水稻黑条矮缩病毒基因组第九组分cDNA的克隆及序列分析

从我国发病的玉米材料中提取水稻黑条矮缩病毒,抽提病毒RNA,利用RT-PCR等手段,获得了病毒基因组第九组分（S9）cDNA克隆。序列分析结果表明：S9全长1900bp,含有2个不重叠的ORF,编码蛋白的分子质量分别为39.9,24.2ku,与日本株S9核苷酸序列同源性为89%,与意大利株MRDV S8同源性为86%。     

RNAi技术的研究进展及其应用

RNA干扰（RNAi）是指双链RNA引起的mRNA水平互补序列基因表达的关闭,即序列特异性转录后基因沉默,是生物体进化过程中抵御外未基因和病毒感染的进化保守机制。本文对RNA干涉现象的发现,作用机制及各方面应用作了简单的论述。     

以核苷酸短程关联为基础的进化树重建

据DNA序列中核苷酸短程关闻为主及其进化依赖性，本提出了一个以少核苷酸频数为基础的进化距离的定义，据此用35个物种的16S（18S）RNA序列构建进化树，得到了和生物学公认的进化树一致的结果。最佳的树为用7－8核苷频数作为距离定义构建而成，这意味着存在着一些7－8核苷酸组成的字串，它们与进化强相关。论的最后部分把这些进化相关字串全部找出。     

RNA干扰及其应用

RNA干扰（RNA interference，RNAi）是真核生物中普遍存在的一种自然现象，是由双链RNA（double—stranded RNA，dsRNA）启动的序列特异的转录后基因沉默过程．在这一过程中，双链RNA被核酸内切酶切割成小干扰RNA（small interfering RNA，siRNA），小干扰RNA与相关的蛋白质结合成RNA诱导沉默复合体（siRNA—induced silencing complex，RISC），RISC识别并降解靶mRNA．现在认为RNA干扰是真核生物共有的抗病毒、抗转座子、抗转基因和抗异常RNA的基因组免疫系统．随着RNA干扰的研究，产生了一种新的技术-RNA干扰技术，并得到了广泛的应用．     

石河子一串红花叶病病原的分子鉴定

为了防治石河子一串红花叶病,采用提取dsRNA/RNA、RT-PCR、克隆和序列分析对病原进行了检测鉴定。结果表明:从表现花叶的S4分离物中提取dsRNA,得到大小约4700和6300 bp的片段,以此dsRNA为模板,用蚕豆病毒属(Fabavirus)的兼并引物进行RT-PCR,扩增得到1条约390 bp片段特异性条带,序列测定该片段大小为391nt,blast比对分析与蚕豆萎蔫病毒2号(BBWV2)的同源性最高,表明S4分离物为BBWV2。RNA1基因组全序列测定及分析结果表明,基因组大小为5957nt(不含poly A),仅编码1个开放阅读框(ORF),与已报道BBWV2的RNA1序列同源性为78.4%-100.0%。     

水稻黑条矮缩病毒基因组组合10编码的外壳蛋白基因的克隆及表达

从我国山东发病的玉米材料中提取水稻黑条矮缩病毒，抽提病毒RNA，经RT－PCR，克隆了编码外层外壳蛋白的基因组组分10（S10）的cDNA，并进行了序列测定。与已报道的日本株和湖北等地的S10进行了序列同源性比较。结果表明，与日本株的同源性为92％，与湖北等地的同源性在97％－98％之间。将该序列构建到pGEX-3X表达载体中，经IPTG诱导，表达了分子质量约为76ku的GST融合蛋白。经亲和层析纯化和Western印迹分析，证实了该基因以可溶性的GST融合蛋白形式在原核中表达。     

蕴含K6-C4可图序列

如果S有一个实现包含K6-C4作为子图，则称序列S为蕴含K6-C4可图．设σ（K6-C4，n）表示使得每个满足σ（S）≥σ（K6-C4，n）的n项可图序列S是蕴含K6-C4的最小度和．本文证明了σ（K6-C4，n）=6n-10对n≥6成立．     

侵染加工番茄的BBWV2的分子鉴定及田间检测

利用蚕豆病毒属的兼并引物对23个加工番茄病株进行RT—PCR检测,其中19株检测出被该属病毒侵染。从中选取4个病株的RTPCR产物进行克隆和测序,将所得序列经过基因库检索发现,4个序列均与蚕豆萎蔫病毒2（BBWV2）基因组RNA1的序列同源性最高。然后对病毒分离物XJ14-1基因组进行进一步的克隆和测序,获得RNA1组分3659个核苷酸,RNA2组分1300个核苷酸,序列比对结果显示,它们与BBWV2的RNAl和RNA2具有高的序列同源性,分别为76．6％～94％和76．9％～94．1％,而与BBWVl的RNA1和RNA2的序列相似性都很低。因此分子鉴定结果表明,新疆加工番茄受到BBWV2的侵染。利用BBWV2的单克隆抗体对田间不同品种（品系）加工番茄病株进行ELISA检测,结果显示田间病株带毒率达到53．3％,并且供试20品种（品系）均可被BBWV2侵染,该数据表明,BBWV2在田间发生普遍。     

RNA干涉抑制存活素表达并诱导HeLa S3细胞凋亡的研究

选择3个靶向存活素（S1，S2，S3）Survivin基因的siRNA序列，构建相应的RNA干涉载体pTet-U6-S1，pTet-U6-S2，pTet-U6-S3，将它们分别转染HeLa S3细胞，采用RT-PCR和Western印迹检测分析转染对HeLa S3细胞内源Survivin表达的影响，结果表明，针对Survivin 3’端非编码区序列的干涉载体pTet-U6-S3转染细胞后，Survivin的mRNA水平和蛋白水平均明显下调，抑制水平高于S1序列.与对照相比，S1，S2和S3片段对Survivin mRNA的抑制率分别是20%，12.5%和40%，对Survivin蛋白的抑制率分别是39.2%，17.0%和58.6%. 流式细胞术检测结果表明，抑制Survivin表达后，HeLa S3细胞凋亡比例显著提高.     

大熊猫核糖体蛋白S12亚基基因(rpS12)的cDNA克隆及序列分析

根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S12亚基基因(rpS12)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA中成功克隆了核糖体蛋白S12亚基基因的表达序列,对其进行了克隆、测序及分析.结果表明:大熊猫核糖体蛋白S12亚基基因的表达序列全长为422bp,开放阅读框(ORF)为399bp,编码132个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为1.45×104,PI为6.81,含有1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,3个N-豆蔻酰化位点和一个核糖体蛋白S12 signature位点.该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物有很高的相似性.     

应用RT-PCR技术检测葡萄扇叶病毒的研究

以扇叶病株为材料，根据病毒外壳蛋白核苷酸序列，设计特异引物P1（1064－1083），P2（762－781），建立了以RNA为模板的GFLV的RT－PCR检测体系。     

泽泻rDNA ITS区序列特征及其居群鉴别研究

运用PCR产物直接测序法对川泽泻、建泽泻和江泽泻的rDNA ITS区（包括ITS1,5.8S,ITS2）碱基序列进行了序列测定和分析.泽泻rDNA ITS区的碱基序列总长度确定为640 bp,江泽泻和建泽泻的ITS区碱基序列完全一致,川泽泻与建泽泻（江泽泻）在rDNA ITS区碱基序列有2个稳定的变异位点,分别位于ITS1和ITS2区段.我国的泽泻与意大利泽泻在5.8S保守区（第289位）有一个碱基差异.依据泽泻rDNA ITS区的序列特征可以进一步鉴别川泽泻和建泽泻,为泽泻居群的鉴别提供可靠的分子标记.     

大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）RPS24基因cDNA克隆及序列分析

本研究运用RT—PCR技术,首次从大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）的肌肉组织总RNA中成功克隆了RPS 24（Ribosomal Protein S24）基因的表达序列,并对其进行了测序及初步分析．结果表明：大熊猫RPS24基因的表达序列全长为431bp,开放阅读框（ORF）为399bp,编码132个氨基酸的蛋白质,该蛋白的分子量为15．3251kD,pI为10．92,含有7种类型共14个功能位点：即1个N-糖基化位点、2个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、6个蛋白激酶C磷酸化位点、1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、3个N-酰基化位点、1个酰胺化位点及1个RPS 24e signature．进一步分析发现,大熊猫RP524基因与已报道的人、牛、苏门答腊猩猩、褐家鼠和小家鼠5个哺乳动物物种的表达序列及其编码的氨基酸序列具有很高的相似性：编码序列同源性分别为94．1％、92．4％、94．7％、89．9％和90．4％;与人RPS24蛋白的氨基酸序列同源性为98．48％,其余均为99．24％．     

人乳铁蛋白(hLF)cDNA的克隆及序列分析

从正常人外周血中分离中性粒白细胞（WBC）,提取总RNA,用RT—PCR的方法扩增人乳铁蛋白（hLF）cDNA．cDNA分hLF1．5、hLF0．8两段扩增并连入pMD18-T载体上,再利用限制酶连入巴氏毕赤酵母表达载体pPICZα—A中,构成完整的hLF基因．序列测定表明,所克隆的hLF基因序列全长为2,136bp,与Gene Bank中登录的序列相比,同源性达99％以上．     

巴彦淖尔地区汉坦病毒的分子流行病学调查

目的：对巴彦淖尔地区进行汉坦病毒的分子流行病学调查．方法：采用间接免疫荧光法（IFA）对在野外捕获的鼠肺样品进行初筛,用逆转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）扩增IFA阳性标本中汉坦病毒的S基因片段,以S基因片段（620—999nt）的核苷酸序列构建系统发生树并进行分子进化分析．结果：捕获的200只中有褐家鼠141只（70．5％）,黑线仓鼠40只（20．0％）,小家鼠19只（9．5％）;IFA检出6份阳性标本,均来自褐家鼠,其S基因均为S1亚型．结论：巴彦淖尔地区褐家鼠携带S1亚型汉坦病毒．     

基于表达序列标签的萝卜ACA36基因簇鉴定

利用国际公用的表达序列标签（EST）数据库资源,运用生物信息学分析方法,在萝卜（Raphanus sativus）一条表达序列标签中发现一个新的snoRNA基因簇。此基因簇含有一个box H/ACA snoRNA基因和两个box C/D snoRNA基因,分别命名为RsACA36、RssnoR66和RsSNORD88。ACA36可形成典型的box H/ACA snoRNA双茎环二级结构;snoR66和SNORD88都具有典型的C盒与D盒保守元件,末端存在反向互补序列;三个snoRNA都含有能和核糖体RNA互补配对的反向互补序列。RsACA36和RsSNORD88均为在植物中首次发现。基于EST数据库、运用生物信息学方法鉴定snoRNA基因既保留了计算机RNA组学快捷、高效的优点,又使结果因为有了实验支撑而更直接、可信。     

DNA聚合与RNA转录联用分子机器的改进

建立了一个集成DNA聚合和RNA转录过程,能够重复产生RNA适体片段,并结合孔雀石绿产生荧光信号的分子机器,并探索了此分子机器在检测DNA方面的应用.转录产生的大量孔雀石绿适体序列被释放到溶液中,并可以与孔雀石绿结合产生荧光,实现信号的放大.85μL体系中的聚合转录的最适条件为：DNA聚合酶10 IU（0.118 IU·μL-1）,RNA聚合酶60 IU（0.706 IU·μL-1）,反应时间为3h.在上述条件下,荧光信号随着引发DNA用量的增加而增大.     

侵染半夏的黄瓜花叶病毒RNA3全序列分析及侵染性克隆构建

对从我国甘肃省天南星科植物半夏上获得的黄瓜花叶病毒分离物（CMV-PGs）的RNA3进行全长克隆和序列分析及侵染性克隆构建．结果表明：CMV—PGsRNA3序列全长2179nt,与CMV—Fny株系RNA3的同源性为83．1％．选取已报道CMV株系的38个RNA3全长序列,根据CP核苷酸序列进行同源性比较,系统进化树分析表明：CMV-PGs属于亚组ⅠB,但是相对独立．进一步构建CMV—PGsRNA3的侵染性克隆,通过体外转录获得具有侵染活性的RNA转录本,将CMV—PGsRNA3的侵染性转录本与CMV—FnyRNA1和RNA2的侵染性转录本混合接种烟草,成功获得假重组体F1F2P3．     

扩展青霉碱性脂肪酶cDNA的克隆和表达

采用TRIzol试剂一步法所抽提的总RNA的D（260）／D（280）值为1.82,甲醛变性电泳呈现真核微生物所特有的28S rRNA和18S rRNA条带。根据扩展青霉所产碱性脂肪酶（Lip PE)N末端20个氨基酸残基序列和真核生物mRNA3‘端具有poly(A)等所提供的生物信息,采用RT－PCR技术和3‘－RACE法扩增了Lip PE成熟肽编码区和3‘非编码区的cDNA,直接将该PCR产物克隆至pUCm-T载体中。序列分析表明,该碱性脂肪酶含有258个氨基酸,其中保守的五肽序列为Gly-His-Ser-Leu-Gly。进一步采用Clot Tech公司的SMART^TM PCR cDNA文库构建试剂盒,扩增、克隆和测定了自转录起始点至编码区的cDNA片段,从而完成了Lip EP完整cDNA的分析测定。最后将编码完整脂肪酶蛋白的cDNA克隆至pGEX-5X-3表达载体中,在大肠杆菌BL21中进行IPTG诱导表达,SDS－PAGE检测结果表明,所表达的GST－Lip EP融合蛋白分子质量约为53ku;免疫印迹（Western Blotting)技术证明了所克隆的cDNA确为编码扩展青霉WMC20718脂肪酶的基因。     

美洲鲎miRNA的生物信息学挖掘与分析

利用miRBase数据库中已有动物的小RNA（miRNA）,通过生物信息学方法对美洲鲎(Limulus polyphemus)表达序列标签（Expressed Sequences Tag,EST）和cDNA进行序列比对,挖掘美洲鲎miRNA,得到了 72个miRNA前体(pre-miRNA)、49个可编码成熟miRNA,隶属于40个miRNA家族。miRNA家族归类结果表明,无论在低等脊椎动物还是高等动物中,miRNA家族的存在都是相当保守的。以miR-10基因前体为例,分析其序列与其他物种同源序列的差异,显示miRNA序列的高度保守性。miR-10前体序列分析系统进化发现,物种聚类与传统分类亲缘关系一致。