湍流与蠕虫的DNA序列的多重分形谱分析

为了用多重分形谱理论定量描述复杂系统的内部结构,详细讨论了多重分形谱中各参量的物理意义,给出了计算多重分形谱的公式,并采用小波WTMM(wavelet transform maxima modulus)算法计算了多分形Cantor集、湍流和DNA序列的多重分形谱。研究结果表明:多分形谱分析能够得到序列(或集合)不均匀的整体分布信息,湍流与DNA的多分形特性十分相似,DNA比湍流更不均匀,"混乱"特性似乎更充分,基于小波算法的WTMM理论可以用来计算复杂现象的多分形谱,计算结果是可信的。     

快速点突变的优化方法

DNA传统的快速点突变方法即"一步突变法"虽然可使DNA产生突变,但效率不高.市场上出售的快速点突变试剂盒,其突变效率可达80%以上,然而价钱昂贵.本文论述的快速点突变方法,在传统的"一步突变法"基础上做了改进,通过对引物突变点5′端序列Tm值的确定,使引物设计变得简单,初学者可轻松完成DNA的定点突变,而且大大降低了成本,适用于对大量DNA进行定点突变试验.试验结果表明:这种经过改良的方法突变率为96.22%,可为研究人员的试验带来便利,是一种值得推广的新方法.     

曹操家族DNA之谜

正由于家族基因间没有关系,"曹操是汉代丞相曹参后人"这一说法有误;而现有的夏侯氏基因与曹操家族基因也不一致,因此曹操从夏侯氏抱养的说法也不准确复旦大学课题组日前宣布:完全确定曹操家族DNA,围绕曹操及其家族的身世、遗传之迷也随之逐步破解。曹操身世之迷:非曹参后代亦非夏侯氏抱养2009年,河南安阳对外宣布发现曹操墓,此消息一出即引发轰动,亦引发争议。随后,复旦大学人类遗传学实验室宣布,拟用DNA技术开展对曹操家族DNA的研究。曹操本是生活在2000年前的历史人物,寻找他的DNA似乎遥不可及。课题随即开始另辟蹊径:用现在人的基因反推曹操的基因,从而破解曹操的身世之迷。要将曹操后人与2000年前的曹操进行"亲子鉴定",首先需要的是可靠的样本。课题组李辉教授称,从2009年起,专家组在全国各地采集了79个曹姓家族的280名男性和446个包括夏侯、操等姓氏男性志愿者的静脉血样本,最终样本总量超过1000例。随后,课题组进一步梳理全国258个曹姓家谱,筛     

用人工神经网络模型对DNA序列进行分类

作者用人工神经网络模型对四种细菌的DNA序列进行了分类。用"两碱基片段含量"法表征了DNA序列,将DNA序列转化为一个16维向量。然后设计了人工神经网络模型并用"留一法"进行了训练。计算结果表明:人工神经网络对所有DNA序列的分类正确率达到了84.3%,表明用人工神经网络模型可以较好地根据DNA序列的结构特征进行种类。     

基于双重扰动与改进教与学优化算法的DNA微阵列集成分类

针对DNA微阵列的高维、小样本及高冗余等特点,提出了一种新的集成分类方法.基于bootstrap技术的样本扰动和kruskalwallis与邻域互信息的特征扰动训练多个具有较大差异性和较高准确性的基分类器;针对教与学优化算法易陷入局部最优、优化精度不高和收敛速度较慢等不足,从"教"与"自学"过程入手,设计了一种改进的教与学优化算法实现基分类器的选择性集成,并用于DNA微阵列分类.仿真实验结果表明:该方法在分类精度、集成规模、稳定性等方面具有较强的优势.     

糖尿病肾病大鼠肝DNA甲基化酶活性及基因组DNA对DNaseⅠ敏感性的分析

用3H标记的S-腺苷酰-L-甲硫氨酸(3H-SAM)作为甲基供体,以同位素掺入法测定了正常大鼠、糖尿病肾病大鼠、中药"糖微康"治疗的糖尿病肾病大鼠、西药"开博通"治疗的糖尿病肾病大鼠的肝细胞的DNA甲基化酶活性,并对从以上各组动物肝组织中提取的基因组DNA分别进行DNaseⅠ敏感性分析.结果显示:糖尿病肾病大鼠肝DNA甲基化酶活性明显低于正常鼠肝,其基因组DNA对DNaseⅠ敏感性比正常大鼠肝增强;中药"糖微康"治疗及西药"开博通"治疗的大鼠的肝DNA甲基化酶活性均有所回升,且中药组更接近正常大鼠对DNaseⅠ的敏感性.     

糖尿病肾病大鼠肝DNA甲基化酶活性及基因组DNA对DNaseⅠ敏感性的分析

用3H标记的S-腺苷酰-L-甲硫氨酸(3H-SAM)作为甲基供体,以同位素掺入法测定了正常大鼠、糖尿病肾病大鼠、中药"糖微康"治疗的糖尿病肾病大鼠、西药"开博通"治疗的糖尿病肾病大鼠的肝细胞的DNA甲基化酶活性,并对从以上各组动物肝组织中提取的基因组DNA分别进行DNaseⅠ敏感性分析.结果显示:糖尿病肾病大鼠肝DNA甲基化酶活性明显低于正常鼠肝,其基因组DNA对DNaseⅠ敏感性比正常大鼠肝增强;中药"糖微康"治疗及西药"开博通"治疗的大鼠的肝DNA甲基化酶活性均有所回升,且中药组更接近正常大鼠对DNaseⅠ的敏感性.     

企业新风

百度推出搜索推广DNA识别技术近日,百度提交了三项有关"搜索推广DNA识别技术"的专利申请,这是百度在商业推广审核领域的最新成果。该技术上线后,将提升对推广客户的资质审核能力,以及保障用户使用搜索引擎的安全性。该DNA识别技术在百度搜索推广审核流程中设置三道防线:包括账户信息的自动审核、广告主提供的网址审核以及推广关键词两级审核。任何提交商业推广申请的客     

等输入模型下DNA序列点突变的熵性质

目的:研究在等输入模型下DNA序列熵随世代变化的规律及其性质.方法:基于Shannon信息熵理论,在等输入模型下建立有限长DNA序列点突变微分方程组模型,利用Lagrange乘数法进行理论证明,并用Mathematica软件模拟等输入模型下DNA序列熵的变化过程.结果:DNA序列在等输入模型下发生突变,其熵随世代增加随机波动,且趋于最大值.结论:DNA序列点突变具有"保熵性",并验证了生物是朝着多样性增大方向进化的理论.     

人类疱疹病毒7 U41蛋白DNA链结合能力分析

目的 :对人类疱疹病毒 7(humanherpesvirus 7,HHV - 7)U4 1的核酸结合能力进行分析鉴定。方法 :DNA结合蛋白分离收集、免疫沉淀及Western印迹检测U4 1蛋白对单、双链DNA的不同结合能力。结果 :U4 1蛋白能结合单链DNA而不能结合双链DNA。结论 :U4 1的功能之一是保持DNA模板的合适构型 ,以便DNA的延伸和病毒DNA的合成。     

单子叶植物核DNA含量地理纬度变异式样及其与气候因素关系

从"植物DNA C-值数据库"检索到2 852种单子叶植物的核DNA含量数据,沿经度方向均分为10条样带,每条样带沿纬度又均分成19个样块.从"世界气候数据网站"下载的19个生物气候因子数据,应用Arc GIS 9.3获得每个样块生物气候因子的平均值.根据"全球生物多样性信息网站"记录,计算每个样块的单子叶植物的平均核DNA含量.分析了最冷季度平均温度和最干季度雨量对单子叶植物核DNA含量的影响.应用分位数回归分析了核DNA含量不同的单子叶植物在全球范围的纬度梯度变化特点,以及气候适应性的差异.结果发现:单子叶植物的核DNA含量沿着纬度呈现非线性的规律变化;受气候因素影响,在中等温度和雨量环境下其核DNA含量最高,温度和水分趋向极端的环境下其核DNA含量较低,可以用"单峰"函数拟合;核DNA含量低的类群具有更广泛的全球分布.     

手机辐射生物效应的量子理论研究

介绍了手机辐射生物效应的研究近况,并列举了一些相关的研究与实验.回顾了以往生物效应的理论研究成果,指出用经典理论解释微观现象可能不准确,方法有待改进.文章提出在微观领域,即细胞核内用量子理论来分析DNA分子与外加电磁波作用的观点.指出电磁生物效应的原因之一是由于DNA分子受外加电磁波的作用,分子能级结构发生改变.给出了量子理论的公式推导和量子效应解释,最后指出微波辐射和DNA分子作用的结果,可能是一种属于"时间长、见效慢"的生物效应.     

一种适用于昆虫微量DNA模板制备的方法

随着分子生物学在昆虫领域中运用 ,昆虫 DNA的提取是有技术运用的前提 ,具有其重要的地位。但是由于一些昆虫体形较小 ,采用传统的酚 :氯仿抽提法不适用于微量 DNA模板的制备 ,而某些生物公司的试剂合相对而言价格较高。本文介绍一种适用于普通昆虫实验室贮藏及运用的微量 DNA模板制备方法。     

运动性内源活性氧产生及对线粒体DNA氧化损伤

不适应的或剧烈的运动引起内源性活性氧(ROS)生成增多,对生物体具有多种损害作用。线粒体是细胞内的"动力工厂",即产生ATP的主要场所;又由于线粒体DNA组成结构特殊,因此线粒体DNA易受到内源性ROS,如羟自由基(.OH)、氮氧自由基(ONOO-)、单线态氧(1O2)等的攻击而发生氧化损伤,导致链断裂、碱基逸失等多种后果,与多种疾病的发生密切相关。就运动性内源ROS产生及对线粒体DNA氧化损伤的研究进展进行综述。     

真核生物DNA连接酶Ⅲ的功能演化

DNA连接酶Ⅲ被认为只存在于脊椎动物,并在细胞核DNA的修复和线粒体DNA的复制和修复过程中发挥功能.虽然近来有关于无脊椎动物中存在着DNA连接酶Ⅲ的报道,但其功能演化及在无脊椎动物中的分布仍不清楚.为进一步探讨DNA连接酶Ⅲ的功能演化,进行了数据库搜索、线粒体定位信号(MLS)预测和功能位点保守性分析等.研究结果显示:DNA连接酶Ⅲ在变形虫、动物界和领鞭毛虫中广泛存在,但其在真菌界等发生整个蛋白或部分结构域的丢失;很多物种的DNA连接酶Ⅲ不含线粒体定位信号,因此,它们不太可能在线粒体中发挥作用,而参与细胞核DNA的修复是DNA连接酶Ⅲ较为古老和保守的功能.     

酵母菌呼吸缺陷型和野生型线粒体DNA比较

以酒精酵母(S.cerevisiae)IFFI1300为材料,建立了以“蜗牛酶+机械振荡”复合处理破碎细胞的方法;先提取并纯化线粒体,后从线粒体中提取线粒体DNA的方法,得到了紫外吸收A260/A280为1.823,琼脂糖电泳为一条带且分子量大于λDNA(49kb)的线粒体DNA,与EB诱发的呼吸缺陷1300—1、1300—5的线粒体DNA比较,说明rho~+与rho~-之间、不同的rho~-之间其线粒体DNA的琼脂糖电泳、浮力密度、变性曲线(Tm值)的性质均不相同。由此推测:EB诱发的呼吸缺陷菌株的线粒体DNA是由一系列不同分子量的分子组成,群体呈多态性。     

基因新技术

<正>DNA,这个英文字母组合,你一定不陌生。由它,你是不是立刻想到了"基因"?1909年,丹麦遗传学家约翰逊在《精密遗传学原理》这本书里正式提出"基因"概念。迄今,才过了100多年。然而,今天的基因新技术已经让人目不暇接了。让家鸡返祖古生物学家普遍认为,我们今天见到的家鸡是由一种史前肉食恐龙进化而成,因此家鸡的DNA包含着这种恐龙的基因。如果人们能     

人类外周血中提取基因组DNA方法的探索

目的:传统的酚、氯抽提法的基础上进一步改进DNA提取方法，为分子遗传学研究打下基础.方法:人类基因组DNA提取传统方法和改进方法.结果:改进的方法可以得到大量的较完整的基因组DNA,并且纯度达到1.8～2.0.结论:本改良法提取的DNA总量明显较高,提取效率高,PCR扩增的效果好,是外周血基因组DNA提取首选考虑的方法.     

国外期刊亮点

正揭示肿瘤细胞稳定复制奥秘与正常细胞相比,癌细胞的分裂速度很快,其基因组"质量"却很稳定。丹麦哥本哈根大学希克森团队与浙江大学呼吸疾病研究所沈华浩团队合作,首次发现肿瘤细胞在细胞分裂的多个阶段都存在DNA复制行为,并指出这是肿瘤细胞维持基因组稳定性的关键。研究成果发表在12月10日《Nature》上。一个完整的细胞分裂周期分为:复制前期(G1)、DNA复制期(S)、复制后期(G2)和有丝分裂期(M)。学术界过去普遍认为,DNA复制只能发生在S期,而两校团队的合作研究在世界上首次揭示肿瘤细胞不仅在S     

内蒙古荒漠草原土壤微生物DNA提取方法的研究

利用三种提取方法从内蒙古荒漠草原土壤样品中提取了土壤微生物DNA,得到的DNA片段长度在23 kb以上,提取效果较好无降解.采用试剂盒直接纯化、凝胶回收试剂盒纯化、玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化这三种方法对粗提液进行纯化,结果显示:凝胶回收试剂盒纯化后DNA纯度最高,试剂盒直接纯化可得到较纯的DNA,而玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化的效果不佳,不宜进行后续的PCR扩增.以纯化的土壤微生物DNA为模板扩增了细菌16SrDNA,扩增产物分子量为1.5kb左右.通过比较研究提出了一种适合于从荒漠草原土壤中进行微生物DNA提取、纯化及PCR扩增的有效方法.