日本囊对虾线粒体DNA COⅠ基因片段序列分析

以相应引物对日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(mtDNA COⅠ)进行PCR扩增,经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序,得到709 bp的碱基片断.碱基组成A、C、G、T含量分别为196bp(27.64%)、129 bp(18.19%)、134 bp(18.90%)、250 bp(35.26%).与GenBank中斑节对虾(Penaeus monodon)的mtDNA CO I全序列(AF217843)比对.经分析发现本实验获得的日本囊对虾mtCO Ⅰ基因片段序列和GenBank上的同种序列(AY264897)都只是该种COⅠ基因序列的一部分,二者之间有41bp的重叠并可拼接.拼接后的总长为1515 bp.     

凡纳滨对虾线粒体DNA COI基因片段序列

以相应引物对凡纳滨对虾（Lito penaeus vannamei）线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因（mtDNA CO I）进行PCR扩增，经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序，得到709bp的碱基片段．碱基组成A、C、G、T含量分别为198bp（27．93％）、136bp（19．18％）、129bp（18．19％）、246bp（34．70％）．与果蝇（Drosophilayakuba）的mtDNA CO I全序列比对。经分析发现：本实验获得的凡纳滨对虾mt CO I基因片段序列和Gen Bank上的同种序列（AY264901）都只是基因序列的一部分，二者之间有41bp的重叠并可拼接，拼接后的总长为1515bp．证明本实验条件下获得的mtCO I基因片段确实来自凡纳滨对虾线粒体DNA，且本实验所用引物具有通用性．     

中华假磷虾线粒体DNA CO I基因片段序列分析

采用苯酚-氯仿提取、异丙醇沉淀提取中华假磷虾基因组DNA；以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNA CO I片段PCR产物采用化学法与载体(pGEM-T Easy Vector)重组基因、热休克法转化重组质粒至感受态大肠杆菌(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养；测序．结果表明，中华假磷虾线粒体CO I碱基709bp。其碱基组成A、T、G、C含量分别为28．59％、35．35％、17．61％和18．45％(国际基因库索引号AY754819)；与同科内其它3属10种磷虾的mt CO I基因片段核苷酸组成相似．     

日本囊对虾群体遗传多样性的线粒体序列分析

对日本囊对虾的3个养殖群体即浙江舟山群体(ZJ)、福建群体(FJ)和台湾群体(TW)的线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅲ基因进行PCR扩增,得到577 bp的核苷酸分析序列,AT含量高于GC含量,发现51个变异位点,其中包括18个简约信息位点,共有31种单倍型。福建群体的核苷酸多样性最高。用MEGA软件中的NJ法构建日本囊对虾3群体与另外5种对虾的系统进化关系,日本囊对虾的3个群体首先聚在一起,再与亲缘关系较近的中国明对虾聚在一起。     

中华假磷虾线粒体DNA COⅠ基因片段序列分析

采用苯酚-氯仿提取、异丙醇沉淀提取中华假磷虾基因组DNA;以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNA COⅠ片段;PCR产物采用化学法与载体(pGEM-T Easy Vector)重组基因、热休克法转化重组质粒至感受态大肠杆菌(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养;测序.结果表明,中华假磷虾线粒体COⅠ碱基709 bp,其碱基组成A、T、G、C含量分别为28.59%、35.35%、17.61%和18.45%(国际基因库索引号AY754819);与同科内其它3属10种磷虾的mtCOⅠ基因片段核苷酸组成相似.     

刀额新对虾和日本囊对虾细胞核DNA含量的测定与比较

以刀额新对虾(Metapenaeus ensis)、日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的血淋巴为材料,以小鸡血细胞核DNA含量(2.50 pg/2c)为参照样,使用Partec PA-I型倍性分析仪并结合外标定法,分别测定了刀额新对虾与日本囊对虾细胞的DNA含量.结果表明,这两种虾的细胞DNA含量分别为小鸡血细胞的1.77倍和1.95倍,换算成绝对含量分别为4.340 pg/2c和4.878 pg/2c.本文讨论了刀额新对虾与日本囊对虾以形态学为特征的分类系统与细胞DNA含量之间的关系,并推测在系统演化上日本囊对虾应比刀额新对虾更为高等.     

中华假磷虾线粒体DNA COI基因片段序列分析

采用苯酚-氯仿提取、异丙醇沉淀提取中华假磷虾基因组DNA;以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNACOI片段;PCR产物采用化学法与载体(pGEM-TEasyVector)重组基因、热休克法转化重组质粒至感受态大肠杆菌(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养;测序.结果表明,中华假磷虾线粒体COI碱基709bp,其碱基组成A、T、G、C含量分别为28 59%、35 35%、17 61%和18 45%(国际基因库索引号AY754819);与同科内其它3属10种磷虾的mtCOI基因片段核苷酸组成相似.     

基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化

利用线粒体细胞色素b基因序列分析了4个不同地理群体(北海群体、陵水群体、惠来群体和厦门群体)的野生日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的群体遗传结构.以特异引物进行PCR扩增,获得了日本囊对虾530 bp的基因片段序列.序列分析结果表明,在120个日本囊对虾个体中,共检测到75个多态位点,获得62个单倍型,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%.各单倍型变异无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换,碱基频率含量(fA+fT)为59.4%,大于(fG+fC)(40.6%).核苷酸多态性以惠来群体最高,其它3个群体较低.群体内遗传距离为0.45%～2.60% ,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间.采用分子方差分析(AMOVA)方法,结果显示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,群体间变异是总变异的主要来源.构建的4个群体分子系统树表明,北海群体、陵水群体和部分惠来群体由于亲缘关系较近而聚在一起,而厦门群体则和部分惠来群体聚成另一支,两支的平均遗传距离为5.17%,分化接近亚种水平,据此认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.     

日本囊对虾Ran基因的克隆表达与蛋白质GTP结合活性分析

在日本囊对虾抑制性差减杂交(suppression subtractive hybrid ization,SSH)研究过程中,首次发现一段经同源比较为Ran基因的部分序列,在抗病日本囊对虾中上调表达.为了进一步探索日本囊对虾Ran基因的功能,通过RACE-PCR的方法克隆得到了日本囊对虾Ran基因全长共1 441个碱基,其中开放阅读框为645个碱基,共编码215个氨基酸,这是首次在海洋无脊椎动物体内克隆到该基因.还将该基因克隆到原核表达载体PGEX-4T-2中并转化大肠杆菌BL21,37℃下诱导6 h,超声裂解表达菌株,结果表明GST-Ran融合蛋白在大肠杆菌中为可溶性表达,蛋白大小约为50 ku,经纯化得到了纯度大于90%的GST-Ran融合蛋白.随后的GTP结合试验验证了Ran蛋白具有GTP结合活性.     

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究：Ⅰ.12SrRNA

参考果民蚤状序列进行了日本绒螯蟹线粒体ＤＮＡ的１２ＳｒＲＮＡ基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,得到４５７ｂｐ的碱基序列,其中Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５９ｂＰ（３４．７９％）、１７８ｂｐ（３８．９５％）、５０ｂｐ（１０．９４％）、７０ｂｐ（１５．３２％）。     

日本囊对虾电压门控钠通道基因克隆与组织表达

利用基因克隆等分子生物学技术,获得日本囊对虾(Marsupenaeus ja ponicus)的电压门控钠通道(voltage-gate sodium channel,VGSC)蛋白的部分eDNA序列,获得的片段核苷酸长度为2 877 bp,可编码954个氨基酸残基,总分子质量约为108.2 ku.与同源蛋白比较结果显示,日本囊对虾的VGSC序列与其他一些物种具有较高相似性,特别是跨膜蛋白结构域具有极高的保守性.基于VGSC氨基酸序列比对绘制的系统树基本能够反映出各物种间的进化关系.以RT-PCR法检测日本囊对虾VGSC的组织表达,结果显示VGSC表达与各组织的功能有极其密切的关系.VGSC mRNA在脑神经节中表达量最高,其次为肝胰腺,说明了钠通道在神经信号传导以及调节内分泌中都起到了重要的作用.     

日本囊对虾人工诱变子一代遗传变异的RAPD分析

以性腺成熟的日本囊对虾（Marsupenaeus japonicus）作为亲代，进行不同剂量的^60Co-γ射线照射．采用RAPD技术对诱变子一代的无节幼体基因组DNA多态性进行了检测．从20个随机寡核苷酸引物共检测177个位点，其中多态位点152个，占85．9％．单个引物获得的标记为6～12个，平均8．85个，分子量在150～2500bp之间．遗传相似系数用Nei的计算方法进行计算。遗传距离则用Lynch的计算方法进行计算．实验数据表明：诱变子代与正常对照组相比，遗传多样性水平较高，诱变产生了较为显著的变异．研究结果证实：在对虾大规模养殖，种质质量严重退化的情况下，人工诱变能够促进基因组更加广泛的变异，为新品种的选育打下坚实的基础；同时证明RAPD技术在检测遗传差异方面具有较高的灵敏度和分辨率．     

日本囊对虾野生群体杂合性的研究

运用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了日本囊对虾9个野生群体10种等位酶的杂合子缺失及过量状况.在所研究的22个位点中有5个位点(Sod-1、Est-1、Est-2、Amy-3、Mdh-1)是多态位点.汕头群体的Est-2,北海群体的Mdh-1和Sod-1,湄洲群体的Mdh-1,连江群体的Sod-1和漳浦群体的Mdh-1位点符合H-W平衡标准(P＞0.05);其余的多态位点均显著或极其显著地偏离H-W平衡标准(0.01＜P＜0.05或P＜0.01).另外,日本囊对虾9个群体的Est-2位点均表现出杂合子缺失(F＞0);Amy-3和Est-1(除了泉州群体的Est-1)位点均表现出杂合子过量(F＜0).研究表明日本囊对虾野生资源杂合性状况较好.     

日本囊对虾性腺蛋白质双向电泳的样品制备方法的改进

采用一种能同时提取RNA、DNA和Protein的试剂(RDP试剂)进行日本囊对虾性腺总蛋白质的制备,并通过双向电泳(2 - DE)技术与传统的裂解液法比较提取效果.RDP法所得2- DE图谱清晰,条纹少,蛋白质点数多,而裂解液法存在横向和纵向拖尾,其碱性端蛋白质点大量缺失,说明RDP法能有效去除蛋白质样品中盐离子、脂...     

白斑综合征病毒对日本囊对虾仔虾免疫相关酶活性的影响

用含对虾白斑综合征病毒(WSSV)的病虾组织匀浆上清液对日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)仔虾进行攻毒,于0,6,12,24,36,48,72,96,144 h时间点取样,以研究WSSV对仔虾体内总蛋白含量、酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(AKP)、超氧化物歧化酶(SOD)和酚氧化酶(PO)活性的影响.结果表明:投喂感染后,与吞噬作用相关的水解酶ACP、AKP呈显著变化,于24 h时达到最大值;与氧化应激有关的SOD和PO也变化显著,分别于72和6 h达到最高值;ACP、AKP、SOD和PO均对病原反应敏感,可以作为WSSV入侵日本囊对虾的参考指标.