古籍纸张表面微生物群落组成的初步研究

纸张表面的微生物直接或间接地影响古籍的保存和使用年限,全面认识纸表微生物的组成有助于古籍保护.本研究对手抄本《周本纪摘要》中的纸张表面菌斑处(stain组)和洁净处(clean组)共9处,以及环境空气进行了样品采集,并对样品进行了高通量测序,对测序结果进行了生物信息学分析.10个样品共得到高质量的细菌16S序列和真菌ITS序列共485 989条.序列数据分析表明,纸表真菌可以划分为650个OTU,分属6个门,细菌可以划分3 465个OTU,分属15个门,其中丰度最高的分别是细菌的糖多孢菌属(Saccharopolyspora)和真菌的曲霉属(Aspergillus).相比于clean组,stain组有显著多的糖多孢菌属和假诺卡氏菌属(Pseudonocardiaceae)细菌,以及显著多的牛肝菌目(Boletales)和爪甲团囊菌目(Onygenales)真菌.在聚类分析上,无论是细菌还是真菌部分,stain组和clean组的样品都能很好的分开,但在Alpha多样性指数上,组间差异趋势不显著.这些结果说明无论是否有菌斑,纸表微生物群落多样性程度是稳定的,但群落组成和结构有很大差异.     

自然水体生物膜中真菌结构与组成特征初步研究

为深入了解自然水体生物膜中真菌结构和组成特征,本研究以松花江水体生物膜为例,利用高通量测序技术对自然水体生物膜中的真菌ITS1基因进行了序列测试与分析,研究自然水体生物膜中真菌的多样性和组成特征。研究结果表明：(1)生物膜中真菌分属于8个门、20个纲、39个目、59个科和61个属。(2)真菌优势门为结合菌门,丰度约为43.23 ± 0.88 %,次优势菌门为担子菌门和聚合菌门,丰度分别约为13.70 ± 2.88 %和9.90 ± 2.83 %;优势属为蛙粪霉属,丰度为36.26 ± 9.07 %。     

铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤的预后价值分析

通过分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库的神经胶质瘤患者的转录组数据与临床数据,应用基因共表达法、单因素Cox回归法筛选与预后有关的铁死亡相关长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),根据LASSO Cox回归分析与筛选出的lncRNA在样本中的表达情况,将样本分为高、低风险两组,通过单因素及多因素独立预后分析、受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve, ROC Curve)、Kaplan-Meier生存曲线、风险曲线、基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)等方法评估铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤预后中的价值及临床意义,通过TIMER、CIBERSORT、CIBERSORT-ABS等方法分析免疫浸润情况,进一步对免疫功能、免疫检查点以及N6-甲基腺苷(m⁶A)甲基化差异进行分析。结果获得预后相关的铁死亡相关lncRNA共14个。单因素及多因素独立预后分析、ROC曲线结果表明,铁死...     

听力损失中表达上调的miR-196a-5p靶向抑制Neuritn的表达

目的 筛选鉴定听力损失中上调且靶向调控Neuritin的miRNA.方法 构建CBA小鼠药物性听力损失模型(硫酸卡那霉素+呋塞米),采用高通量测序检测听力损失中差异表达的miRNA.利用生物信息学技术,分析预测靶向Neuritin的miRNA,取测序结果中高表达miRNA与靶向Neuritin的miRNA交集得到候选m...     

儿童急性淋巴细胞性白血病复发期miRNA的表达特征研究

儿童急性淋巴细胞性白血病(Acute Lymphoblastic Leukemia,ALL)是儿童常见的恶性肿瘤.尽管已有研究报道miRNA在ALL发病机理中起重要调控作用,但其与ALL复发的关系目前还不完全清楚.本研究采用第二代高通量测序技术分别对一例B淋巴细胞ALL(B-ALL)和一例T淋巴细胞ALL(T-ALL)患儿初发和复发期的骨髓细胞进行miRNA检测,比较初发和复发期样本miRNA的表达差异.在T-ALL和B-ALL中分别鉴定出复发期较初发期表达发生明显变化的miRNA 168和123种.其中在T-ALL样本中,复发期表达上调的miRNA有115种,表达下调的有53种;而在B-ALL样本中,复发期表达上调的miRNA只有38种,表达下调的有85种.比较两种类型ALL,共有17种miRNA在两种类型中发生相同的改变.通过realtime RT-PCR验证,证实Hsa-miR-17在复发期ALL中明显升高,而Hsa-miR-10a则明显降低.     

基于高通量测序的液态奶中微生物多样性研究

目的 为探究不同液态奶样品中微生物的菌群组成和其多样性。方法 采用高通量测序技术对液态奶中细菌16S rRNA的V₃-V₄区进行测序,研究了四组液态奶样品在门水平和属水平的菌群结构。结果 四组样品中共有分类操作单元(Operational Taxonomic Unit, OTU)数目为119个,独有的OTU数分别占15.0%、6.85%、8.86%和12.35%。在门水平,厚壁菌门和变形菌门是四组液态奶的共有菌门,其中4组样品中厚壁菌门的相对丰度分别为38.9%、73.8%、20.9%、29.6%,变形菌门的相对丰度分别为46.9%、10.0%、28.0%、17.2%;在属水平,4组液态奶中的优势菌属分别是芽孢杆菌属、短波单胞菌属;芽孢杆菌属;Cloacibacterium和寡养单胞菌属;芽孢杆菌属、微杆菌属和异常球菌属。结论 四组样品在门水平的菌群组成基本相似。属水平上,液态奶中含有的不动杆菌属、芽孢杆菌属和克雷伯氏菌属属于嗜冷菌,这些菌属可以导致液态奶发生腐败变质等现象。这为今后探索液态奶中腐败菌防治措施提供重要依据。     

评估肺动脉收缩压在非瓣膜性心房颤动患者中缺血性脑卒中事件的预测价值

目的:探讨肺动脉收缩压在非瓣膜性心房颤动患者中缺血性脑卒中事件的预测价值.方法:研究纳入198例非瓣膜性心房颤动患者,根据是否合并缺血性脑卒中事件分为脑卒中组(n=39),非脑卒中组(n=159).通过统计学分析方法得出非瓣膜性心房颤动患者缺血性脑卒中的预测因素,并进一步评估其预测价值.结果:在脑卒中组中,有61.5％...     

英那河细菌群落结构及其与环境因子的相关性研究

利用高通量测序技术分析比较了英那河2018年5月、7月和9月的三个国控断面细菌群落结构及其与环境的相关性.序列比对结果显示,除分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,英那河共发现细菌39门95纲173目311科583属,在门水平上,变形菌门(PROTEOBACTERIA),蓝菌门(CYANOBACTERIA),放线菌门(ACTINOBACTERIA),拟杆菌门(BACTEROIDETES)是优势菌门,在属水平上,HGCL-CLADE、鞘脂杆属(SPHINGOBIUM)、METHYLOVERSATILIS是优势菌属.细菌群落多样性指数(SHANNON WIENER指数)平均值为3. 74,细菌群落多样性从月份角度排序为9月 5月 7月.通过共有独有分析发现相邻的两个月份细菌群落结构相似,地理距离较近的两个断面群落结构相似.冗余分析(RDA)结果表明溶解氧(DO)、高锰酸盐指数(COD_(MN))、氨氮(NH_3-N)、化学需氧量(COD)和总磷(TP)对细菌的群落结构有影响.     

基于高通量测序研究奥狄氏括约肌松弛的胆结石患者胆汁细菌多样性

为临床治疗奥狄氏括约肌松弛（the Sphincter of Oddi laxity, SOL）患者胆结石复发寻找依据,本文研究了患有SOL的胆结石患者的胆汁细菌组成和多样性. 分析了SOL与非SOL胆结石患者术前肝功、肾功和血常规等临床指标差异,基于Illumina MiSeq平台对患者胆汁细菌进行16S rRNA基因高通量测序. 结果发现,SOL患者的总胆红素（TBIL）、直接胆红素（DBIL）、间接胆红素（IBIL）水平显著高于非SOL患者, 而腺苷脱氨酶（ADA）则显著低于后者（P < 0.05）.两组患者之间胆汁细菌α多样性指数除均匀度外无显著差异（P>0.05）;Wilcoxon秩和检验显示SOL患者胆汁中细菌丰度前四的菌门依次为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidete）,其中变形菌门、肠球菌属（Enterococcus）和Lachnoclostridiums属细菌在SOL患者胆汁中含量显著高于非SOL患者（P< 0.05）,而SOL患者中其他优势菌属如克雷伯菌（Klebsiella）、马赛菌属（Massilia）和假单胞杆菌（Pseudomonas）丰度则无显著增高（P>0.05）. 因此,SOL患者的部分临床指标如胆红素、ADA水平和胆汁细菌组成与非SOL患者存在显著差异,这为临床治疗SOL患者胆结石复发提供相关依据.     

非小细胞肺癌外周血有核细胞miRNA表达特点研究

miRNA在非小细胞肺癌的发生发展中发挥重要作用,为了解非小细胞肺癌患者外周血有核细胞的miRNA表达特征及其作用,采用第二代高通量测序技术对7例非小细胞肺癌患者和7例对照的外周血有核细胞miRNA表达水平进行检测,比较非小细胞肺癌患者与对照的外周血有核细胞miRNA表达特征,分析两者miRNA表达水平差异情况,共鉴定出非小细胞肺癌患者与对照的外周血有核细胞中有显著表达差异的miRNA 209种,其中肺癌样本miRNA表达上调的有138种,表达下调的有71种.研究结果显示非小细胞肺癌患者与对照样本的外周血有核细胞中miRNA表达具有显著差异,其中部分已被证实参与肿瘤发生、发展等过程.     

复合微生物菌剂处理高浓度氨氮废水的强化作用

依托传统A/O工艺,采用短程硝化-反硝化处理人工高浓度氨氮废水,并投加新型复合微生物菌剂BMc-1强化废水处理效果,研究菌剂对污水脱氮的强化效果并分析对功能菌带来的变化。结果表明,投加菌剂后可以强化脱氮性能,实验组氨氮、总氮(TN)去除率达98.8%、82.0%,比较对照组氨氮、TN去除率97.3%、75.5%,分别提高1.7%、6.5%。16sRNA测序结果表明,投加菌剂使得活性污泥中微生物量、丰度以及多样性提高,菌剂对系统原微生物环境稳定性无影响,系统中Proteobacteria、Bacteroidetes、Chloroflexi为优势门未改变。投加菌剂后主要反硝化菌Thauera和氨氧化菌Nitrosomonas数量稳定,Pseudomonas、Thiopseudomonas、Terrimonas、Nitrosomonas脱氮功能菌占比提升。检测出Acinetobacter、Pedobacter等原系统不存在的脱氮相关功能菌。实验结果表明复合菌剂BMc-1具有强化生物工艺脱氮能力的作用。     

自发持续性心房颤动动物实验模型的探索研究

目的 探索建立自发持续性房颤的动物实验模型。方法 选择贵州小型猪,经麻醉诱导、呼吸插管后建立二尖瓣返流及假手术组模型。二尖瓣返流模型组4只,对照假手术组4只,对比观察术后最长周期(6个月)内自发持续性房颤的发生与发展,期间(术前、术后即刻、术后3个月、术后6个月)分别进行心电图及心脏超声检测,以便明确房颤及瓣膜返流情况。期间模型若出现自发持续性房颤,实验即刻终止,并进行三维电生理标测;若实验动物模型未出现自发持续性房颤,最长观察时间为6个月,并进行三维电生理标测及房颤易感性检验。结果 成功建立二尖瓣返流及假手术组模型,各组最长周期(6个月)内均未出现自发持续性房颤;二尖瓣返流组左心房明显扩大,出现明显结构重构;与对照组相比,二尖瓣返流组短时间房颤片段显著减少,起搏刺激后房颤心率/全部心率比例显著增加;二尖瓣返流组与对照组相比房颤易感性明显增高。结论 本实验成功建立持续性房颤的动物实验模型1例,并发现二尖瓣返流可以引起房颤易感性的明显升高。     

上海健康人群夏冬两季皮肤真菌群落组成:基于高通量测序技术的研究

皮肤真菌与人体皮肤的健康状态有着紧密联系.本实验应用高通量测序技术对8名健康白领工作者7处皮肤部位分夏、冬两季采集得到的样品进行真菌群落组成和结构多样性研究.应用高通量测序得到113 759条有效序列,分属真菌2个门的99个属.担子菌门(Basidiomycota)的马拉色菌属(Malassezia)在各样品中丰度最高,达48.2%;在额头、背部和鼻孔等部位丰度高于其他采样部位;夏季马拉色菌在男性样品中丰度高于女性.其次是念珠菌属(Candida),在前臂、手背和指缝等部位丰度较高,背部则含量极少;女性样品中念珠菌丰度夏季远高于冬季,而男性中则随季节变化比较稳定.其他主要皮肤真菌有白粉菌属(Erysiphe)、枝孢霉菌属(Cladosporium)、链格孢霉属(Alternaria)和曲霉属(Aspergillus)等.多样性分析结果显示季节和皮肤部位是影响皮肤真菌群落组成的两个主要因素,性别的影响力相对较低.聚类分析结果表明,受试者自身皮肤真菌群落结构随季节变化的差异比同季节内各受试者之间的差异还要大.     

奥狄氏括约肌松弛胆结石患者的胆汁细菌多样性

为临床治疗奥狄氏括约肌松弛(the Sphincter of Oddi laxity,SOL)患者胆结石复发寻找依据,本文研究了患有SOL的胆结石患者的胆汁细菌组成和多样性.分析了SOL与非SOL胆结石患者术前肝功、肾功和血常规等临床指标差异,基于Illumina MiSeq平台对患者胆汁细菌进行16SrRNA基因高通量测序.结果发现,SOL患者的总胆红素(TBIL)、直接胆红素(DBIL)、间接胆红素(IBIL)水平显著高于非SOL患者,而腺苷脱氨酶(ADA)则显著低于后者(P 0.05).两组患者之间胆汁细菌α多样性指数除均匀度外无显著差异(P0.05);Wilcoxon秩和检验显示SOL患者胆汁中细菌丰度前四的菌门依次为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidete),其中变形菌门、肠球菌属(Enterococcus)和Lachnoclostridiums属细菌在SOL患者胆汁中含量显著高于非SOL患者(P0.05),而SOL患者中其他优势菌属如克雷伯菌(Klebsiella)、马赛菌属(Massilia)和假单胞杆菌(Pseudomonas)丰度则无显著增高(P0.05).因此,SOL患者的部分临床指标如胆红素、ADA水平和胆汁细菌组成与非SOL患者存在显著差异,这为临床治疗SOL患者胆结石复发提供相关依据.     

烟叶表面微生物类群两种检测方法的比较研究

为研究克隆文库法和高通量测序两种方法对烟叶表面微生物类群的检测效果,确定检测烟叶表面微生物多样性的最优方法,检测了基于细菌16S rDNA和真菌ITS区域的烤烟表面微生物类群的多样性.结果显示,高通量测序得到的序列数量比克隆文库法多,两种方法检测到细菌的OTU数目相近,但高通量检测的真菌OTU数目较多;稀疏曲线显示高通量测序的数据饱和度更高;预计的群落多样性(Chao1指数和Ace指数)克隆文库法均高于高通量测序法,实际的群落多样性(Simpson指数和Shannon指数)表明克隆文库法检测的细菌多样性略高,而高通量测序检测的真菌多样性略高;在检测到的细菌和真菌种类上,高通量测序略多于克隆文库法,两种方法检测的细菌优势类群基本一致,为假单胞菌属、不动杆菌属和鞘氨醇单胞菌属,但真菌类群相差较大,且高通量测序检测到大量新的真菌序列.总体上,高通量测序方法具有通量大、产出数据多的优势,可更全面、更准确地反映烟叶表面微生物群落结构.     

P波离散度对阵发性心房颤动的预测价值研究

目的：探讨P波离散度（Pd）对阵发性心房颤动（PAF）的预测价值。方法：将79例PAF患者和85例健康体检者分为A、B两组进行比较,分别采用体表心电图和超声心动图测量两组最大P波时限（Pmax）、Pd、左房内径（LAD）,左室射血分数。结果：A组Pmax、pd,LAD显著高于B组（P〈0.01）,单因素回归分析Pmax、Pd、LAD均是PAF的预测因子,多因素回归分析仅pd是PAF的独立预测因子。结论：pd对PAF有重要预测价值,是PAF的一个无创较特异的独立的预测指标。     

人工构建微生物组对制革废水的氨氮去除及微生物组的对比变化分析

为探究复合人工微生物组对制革废水处理体系中微生物群落的影响,在传统的厌氧/好氧(A/O)污水处理工艺处理制革废水的基础上,投加微生物复合菌形成人工微生物组。利用复合人工微生物组强化废水处理,应用高通量测序技术测定各样品中的细菌16S rRNA V3-V4变异区序列,并对测序数据进行生物信息学分析、Alpha多样性分析以及物种组成分析。结果表明,投加微生物组后,化学需氧量(COD)和氨氮的处理效果得到提升,COD的去除率约为82.60%,氨氮的去除率约为99.47%。高通量测序结果表明,人工投加微生物组使得活性污泥中微生物群落丰度以及多样性提高,污染物降解功能菌占比有所提升,陶厄氏菌属(Thauera)成为其最主要的优势菌属。复合人工微生物组的投加对强化制革废水处理系统有一定潜力。     

基于SNP标记的广东省松材线虫种群分化研究

【目的】运用SNP标记研究中国广东省松材线虫虫株SNP位点多样性,从分子角度探讨广东省不同地区松材线虫种群的亲缘关系,为松材线虫病的疫源追溯提供基础。【方法】收集来自于广东省各地区松材线虫虫株共30株,提取DNA并进行基因组重测序;利用生物信息学软件分析广东省松材线虫的SNPs位点信息及基因型类型,依据以上信息进行种群聚类分析。【结果】对30株松材线虫虫株SNPs数据进行统计分析,发现GD01、GD09、GD12、GD20、GD22、GD24、GD25这7株虫株的SNP数量、纯合子数量都明显少于其余23株虫株;对基因型类型进行统计分析发现,以上7株虫株出现频率较高的基因型为A->G、C->G、G->C、T->C;其余23株虫株则是A->G、C->T、G->A、T->C这4种基因型出现的频率较高。而通过主成分和聚类分析可将这30株虫株分为3类。【结论】广东省松材线虫种群遗传多样性较高,聚类分析表明其具有不同的传播来源。     

基于序列拼接的基因组长插入变异集成检测方法研究

针对目前基于测序的结构变异检测方法检测效果较差的问题,提出了基于序列拼接的长插入变异（ISALins）检测方法。首先融合3种不同检测工具初始的检测结果,然后在初始的预测可疑断点附近分析和提取最可能包含插入信息的高质量软切片段,并比对失败的片段;将这些候选片段利用基于De Bruijn图的方法进行拼接后完成长插入变异的检测。仿真数据和真实数据的实验结果表明：与直接融合多个单一工具检测结果相比,本文方法可以在确保检测敏感度的前提下大幅提高长插入变异的检测精度。