we report the essentially complete sequence of chromosome 1, the longest chromosome in the rice genome. We summarize characteristics of the chromosome structure and the biological insight gained from the sequence. The analysis of 43.3 megabases (Mb) of non-overlapping sequence reveals 6,756 protein coding genes, of which 3,161 show homology to proteins of Arabidopsis thaliana, another model plant. About 30% (2,073) of the genes have been functionally categorized. Rice chromosome 1 is (G + C)-rich, especially in its coding regions, and is characterized by several gene families that are dispersed or arranged in tandem repeats. Comparison with a draft sequence indicates the importance of a high-quality finished sequence.     

ChIFN-γ基因植物表达载体的构建与瞬时表达

 为了使鸡干扰素-γ（ChIFN-γ）基因在油菜中获得高效表达,优化了油菜偏爱的密码子,在ChIFN-γ的5′端添加Kozark序列,3′端增加内质网滞留信号肽SEKDEL.应用同尾酶将人工合成的ChIFN-γ,Napin特异性启动子及信号肽与NOS终止子克隆到质粒pSH中构建成植物表达载体pSH-NGN.经生菜瞬时表达,ELISA检测表明ChIFN-γ蛋白获得有效表达.研究结果为进一步遗传转化油菜奠定了基础,同时也对构建基因的正确表达提供了一种新的快速鉴定方法.     

3个茶树品种WOX基因家族的进化及密码子偏好性比较

【目的】WOX基因家族在模式植物组织培养中扮演着重要的分子调控角色。非模式植物WOX基因家族的系统发育和密码子使用偏好性研究有助于探索遗传进化规律和基因表达特征,进而为其转基因体系构建提供指导。【方法】利用生物信息学方法在3个茶树品种全基因组数据中鉴定WOX基因;通过ClustalX 2.1和MEGA X软件探索它们的进化规律。运用Perl语言、Codon W 1.4.2程序和SPSS 23.0等软件分析3个茶树品种WOX基因编码序列,探究它们的密码子使用偏好模式;基于ENc-GC_3s、PR2分析和中性分析结果解析影响密码子偏好的主要因素。【结果】共鉴定出42个WOX成员,其中‘云抗10号’(CSA)11个,‘舒茶早’(CSS)18个,‘云南野生古茶DASZ’(DASZ)13个,系统发育揭示3个茶树品种WOX基因在进化上存在较强的保守性。密码子偏好性分析揭示,3个茶树品种WOX基因密码子都偏好使用A/T和以A/T结尾;CSA和DASZ的WOX基因密码子使用模式相似,表明两者亲缘关系较近;以CSA和CSS作为转基因受体时,3个茶树品种WOX基因中个别密码子需优化;烟草是3个茶树品种WOX基因的最佳异源表达受体;ENc-GC_3s绘图、PR2分析和中性分析表明自然选择是影响3个茶树品种WOX基因密码子使用偏倚的主要因素。【结论】3个茶树品种WOX基因进化上较保守,密码子偏好使用A/T和以A/T结尾,且密码子偏好原因主要是自然选择;揭示出转茶树时密码子的优化信息和烟草为最佳异源表达受体的结果。     

Fleet Scheduling for Multiple Plants with Limited Storage Capacity

Some manufacturers replace traditional warehouses with shipping areas at the scattered plants for holding the finished products in order to reduce land usage and inventory cost.The limited storage capacity of such shipping area leads to challenges of scheduling vehicles for pickup since the overflow of storage space is prohibited.A heuristic rule is developed for splitting the continuous arrival of inventory at a plant into a sequence of discrete tasks for pickup.In this way,the original problem can be converted into a multiple trip vehicle routing problem with time window(MTVRPTW).Subsequently,a modified tabu search(TS)algorithm is applied for deriving the schedule.Finally,an industry case of an electric apparatus manufacturer is studied to demonstrate and validate the developed optimization approach,and the results imply good performance of the developed tool.