小五台山蟹蛛DNA条形码分子鉴定

为了探讨DNA条形码技术在蟹蛛科蜘蛛物种鉴定中的可行性,本研究基于线粒体COI基因序列,使用邻接法和贝叶斯法构建系统发育树,ABGD(automatic barcode gap discovery)软件对样本进行划分,对小五台山25种蟹蛛110个样本进行DNA条形码分子鉴定.结果表明:邻接法和贝叶斯法构建的系统发育树聚类结果与ABGD软件划分结果以及形态分类鉴定结果相一致.据此笔者认为DNA条形码作为一种有效的分子鉴定工具可以应用到蟹蛛科蜘蛛物种鉴定中.     

基于COI基因的摇蚊亚科部分属的系统发育分析(双翅目:摇蚊科)

测定23种摇蚊亚科摇蚊线粒体COI基因的部分序列,并结合从Gen Bank下载的25种该亚科摇蚊同源序列进行分析,研究摇蚊亚科物种的分类和系统进化关系.运用MEGA5.1构建的邻接法(NJ)和最大简约法(MP)系统发育树表明:多足摇蚊属复合体中的斑摇蚊属、倒毛摇蚊属、内摇蚊属、明摇蚊属聚在一支,亲缘关系较近;狭摇蚊属单独聚为一支;长跗摇蚊属群中的大部分属的亲缘关系也较近;哈摇蚊属群仅有部分属聚在一起,均与基于形态学的系统发育研究结果一致.     

常用基因序列在摇蚊科昆虫系统发育研究中的应用进展

摇蚊科隶属于双翅目长角亚目,现行分为11亚科.本文整理了常用核基因和线粒体基因在摇蚊科系统发育研究中的应用情况:摇蚊科中的9亚科(不含智利摇蚊亚科和乌桑巴摇蚊亚科),除前寡角摇蚊亚科外,其余均为单系;直突摇蚊亚科与摇蚊亚科的亲缘关系较近,寡脉摇蚊亚科与长足摇蚊亚科为姊妹群.在摇蚊亚科中,摇蚊族(Chironomini)、长跗摇蚊族(Tanytarsini)都是单系群.常用核基因和线粒体基因在摇蚊科昆虫系统发育研究中,18SrDNA和28SrDNA适合研究从界到科所有高级阶元的系统发育关系,对于部分类群可以进行属间分析;CAD基因能较好地解决从亚科到属之间各分类阶元的系统发育关系;ITS和EF-1α可以解决种或属间的系统发育关系;COⅠ和COⅡ适合研究属、种及种以下阶元的系统发育关系,但不能很好地解决较高的阶元如族间、亚科以及科的系统发育关系;16SrDNA适用于种、属阶元水平的系统学研究,但不适用于种内;Cytb适合研究种内到种间甚至科间的系统发育关系.     

乌江干流中下游鱼类DNA条形码研究

【目的】调查乌江干流中下游鱼类资源状况并初步构建乌江流域鱼类DNA条形码数据库。【方法】以COI基因作为DNA条形码,通过条形码缝隙(Barcode gap)分析、ABGD(Automatic barcode gap discovery)分析和邻接(Neighbor-joining,NJ)树构建等方法对乌江干流647尾鱼类样本进行了分子鉴定。【结果】1) 通过形态学鉴定,共鉴定出鱼类3目8科35属47种,其中鲤形目(Cypriniformes)、鲇形目(Siluriformes)和鲈形目(Perciformes)的种类数分别占全部种类数的70.21%,19.15%和10.64%。2) 非单样本物种中仅蛇鮈(Saurogobio dabryi)与银鮈(Squalidus argentatus)间不存在条形码缝隙。3) NJ树分析结果显示47个物种均各自聚为1支,ABGD分析结果显示647尾鱼类样本可划分为49个OTU,与NJ树分析结果相近。4) DNA条形码分子鉴定结果与形态鉴定结果一致。【结论】DNA条形码在乌江鱼类中的鉴定成功率为97.22%;初步构建的乌江流域鱼类DNA条形码数据库为乌江流域鱼类生物多样性保护提供了一定的科学依据和数据支持。     

寄蝇亚科部分物种线粒体COl基因DNA条形码分类

DNA条形码分类(DNA Barcoding)是以生物线粒体DNA为工具来鉴定物种的新方法,是外来物种快速鉴定、物种分类与系统发育和进化分析的基础.研究以我国辽宁地区常见的寄蝇亚科(双翅目:寄蝇科)2族4属6种为对象,扩增和测定COI基因部分序列,对得到数据用MEGA4软件分析计算,构建该类群分子系统发育树.分析表明:...     

中国水摇蚊属三新记录种记述(双翅目:摇蚊科)（英文）

报道和重新描述中国双翅目摇蚊科直突摇蚊亚科水摇蚊属Hydrobaenus Fries,1830 3新纪录种:齿突水摇蚊Hydrobaenus dentistylus Moubayed,木兽水摇蚊Hydrobaenus kisosecundus SasaKondo和近藤水摇蚊Hydrobaenus kondoi S?ther.文中提供了中国该属雄成虫分种检索表.     

长白山寡角摇蚊亚科幼虫研究（双翅目：摇蚊科）

以检索形式记述了长白山摇蚊科寡角摇蚊亚科幼虫,共３属,７种,其中东方帕摇蚊,高山寡角摇蚊,津氏寡角摇蚊,罕见寡角摇蚊,泽尼寡角摇蚊,５种为中国新记录种。     

摇蚊基因组DNA的提取方法研究

采用动物基因组DNA快速抽提试剂盒法、SDS法、CTAB法、NaCl法4种方法提取摇蚊基因组DNA.通过紫外分光光度计分别检测所得样品DNA在波长为260nm和280nm的吸光值,根据A260/A280的比值检测其纯度和浓度.采用PCR技术获得摇蚊COI基因,用琼脂糖凝胶电泳检测PCR-COI.综合分光光度法与电泳结果筛选出最适合提取摇蚊基因组DNA的方法.结果表明:SDS法所得样品DNA纯度最高,试剂盒法所得DNA浓度最大.同时综合比较DNA纯度与浓度分析得出:试剂盒法SK8222(改良)提取摇蚊基因组DNA为最佳方法,其次为SDS法或CTAB法(改良).     

直突摇蚊亚科(双翅目:摇蚊科)部分属基于16S rDNA序列的系统发育研究

利用16S rDNA部分基因序列对直突摇蚊亚科代表性属级阶元进行了分子系统学研究,共测定了27属30种基因片段,以Chironomus samoensis和Diamesa bertrami作为外群,采用贝叶斯分析方法构建了分子系统树.结果显示:裸须摇蚊属Propsilocerus为较早分化出来的类群,解释了该属在该亚科中的原始性;棒脉摇蚊属Corynoneura也较早被分出,也解释了其在形态上具有相似的一些近祖特征;拟开氏摇蚊属Parakiefferiell和克莱施密摇蚊属Krenosmittia,伪直突摇蚊属Pseudorthocladius和陆直突摇蚊属Georthocladius各自形成姐妹群,此结果与基于形态学的系统发育研究结果相一致.由此可以看出16S rDNA序列是一种适合于研究摇蚊类群属间及种间关系的分子标记.     

青海省都兰县羊亚科野生动物残体的分子鉴定

DNA条形码(DNA barcode)已被广泛用于野生动物的物种鉴定、身份识别、系统发生等领域的研究。本研究利用DNA条形码技术对青海省都兰县宗加镇收集到的羊亚科野生动物残体进行了分子鉴定。结果表明:在13份羊亚科野生动物残体中成功获得3个样品的细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因全长序列,通过生物信息学和系统发育关系分析显示,来自野外分化头骨齿髓和1份皮张样品的Cyt b基因序列与盘羊的基因序列聚在一起,结合都兰县羊亚科动物的分布格局,推测这2个样品可能属于盘羊组织;而来自腿骨骨髓的Cyt b基因序列与岩羊已发表序列聚在一起,共同形成一个单系群,推测腿骨样本可能属于岩羊个体。研究结果揭示,无论是从序列差异还是系统发育关系,细胞色素b基因序列作为DNA条形码均可确切鉴定羊亚科的物种。     

中国拟中足摇蚊属一新记录种记述及其DNA条形码(双翅目:摇蚊科)（英文）

基于雄成虫，记述中国拟中足摇蚊属一新记录种:Parametriocnemus togadigitalis Sasa et Okazawa, 1992,并提供其DNA条形码.     

长白山寡角摇蚊亚科幼虫研究(双翅目:摇蚊科)

以检索表形式记述了长白山摇蚊科寡角摇蚊亚科（Ｄｉａｍ ｅｓｉｎａｅ）幼虫,共３ 属,７ 种,其中东方帕摇蚊Ｐａｇａｓｔｉａ ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ（Ｔｓｈｅｒｎｏｖｓｋｉｊ）,高山寡角摇蚊Ｄｉａｍ ｅｓａ ａｌｐｉｎａ Ｔｏｋｕｎａｇｅ,津氏寡角摇蚊Ｄｉａｍ ｅｓａ ｔｓｕｔｓｕｉ Ｔｏｋｕｎａｇａ,罕见寡角摇蚊Ａ Ｄｉａｍ ｅｓａ ｇｒ． ｉｎｓｉｇｎｉｐｅｓ ＫｉｅｆｆｅｒＮｏ．Ａ,泽尼寡角摇蚊Ｄｉａｍ ｅｓａ ＺｅｒｎｙｉＥｄｗ ａｒｄｓ ５ 种为中国新记录种     

DNA条形码技术在白洋淀流域浮游动物调查中的应用

DNA 条形码在物种鉴定中得到了有效的应用,有助于分类学和生物多样性研究. 本研究基于线粒体COI基因序列,使用邻接法(neighbor joining method,NJ)和最大似然法(maximum Likelihood,ML)构建系统发育树,对2018年5月在白洋淀流域采集的浮游动物样品进行初步研究. 结果表明,在对桡足类的系统发育树分析时,NJ树和ML树的结果保持一致,而且和形态学鉴定结果保持一致. 在对枝角类的系统发育树的分析中,NJ树和ML树的结果有所差异,和形态学鉴定结果也有所不同,分析原因,可能是由于拼接序列时剪短了部分序列,使序列间差异性变小引起误差. 总体上看,基于COI基因的DNA条形码可以有效地应用到白洋淀流域的浮游动物鉴定中,并可以逐步完善,最终建立一个完整的DNA条形码数据库.     

天津北大港湿地摇蚊幼虫多样性分析及水质评价

为了解天津北大港湿地摇蚊幼虫的群落结构以及与环境之间的关系,于2015年7月至2016年4月分四次对北大港湿地摇蚊幼虫群落进行了季度采样调查.共采集到摇蚊幼虫13种,隶属于3亚科11属.摇蚊幼虫的密度和生物量表现为冬季春季秋季夏季.毛尖小摇蚊(Microchironomus deribae)以及巴比雕翅摇蚊(Glyptotendipes barbipes)为该区域的优势种,且具有明显季节性.通过Shannon多样性指数和BI生物指数的计算方法对北大港湿地的水质情况进行了综合评估,结果表明该湿地的水质等级为中度污染.     

DNA条形码技术在菌物研究中的应用

生物DNA条形码是通过标准化的小片段DNA序列分析,进行物种快速鉴定的一项技术,目前已成为生物多样性和分类学研究的热点之一.尽管菌物在生物界中占据重要地位,但其DNA条形码研究明显滞后于动、植物.本文就生物DNA条形码的发展概况及其在菌物研究中的应用,特别是菌物DNA条形码标准序列选择、数据管理和分析、物种分化水平确定、新技术的应用等进行评述,并展望其研究和应用的前景,以期引起学术界和管理部门的关注,推进我国菌物DNA条形码的相关研究和应用领域的发展.     

DNA条形码技术的应用与分析

DNA条形码技术(DNA Barcoding)是一种通过使用短的标准DNA片段来快速、准确的识别与鉴定物种的技术.这几年一直是物种分类和生物多样方面研究的热点,遗传多样性作为生物多样性研究的核心问题,目前DNA条形码也开始广泛应用于生物的遗传多样性研究.本文简单概述了DNA条形码技术的发展状况、原理、标准基因片段,着重阐述了其在生物分类学和遗传多样性等中的应用,以及其所存在的局限性,并展望了其应用前景和意义.     

鲑科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息分析

为了深入开展鲑科鱼类的线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息的研究,利用生物信息学的方法分析了已获得的40种鲑科鱼类的线粒体全基因组序列.通过软件Clustal X进行对比,然后用软件MEGA5.05分析DNA的序列差异,并用邻接法生成系统进化树.结果发现:1)鲑科鱼类线粒体基因组的结构和基因排列顺序和其他硬骨鱼类的相同,其全长为16 526~16 997 bp.2)从系统进化树可以看出白鲑亚科(Coregonidaeinae)位于祖先的位置,是最早出现分化的一枝,鲑亚科(Salmoninae)和茴鱼亚科(Thymallinae)亲缘关系较近,互为姐妹群.3)在所有编码基因中,序列变异程度最大的是ND2基因(47.6%),最小的是16S rRNA基因(11.0);Kimura双参数遗传距离最大的是ND2基因(0.203),最小的是12S rRNA基因(0.037).     

DNA宏条形码技术在动植物法医鉴定中的应用进展

DNA宏条形码技术是随着2代高通量测序技术的发展而出现的一种物种鉴别技术.该技术结合了DNA条形码技术和高通量测序技术的优点,可以对混合样本中的多物种来源进行同步鉴定.本研究介绍DNA宏条形码技术的含义以及目前的应用需求,分析DNA宏条形码技术在食品、药品监管、打击野生动植物犯罪、刑事案件侦查等司法实践中的应用现状,总...     

DNA条形码技术在陕西汉中地区管蓟马物种鉴定中的应用

为了探究DNA条形码技术在蓟马类昆虫物种鉴定方面的可行性,以采自陕西汉中地区的管蓟马种类为研究材料,借助DNA条形码技术,对该地区多种植物上的管蓟马进行分类研究,通过对蓟马标本的无损伤提取、扩增、测定序列,共成功获得18条序列,其中以蓟马科Thripidae的2属2种为外群,管蓟马科Phlaeothripidae管蓟马亚科Phlaeothripinae的3属5种作为内群,构建了系统发育树。结果鉴定出5属7种,其中简管蓟马属包括3种,滑管蓟马属1种,器管蓟马属1种以及蓟马科蓟马属1种和带蓟马属1种。DNA条形码数据可辅助形态学进一步确定物种,区分形态上难以区分的物种。     

温度对花翅摇蚊实验种群的影响

研究了温度对花翅摇蚊的生长发育及繁殖的影响.结果表明,在试验温度范围内,花翅摇蚊各虫态发育历期随温度升高而逐渐缩短,发育速率与温度呈正比关系.花翅摇蚊的世代发育起点温度和有效积温分别为6.68℃和742.97 d·℃.在5个温度条件下,内禀增长力(rm)和周限增长速率(λ)均随温度的升高而增大,至34℃时最大,分别为0.175和1.191.净增殖率(R0)在26℃时最大,平均世代周期(T)和种群数量加倍时间(t)均随温度的升高而缩短,至34℃最短,分别为24.53 d和3.96d.花翅摇蚊对温度较敏感,30～34℃为其种群增长的最适温区.