从土壤中快速提取纯化DNA方法的建立

比较了从土壤中提取及纯化DNA的不同方法,确立了TENS-乙酸铵提取方法和PVPP柱层析的纯化方法.结果显示:TENS-乙酸铵提取方法对不同土壤均有较好的提取效果,DNA片段长度在23.1 kb以上,且无明显降解;PVPP柱层析的纯化方法比胶回收纯化方法的DNA回收效率高、质量好,可用于PCR扩增.     

内蒙古荒漠草原土壤微生物DNA提取方法的研究

利用三种提取方法从内蒙古荒漠草原土壤样品中提取了土壤微生物DNA,得到的DNA片段长度在23 kb以上,提取效果较好无降解.采用试剂盒直接纯化、凝胶回收试剂盒纯化、玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化这三种方法对粗提液进行纯化,结果显示:凝胶回收试剂盒纯化后DNA纯度最高,试剂盒直接纯化可得到较纯的DNA,而玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化的效果不佳,不宜进行后续的PCR扩增.以纯化的土壤微生物DNA为模板扩增了细菌16SrDNA,扩增产物分子量为1.5kb左右.通过比较研究提出了一种适合于从荒漠草原土壤中进行微生物DNA提取、纯化及PCR扩增的有效方法.     

土壤微生物DNA提取方法的研究

目的 研究土壤微生物DNA的提取方法.方法 选用3种常见有效的土壤微生物DNA提取方法与本实验设计的土壤微生物DNA提取方法对麦田土壤微生物DNA进行提取比较.结果 4种方法均能从麦田土壤中提取到片段长度大于22kb的DNA片段,不同方法提取的DNA浓度有一定的差异.提取得到的总DNA不需要纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA的通用引物可以扩增得到相应的片段.结论 该法操作简便、提取快速、DNA纯度和得率较高.     

青霉DNA提取方法比较研究

比较了CTAB、SDS-CTAB和氯化苄等3种DNA提取方法提取青霉DNA的效果，结果表明：CTAB法和SDS-CTAB法只适合于部分青霉菌株的DNA提取，另外一些菌株则提取不出谱带清晰的DNA．而氯化苄法适合于供试的所有青霉菌株的DNA提取，所有菌株的DNA凝胶电泳图谱带清晰，效果很好．此外，还研究了液氮研磨和提取液pH对氯化苄法提取DNA效果的影响．     

苔藓植物总DNA提取方法和条件的研究

通过CTAB法和高盐低pH法对几种苔藓植物组织DNA的提取进行了比较，结果表明高盐低pH法操作简单、快捷，无需DNA的纯化步骤。且提取DNA的含量和纯度都很高，经过紫外吸收法检测，A^260A^280的比值在1．7—2．0之间。同时实验也研究了提取材料、β-巯基乙醇以及处理方法对DNA的影响，结果表明实验材料对DNA的含量和纯度的影响不大，而在提取缓冲液中加入l％β-巯基乙醇可以有效的抑制酚类物质使DNA褐变，在提取过程中增加回收步骤可以提高DNA产量。这些结果为今后进一步开展苔藓植物的分子生物学研究奠定了基础。     

红壤中微生物总DNA的分离与纯化

采用2种不同的土壤DNA直接提取方法,提取了4种不同类型红壤的微生物总DNA,并对提取的DNA用Sephadex G-200离心层析法进行了纯化.结果表明:2种方法都可以从红壤中提取到分子量大于10kb的DNA的片段,不同提取方法获得的DNA的产量存在较大差异.方法二用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果较好的DNA抽提方法.其提取DNA产量高,重复性好,适合于土壤少量样品的DNA提取.Sephadex G-200离心层析法能较好地去除土壤中的有机物杂质,DNA溶液由原来的黄褐色变得澄清透明,且不会使提取的DNA断裂或损失,是一种较好的土壤微生物总DNA纯化方法.     

红壤中微生物总DNA的分离与纯化

采用2种不同的土壤DNA直接提取方法,提取了4种不同类型红壤的微生物总DNA,并对提取的DNA用Sephadex G-200离心层析法进行了纯化。结果表明:2种方法都可以从红壤中提取到分子量大于10kb的DNA的片段,不同提取方法获得的DNA的产量存在较大差异。方法二用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果较好的DNA抽提方法。其提取DNA产量高,重复性好,适合于土壤少量样品的DNA提取。Sephadex G-200离心层析法能较好地去除土壤中的有机物杂质,DNA溶液由原来的黄褐色变得澄清透明,且不会使提取的DNA断裂或损失,是一种较好的土壤微生物总DNA纯化方法。     

三种土壤微生物DNA提取方法的比较

设计、比较了3种直接提取土壤微生物DNA的方法。实验结果表明,3种方法都可以从土壤中提取到一定的微生物DNA片段,但是使用不同的方法对于DNA提取的产量存在着很大的差异;初提的土壤DNA经进一步提纯后均可用于PCR扩增。其中方法III提取的DNA产量最高,且效果明显,是一种从小量土壤样品中直接提取微生物DNA的理想方法,在土壤微生研究中具有重要的应用价值。     

光滑载体上人体脱落细胞的DNA检验

目的：对运用EZ1磁珠法和QIAquick@Spin Columns硅膜法提取光滑载体上人体脱落细胞DNA的检验效果进行比较,为优化提取方法提供参考.方法：选取案件受理检材33例,应用二步棉签擦拭法收集各类光滑载体上的微量脱落细胞DNA,采用EZ1磁珠法和QIAquick@Spin Columns硅膜法提取纯化后,进行常规STR检测.结果：光滑载体上人体脱落细胞DNA材采用2种方法提取DNA,所得结果有较大差异;采用QIAquick@Spin Columns硅膜法提取的效果明显优于EZ1磁珠法.结论：相对而言,QIAquick@Spin Columns硅膜法更具优势.     

东南景天DNA提取方法的比较

以超积累生态型、非超积累生态型东南景天（SedumalfrediiHance）的嫩叶为材料，采用CTAB法、SDS法、尿素法、柠檬酸钠法提取DNA，比较不同方法提取DNA的效率．结果表明，采用4种方法提取超积累生态型东南景天和非超积累生态型东南景天的DNA，其OD260／OD280的比值在1．8～2．0之间；除柠檬酸钠法外，其余3种方法提取的DNAOD26。／OD230的比值均大于2．0；其DNA浓度和得率都是尿素法〉CTAB法〉SDS法〉柠檬酸钠法，从琼脂糖凝胶电泳图来看，也是尿素法效果最好．因此，认为尿素法适合于超积累生态型和非超积累生态型东南景天DNA的提取．     

海洋底泥环境DNA提取与纯化方法比较研究

为了探索有效的海洋底泥宏基因组DNA提取与纯化方法,分别采用CTAB结合SDS法、CTAB结合玻璃珠法、SDS结合蛋白酶K法和SoilMasterTM试剂盒法提取海洋底泥宏基因组DNA,用柱式腐殖酸清除试剂盒法与电洗脱法纯化宏基因组DNA,并对宏基因组DNA的产量与纯度进行评价.结果表明:SDS结合蛋白酶K法提取率最高,DNA片段完整;SoilMasterTM试剂盒法与CTAB结合SDS法次之;CTAB结合玻璃珠法有严重降解;电洗脱法可以得到高纯度、大于42kb宏基因组DNA片段.因此,SDS结合蛋白酶K法和电洗脱法提取纯化海洋近海底泥宏基因组DNA优于其他方法.     

红树林土壤环境DNA提取和纯化方法比较

探讨适合红树林土壤环境DNA的提取及纯化方法,筛选出可以提取到高质量且物种覆盖度广的环境DNA的方法。本研究通过多种方法提取和纯化红树林土壤环境DNA,并进行物种覆盖度(细菌、真菌、底栖无脊椎动物、植物、线虫)的比较评估。用6种方法提取红树林潮间带林下土壤环境DNA,并使用2种方法对DNA进行纯化;用不同物种类群的通用引物进行PCR扩增,评估各种方法提取和纯化的环境DNA的物种覆盖度。结果显示,不同方法提取DNA的效率有一定的差异,但2种方法纯化前后DNA的质量并没有显著差异;5种试剂盒方法提取的DNA均可以有效扩增出细菌和无脊椎动物的DNA;DNeasy PowerSoil试剂盒提取的DNA扩增植物引物结果最佳;来自不同区域红树林土壤的DNA在扩增真菌对应引物时差异较大;2种试剂盒直接提取的DNA可以有效扩增出线虫的DNA。本研究为今后基于环境DNA技术研究红树林生物多样性工作的顺利开展提供科学依据,奠定了一定的基础。     

液氮速冻法快速回收小分子DNA片段

介绍一种高效回收小分子DNA片段的方法,只需两个离心管及一块玻璃棉纸,凝胶速冻后简单离心即可回收DNA.实验证明这种回收DNA的方法具有简便快捷、成本低和效率高等优点,是一种切实可行的方法.     

A DNA sequence alignment algorithm using quality information and a fuzzy inference method

DNA sequence alignment algorithms in computational molecular biology have been improved by diverse methods. In this paper, we propose a DNA sequence alignment that uses quality information and a fuzzy inference method developed based on characteristics of DNA fragments and a fuzzy logic system in order to improve conventional DNA sequence alignment methods that uses DNA sequence quality information. In conventional algorithms, DNA sequence alignment scores are calculated by the global sequence alignment algorithm proposed by Needleman-Wunsch, which is established by using quality information of each DNA fragment. However, there may be errors in the process of calculating DNA sequence alignment scores when the quality of DNA fragment tips is low, because only overall DNA sequence quality information are used. In our proposed method, an exact DNA sequence alignment can be achieved in spite of low quality of DNA fragment tips by improvement of conventional algorithms using quality information. Mapping score parameters used to calculate DNA sequence alignment scores are dynamically adjusted by the fuzzy logic system utilizing lengths of DNA fragments and frequencies of low quality DNA bases in the fragments. From the experiments by applying real genome data of National Center for Biotechnology Information, we could see that the proposed method is more efficient than conventional algorithms.     

A DNA sequence alignment algorithm using quality information and a fuzzy inference method

DNA sequence alignment algorithms in computational molecular biology have been improved by diverse methods. In this paper, we propose a DNA sequence alignment that uses quality information and a fuzzy inference method developed based on the characteristics of DNA fragments and a fuzzy logic system in order to improve conventional DNA sequence alignment methods that uses DNA sequence quality information. In conventional algorithms, DNA sequence alignment scores are calculated by the global sequence alignment algo- rithm proposed by Needleman-Wunsch, which is established by using quality information of each DNA fragment. However, there may be errors in the process of calculating DNA sequence alignment scores when the quality of DNA fragment tips is low, because only the overall DNA sequence quality information are used. In our proposed method, an exact DNA sequence alignment can be achieved in spite of the low quality of DNA fragment tips by improvement of conventional algorithms using quality information. Mapping score param- eters used to calculate DNA sequence alignment scores are dynamically adjusted by the fuzzy logic system utilizing lengths of DNA fragments and frequencies of low quality DNA bases in the fragments. From the experiments by applying real genome data of National Center for Biotechnology Information, we could see that the proposed method is more efficient than conventional algorithms.     

一种PCR快速鉴定重组体DNA阳性克隆及插入方向的方法

当外源DNA以非定向的方式插入克隆载体时,需用测序或酶切的方法确定插入方向,上述两种方法或昂贵或费力。描述了一种快速、简便的PCR法,即利用载体的通用引物和目的片段的两个特异性引物直接扩增重组菌落,从而达到鉴别DNA插入方向的目的。     

树鼩角膜内皮细胞体外原代培养方法的建立

摘要: 目的 建立树鼩角膜内皮细胞( corneal endothelial cells,CECs) 体外分离、培养及纯化的稳定技术,为人类眼科角膜疾病提供新的实验材料。方法 通过比较揭膜法、双酶消化法及揭膜-消化两步法,确定每种树鼩原代 CECs 取材方法的优劣性。分别使用 DMEM /F12,M199,Ham’s F12 /M199 三种培养液以确定树鼩 CECs 原代细胞最适培养液。使用 TGF-β 抑制剂、低血清培养法及梯度消化法来探讨树鼩 CECs 纯化的可行性。苏木精-伊红染色观察细胞形态,根据树鼩神经元烯醇化酶( NES) 设计并筛选特异性引物,使用 PCＲ 方法检测细胞 NES 表达情况并用 NES 抗体进行细胞免疫荧光染色鉴定。结果 揭膜法可以快速、有效得到高纯度的树鼩 CECs 细胞。Ham’s F12 /M199 培养液是树鼩 CECs 的最适培养液。使用 TGF-β 抑制剂可以达到 CECs 的纯化目的。结论 优化的树鼩 CECs 细胞培养纯化方法对树鼩 CECs 的体外培养更适宜,优化条件下分离培养的细胞符合 CECs 的一般特征。     

不同消解法对土样中汞的测定对比分析

采用微波消解、水浴加热、电热板加热方法消解土壤标准样品,以氢化物发生-原子荧光法测定消解液中汞的含量,比较了几种消解方式的精密度与准确度。结果表明:微波消解法可达到较高的精密度与准确性,其相对标准偏差为1.6%~5.5%;水浴加热法相对标准偏差为2.3%~8.9%,适用于大量样品的消解;电热板法相对标准偏差为1.8%~12.4%,精确度差且酸耗大。水浴加热消解法因其酸耗小、操作简便、测定结果准确度较高等特点更适用于环境监测工作中大批量土壤样品中汞含量的测定。     

应用PCR—SSCP技术从显微切割的人染色体17q11—12探针池批量分离单拷贝片段的研究

将ＤＮＡ单链构象多态（ＳＳＣＰ）检测的原理，应用于“显微切割的人染色体１７ｑ１１—１２探针池”批量分离单拷贝片段，取得了很好效果。从筛选出的７４个次级单拷贝中有效地鉴定出３７个非同源的单拷贝片段。这比传统的仅限于长度比较而确认的非同源单拷贝片段（１２个）多出２５个．其中部分已经ＤＮＡ测序证实。结果提示：采用ＳＳＣＰ技术区分相似分子量单拷贝片段的同源性，可显著地提高从“显微切割探针池”分离和克隆非同源单拷贝片段的效率。本文还将一部分单拷贝片段作为探讨，与人基因组ＤＮＡ的限制性片段作Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹杂交，结果均只显示单一杂交带，说明单拷贝ＤＮＡ片段的结论是可靠的。