贵州地区蜘蛛抱蛋属植物ITS1区序列分析及其亲缘关系研究

从贵州不同地区采集的5株蜘蛛抱蛋属植物,采用直接测序对其核糖体DNA内间隔区(ITS)序列进行测定,用于分析蜘蛛抱蛋属植物间的亲缘关系。测序结果提示该植物的ITS1区域的GC%在62.7%～68.85%之间,有121个变化位点,提示可用于对形状相似的蜘蛛抱蛋属植物进行分子生物学分类和用于系统发育分析。     

8种蜘蛛抱蛋属植物ITS区序列及其系统学意义

采用克隆测序的方法，测定8种蜘蛛抱蛋属植物的核糖体DNA的内转录间隔区(ITS)序列，加上1种从GenBank查得的ITS序列，经对位排列后有218个位点是变化的，其中91个位点对于简约分析是有效的信息位点．序列GC的含量相对较高，GC的含量在66．1％～75．4％之间，使得蜘蛛抱蛋属植物的ITS区序列的测定存在一定困难．对于蜘蛛抱蛋属的分子系统学研究，ITS区是一段很有价值的DNA片段。     

应用ITS序列及SSR标记分析核桃与铁核桃亲缘关系

核桃与铁核桃是我国核桃属两个主要栽培种,而后者又是我国特有种,关于两个种在植物分类学上的归属问题一直存在争议。该研究分别以核桃与铁核桃的5个居群为试材,采用ITS序列多态性分析及SSR分子标记技术,从分子水平上讨论了两个种的亲缘关系。结果显示两个种的ITS序列仅出现了一个碱基差异,序列高度相似。SSR标记共扩出了65个等位基因,其中三家村居群与其宗居群的遗传距离最近,为0.119,遗传距离最远的为MN居群与HS居群,为0.522。种间居群遗传距离与种内遗传距离相近,种间差异不明显。这一结果说明两个种应为不同的地理生态型。     

ITS序列在天门冬属物种DNA条形码构建中的应用研究

在对天门冬属4个种ITS(internal transcribed spacer)序列克隆测序的基础上,并对4个种进行序列比较分析.结果表明:(1)4个物种的亲缘关系很近,它们间的ITS序列的变异小,GC含量高,在60％左右.(2)4个物种在系统树上聚为一类,文竹与其他3种天门冬的亲缘关系相对较远,处于系统树的一支,其...     

蚶科三种贝类ITS2核苷酸序列分析

对蚶科三种贝类ITS2进行PCR扩增、测序及分析,用Mega3.1软件进行了系统发育初步分析.结果显示:毛蚶、泥蚶和魁蚶的ITS2大小分别为284～288bp、380bp、413～417bp,三种蚶的445个序列比对位点中,共有172个保守位点,245个变异位点,166个简约信息位点,78个单突变位点.系统发育分析结果显示,毛蚶和泥蚶先聚为一支,而后与魁蚶聚在一起.ITS2分析结果显示毛蚶和泥蚶种间的遗传关系较近.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

唐松草及近缘植物ITS序列和5S rRNA基因间隔区序列的分析

通过对毛茛科的唐松草(Thalicrum L.)及其近缘植物黄连、毛莨和芍药科的牡丹等植物的ITS序列和5SrRNA基因间隔区的克隆、扩增及构建系统发育树的分析研究,结果显示,唐松草扩增后ITS序列长607 bp,5SrRNA基因基因间隔区序列长323 bp;系统树证明唐松草属与黄连属和毛茛属的亲缘关系较近,结合形态学与化学等其它学科证据,本研究结论支持唐松草和黄连在进化上更接近,为含木兰花碱生物碱及毛茛甙植物的鉴别以及毛茛科相关植物的亲缘关系初步提供了分子依据.     

樱属植物核型参数及种间亲缘关系分析

统计了18份樱属植物的核型数据,借助DPS软件用最大距离法进行聚类分析,探讨了属内系统结构和种间亲缘关系。结果表明:樱属染色体基数x=8,染色体数目有2n=16、2n=24以及2n=32;染色体类型有4种,正中部着丝点染色体(M),中部着丝点染色体(m),近中部着丝点染色体(sm),近端部着丝点染色体(st);随体常见,核型类型有2A、2B、1B 3种;野生类群多为二倍体,栽培品种多倍化现象显著;大叶早樱(Cerasus subhirtella)、‘十月樱’(C.subhirtella‘Autumnalis’)、东京樱花(C.yedoensis)、山樱花(C.serrulata)聚为一类,支持黑果组(C.sect.Sargentella)成立;二倍体酸樱桃(C.vulgaris)、甜樱桃(C.avium)聚为一类,支持芽鳞组(C.sect.Cerasus)成立;虽然红山樱(C.jamasakura)与山樱花表型相似,但聚类结果显示二者遗传距离较远,前者与钟花樱(C.campanulata)遗传距离较近;本属栽培种类多倍化程度高于野生种类且有多个倍性,与其二倍体祖先表现出较远的遗传距离;聚类分析难以解释栽培种的起源。与传统的经典分类结果不同,矮生樱亚属(C.subg.Microcerasus)与典型樱亚属(C.subg.Cerasus)在聚类图上没有明显地分开。     

金缕梅族ITS序列分析及其系统学意义

对金缕梅亚科１５属植物的细胞核核糖体ＤＮＡＩＴＳ区（含５．８Ｓ编码区）序列进行分析,并构建分子系统树,初步探讨金缕梅族的系统发育,结果表明：金缕梅族呈复系演化特征,Ｊｕ桠亚族Ｊｕ木属和四药门花属是关系密切姐妹群,与蜡瓣花系统关系较近,三者共同构成金缕梅亚科最基部的分支;马岛金缕梅亚族的Ｎｏａｈｄｅｎｄｒｏｎ和毛枝花属是秀柱花族的姐妹群;金缕梅亚族金缕梅属与弗特族亲缘关系较密切,有可能可以合并成一个     

利用ISSR分析6种绞股蓝属植物的遗传多样性与亲缘关系

目的 对绞股蓝属(Gynostemma BL.)6种植物的遗传多样性与亲缘关系进行分析.方法 利用ISSR标记技术对57条引物进行初筛,选择其中适合的11条引物对材料进行遗传多样性分析,并根据遗传距离构建UPGMA聚类图.结果 11个ISSR引物共检测到120个位点,平均每个引物检测到10.91个位点,多态性比率(PPB)达到98.33%,6个物种的多态性比率分布于34.17%～1.67%之间,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.414 5,Nei's基因多样性指数(He)为0.2707,G.pentaphyllum,G.Ccardiospermum,G.longipes,G.yixingense,G.laxuflorum的分类处理与形态学研究结果基本一致,G.pentagynum与G.longipes遗传距离最近.结论 ISSR分子标记适合于绞股蓝属植物遗传多样性研究.     

基于trnL-F基因序列的铁兰属植物亲缘关系分析

以莺哥凤梨(Vriesea carinata)为外类群,利用Clustal X1.81和MEGA3.1软件对31种铁兰属植物的基因序列进行比对和分析,并构建分子系统树。结果表明:31种铁兰属植物供试材料的trnL-F序列长度在806～835 bp之间,变异位点22个,信息位点14个,平均遗传距离0.007,且在301～322 bp和826～830 bp处分别出现了插入和polyT序列。利用ML法建立的系统树显示,31个铁兰属植物分为3组。序列分析结果与形态学结果基本一致,表明trnL-F序列可用于铁兰属植物的亲缘关系分析,并可作为某些特定种的鉴定依据。     

Phylogenetic analysis based on rRNA sequences supports the archaebacterial rather than the eocyte tree

How many primary lineages of life exist and what are their evolutionary relationships? These are fundamental but highly controversial issues. Woese and co-workers propose that archaebacteria, eubacteria and eukaryotes are the three primary lines of descent and their relationships can be represented by Fig. 1a (the 'archaebacterial tree') if one neglects the root of the tree. In contrast, Lake claims that archaebacteria are paraphyletic, and he groups eocytes (extremely thermophilic, sulphur-dependent bacteria) with eukaryotes, and halobacteria with eubacteria (the 'eocyte tree', Fig. 1b). Lake's view has gained considerable support as a result of an analysis of small subunit ribosomal RNA sequence data by a new approach, the evolutionary parsimony method. Here we report that analysis of small subunit data by the neighbour-joining and maximum parasimony methods favours the archaebacterial tree and that computer simulations using either the archaebacterial or the eocyte tree as a model tree show that the probability of recovering the model tree is very high (greater than 90 per cent) for both the neighbour-joining and maximum parsimony methods but is relatively low for the evolutionary parsimony method. Moreover, analysis of large subunit rRNA sequences by all three methods strongly favours the archaebacterial tree.     

西藏冬虫夏草无性型5.8S rDNA,ITS间区系统发育分析

 采用相对较低的培养温度(5~12℃),从西藏那曲当年产风干冬虫夏草[Cordyceps sinensis(Berk.)Sacc.]分离得到菌株C21,综合其菌丝形态学特征及5.8S rDNA和ITS间区的系统发育分析结果,证实菌株C21为冬虫夏草菌的无性型,即中国被毛孢(Hirsutella sinensis).     

基于叶绿体rbcL等3个基因的木灵藓科植物属的系统发育

以木灵藓科21属33种植物为内类群,以缩叶藓科（Ptycomitriaceae）、虎尾藓科（Hedwigiaceae）、树生藓科（Erpodiaceae）、蕨藓科（Pterobryaceae）、平藓科（Neckeriaceae）、蔓藓科（Meteoriaceae）、刺果藓科（Symphyodontaceae）、油藓科（Hookeriaceae）、灰藓科（Hypnaceae）和金发藓科（Poltrichaceae）为外类群,以NADH脱氢酶亚基〖STBX〗5〖STB3〗基因、叶绿体rbcL基因和tRNA-Leu基因为分析指标,从Genbank获得它们的碱基序列,通过Clustalx对碱基比对,使用Winclada 软件对木灵藓科植物进行了分支系统学分析.结果显示: (1) 木灵藓科是一个明确的单系类群;(2) 支持将木灵藓科分为两个亚科: 木灵藓亚科（Orthotrichoideae）和蓑藓亚科（Macromitrioideae）;(3) 马他属（Bryomaltaea）归为蓑藓亚科为宜.     

基于核rDNA ITS序列的繁缕族疑似种分子鉴定

在中国植物志二十六卷中,花柱数目是划分繁缕族(Alsineae)的鹅肠菜属(Myosoton)、卷耳属(Cerastium)、繁缕属(Stellaria)等8属的重要检索项.作者在成都附近采集了6号繁缕族疑似种标本,其花柱数目等形态特征混淆,无法鉴定属种.采用核rDNA中的ITS序列对石竹科(Caryophyllacaea)特别是繁缕族进行分子系统分析并据此对疑似种进行分子鉴定.最大简约法和邻接法分析结果均显示,繁缕族疑似种与鹅肠菜(Myosoton aquaticum)聚合成一支.在与无花菜属植物Are     

基于mt16S rDNA的长蝽总科(异翅亚目:蝽次目)系统发育的研究

利用16S rDNA分子约540 bp的序列对长蝽总科9个科29个种进行系统发育分析.运用MP法、ML法和NJ法分析,结果表明:原来属于广义长蝽科的Pachygronthidae、Rhyparochromidae、Cymidae、Geocoridae、Blis-sidae、Oxycarenidae和狭义Lygaeidae并不形成一个单系的广义长蝽科;梭长蝽科Pachygronthidae的两个族Pachygronthini和Teracriini分成两支而形成多系;莎长蝽科Cymidae与梭长蝽科Pachygronthidae的Pachygronthi-ni族总是聚成一支形成姐妹群.研究说明广义长蝽科是多系,这与最近的形态学研究一致,从分子水平上支持Henry(1997)把广义长蝽科中的部分亚科提升为科的修订.与现有的形态分类系统有所不同的是,地长蝽科和狭义长蝽科都是多系群.     

Phylogenetic relationships and divergence times of the family Araucariaceae based on the DNA sequences of eight genes

Araucariaceae is one of the most primitive families of the living conifers, and its phylogenetic relationships and divergence times are critically important issues. The DNA sequences of 8 genes, i.e., nuclear ribosomal 18S and 26S rRNA, chloroplast 16S rRNA, rbcL, matK and rps4, and mitochondrial coxl and atpl, obtained from this study and GenBank were used for constructing the molecular phylogenetic trees of Araucariaceae, indicating that the phyiogenetic relationships among the three genera of this family should be （（Wollemia, Agathis）, Araucaria）. On the basis of the fossil calibrations of Wollemia and the two tribes Araucaria and Eutacta of the genus Araucaria, the divergence time of Araucariaceae was estimated to be （308± 53） million years ago, that is, the origin of the family was in the Late Carboniferous rather than Triassic as a traditional view. With the same gene combination, the diver- gence times of the genera Araucaria and Agathis were （246 ± 47） and （61 ±15） Ma, respectively. Statis- tical analyses on the phylogenetic trees generated by using different genes and comparisons of the divergence times estimated by using those genes suggested that the chloroplast matK and rps4 genes are most suitable for investigating the phylogenetic relationships and divergence times of the family Araucariaceae.     

Taxonomic relationship betweenOryza minuta andO. officinalis based on AP-PCR analysis

The arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR) technique was used to detect polymorphisms in genomic DNA fromOryza minuta, O. officinalis, and related rice species. The results show that the genetic distance betweenO. minuta andO. officinalis is much higher than that between two known species,O. sativa andO. rufipogon, showing thatO. minuta andO. officinalis should be classified as two different species in genusOryza, and that the AP-PCR technique can be used as a powerful tool for studying taxonomic relationships among related species, and even subspecies. Supported by the National Natural Science Foundation of China Yi Qingming: born in Apr. 1938, Professor