委内瑞拉产地龙须菜藻红蛋白基因的克隆及其系统学研究

本文报道了红藻Gracilaria lemanei formis委内瑞拉株的藻红蛋白基因的部分序列，将序列与其它红藻-Rhodella violacea，Polysiphonia boldii，Griffithsia monolis，Porphyra tenera，phyra yezoensis及青岛产龙须菜的相应序列对齐后，进行了系统学研究。结果显示，同一属的藻白α和β亚基之间的间隔序列，从长度到核苷酸序列均非常相似，而同一科不同属或同一目的科该序列有很大的不同；两不同产地龙须菜的PE基因在β亚基上的转换多于颠换，说明β亚基比α基保守；委内瑞拉来源龙须菜与青岛产地龙须菜可能不属于同一物种，应为同属不同种关系；由蛋白基因所得的系统树包括3个与建立在形态标准上的遗传位置一致的分支；藻红蛋白基因序用于种间及更高地位的分子系统研究。     

豇豆钙调蛋白cDNA的克隆及序列分析

从豇豆成熟叶片中提取总RNA,反转录合成cDNA第一链,根据钙调蛋白结构基因两端保守序列设计引物,PCR扩增豇豆钙调蛋白基因,克隆到T-easy载体上并测定了其全序列.序列分析结果表明,豇豆钙调蛋白基因由450个核苷酸组成,编码150个氨基酸.与已知的多种植物钙调蛋白基因相比有很高的相似性,核苷酸序列相似性在80%以上,编码的氨基酸序列相似性在90%以上.     

广西产眼镜王蛇毒α-神经毒素基因的分子克隆及序列分析

为获得眼镜王蛇（Ophiophagus hannah，简称Oh）蛇毒α－神经毒素（α-NT）的基因序列，依据眼镜蛇科不同毒蛇种类来源的α－NT基因有较高的同源性，设计1对上下游引物，为克服引物带来模糊扩增，在蛋白编码部分再设计1对上下游特异引物，用Nacleospin RNA Kit法从3条活眼镜王蛇毒腺中提取mRNA，以3′端引物合成的cDNA作为模板进行PCR扩增反应，测定产物的核苷酸序列，得到全长474bp的眼镜王蛇cDNA基因核苷酸序列。该核苷酸序列的信号肽与眼镜蛇树属Pseudonnaja textilis(Pt)、海蛇Laticauda semifasciata(Ls)100%同源，与眼镜蛇南洋亚种Naja sputatrix (Ns)、银环蛇（Bungarus multicinctus)(Bm)96.8%同源；蛋白密码部分有83．3％与Ns、79．2％与Pt、76．4％与Ls、74．1％与Bm同源。信号肽后紧接着的72个氨基酸有90．3％与已发现的眼镜王蛇毒长链α-NT Toxin a同源，大约有73．6％与Toxin b、69．7％与Oh-4、66．7％与Oh-5、56．9％与Oh-6A和6B同源，并与α－银环蛇毒素54．2％同源。说明新发现的眼镜王蛇cDNA是一条长链α-NT基因。     

黄角苔叶绿体rbcL基因编码区的序列分析

测定了黄角苔（Ｐｈａｅｏｃｅｒｏｓｌａｅｖｉｓ（Ｌ．）Ｐｒｏｓｋ）叶绿体ｒｂｃＬ基因编码区的１３９８个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列．此基因中密码子的第２和第３位上Ａ／Ｔ所占的比例较高,分别为５３６％和７７５％．黄角苔ｒｂｃＬ基因的编码区与花旗松、菠菜、玉米和雷氏衣藻间在核苷酸序列上的同源性分别为８４０％,８１５％,７９３％和７６３％;在氨基酸序列上的同源性分别为９１．０％,８９．９％,８８．５％和８９．３％．为研究角苔植物的系统发育提供了核苷酸序列方面的资料．     

金鱼蛋白磷酸酶2A—B＂家族Alpha和Gamma调节基因的cDNA克隆及mRNA表达

以金鱼卵巢组织作为材料,运用RTPCR和cDNA末端快速扩增（RACE）技术克隆得到蛋白磷酸酶2A（PP2A）调节亚基B＂家族中γ基因（GSPR）cDNA全序列和α基因（PR130）cDNA部分序列．结果显示γ基因cDNA全长1885bp,编码一个含457个氨基酸的蛋白质．而α基因cDNA长1781bp,编码的多肽共含426个氨基酸,系v亚基的部分蛋白序列．它们与已知其他物种对应的B＂家族蛋白质均有着很高的同源性．结构预测分析发现,α和γ两条多肽均存在PP2A调节亚基B＂家族成员共有的两个EFHAND结构域．用RT—PCR的方法检测了这两个基因在金鱼不同组织和胚胎发育不同时期的mRNA表达水平．结果表明,γ亚基在金鱼多种组织和各个胚胎发育时期中均有较高表达且表达量比较平均,仅在卵巢和精巢组织中最为丰富．与γ亚基表达模式相比,α亚基表达呈现明显的组织和胚胎发育阶段差异性,在卵巢和肌肉组织中最高,在肾脏和鳃中最低,在原肠胚、神经胚、脑泡分化和体色素等胚胎发育时期的表达较弱,而在其他时期中的表达较强．据此,推测α、γ两调节亚基可能在金鱼不同组织和胚胎发育过程中起着特定的作用．此外,进一步的分析发现,α基因除参与PP2A全酶功能外还可能具有独立的功能．     

黑曲霉(Aspergillus niger)三磷酸甘油醛脱氢酶基因(GPD)的序列测定与同源性分析

ｐＡＮＧＰＤ是用构巢曲霉ＧＰＤ基因片段为探针,从黑曲霉基因组文库中筛选到的一个三磷酸甘油醛脱氢酶基因（ＧＰＤ）阳性克隆．作者对该阳性克隆进行了亚克隆和序列测定,结果表明,基因片段总长２４４１个核苷酸（ｎ．ｔ）,其中５’－端非编码区长９８１ｎ．ｔ,编码区（从起始密码子ＡＴＧ到终止密码子ＴＡＧ）长１４４６ｎ．ｔ,３’－端非编码区长２４ｎ．ｔ,基因启动子区含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒序列,但无明显的ＣＡＡＴ盒和ＴＡＴＡ盒序列．ＧＰＤ基因由７个外显子和７个内含子构成,外显子全长１００８ｎ．ｔ,编码的蛋白质长３３６个氨基酸残基．通过序列比较分析,发现该基因与构巢曲霉的ＧＰＤ基因有许多相似之处;它们的基因启动子序列都含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒,其同源性分别为９６％和６５％;推测的两个ＧＰＤ蛋白的氨基酸同源性高达９０％;两个基因所含内含子数目及位置相同．     

人骨髓单核细胞表面分化抗原CD14基因的扩增、克隆和鉴定

根据人骨髓单核细胞表面分化抗原ＣＤ１４（ｈＣＤ１４）基因的核苷酸序列，设计ｈＣＤ１４基因５＇端和３＇端的两个引物．以人血中提取的基因组总ＤＮＡ为模板，利用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）技术特异性扩增该基因１２４５加的编码序列．扩增产物经Ｘｂａｌ、ＫｐｎⅠ双酶切后，克隆到ｐＵＣ１８质粒ＸｂａＩ－ＫｐｎＩ位点间，随后转化大肠杆菌ＪＭ１０９．用ＰＣＲ方法筛选出重组菌落．经酶切和序列分析方法检测后，证明获得了含ｈＣＤ１４基因的重组克隆ｐＨＣＤ１４．巳测出的插入片段５＇端部分中包含着人ＣＤ１４基因４８８ｂｐ的序列，与巳报道的相应ＤＮＡ序列相比具有９９％的同源性．     

牛ANGPTL1基因的电子克隆与序列分析

以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576bp,该基因的编码序列长为1476bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135bp的5’非编码区和785bp的3’非编码区。DNA序列的G＋C百分含量为44．31％,A＋T百分含量为55．69％。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91％、90％、82％和93％。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95％、95％、92％和95％。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。     

苜蓿花叶病毒复制酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建

以侵染苜蓿的苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV—Ch)RNA2为模板，利用人工合成的特异性引物，进行反转录及PCR扩增，分两段分别扩增了复制酶基因的5′端1．32kb和3′端及其非编码区的1．23kb cDNA序列．用限制性内切酶切割PCR产物后，与pUCl9重组，转化大肠杆菌DH5α，筛选重组质粒，用限制性内切酶分析及PCR鉴定，得到分别含有5′端序列和3′端序列的重组质粒。已由上述两种重组质粒构建了含有完整复制酶基因的重组质粒．进行了全序列测定，并与国外报道的A1MV-425株系的相应序列相比较，其复制酶基因编码区核苷酸序列同源性达97．8％，推测的氨基酸序列的同源性达97．6％，3′端非编码区核苷酸序列同源性为98．2％．并将全长复制酶基因与植物表达载体pROKⅡ重组，得植物转化载体pAlMV—FL．     

甜菊钙调蛋白基因的克隆及结构分析

钙调蛋白（Calmodulin）是生物细胞内一种重要的调控蛋白，通过其与靶酶的相互作用控制细胞正常的生长发育及细胞对外界环境变化的反应，我们从甜菊顶芽和花芽中提取总RNA，逆转录合成cDNA第一链，以此为模板，参考GenBank上已发表植物的钙调蛋白基因序列合成5′端和3′端引物，利用多聚酶链式反应（PCR）扩增并克隆得到了甜菊钙调蛋白基因的两个异型基因，序列分析表明，它们均由450个核苷酸组成，编码148个氨基酸，在核苷酸序列上与迄今已知的多种植物钙调蛋白均有很高的同源性，同源率在83％以上，编码的氨基酸序列同源性更同，同源率高达95％以上，这两个基因之间存在差异，其核苷酸序列同源率为85％，编码区的氨基酸序列的同源率为99％，仅在第122个氨基酸由ALA代替了VAL。     

新城疫病毒HB92株NP基因序列测定和分析

对NDV HB92株NP基因进行了序列测定和分析．结果显示，NDV HB92株NP基因全长1744个核苷酸，开放阅读框共1470个核苷酸，编码489个氨基酸；与其他10株NDV NP基因核苷酸同源性为88．3％～99．1％，氨基酸同源性为91．0％～98．9％；但HB92株与其亲本株QV4的核苷酸和氨基酸同源性只有90．3％和95．0％，不如与弱毒和中毒株的高；系统进化分析表明，HB92株与弱毒和中毒株的进化关系更近．以上结果表明，HB92株NP基因在序列上已远离无毒株而趋于向弱毒和中毒株进化．     

RLM-RACE法快速克隆盐角草胆碱单加氧酶cDNA 5′末端全序列

采用RLM-RACE法,根据已获得的盐角草胆碱单加氧酶基因的部分序列,设计2条特异性嵌套PCR引物,成功地克隆了该基因cDNA 5′末端全序列,测序结果显示该片段包括5′UTR 154个核苷酸和编码区606个核苷酸,编码N端202个氨基酸,Blast P结果表明,该片段编码的蛋白序列与辽宁碱篷及其他藜科植物的胆碱单加氧酶同源性达到85％以上,同时找出了其转录起始位点,即为该序列的第1个碱基g．     

大熊猫IL-2基因的克隆与序列分析

本实验应用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）技术，从ConA诱导培养的大熊猫外周血淋巴细胞总RNA中扩增得到大熊猫IL-2基因，并将其克隆到PGEM-T载体中．经菌落PER鉴定、序列测定及序列分析，结果表明，经克隆得到的IL-2基因开放阅读框由465个核苷酸组成，编码一个由155个氮基酸组成的多肽，包括编码20个氨基酸的信号肽和135个氨基酸的成熟肽，该基因（已在Genbank中登录，序列号为：DQ852339）与已知的其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、兔、鼠等的IL-2核苷酸同源性在66.5％（鼠）～91．5％（犬）之间；IL-2编码氨基酸同源性在54．8％（鼠）-85．2％（犬）之间；进化树构建结果表明大熊猫与犬亲缘关系最近．     

金鱼蛋白磷酸酶2A-B"家族Alpha和Gamma调节基因的cDNA克隆及mRNA表达

以金鱼卵巢组织作为材料,运用RT-PCR和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆得到蛋白磷酸酶2A(PP2A)调节亚基B"家族中γ基因(G5PR)cDNA全序列和α基因(PR130)cDNA部分序列.结果显示γ基因cDNA全长1885 bp,编码一个含457个氨基酸的蛋白质.而α基因cDNA长1781 bp,编码的多肽共含426个氨基酸,系α亚基的部分蛋白序列.它们与已知其他物种对应的B"家族蛋白质均有着很高的同源性.结构预测分析发现,α和γ两条多肽均存在PP2A调节亚基B"家族成员共有的两个EF-HAND结构域.用RT-PCR的方法检测了这两个基因在金鱼不同组织和胚胎发育不同时期的mRNA表达水平.结果表明,γ亚基在金鱼多种组织和各个胚胎发育时期中均有较高表达且表达量比较平均,仅在卵巢和精巢组织中最为丰富.与γ亚基表达模式相比,α亚基表达呈现明显的组织和胚胎发育阶段差异性,在卵巢和肌肉组织中最高,在肾脏和鳃中最低,在原肠胚、神经胚、脑泡分化和体色素等胚胎发育时期的表达较弱,而在其他时期中的表达较强.据此,推测α、γ两调节亚基可能在金鱼不同组织和胚胎发育过程中起着特定的作用.此外,进一步的分析发现,α基因除参与PP2A全酶功能外还可能具有独立的功能.     

黑线仓鼠MHCⅡ类DQA基因外显子2的克隆与序列分析

为了探明黑线仓鼠MHC的结构与功能并寻找分子标记,对MHCⅡ类DQA基因的外显子2进行克隆和序列分析．提取黑线仓鼠3个群体（吴村、沂南和临朐）的基因组DNA构建基因池,利用PCR技术扩增得到249bp的片段,将该目的片段连接到pMD18-T载体中,重组质粒转入大肠杆菌DH5α后利用蓝白斑法筛选阳性克隆,测序后得到该目的片段的核苷酸序列（Genbank登录号：FJ209306）并推导出氨基酸序列．结果表明：黑线仓鼠、人类、大鼠、小鼠、猪、马、牛、兔之间DQA基因外显子2的核苷酸序列同源性为68．7％-85％,氨基酸序列同源性为56．8％-83．5％,黑线仓鼠与大鼠、小鼠亲缘关系更近．测序得到的OQA基因外显子2的序列在物种间具有丰富的多态性,可以作为物种遗传分析的分子标记．     

耐热碱性磷酸酯酶基因的DNA序列分析

从栖热菌中克隆到产耐热碱性磷酸酯酶（FD－TAP）基因并进行了DNA序列分析,结果表明此2．0kb的片段含有一个1056bp的开放阅读框,编码501个氨基酸的蛋白质,其N端有一26个氨基酸的信号肽．在起始密码子的上游5bp处有一个5＇－GGAGGT－3＇的SD序列．基因编码区的（G＋C）％为68．7％,第3位密码子（G＋C）％为92．7％．FD－TAP的氨基酸序列与大肠杆菌等生物的碱性磷酸酯酶氨基酸序列比较,相同性为27％,相似性为38％．中央β－折叠区及与活性中心相关的氨基酸残基高度保守．表明FD－TAP具有与大肠杆菌碱性磷酸酯酶相似的结构和作用机制．在相当于大肠杆菌碱性磷酸酯酶的His370至His412两个金属离子结合部位之间,FD－TAP有一72个氨基酸的插入片段,提示该插入片段与FD－TAP的高耐热性相关．     

大熊猫核糖体蛋白L30亚基基因(RPL30)的cDNA克隆及序列分析

RPL30是核糖体大亚基60S的组成部分,由RPL30基因所编码,主要存在于真核生物中.根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白L30亚基基因(RPL30)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,以大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)的肌肉组织为材料,成功地克隆了核糖体蛋白L30亚基RPL30基因,并对其进行了测序及初步分析.结果表明:大熊猫L30亚基基因的表达序列长为388bp,开放阅读框(ORF)为348 bp,编码115个氨基酸的蛋白质,并含有6个功能位点.进一步分析发现,该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的人、牛、褐家鼠、小家鼠有很高的相似性,其表达序列同源性分别为93.97%,96.26%,89.66%和89.94%,其编码的氨基酸序列同源性分别为99.13%,98.26%,99.13%,99.13%,且其蛋白质的高级结构相似性也很高.     

新疆猪瘟病毒分子流行病的研究

采用RT-PCR方法从新疆临床发病猪场采集的病料中扩增了CSFV流行株E2基因的主要抗原位点编码区，测定了15株CSFV的核苷酸序列。应用DNAstar计算机软件对6个地区6个代表株CSFV的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了比较分析，结果表明：新疆6株CSFV流行株与猪瘟兔化弱毒株(C株)核苷酸序列的同源性为80．9％～82．8％，氨基酸的同源性为86．2％～88．3％，说明新疆CSFV流行株E2基因发生了部分变异，与疫苗株相比抗原性产生一定的差异。     

藏鸡THRSP基因的克隆及生物信息学分析

对藏鸡THRSP基因进行克隆、序列测定及生物信息学分析.结果表明:获得的藏鸡THRSP基因核苷酸序列为428 bp(GenBank登陆号:KT153607),在50-258 bp处存在1个CpG岛,ORF长度为390 bp,编码129个氨基酸,其中Leu所占比例为10.9％.THRSP蛋白分子量为14.18 ku,等电点(pI)为4.61,属于不稳定酸性核蛋白,存在8个磷酸化位点和5个O糖基化位点.预测其二级结构中α螺旋占51.2％,β折叠占3.1％,无规则卷曲占45.7％.同源性分析结果表明:藏鸡与原鸡THRSP基因核苷酸及预测的氨基酸序列同源性为100％,两者亲缘关系最近.     

亚洲黑熊活化素βA亚基基因克隆及分子进化分析

借鉴互联网中已克隆的活化素βA亚基基因的序列.设计并合成一对兼并引物,首次扩增和克隆到亚洲黑熊βA亚基基因的357 bp片段,以水作为阴性对照排除污染,多次重复实验获得一致稳定结果.序列分析显示此片段在处于不同进化程度的物种之间,仍然具有高度的保守性,亚洲黑熊βA亚基基因与人相比有29个核苷酸差异,一致性高达91.6%;与亲缘关系较近的大熊猫、小熊猫和马来熊相比,分别有4、20、3个核苷酸差异,一致性分别为98.9%、94.4%、99.2%.系统发育分析和酶切图谱分析显示亚洲黑熊、大熊猫和马来熊具有较近的亲缘关系,而它们与小熊猫的亲缘关系较远.