基因突变检测PCR-SSCP实验条件优化研究

探索基因突变检测PCR-SSCP技术的最佳实验条件。以人血液DNA为实验材料,人类基因组天然存在的基因突变位点为研究对象,依次对不同的变性剂、交联度、电泳缓冲液、电泳时间、电压以及有无甘油等因素进行PCR-SSCP最优条件分析。利用碱性变性剂对DNA变性,电泳条件为不加甘油的14%凝胶(交联度为29∶1),0.5×TBE电泳缓冲液、300 V电泳4 h后180 V电泳14 h,得到较理想的PCR-SSCP电泳图谱,此为摸索出的最佳条件。该条件在筛选基因突变过程中是一种简便、快速、灵敏、经济和有效的实验方法。     

尘肺结核患者Mycobacterium tuberculosis耐药基因突变研究

研究尘肺结核患者结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)耐药基因突变与耐药性的关系。在97例尘肺结核患者痰中检出MTB菌株28株,采用PCR-SSCP法检测katG、rpoB和rpsL基因突变,并与采用常规药敏试验(AST)法检测的耐药结果进行对比分析。采用PCR-SSCP法检测katG、rpoB和rpsL基因,突变率分别为42.86%(12/28)、42.86%(12/28)和32.14%(9/28),采用AST法检测INH、RFP和SM,耐药率分别为64.23%(18/28)、60.71%(17/28)和53.57%(15/28),两者之间差异均无显著性(P>0.05)。其中多耐药株20例(71.43%),包括耐三种药物12例(42.86%),耐两种药8例(28.57%),单耐药株6例(21.43%),敏感株2例,耐药率92.86%。PCR-SSCP法检出3个基因联合突变8株,与AST法符合率为66.67%(8/12);2个基因突变5株,符合率为62.50%(5/8);单基因突变2株,符合率为33.33%(2/6)。结果表明:PCR-SSCP技术适用于MTB katG、rpoB和rpsL耐药基因突变的筛选,对指导尘肺结核患者临床用药上具有重要意义。     

特异性染色体易位相关与非相关软组织肉瘤间p53突变的比较研究

研究特异性染色体易位相关与非相关软组织肉瘤间p53突变情况及差异。选取软组织肉瘤样本82例,其中特异性染色体易位相关软组织肉瘤样本40例特异性染色体易位非相关软组织肉瘤样本42例;运用PCR-SSCP和DNA序列测定的方法检测p53基因突变。在82例软组织肉瘤中共检测出22例p53基因突变,其突变率为26.8%（22/82）。40例特异性染色体易位相关型软组织肉瘤中发现6例p53基因突变,其突变率为15%（6/40）;42例特异性染色体易位非相关型软组织肉瘤中发现16例p53基因突变,其突变率为38.1%（16/42）。二类软组织肉瘤p53基因突变有差异,PCR-SSCP技术是筛选大宗标本基因结构微小改变的好方法。     

乙胺丁醇耐药结核分枝杆菌embB基因分析

了解结核分枝杆菌耐乙胺丁醇(EMB)分离株embB基因突变情况,研究其应用价值。通过聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)技术分析98株新疆部分地区结核分枝杆菌临床分离株embB基因。以H37Rv标准株为对照,52株药物敏感株的embB基因SSCP均泳动正常,RFLP和测序分析与对照株相同。46株耐EMB分离株中,28株(60.9%)embB基因SSCP泳动异常;5株RFLP分析异常;测序分析5株均为306位密码子突变,为ATG→ATA。部分结核分枝杆菌耐EMB是由于其embB基因突变所致,PCR-SSCP和PCR-RFLP技术可能成为测定部分结核分枝杆菌EMB耐药简便、快速的方法。     

PCR-SSCP法用于结核分枝杆菌耐药基因检测的价值探究

探究聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)法用于结核分枝杆菌(MTB)耐药基因检测的价值。收集2017年7月～2018年6月从肺结核患者痰标本提取而来的89株MTB菌株,采用PCR-SSCP法检测katG、rpoB和rpsL耐药基因突变情况,并与药敏试验结果相比较分析。药敏试验结果显示耐药株72株(80.90%),其中耐链霉素(SM)39株(43.82%),耐利福平(RFP)61株(68.54%),耐异烟肼(INH)50株(56.18%),单耐药株11株(15.28%),耐2种药物株25株(34.72%),耐3种药物株36株(50.00%)。PCR-SSCP法检测显示72株耐药株中共检出64株,katG、rpoB和rpsL基因突变率分别为48.31%(43/89)、57.30%(51/89)、34.83%(31/89),单基因突变25株(39.06%),与药敏试验结果比较,符合率为63.64%(7/11),2种基因联合突变17株(26.56%),符合率为56.00%(14/25),3种基因联合突变22株(34.38%),符合率为61.11%(22/36)。PCR-SSCP法用于MTB耐药基因检测价值较高,可与药敏试验结果联合以指导临床用药。     

慢性粒细胞白血病急变与bcr／abl，p53,p16基因相关性研究

应用RT-PCR、PCR-SSCP方法对33例慢性粒细胞白血病（Chronic myeloid leukemia,CML）进行了bcr/abl,p53,p16基因检测，发现33例CML中32例bcr/abl基因阳性（97.0%）。22例慢性期无p53基因突变，而11例急变组中一例外显子5和一例外显子7发生p53基因突变，且均发生于急粒变组，2例出现p16基因纯合缺失，且均发生在急淋变组，33例CML均未见p16基因突变，结果提示：bcr/abl基因与CML发生有关，而p53基因突变可能与CML急粒变有关，p16纯合缺失可能与CML急淋变有关。     

哈萨克族食管癌中PTEN基因的突变情况

通过检测抑癌基因PTEN在新疆哈族食管癌及正常食管粘膜组织中的突变频率,探讨PTEN基因突变与哈族食管癌的关系。运用聚合酶链反应-单链构象多态性分析（PCR-SSCP）方法以及DNA直接测序技术,扩增125例哈族食管癌石蜡包埋组织及70例新鲜哈族食管粘膜中PTEN基因的突变热点,即第5-8号外显子,根据构象改变检测其基因突变情况。125例哈族食管癌组织中PTEN基因第5及第8号外显子的突变率分别为0．8％（1／125）．3．2％（4／125）,6、7号外显子未发现突变（0／125）。70例新鲜哈族食管粘膜中均未检测到任何突变（0／70）。二者差异无统计学意义（P〉0．05）。哈族食管癌中存在PTEN抑癌基因的突变,但突变率较低。PTEN基因突变在食管癌发生发展中的作用不大。     

结核分枝杆菌耐链霉素与rpsL和rrS基因的相关性研究

为探讨新疆地区结核分枝杆菌对链霉素(streptomycin,STR)产生耐药性的分子机制,建立直接快速检测结核杆菌STR药物敏感性的方法.应用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)银染分析技术,检测62株结核杆菌临床分离株链霉素耐药性及rpsL和rrS基因变异情况,以结核分枝杆菌标准株(H37Rv)为对照.结果发现62株结核杆菌临床分离株中,32株STR敏感株的rpsL和rrS基因未见SSCP泳动异常,30株STR耐药株中,23株(76.7%)中rpsL(21株)和rrS(5株)基因出现SSCP泳动异常,并且3株出现了rpsL和rrS双基因的SSCP泳动异常.因此,rpsL和rrS基因突变可能是结核分枝杆菌对链霉素产生耐药性的重要分子机制,PCR-SSCP银染技术可作为快速检测结核杆菌STR药物敏感性的方法.     

钠泵α1亚单位基因突变与哈萨克族人原发性高血压的关系

采用整群抽样的方法选择哈萨克族高血压患者117例和正常对照90例,提取入选对象白细胞基因组DNA,利用PCR-SSCP技术研究哈萨克族人钠泵α1基因的Ouabain结合部位569-764位核苷酸区域是否存在变异,以及变异与哈萨克族人高血压的关系。针对哈萨克族人钠泵α1基因的Ouabain结合部位569- 764位核苷酸区域扩增的PCR产物仅发现单一类型的SSCP带型,说明哈萨克族人钠泵α1基因的569-764 位核苷酸区域可能不存在基因突变,或即使存在某种突变,其几率也极低。     

利用特异性寡聚核苷酸探针分析DNA单核苷酸多态性

基因突变的分析研究在人类后基因组技术中占有非常重要的位置.DNA单核苷酸多态性(SNP)是最常见的基因突变的存在形式,是研究基因图谱、遗传性疾病及其治疗的重要工具.所以SNP的分析研究近年来倍受关注,已有许多SNP的分析方法被报导[1].     

p53、Rb、p16抑癌基因在胃粘膜上皮异型增生病变中表达的意义

目的：研究p53、Rb和P16 3个抑癌基因在正常胃粘膜→异型增生粘膜→胃癌发展过程中的表达状态及相互关系。方法：收集胃手术及胃镜活检标本共60例,镜下观察胃粘膜并选取不增生病灶、35例胃腺癌和32例正常胃粘膜中的表达情况。应用聚合酶链反应单链构象多态性分析技术（PCR-SSCP）对35例胃腺癌进行p16基因点突变检测。结果：p53阳性率在轻、中、重度异型增生病灶的分别为7.5%、35.1%、59.1%,胃癌组为68.6%,正常对照组中无表达。Rb蛋白阳性率在轻、中、重度异型增生病灶中分别为80.0%、89.3%、81.8%,胃癌组为57.1%,正常对照组为90.6%。p16蛋白在正常胃粘膜、异型增生粘膜和胃癌中普遍表达,3组间阳性率比较无显著性差异。p16基因PCR-SSCP分析示只有1例低分化腺癌出现异常单链泳动带。不同类型（隐窝型、腺瘤型、再生型）异型增生病灶组间、位于癌旁和良性病变旁的异型增生病组间p53、Rb和p16蛋白的阳性率无显著性差异。高-中分化、低分化、未分化胃癌组p53、Rb和p16蛋白的阳性率无显著性差异。结论：突变型p53蛋白的积聚在胃粘膜异型增生阶段已经开始,随着异型增生程度的加重逐渐增加,重度病变中p53表达率与胃癌组相似,提示p53基因突变是胃癌发生过程中的早期事件。Rb蛋白在癌变组中缺失率较异型增生显著,可能是胃癌发生过程中的较晚事件。推测在p53基因突变的基础上加以Rb蛋白的缺失最终导致胃粘膜上皮癌变。p16蛋白的表达在胃癌发生过程的3个阶段病变中无显著的变化,可能不起要作用。不同类型（隐窝型、腺瘤型、再生型）异型增生间、癌旁或良性病变旁的异型增生间,不同分化程度的胃腺癌组间这3种抑癌基因蛋白表达状态基本相同。     

头颈部鳞癌中p53-mdm2基因异常的研究

目的:检测头颈部鳞癌患者p53基因突变、mdm2基因扩增的状况,了解其与头颈部鳞癌患者的性别、鳞癌分级、淋巴结转移等的相关性及两异常基因的相关性。方法:收集50例行手术切除的头颈部鳞癌患者的新鲜肿瘤组织及其相应的癌旁正常组织,提取标本DNA;用PCR-SS-CP-银染法检测p53基因第5~8外显子的突变状况;用dPCR法检测mdm2基因扩增情况;采用SPSS 10.0统计软件包行2检验分析实验结果。结果:在50例头颈部鳞癌患者标本中,检测出17例存在p53基因突变,突变率为34%,所有的癌旁正常组织未发现p53基因突变;在50例鳞癌标本中检测出6例标本存在mdm2基因扩增,扩增率为12%,其中有一例同时存在p53基因突变;p53基因突变、mdm2基因扩增与患者的鳞癌分级、淋巴结转移、性别等相关性分析结果均无统计学意义(P>0.05)。结论:p53基因突变与mdm2基因扩增在头颈部鳞癌中较常见,可能是头颈部鳞癌发生发展的主要分子机制。     

晚期非小细胞肺癌中EGFR基因突变及靶向药物治疗临床分析

目的探讨晚期非小细胞肺癌中EGFR基因突变及靶向药物治疗的临床疗效分析;方法对34例病例采用x TAG液相芯片技术进行基因检测,其中EGFR基因突变11例,其中EGFR E19基因突变6例,EGFR E21基因突变3例,EGFR E20/2基因突变2例,未检测到突变15例,对EGFRE19/21基因突变的9例患者采用吉非替尼250mg/天,口服,持续口服至进展;结果 3例完全缓解,2例部分缓解,1例疾病进展,3例疾病稳定;结论 EGFR基因突变患者应用靶向药物治疗可明显改善生活质量、提高疾病控制率与生存率。     

突变型P53和肿瘤易感基因101在肺癌组织中的表达及意义

探讨了P53基因突变对肺癌组织中TSG101基因的影响,结果是:TSG101在正常组织中呈强阳性表达100%(30/30),在高分化肺癌(包括肺鳞癌和肺腺癌)组织、低分化肺癌组织、淋巴结转移组织的表达分别为77.97%(92/118)、25.37%(17/67)、18.95%(18/95);P53的表达则相反,在正常组织、高分化肺癌组织、低分化肺癌组织、淋巴结转移组织的表达分别为6.67%(2/30)、67.80%(80/118)、86.57%(58/67)、94.63%(90/95);P53基因PCR-SSCP分析谱检测P53第5~8外显子阴性56例占30.27%,阳性129例占69.73%,总突变率为69.73%(127/180);P53与TSG101呈现负相关.这些结果提示P53和TSG101可能共同参与了肺癌的发生、发展和转移.     

FMO3基因突变频率在4个傣族群体中的分布

采用PCR-RFLP方法对云南同一个少数民族4个不同地区的傣族群体进行FMO3基因突变频率分析,发现FMO3基因突变频率在这4个群体间有差异.     

半月科技要闻

国际新闻国际新闻基因突变引发致命白血病基因突变引发致命白血病一项新的研究表明,Ikaros基因突变在急性淋巴细胞白血病(ALL)的触发中扮演了重要角色。同样的费城染色体缺陷,慢性粒细胞白血病(CML)的患者能够通过治疗得到康复。而ALL患者几个月内会死亡,很难治愈。     

净水工艺中的微生物群落结构与优势菌

采用PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对生物活性炭滤池与生物强化净水工艺中的微生物群落结构和多样性进行分析,并利用最大可能数法研究生物活性炭滤池与生物强化滤池中可培养的优势菌.实验结果表明,混凝、砂滤及生物强化过滤净水工艺对微生物的群落结构均无明显影响;生物活性炭净水工艺则可使原水微生物群落多样性降低,这是由于活性炭对微生物具有的较强吸附作用所致.通过分析R2A培养基上生长的微生物群落,发现各生物滤池中可培养的微生物群落具有丰富多样性,且滤池间Dice遗传相似系数为0.69～0.86,即群落种类差异较小.生物活性炭滤池与生物强化滤池中可培养的主要优势菌为巨大芽胞杆菌、短小芽胞杆菌、蜡样芽胞杆菌、弗劳地枸橼酸杆菌、豚鼠气单胞菌、恶臭假单胞菌和肺炎克雷氏菌等.将PCR-SSCP技术与传统培养方法相结合,可分析生物滤池中的优势菌群,提高饮用水的生物处理能力.     

21例葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症基因突变型分析

G6PD是磷酸戊糖旁路代谢的限速酶 ,也是重要的看家酶 .G6PD缺乏症是人类常见的遗传性疾病 .作者应用突变特异性扩增系统 (ARMS) ,对 2 1例G6PD缺乏症患儿进行基因检测 .结果在2 1例患儿中检出G1388A突变 7例 ,G1376T突变 4例 ,A95G突变 3例 ,未定型 7例 .成都常见的G6PD基因突变型为中国人中常见突变型 ,分析四川人群G6PD基因突变型 ,估计基因突变频率 ,可为四川省G6PD缺乏症的临床防治提供理论依据 .     

基于蚁群算法的肿瘤驱动通路搜索方法研究

肿瘤的发生和发展主要是由基因突变的累积导致细胞信号通路调控紊乱而引起的.将通路中基因集的两个特性——高覆盖性和高排他性,与基因协变量相结合,提出了一种基于蚁群优化算法的驱动通路搜索方法.旨在基因突变数据及基因协变量数据的基础上,搜索满足高覆盖性和高排他性的通路基因集,从而识别致癌的驱动通路.首先,通过对基因表达水平、复制时间和染色体状态3个基因协变量相互的关联性,以及它们与基因突变频率的相关性进行分析,选择复制时间作为影响基因突变频率的权重协变量.然后,将权重协变量与现有方法结合,构造了一个新的最大权重子矩阵函数作为组合优化问题的目标函数.为克服该优化问题的NP难题,采用蚁群优化算法求解.应用该方法在肺腺癌的突变数据上进行了分析与验证.结果证明,该方法不仅比现有方法找到了更多在已证实通路中的癌基因,而且其中包含多个互斥性显著的基因对,证明了方法的有效性.     

浓香型大曲微生物群落结构的PCR-SSCP分析条件优化

文章研究了浓香型大曲微生物群落结构的PCR-SSCP分析条件的优化,结果表明:PCR产物100℃变性5 min后,在交联度为49:1,浓度为8%的聚丙烯酰胺凝胶中,无甘油,4℃条件下200 V电泳15 h,可得到较理想的图谱。