原尾纲高级阶元系统学的分子佐证

作为一类重要的低等六足动物，原尾虫的系统学仍然存在争议. 文中测定分析了10种原尾虫（涉及蚖目、古蚖目和华蚖目3大类群的6科9属）的18S rDNA全序列（约2000bp）和28S rDNA部分序列（约400bp）. 以跳虫和双尾虫的代表物种作为外群，采用最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和Bayesian分析（BI）构建了分子系统树. 所获结果显著支持原尾虫的单系性；支持蚖目和古蚖目的单系性；华蚖科和富蚖科位于蚖目和古蚖目之外，并且两科各自独立.     

基于18S rDNA的全变态类昆虫系统发育分析

 为了揭示全变态类昆虫的系统发育关系,选择准新翅群3目3种昆虫作为外群,基于18S rDNA序列对全变态类11个目21科21种昆虫的系统发育关系进行研究。通过对18S rDNA序列进行多重序列比对,用似然比检验进行碱基替代模型的选择,分别利用ML法和贝叶斯法构建系统发育树。结果表明,全变态类昆虫聚为3个分支：双翅目+捻翅目、鞘翅目+(广翅目+(蛇蛉目+脉翅目))和膜翅目+(蚤目+长翅目)+(鳞翅目+毛翅目)。长翅类的单系性未得到支持。     

细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

三种螳蛉线粒体基因组及脉翅目系统发育分析

通过PCR结合引物步移法测定日本螳蛉Mantispajaponica、汉优螳蛉Eumantispa harmandi和铜头螳蛉Euclimacia badia的全线粒体基因组,并进行序列分析。结果表明:日本螳蛉、汉优螳蛉和铜头螳蛉的全线粒体基因组长度分别为16 106、15 741和15 899bp,基因组成和排列与其他已测脉翅目昆虫一致,均包括13个蛋白质编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因(tRNA)、2个核糖体RNA基因(rRNA)和1个长度可变的A+T富集区。蛋白质编码基因除COⅠ以ACG作为起始密码子外,其余基因均以ATN作为起始密码子;除COⅠ、COⅡ、ND5、ND4以不完整的T作为终止密码子外,其他基因终止密码子均为完整的TAA。汉优螳蛉的22个tRNA均形成典型的三叶草形二级结构;而日本螳蛉和铜头螳蛉的21个tRNA形成典型的三叶草形二级结构,仅trnSAGN二级结构缺失DHU臂,在该位置形成1个环。A+T富集区位于rrnS和trnI-trnQtrnM之间,长度分别为1 281、936和1 092bp,并在该区域存在一些串联重复序列及1个茎环结构。基于13个蛋白质编码基因数据集,采用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)对脉翅目进行初步的系统发育分析,结果显示两种系统树拓扑结构一致,符合以往形态学和分子分类的研究结论,支持螳蛉科的单系性,但不支持蚁蛉科的单系性。     

基于mt16S rDNA的长蝽总科(异翅亚目:蝽次目)系统发育的研究

利用16S rDNA分子约540 bp的序列对长蝽总科9个科29个种进行系统发育分析.运用MP法、ML法和NJ法分析,结果表明:原来属于广义长蝽科的Pachygronthidae、Rhyparochromidae、Cymidae、Geocoridae、Blis-sidae、Oxycarenidae和狭义Lygaeidae并不形成一个单系的广义长蝽科;梭长蝽科Pachygronthidae的两个族Pachygronthini和Teracriini分成两支而形成多系;莎长蝽科Cymidae与梭长蝽科Pachygronthidae的Pachygronthi-ni族总是聚成一支形成姐妹群.研究说明广义长蝽科是多系,这与最近的形态学研究一致,从分子水平上支持Henry(1997)把广义长蝽科中的部分亚科提升为科的修订.与现有的形态分类系统有所不同的是,地长蝽科和狭义长蝽科都是多系群.     

兰州鲇线粒体基因组序列结构及系统发育分析

利用GenBank中欧洲鲇的线粒体基因组序列, 设计出6对引物, 通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(primer walking)法测定了兰州鲇的线粒体基因组序列, 并对其进行结构分析。兰州鲇线粒体基因组序列全长16524 bp, 包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和1个非编码区。用最大似然法对鲇形目11种鲇鱼线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的核苷酸序列进行系统发育分析。结果显示, 兰州鲇首先跟其他鲇科鱼类聚为一支, 形成一个单系群, 位于系统发育关系树的中部。     

蚜蝇科昆虫比较线粒体基因组分析

通过检索GenBank数据库(截止2018年9月)和查阅文献资料,对已知的6种蚜蝇线粒体基因组全序列进行了分析,其基本结构特点是:1)全序列在碱基组成中表现出很强的AT偏向性; 2)未出现基因重排现象; 3) tRNA基因的二级结构为典型的三叶草结构; 4)大多数线粒体蛋白编码基因的起始密码子都是ATN。同时基于8条线粒体基因组全序列(含3个外群)构建蚜蝇科系统发育关系,结果支持蚜蝇科的单系性。     

用核糖体DNA的ITS序列探讨滇桐属的系统学位置

采用PCR直接测序方法 ,对来自椴树科、梧桐科、木棉科 17属的 33个种和作为外类群的锦葵科 2属4个种的核糖体DNAITS区 (含 5 8S区 )序列进行了分析。结果表明 ,滇桐属 (Craigia)与椴树属为姐妹群关系 ,二者构成单系类群 ,因而将滇桐属置于椴树科中较为合理 ;刺果藤属和翅子树属有较近的亲缘关系 ,并与蚬木属和柄翅果属构成一个单系类群 ,二者可能与椴树科有更近的亲缘关系 ;榴莲属与椴树科的破布叶属构成单系类群 ;山芝麻属与椴树科、梧桐科和木棉科构成并系关系 ;因此 ,这些属的系统位置尚需进一步确定。综合分析的结果支持将椴树科、梧桐科和木棉科归并到锦葵科中的观点。     

医蛭形亚目常见物种系统发育基因组学研究

本研究基于GenBank中10个医蛭形亚目物种及2个近缘外类群的基因组或转录组数据,提取COI、18 S和蛋白编码核基因的直系同源序列（Orthologs）,开展系统发育分析。比对后的COI、18 S和Orthologs序列长度分别为1533、1832、220095 bp。最大似然法和贝叶斯推断法分析显示,基于Orthologs序列构建的系统发育树在几乎所有节点上的支持率都达到100%,明显优于COI和18 S序列得到的结果。研究表明,医蛭科的欧洲医蛭、东方医蛭和侧纹医蛭组成一个单系群,医蛭科的日本医蛭与黄蛭科的宽体金线蛭和尖细金线蛭组成另一单系群,而黄蛭科的马蛭与上述6个物种形成姐妹群。医蛭科的两种牛蛭（菲牛蛭和棒纹牛蛭）组成一个单系群,此单系群与医蛭科的其他物种的遗传关系比马蛭更疏远;山蛭科的洞穴山蛭在10个医蛭形亚目种类中处于最基部位置。本研究阐明了医蛭形亚目常见物种的系统发育关系,为这些物种的资源开发利用和保护提供科学依据。     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统5发育关系

基于1720 bp 的18S rRNA 基因序列以 Darwinula sp．和 Cytherelloidea．munechikai 为外群,采用最大简约法(MP 法)和邻接法(NJ 法)对腺介虫亚目(Cypridocopina)3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析．结果表明：1)现生腺介虫亚目动物为单系群；2)两种营海水生活的介形类—海介虫总科(Pontocypridoidea)和大介虫总科(Macrocypridoidea)间的亲缘关系较近；3)现生腺介虫总科(Cypridoidea)也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的 Dolerocypris sp．与萤光介虫科的 Candona holzkanpfi 聚成一支；而萤光介虫科的 Cypria crenulata 和泥介虫科的 Ilyocypris．angulata 同时与腺介虫科其它动物聚为一支．     

三肠亚目(扁形动物门:涡虫纲:序列目)涡虫系统发育研究进展

比较分析了基于形态特征和分子序列数据的三肠亚目涡虫的系统发育关系,总结出现今大家公认的该亚目的系统发生关系:Tricladida是一个亚目级阶元,即三肠亚目,隶属于扁形动物门、涡虫纲、序列目.该亚目下分4个次目:海栖次目、陆栖次目、沼栖次目和穴居次目,其中海栖次目是一个单系,为亚目内较原始的类群;沼栖次目是一个并系,其内的三角涡虫科和陆栖次目有最近共同祖先;陆栖次目为单系起源.三肠亚目涡虫的演化路线是由海生到淡水再到陆生,之后又有逆转现象,即个别类群(如Spathula、Romankenkius)又返回淡水生活.文中还对未来该亚目系统发育研究的焦点进行了展望和预测.     

基于线粒体ND4基因探讨水龟组系统发生关系

水龟组由旧大陆潮龟科的拟水龟属、眼斑龟属和新大陆龟科的水龟属组成,这三个属以前一直被认为是同属的,但没有得到形态学和染色体等方面的认同.本文测定了四眼斑水龟和黄喉拟水龟线粒体基因组的ND4基因,用部分ND4基因及相邻tRNA基因共985bp的序列(包含简约信息位点235bp)讨论了它们的系统进化关系.MP树和ML树显示:在水龟属中,牟氏水龟和木雕水龟亲缘关系最近,与星点水龟亲缘关系次之,石纹水龟位于水龟属的基部,与水龟属其它物种的亲缘关系较远.拟水龟属与眼斑龟属在潮龟科是姐妹群关系,但与龟科水电属亲缘关系较远.本文结果支持潮龟科和龟科的单系起源,二者为非姐妹群.     

细胞色素b基因序列变异与东亚 科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列，所得序列与GenBank中分布于日本，韩国和俄罗斯的 科2属9种鱼类同一基因序列排序，并选用鲇形目鲇科的大口鲇，钝头Wei科的鳗尾 以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群，分析了细胞色素b基因序列，计算了Kimura双因子遗传距离和 科鱼类线粒体DNA的进化速率，用最是约法和邻接法构建了 科鱼类分子系统树，得出如下结论：（1）线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中，存在3bp的缺失。（2）系统发育分析示 科构成一单系类群； 属为较为特化的属，拟 属为一明显的类群，而黄颡鱼属与Wei属关系较为混乱；（3）东亚 科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%-0.30%,本文是中国鲇形目 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道。     

基于trn L-F序列数据利用贝叶斯法推测罗汉松科的系统发育

以黑松和Agathis australis为外类群,基于罗汉松科42种植物的叶绿体trnL-F序列数据通过贝叶斯法对该科的系统发育进行了推测.结果显示:①Phyllocladus为单系分支,位于罗汉松科的基部,是罗汉松科所有其余成员的姊妹群;②Nageia嵌套在罗汉松科内,同罗汉松属、Afrocarpus及Retrophyllum的关系较为密切;③Dacrycarpus为单系群且处于姊妹分支Falcatifolium-陆均松属的基部;④Lagarostrobs franklinii和Manoao colensoi应置于同一属Lagarostrobs内;⑤支持成立Halocarpus和Lepidothamnus属;⑥赞同Microstrobos和Microcachrys两属亲缘密切的观点.     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统发育关系

基于1 720 bp的18S rRNA基因序列以Darwinula sp.和Cytherelloidea. munechikai为外群,采用最大简约法（MP法）和邻接法（NJ法）对腺介虫亚目（Cypridocopina）3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析.结果表明：1） 现生腺介虫亚目动物为单系群;2） 两种营海水生活的介形类—海介虫总科（Pontocypridoidea）和大介虫总科（Macrocypridoidea）间的亲缘关系较近;3） 现生腺介虫总科（Cypridoidea）也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的Dolerocypris sp.与萤光介虫科的Candona holzkanpfi聚成一支;而萤光介虫科的Cypria crenulata和泥介虫科的Ilyocypris. angulata同时与腺介虫科其它动物聚为一支.     

基于16S rRNA和POMC基因序列的中国北方林蛙属动物系统发生关系

基于16S rRNA和POMC基因部分序列研究了中国北方林蛙属动物的系统发生关系.利用ClustalX软件对序列进行对位排列后,长度为1148bp,内群变异位点259,简约位点110.利用MP法、ML法和BI法构建系统进化树,结果显示林蛙属物种构成单系群,其中东北种群聚为一支,中国林蛙聚为一支,支持东北林蛙为有效物种.桓仁林蛙和核型为2n=26的林蛙属物种聚为一支,因此不支持核型为2n=24的林蛙形成单系群.桓仁林蛙、昆嵛林蛙、黑龙江林蛙单独聚为一支,表明三者之间的亲缘关系较近.     

蜻科部分种类Cytb基因序列比较及系统发育分析(蜻蜒目:差翅亚目)

从分子生物学角度入手,以mtDNA的Cytb(Cytochrome b)基因作为分子遗传标记,用昆虫Cytb基因的特异性引物进行PCR扩增及DNA测序,共获得蜻蜓目差翅亚目蜻科7属8种(基斑蜻Libelluladepressa,黄蜻Pantala flavescens,庆褐蜻Trithemis festive,晓褐蜻Trithemis aurora,纹蓝小蜻Diplacodestrivialis,网脉蜻Neurothemis fulvia,六斑曲缘蜻Palpoleura sex-maculata,玉带蜻Pseudothemis zxmata)及2种外群(黄翅绿色螅Mnais auripennis,华艳色螅Neurobasischinensis)的Cytb基因部分序列(576 bp).这8种蜻蜓Cytb基因的部分核苷酸序列(长度为576 bp)中碱基T,C,A,G的平均含量分别为37.0%,18.3%,31.3%和13.4%,A T平均含量为68.3%,明显高于G C平均含量(31.7%).密码子第3位点的A T平均含量较高,为81.0%,碱基替换多发生在密码子第3位点.以束翅亚目的黄翅绿色螅和华艳色螅作为外群构建系统发育树,结果显示玉带蜻属与褐蜻属、脉蜻属与曲缘蜻属的亲缘关系较近.     

9种拟步甲16S rDNA部分序列及其亲缘关系

测定了9种拟步甲的16S rDNA部分基因序列,并与GenBank中的1种步甲的基因序列作同源性比较,计算其核苷酸使用频率并构建了分子系统树.在获得的435 bp的序列中,A+T约占74.4%,颠换(transversion)取代的速率大于转换(transition)取代的速率,其中277个核苷酸位点存在变异.结果表明:属内种间的碱基序列差异范围为3.4%～6.2%;族内属间为9.4%～11.0%;科内族间为10.8%～17.7%;科与科间的差异达到46.7%～50.3%.分子系统树表明:拟步甲科为一单系群,其中琵甲族较为进化,漠甲族与漠王族相对原始;琵甲族与土甲族的亲缘关系较近;漠甲族、漠王族与鳖甲族的亲缘关系较近.本结果与传统的分类观点相吻合.     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离(0.042~0.072)小于鲱科内属间遗传距离(0.065~0.106)。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

猛禽和夜鹰类的线粒体DNA序列比较和分子进化关系的研究

测定和比对了隼形目、鸮形目、夜鹰目的12SrRNA基因片段,长度为415 bp.使用MEGA2.1软件构建分子系统树并分析其系统进化关系.数据显示,该基因片段的DNA序列变异丰富,转换和颠换数未随着遗传距离的增加而出现饱和现象,反映出较高真实水平的鸟类系统发育关系.重建系统进化树表明:与隼形目隼科相比,隼形目鹰科与鸮形目、夜鹰目的亲缘关系更近,提示了隼形目隼科和鹰科之间可能存在着较大的遗传变异;与夜鹰目相比,鸮形目和隼形目鹰科鸟类的亲缘关系较近,与传统分类观点相同,不支持将鸮形目和夜鹰目合并为鸮形目的观点.