人类活动对织金洞洞穴水中可培养细菌多样性的影响

采用涂布平板法分离细菌,基于16S rRNA基因序列进行系统发育分析织金洞洞穴水中的细菌结构和组成。结果表明:从织金洞洞穴水中共分离到60株细菌,其中池水中分到31株细菌,滴水中分到29株细菌;16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果表明所分离到的细菌隶属4门13属,其中厚壁菌门(Firmicutes)占50.00%,为优势门,其次为变形菌门(Proteobacteria)占26.67%,放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)各占11.67%;芽孢杆菌属为优势属,在池水中占48.39%,滴水中占51.72%;池水和滴水中细菌物种组成相似性指数为0.54,为中度相似。不同人为扰动程度洞厅的水生细菌多样性不同,其Shannon-Wiener多样性指数为0~2.58。结论:织金洞洞穴水生细菌具有较高的多样性,洞穴的旅游开放使得洞穴水中细菌的结构和组成发生了改变。     

四川传统烟区烤烟叶面可培养细菌的遗传多样性分析

为认识烤烟(Flue-cured tobaccos)叶面可培养细菌的多样性,挖掘叶面可培养细菌资源.本研究以四川省各传统烟区旺长期烤烟叶片为材料,通过纯培养法及测定菌株的产吲哚乙酸(IAA)能力、溶磷溶钾特性、纤维素降解活性、拮抗病原菌等,并通过反转录重复因子扩增(BOXA1R-PCR)技术、16S rRNA基因测序和系统发育分析研究叶面可培养细菌的遗传多样性和功能特征.结果表明:分离得到的86株叶面细菌中有12株菌株(占总分离菌株的13.95%)具有产IAA的能力,4株产量较高(57μg/mL);有9株(占总分离菌株的10.47%)表现溶磷活性,8株(占总分离菌株的9.30%)表现溶钾活性.基于BOXA1R-PCR图谱选取12株代表菌株进行16S rRNA基因序列测定,系统发育分析显示,86株菌株分别属于节杆菌属(Arthrobacter)、短小芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、无色杆菌属(Achromobacter)和假单胞菌属(Pseudomona),其中以假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属.表明四川传统烟区烤烟叶面存在着丰富的细菌资源.     

自然堆肥过程中可培养细菌群落多样性的研究

为了解自然堆肥过程中可培养细菌群落的多样性,本文将新鲜猪粪与油菜秸秆按照一定比例混匀自然堆肥,采用稀释平板法,在牛肉膏蛋白胨培养基上对自然堆肥过程中可培养细菌进行计数和分离,研究自然堆肥过程中温度的变化,同时对可培养细菌菌落数、物种数、细菌群落多样性进行分析。结果表明:在自然堆肥中共分离获得可培养细菌总菌落数为29 108个,共16属;堆肥前期的物种数较多,随着堆肥时间的持续及温度的变化,堆肥的菌落数和物种数逐渐减少,且高温阶段的细菌菌落数和物种数最多。通过多样性分析得出,微嗜酸寡养单胞菌属为主要优势种,其Simpson优势度指数最高,为0.777 5。综上可知,可培养细菌群落多样性与温度有关。     

黄河故道湿地可培养细菌多样性及产木聚糖酶菌株筛选

研究黄河故道湿地可培养细菌的多样性及其产木聚糖酶的应用潜力.采用稀释平板涂布法从湿地样品中获得119株菌株,形态去重复后对93株进行16SrRNA基因系统发育分析以及利用刚果红染色法进行木聚糖酶活性筛选.结果表明,分离得到的菌株分属于4个门的18个科、21个属,其中优势类群为变形菌门(Proteobacteria)(41株,44%).该地区可培养细菌的Shannon-Wienner多样性指数H′=3.66,Simpson指数D=0.97;Margalef物种丰富度指数dMa=10.59;Shannon物种均匀度指数E=0.94,且样点青龙湖多样性指数高于样点刘寨.93株代表性菌株的木聚糖酶筛选结果显示,11.82%具有木聚糖酶活性,链霉菌和芽孢杆菌在木聚糖酶活性菌株中比例最高.以上结果表明豫北黄河故道湿地蕴含丰富的细菌资源,可为木聚糖酶的研发提供良好的菌种来源.     

中国南海南沙海区沉积物中细菌16SrDNA多样性的初步研究

通过构建并分析中国南海南沙海区沉积物中细菌16S rRNA基因文库,对其遗传多样性进行了研究.发现沉积物中细菌16S rRNA基因主要来自变形细菌(Proteobacteria)的δ-,γ-,α-亚族和浮霉状菌目(Planctomycetales)等类群,所获的16S rRNA基因的序列与GenBank中已知的细菌16S rDNA序列差异较大,这一结果表明在中国南沙海区沉积物中存在丰富的微生物多样性,并潜藏着特有的微生物资源.     

俄罗斯卡尔梅克共和国传统奶酪中细菌多样性研究

俄罗斯传统奶酪生产历史悠久、工艺独特,其中蕴含着丰富的微生物。本研究采用454焦磷酸测序技术对俄罗斯卡尔梅克共和国的6份传统奶酪进行分析。结果表明,6份样品共鉴定出7个细菌门、50个细菌属。优势菌门为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),优势菌属以乳球菌属(Lactococcus)和链球菌属(Streptococcus)为主,但R5号样品的优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)。个别样品中检测到了含量较低的有害微生物如漫游球菌属(Vagococcus)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)等。通过主坐标分析发现,采自同一地区的R1-R4号样品在菌群结构上较为接近,因此初步判断地理区域因素可能是影响传统奶酪中细菌构成的重要因素。     

PCR-DGGE法分析不同酒曲中细菌多样性

目的:研究不同酒曲中细菌的多样性.方法:利用DNA提取试剂盒,分别提取6种酒曲的总DNA,利用细菌16S rRNA gene V3区通用引物,采用变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gelelectrophoresis,PCR-DGGE)方法,进行...     

热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性

为了研究热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性,从海南莺歌海盐场域近海及潮间带沉积物中分离可培养细菌,通过16S rDNA序列比对,分析菌株遗传多样性.结果表明,9株分离自近海沉积物的细菌菌株均属于Bacil-lus;8株分离自潮间带沉积物细菌菌株分为5个属,分别为Acinetobacter、Massilia、Pseudomonas、Pantoea、Paenibacillus;系统发育树结果表明,分离自近海沉积物的菌株YGHWSB2、YGHWSB3、YGHWSB4、YGHWSB5、YGHWSB6、YGHWSB10、YGHWSB21与B.amyloliquefaciens聚为一支,而菌株YGHWSB13、YGHWSB30与B.altitudinis、B.aerophilus、B.stratosphericus、B.xiamenensis聚为一支;分离自潮间带沉积物的菌株聚类较分散,YGHISB1、YGHISB2、YGHISB3、YGHISB4与A.johnsonii聚类;而其他4株菌株YGHISB5、YGHISB6、YGHISB7、YGHISB8分别与4个属的菌株M.haematophila、P.psychrotolerans、P.eucrina、P.peoriae亲缘关系较近.这些结果展现了分离自潮间带沉积物可培养细菌存在丰富的遗传多样性.可见莺歌海近海沉积物中可培养细菌资源分类地位单一,而潮间带沉积物由于所处环境变化多样,可培养细菌资源多样性丰富.     

虾池沉积物细菌多样性分析和若干可培养技术的优化探讨

为了研究虾池沉积物细菌的多样性,改进培养技术,采用8种培养基培养虾池沉积物细菌,并用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对不同培养基平板获得的细菌群落结构进行研究,同时与原位样品的细菌群落结构进行比较.多数细菌在2周内长出,第3周至12周,在VL55、DNB、HM2和DR2A平板上可分离出新的细菌,其他培养基平板上的菌落数目增长不明显.分别使用琼脂和结冷胶作为凝胶剂,结果发现,结冷胶平板和琼脂平板相比,表现出高保湿性、高菌落数和高细菌多样性的特点.变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析结果表明,沉积物样品中的优势细菌约60种,经过不同培养基培养后,得到的细菌多样性为50种左右,约为原来总数的83%,但是细菌群落结构发生较大改变,优势菌群发生转化.测序结果证明了这一点.虾池沉积物中有着较高的细菌多样性.培养基的改进、结冷胶的使用和培养时间的延长有效提高了虾池沉积物中细菌的可培养性.     

海洋沉积物中特有细菌类群的初步探讨

通过构建16S rRNA基因文库对中国南沙南海区沉积物中细菌多样性进行分析,并将获得16S rRNA基因序列与国际基因数据库GenBank进行相似性比较及聚类分析,结果发现来自海洋沉积物的未能培养的微生物往往组成一簇,并与现已获培养并鉴定的微生物自然分开,这一表象表明,海洋沉积物中存在特有的微生物属种。     

仁扇舟蛾幼虫肠道可培养细菌群落结构分析

[目的]了解仁扇舟蛾(Clostera restitura)肠道共生细菌的主要类群及其群落结构特征,明确仁扇舟蛾幼虫前、中和后肠可培养细菌的种类及群落结构组成,为进一步研究特异功能细菌的生理生化特征和功能提供基础.[方法]选取仁扇舟蛾5龄幼虫进行肠道解剖,分离前、中和后肠不同肠段,研磨稀释10-1～10-6,分别涂布于...     

对虾养殖池沉积物细菌的遗传多样性

为了解对虾养殖池沉积物中细菌的遗传多样性,采用细菌通用引物构建了细菌16S rRNA基因克隆文库,并从文库中随机挑选克隆子测序,得到37条有效序列,进行序列同源性分析和系统进化分析.结果表明：对虾养殖池底泥中细菌的遗传多样性非常丰富.主要分为六大类群：其中γ-变形菌纲细菌占据优势地位,约占所分析克隆子数的41% 其次是α-变形菌纲和δ-变形菌纲细菌,分别占19% 还有少量的酸杆菌纲、放线菌门和厚壁菌门细菌,分别占所分析克隆子数的3%-8%.所得克隆子序列大都与GenBank库中来自土壤环境中的未培养克隆子序列相似,并且大部分序列的相似性值小于95%,说明对虾养殖池中的细菌大都是未培养的未知细菌,特异地存在于土壤环境中.     

海洋细菌的分子鉴定分类

从南海海底沉积物中分离到一批细菌,克隆了其中产抗菌活性物且培养形态多变的细菌ＺＳ１１０的１６ＳｒＤＮＡ,通过和比较１６ＳｒＤＮＡ的部分序列,对ＺＳ１１０进行了分子鉴定,结果表明它是一株适应了海洋环境的芽孢杆菌属的枯草芽孢杆菌种。     

Phylogenetic identification and microbial diversity in snow of the summit （8201 m） of Cho Oyu Mountain,Tibet

The bacterial diversity and abundance in snow of the summit （8201 m） of Cho Oyu mountain, Tibet, were analyzed by 16S rRNA gene sequencing followed by scanning electronic microscopy analysis. Most of bacteria were found to be of spherical or oval shape （〉95%）. Bacterial 16S rDNA sequences were classified into 5 genera （Caulobacter, Ralstonia, Cupriavidus, Pelomonas and Pseudomonas）. Gammaproteobacteria were the most abundant （91.25%） among the library that consists of 594 clones. The sequences found in this study are highly similar to those previously retrieved from other cold environments, such as ice core, sea ice, permafrost and snow. The results showed that the cold and barren environments strongly influence the survival of bacteria. The high similarity among sequences retrieved from snow sample and other places, such as ocean, soil and water, suggested that the bacteria in snow, soil and water environments have the same origin.     

乌江网箱养殖丁(魚歲)细菌的分离与分子鉴定

利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从丁(魚歲)中分离出9株菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ.分别扩增出9株菌株的16S rRNA基因约600 bp的片段,并对其测序,将测序结果输入到NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析,并利用MEGA4绘制系统进化树,结果表明:9株菌株的16S rRNA基因测序结果分别与不动杆菌(Acinetobacter)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophi-la)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、不动杆菌(Acinetobacter)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、霍乱弧菌(Vibriocholerae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellapneumoniae)的16S rRNA基因的核苷酸序列同源,同源性分别为96%,99%,99%,97%,98%,98%,99%,98%,98%.9株菌株的系统进化树明显分为3支,Ⅰ和Ⅳ聚为一支,Ⅶ独聚一支,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅷ、Ⅸ聚为一支,其中Ⅱ和Ⅷ相聚,Ⅲ和Ⅴ相聚后再与Ⅵ相聚,最后与Ⅸ相聚.     

西沙野生诺尼内生细菌群落多样性初步研究

采用构建16S rDNA克隆文库方法,首次对我国海南永兴岛西沙野生诺尼果内生细菌的群落结构和多样性进行初步研究.首次采用Mothur软件对诺尼果内生细菌克隆文库数据进行分析,构建Mothur软件数据分析平台.构建的西沙野生诺尼果内生细菌16S rDNA克隆文库中,93个克隆分属于12个不同可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),序列比对结果表明大部分克隆与已知细菌16S rDNA序列相似性较高.分别属于变形菌门(Proteobacteria)的Alpha、Beta、Gamma亚群,放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes).水库杆菌属(Piscinibacter sp.)细菌为野生诺尼果内生细菌优势菌群.优势菌属分别为水库杆菌属(Piscinibacter sp.)为80.65%,蛋白胨菌属(Peptoniphilus sp.)和链球菌属(Streptococcus sp.)均为3.23%,甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)为2.15%.研究结果表明西沙野生诺尼果中存在较为丰富的内生细菌资源,将为进一步研究奠定理论基础.     

四川峨嵋麦地坪组白云岩有机地球化学特征

四川峨嵋高桥麦地坪组是前寒武系-寒武系连续沉积的重要层型剖面之一,小壳动物化石在该组中出现.对该组小壳动物化石出现层位白云岩的生物标志物以及单体正构烷烃同位素研究结果表明,其规则甾烷中C27甾烷的较高优势,可能与小壳生物的贡献有关.正构烷烃的碳同位素值随碳数增加的曲线变化范围较窄,反映了较为单一的母源输入特征.但被认为是与藻类输入有关的nC19的碳同位素值略低于C21～C26和C27～C37的碳同位素值,显示了不同生物母源的输入,具有藻类和细菌输入的特征.结合生物标志物参数显示,峨嵋高桥麦地坪含胶磷矿白云岩生物母质以蓝藻细菌类生物输入为主,可能含有部分的小壳动物输入.     

甘蔗黑腐病病原菌的鉴定

在云南开远6根发病的甘蔗茎上分离到甘蔗黑腐病病原菌,鉴定了该病害的病原菌,以期为防治和控制该病害提供一定的理论依据.基于致病性测定,ITSI-5.8S-ITS2 rDNA序列的系统发病分析和形态学观察结果,甘蔗黑腐病是由多脂长喙壳菌(Ceratocystis adiposa(Butl.)Moreau)引起的,该病菌导致甘蔗黑腐病在中国属首次报道.     

Oxygen isotope geochemistry of phosphorite and dolomite and palaeo-ocean temperature estimation: A case study from the Neoproterozoic Doushantuo Formation, Guizhou Province,South China

The Neoproterozoic Doushantuo Formation at Weng'an in Guizhou Province of South China consists of phosphorites and dolomites.Three types of samples are recongnized for the phosphate-bearing rocks.In Type I samples, interstitial phosphates occur within the dolomite rocks, whereas in Type III samples, interstitial dolomites occur within the phosphorites; both of them may have diagenetic origin.The Type II samples are interbedded phosphorites and dolomites.Oxygen isotopic compositions of phosphate and coeval carbonate were analyzed.Phosphates of Type I and II samples show similar low δ18Ophos (SMOW) values of 10.9‰～12.1‰ and 10.7‰～12.8‰, respectively, whereas Type III phosphates show higher δ18Ophos (SMOW) values of 13.2‰～15.0‰.Dolomites from Type I and II samples have δ18Ocarb (PDB) and δ13Ccarb (PDB) values of -6.2‰～-3.4‰ and -2.2‰～-0.7‰, respectively, whereas interstitial dolomites from Type III samples show lower δ18Ocarb (PDB) and δ13Ccarb (PDB) values of -12.9‰～-8.6‰ and -4.4‰～-2.6‰.Petrology and oxygen isotope data suggest that diagenetic alteration may have partially affected the studied rocks, but the dolomites from Type I and phosphates from Type III samples represent the most pristine isotopic compositions of primary carbonates and phosphates precipitated from seawater.Calculations of palaeocean temperatures from the most 18O enriched dolomite and phosphate indicate a temperature range of 32.2 ℃ to 34.0 ℃ for the seawater of the Doushantuo Formation period.Ce anomaly also suggests more oxic conditions and possibly shallower water depth in the upper strata of the Doushantuo Formation at Weng'an, Guizhou Province.     

褶累枝虫16SrRNA基因分析

以缘毛目褶累枝虫为研究材料,探索和建立了适用于较难培养的单细胞原生动物的分子生物学研究方法．并测定了褶累枝虫１６ＳｒＲＮＡ基因３′端１１１５个核苷酸．通过比较分析,从分子水平探讨了累枝虫属与缘毛目其它属之间的亲缘关系,为进一步重构原生动物的系统图提供最基本的资料．