文昌鱼Rbx1同源基因的克隆，进化分析和表达图式的研究

在青岛文昌鱼中首次克隆到一个RING box同源基因，对其进行了序列特征和系统进化学分析，并且研究了该基因的胚胎发育和成体表达图式。AmphiRbx1演绎的蛋白序列与已知其他无脊椎动物和脊椎动物的同源分子表现出很高的相似性。利用原位杂交和RT-PCR技术研究该基因的表达，结果显示AmphiRbx1在胚胎发育各期均有表达，特别是在卵裂期胚胎和有高速分裂细胞的组织中有很强的表达。实验结果表明，Rbx1基因在进化中相当保守，AmphiRbx1可能在细胞分裂的调节中发挥作用。     

青岛文昌鱼DAD1样蛋白基因的克隆和同源性分析

dud1基因为一种内源性细胞凋亡抑制子基因，在发育中可能执行着重要功能．我们通过对青岛文昌鱼18小时神经胚cDNA文库进行测序，获得文昌鱼dud1样基因的2个cDNA片断，经拼接首次得到含有完整读框的文昌鱼dud1样基因的cDNA序列，其演绎的氨基酸序列与人、鼠、鸡、非洲爪蟾、果蝇、线虫、扁豆、番茄的DAD1蛋白的同源性分别为73．5％、73．5％、67．5％、70．9％、67．5％、55．5％、41．9％、41．8％．结果证实青岛文昌鱼dud1样基因在进化上具有高度的保守性，并且在进化上更接近于脊椎动物．     

文昌鱼eIF5A基因的克隆和进化学分析

对文昌鱼神经胚cDNA文库进行测序和系统分析，首次从青岛文昌鱼(Brachiostoma belcheri tsingtauense)中成功得到1个eIFSA基因的cDNA序列，分析其推导的氨基酸序列揭示该基因产物具有eIF-5A家族蛋白质共有的保守区．对其二级结构进行预测，序列同源性分析表明eIF-5A家族基因在所有的真核生物中都高度保守．进化生物学的分析显示文昌鱼的eIF5A基因与脊椎动物的同源性较高，     

青岛文昌鱼AmphiCKS1样蛋白基因的克隆和同源性分析

通过对文昌鱼神经胚cDNA文库进行测序，获得编码文昌鱼AmphiCKS1样蛋白基因的cDNA序列，将演绎的氨基酸序列与多种脊椎动物和无脊椎动物的同源物进行比较。其同源性与人或家鼠的为77％，非洲爪蟾的为73．4％，果蝇的为77％，帽贝的为75％，线虫的为47．9％，酵母的为31．1％。结果证实在进化上介于脊椎动物和无脊椎动物之间的文昌鱼，由Amphicks 1基因所编码的AmphiCKS 1样蛋白更接近于脊椎动物；同时说明青岛文昌鱼Amphicks 1基因在进化上具有较高保守性。     

文昌鱼Pax1/9基因上游调控区的克隆及分析

脊椎动物Pax1/9是一重要的发育调控基因亚家族,文昌鱼基因组中仅有单一的该亚家族直系同源基因Amphi-Pax1/9,为检验此基因上游调控元件的功能在脊椎动物体内是否具有通用性,将文昌鱼Pax1/9基因上游约4.6 kb的侧翼序列与绿色荧光蛋白(GFP)报告基因连接,构建重组质粒表达载体(pAmphiPax1/9-AcGFP),显微注射斑马鱼胚胎,并以斑马鱼Pax1和Pax9的上游同源序列为阳性对照.结果表明,阳性对照斑马鱼胚胎中GFP能够表达,但注射pAm-phiPax1/9-AcGFP质粒的斑马鱼胚胎中无明显的GFP表达,这一现象可能是由于Pax1/9上游调控序列在二物种间存在较大的进化差异,启动元件具有物种特异性.     

金钗石斛DnMSI1 like基因的克隆和表达分析

MSIL(MSI1 like)是一类在真核生物中保守的蛋白质,在动物和植物的发育过程中具有多种的功能.本研究从金钗石斛花芽中分离了一个MSIL蛋白的cDNA序列,长度为1 640 bp,含有一个长度为1 206 bp的开放阅读框;预测其编码的蛋白质在序列、结构域组织和空间结构上均与拟南芥AtMSI1蛋白相似,故命名为DnMSI1 like.DnMSI1 like基因的表达具有明显的组织差异性,在金钗石斛的根、花和腋芽中表达较高,但在叶和假鳞茎中表达较低;低温处理时,花芽中DnMSI1 like的表达急剧     

木茼蒿SOC1同源基因的克隆及表达分析

SOC1基因是整合各种成花途径信号,启动植物成花转变的关键基因之一.以木茼蒿为材料,利用RT-PCR技术,克隆了木茼蒿SOC1同源基因AfSOC1;利用qRT PCR技术,对其时空表达模式进行了分析.结果表明:木茼蒿AfSOC1 cDNA长为648 bp,编码216个氨基酸,与拟南芥SOC1和金鱼草DEFH68的同源性...     

AmphiSox1/2/3-like 基因的系统进化学分析和在文昌鱼胚胎发育中的表达

为了研究文昌鱼胚胎发育中神经管发育的分子机制和脊椎动物中枢神经系统的起源,我们筛选和分析了与佛罗里达文昌鱼AmphiSox1/2/3基因同源的青岛文昌鱼AmphiSox1/2/3-like基因,对其推测的氨基酸序列与17个脊椎动物和无脊椎动物的同源基因进行了系统的进化学分析,并利用胚胎整体原位杂交技术结合系列组织学切片技术,对该基因在青岛文昌鱼胚胎发育中的时空表达模式进行了系统的研究.AmphiSox1/2/3-like在原肠胚早中期开始在背部上胚层和预定神经外胚层中明显表达.在神经胚早期其表达定位于神经板.此后,表达区域位于形成中的神经管和胚胎中、后部分化中的神经管的两侧,其表达的水平从前向后逐渐下调和终止.此外,该基因在神经胚晚期和幼虫期的消化道壁中也有明显表达.研究结果显示,该基因与文昌鱼的神经分化和消化道分化密切相关.     

青岛文昌鱼核糖体蛋白AmphiL 37a基因的克隆和同源性分析

对青岛文昌鱼神经胚cDNA进行测序,获得了3个AmphiL 37a的EST,经拼接得到编码文昌鱼核糖体蛋白的AmphiL37a基因全长cDNA序列并演绎出AmphiL37a的氨基酸序列.通过对AmphiL37a蛋白的结构分析及其与多种脊椎动物和无脊椎动物中同种蛋白的同源性进行比较,发现AmphiL37a具有典型的四个半胱氨酸的锌指结构,与人、鼠、鸡的L37a,尤其与果蝇、隐板石鳖等高等无脊椎动物核糖体L37a具有较高的同源性,说明文昌鱼在进化上更接近于高等无脊椎动物;同时说明核糖体蛋白L37a基因在进化上具有较高保守性.     

三种蝙蝠线粒体解偶联蛋白2（UCP2）基因的克隆和进化分析

根据几种哺乳动物UCP2基因的保守区设计一对简并引物,扩增马铁菊头蝠（Rhinolophus ferrumequinum）、长翼蝠（Miniopterus fuliginosus）和犬蝠（Cynopterus sphinx）的UCP2基因的全部编码区序列.测序结果表明,三种蝙蝠UCP2编码区全长930 bp,编码309个氨基酸,推测的氨基酸序列包含线粒体内膜载体蛋白的3个特征结构及解偶联蛋白（UCPs）的特征序列.序列分析表明,蝙蝠与其它哺乳动物UCP2的氨基酸推导序列有很高的同源性,为90.6%~97.0%.进化分析表明,UCP2基因在哺乳动物中进化过程中非常保守,受到强烈的纯化选择压力作用（ω=0.063）.Branch-specific 模型分析表明,UCP2基因在蝙蝠支系与其它不能飞行的哺乳动物、冬眠蝙蝠与非冬眠蝙蝠的进化过程所受到的选择压力无明显差异（P>0.05）.这说明在整个哺乳动物进化过程中UCP2对其能量代谢的调控均起到了重要作用.然而,UCP2如何参与哺乳动物能量调控仍有待于进一步研究.     

青岛文昌鱼泛素/52氨基酸融合蛋白AmphiUb52的研究

通过神经胚cDNA文库的大规模测序，从青岛文昌鱼(Brachiostoma belcheri tsingtauense)成功分离到一个泛素cDNA(AmphiUh52)克隆，演绎出的128位氨基酸序列揭示该基因产物为一个融合蛋白(76个氨基酸的泛素和52个氨基酸的60S核糖体蛋白)．序列同源性分析表明该基因在所有的真核生物中都高度保守．在52个氨基酸的核糖体蛋白中可能含有一个“锌指”模式参于核酸的结合．     

青岛文昌鱼铁蛋白ferritin基因的序列分析、同源性比较及二级结构预测

对青岛文昌鱼神经胚cDNA文库进行系统测序，分析测序结果，获得4个铁蛋白ferritin的EST，经过拼接得到含有完整读框的文昌鱼铁蛋白ferritin基因cDNA序列并据此演绎出其氨基酸序列，对演绎的文昌鱼铁蛋白ferritin的一级结构进行了分析，对其二级结构进行了预测，并与多种真核生物中的铁蛋白ferritin进行同源性比较，为认识文昌鱼铁蛋白ferritin和研究该分子的进化和功能提供了资料．     

藏猪NRAMP1基因的定量表达研究

采用半定量和定量PCR方法对藏猪的NRAMP1基因在脾脏等10个组织中的表达进行了研究.结果显示,该基因在所研究藏猪的组织中均得以表达,无组织表达特异性;定量PCR的结果证实该基因在不同组织中的表达量有很大的差异,其中,在脾脏中表达量最高,在肝脏中表达量最低,两者之间相差77倍,10个组织的平均表达量为3233拷贝/μg cDNA;NRAMP1基因在10个组织表达丰度从高到低的顺序为：脾脏、大脑、肺脏、回肠、肾脏、颌下淋巴结、结肠、心脏、肌肉和肝脏.     

Characterization and expression of a cDNA, AmphiSDHD,encoding the amphioxus cytochrome b small subunit in mitochondrial succinate-ubiquinone oxidoreductase

In this study, an amphioxus cDNA, AmphiSDHD, encoding the cytochrome b small subunit in mitochondrial succinate-ubiquinone oxidoreductase, was isolated from the gut cDNA library of amphioxus Branchiostoma belcheri tsingtauense. It is 1429 bp in length, with an open reading frame of 465 bp coding for a protein of 154 amino acids. The deduced protein contains a mitochondrial targeting presequence of 65 amino acids rich in basic residues like arginine and hydroxy residues such as serine and threonine. Alignment of the amino acid sequences of AmphiSDHD and other eukaryotic SDHD proteins showed that AmphiSDHD has three transmembrane segments, and includes two histidine residues in the second transmembrane segment that are the putative binding sites for the heme b molecule. The phylogenetic tree constructed suggests that AmphiSDHD appears more closely related to vertebrate SDHD proteins than invertebrate ones. Northern blotting demonstrated that AmphiSDHD is ubiquitously expressed in amphioxus, being in line with the fact that SDHD is a house-keeping protein.     

杨小舟蛾MtroOBP1基因的克隆、序列分析及表达

【目的】气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)是一种嗅觉相关的蛋白,该蛋白参与大多数气味分子的识别过程,并与气味分子相结合。获得杨小舟蛾[Micromelalopha troglodyta (Graeser)]OBPs以明确其特性。【方法】选择羽化后健康的杨小舟蛾触角为模板,通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术克隆杨小舟蛾MtroOBP1基因,利用生物信息学分析软件研究其基因序列和蛋白结构,运用实时荧光定量PCR(qPCR)技术研究MtroOBP1的组织表达模式。【结果】利用RT-PCR技术从杨小舟蛾触角总RNA中扩增得到MtroOBP1基因(GenBank登录号:MN056510),序列分析表明,MtroOBP1开放阅读框为777 bp,一共编码了258个氨基酸残基,且翻译的氨基酸序列仅含有4个保守的半胱氨酸位点,表明得到的OBP基因的编码蛋白不属于典型气味结合蛋白家族,而是属于Minus-C家族。蛋白质理化性质预测显示:MtroOBP1蛋白的分子量为29 664.57 u,等电点为6.23,有18个潜在的磷酸化位点,没有明显的跨膜区,疏水指数为-2.011~3.078,有一个由19个氨基酸组成的信号肽,说明为分泌型蛋白。组织表达模式表明MtroOBP1在杨小舟蛾的各部位都表达,但在触角中表达量最高。【结论】首次克隆得到杨小舟蛾MtroOBP1基因,在触角中高表达,推测其蛋白具有运输气味分子的功能,在杨小舟蛾的嗅觉识别中起着至关重要的作用。