水稻Hsp70基因第一个内含子中snoRNA基因簇的保守性及分布特点

对水稻、野生稻和茭白Ｈｓｐ７０基因第一个内含子进行ＰＣＲ分析及部分序列测定，分析结果表明植物Ｈｓｐ７０基因内含子编码多个ｓｎｏＲＮＡ的基因组织具有一定的保守性和分布范围，揭示了植物内含子编码的ｓｎｏＲＮＡ在进化过程中具有比脊椎动物和酵母更加丰富的多样性和移动性．     

C1 SnoRNA，水稻中一种新的核仁小分子RNA

通过计算机分析国际分子生物学数据库和ｃＤＮＡ序列分析等方法，在水稻（Ｏｒｙｚａｓａｔｉｖａ）中发现了一种新的核仁小分子ＲＮＡ：Ｃ１ＳｎｏＲＮＡ．该ＲＮＡ具有ｂｏｘＣ，ｂｏｘＤ和末端碱基配对区等典型的核仁小分子ＲＮＡ结构特征；并有１４个核苷酸与水稻１８ｓｒＲＮＡ中一段保守序列互补．推测Ｃ１ＳｎｏＲＮＡ可能在１８ｓｒＲＮＡ甲基化过程中起重要作用．编码Ｃ１ＳｎｏＲＮＡ的基因位于水稻Ｈｓｐ７０基因的第一个内含子中．这是在水稻中发现的第一个由基因内含子编码的ＳｎｏＲＮＡ．     

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)Hsp70基因PCR扩增及序列分析

目的：为获得凡纳滨对虾的热休克蛋白70（Hsp70）基因并分析其基因序列．方法：根据GenBank中斑节对虾（Penaeus monodon）Hsp70基因的cDNA序列,设计引物,对经高盐法提取的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）基因组DNA,采用优化的降落PCR（Touch Downeca）程序,扩增凡纳滨对虾Hsp70基因的全长序列．结果：PCR扩增得到一条长1983bp的目的DNA片段,回收纯化该片段并测定其核酸序列．用DNAman软件分析发现,该核酸序列中不含内含子,编码区全长为1959bp;经BLASTn和BLASTx软件分析发现,该编码区核苷酸序列与斑节对虾、罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）的Hsp70基因序列的相似性分别为97％和62．2％．根据核苷酸序列所推导出的Hsp70氨基酸序列,其与斑节对虾、罗氏沼虾的相似性分别为99．9％和92．6％．结论：成功地从凡纳滨对虾基因组DNA中直接扩增出Hsp70基因的全长编码区序列。     

一种从基因数据库中识别反义snoRNA基因的新方法

报道一种从国际分子生物学数据库中识别反义ｓｎｏＲＮＡ基因的计算机新方法．介绍新方法的生物学原理及在反义ＳｎｏＲＮＡ新基因发现中的应用．     

两种相邻分布的水稻U14 BoxC/D snoRNA

通过对酵母U14BoxC/DsnoRNA保守元件的分析,推测出水稻BoxC/DsnoRNA可能具有的保守序列,进而在水稻第二号染色体上找到可能编码两种BoxC/DsnoRNA的序列.这两个BoxC/DsnoRNA在染色体上相邻分布,具有典型的BoxC和BoxD序列,末端形成茎环结构,这也是BoxC/DsnoRNA一个显著的特点.它们含有一段相同的“引导”序列,此序列能与水稻18S核糖体RNA(rRNA)第414位到第427位互补配对,这两者可能行使相同的功能:介导此配对区域内rRNA的核糖的甲基化.通过实验证明:(1)水稻18S核糖体RNA的配对区域内的确存在甲基化修饰;(2)这两种BoxC/DsnoRNA存在于水稻细胞中.通过序列同源性比较发现与玉米U14snoRNA有很高的同源性.将这两种在水稻中发现的BoxC/DsnoRNA命名为U14.1snoRNA和U14.2snoRNA.编码这两种BoxC/DsnoRNA的基因已被GenBank收录,其编号为AF332622.     

红螯光壳螯虾Hsp70基因的特征及其在热应激下的表达

从NCBI数据库中获得红螯光壳螯虾CqHsp70的cDNA全长2231 bp,可编码643个氨基酸,其中4—598aa为HSP70结构域.实时定量PCR结果表明,CqHsp70基因在红螯光壳螯虾的鳃、肝胰腺、血液中均有表达.在高温(34℃)应激过程中,红螯光壳螯虾CqHsp70基因在三个组织中的表达量呈先升高后降低的模...     

猴附睾特异性表达基因LCN6第5号内含子的克隆及分析

用PCR法扩增了猴LCN6基因第5号内含子区的基因组DNA片断,并将该片断克隆到T-载体中,用Southern Blot的方法鉴定阳性克隆。经测序后与人LCN6基因的第5号内含子相比较,两者的同源性达到了87％。根据对已有小鼠,大鼠,猴及人LCN6基因第5号内含子DNA序列比较,可知在LCN6基因的进化中由于基因组DNA序列,特别是剪切位点的改变使得原本在小鼠中转录的一个转录子mLCN6β在大鼠、猴及人中不被转录。     

克隆与序列分析中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）HSP70基因全长ORF的RACE

采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆中华绒螯蟹(Edocheirsinensis)的Hsp70基因并进行序列分析.以中华绒螯蟹卵组织cDNA为模板,克隆测序后拼接得到一条长2 429 bp的cDNA序列,序列分析表明其覆盖了完整编码区,编码649个氨基酸.经antheprot分析发现2个Hsp70基因的签名序列:IFDLGGGTFDVSIL,IVLVGGSTRIPKIQK;Dnak特征基序DLGTF-S-V;非细胞器基序:RARFEEL;核定位信号标签:KKDPSESKRALRRL;胞质Hsp70特征基序GPTIEEVD.经BLASTn和BLASTx软件分析,该编码区核苷酸序列与凡纳滨对虾(Litopenaeus uannamei)、斑节对虾(Penaeus monodon)的相似性分别为85.30%和84.89%.根据核苷酸序列所推导出的Hsp70氨基酸序列,其与斑节对虾、罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)的相似性分别为93.23%和93.40%.本研究克隆了中华绒螯蟹的Hsp70基因,为进一步深入研究锯缘青蟹的抗逆机理及其遗传改良奠定了基础.     

异源四倍体鲫鲤Sox9a基因保守区序列的克隆及内含子剪接位点分析

用特异于HMG-box保守区的兼并引物扩增了异源四倍体鲫鲤及其原始亲本(红鲫和鲤鱼)的Sox基因. 异源四倍体鲫鲤的扩增产物共有4条带,大小分别约为200,600,900和 1900?bp,而其原始亲本的扩增产物只有3条带,且在雌雄个体中未发现性别特异扩增带. 回收雄性四倍体鱼600?bp扩增带,经亚克隆及测序分析得到一个新的编码71个氨基酸残基的基因. 该基因与虹鳟鱼(Oncorhynchus mykiss)、蟾蜍(Xenopus laevis)、鲤鱼(Cyprinus carpio)等的Sox9基因相似性达97%,据此命名为Atsox9a. 通过计算机分析和RT-PCR方法确定该基因含有内含子,并获得其内含子的序列和剪切位点,此内含子剪切位点在进化上是保守的. Atsox9a对于研究异源四倍体鲫鲤性别决定和分化机制及脊椎动物性别进化具有重要的理论意义.     

新疆良种驴DGAT2基因第3内含子PCR-SSCP多态性与体尺性状的相关性分析

应用PCR-SSCP技术对新疆和田和喀什良种驴群体的DGAT2基因内含子3进行单核苷酸多态性检测和分析,探讨DGAT2基因作为候选基因影响新疆良种驴体尺性状的可能性。结果表明:DGAT2基因存在多态性,其第3内含子有两种等位基因A和B,存在AA和AB两种基因型,没有检测到BB基因型,其中AA基因型为优势基因型。AB型与AA型相比存在碱基发生A→G的突变,使赖氨酸突变为精氨酸。新疆和田良种驴AA与AB基因型个体相比,体高和胸围差异极显著(P<0.01),体长差异显著(P<0.05),AB型体高、胸围和体长高于AA型。新疆喀什良种驴AA与AB基因型个体相比,体高差异显著(P<0.05),AB型的体高、胸围和体长高于AA型。新疆喀什良种驴的体高、体长和胸围高于和田良种驴,差异极显著(P<0.01)。     

水稻中一个与花发育相关的MADS-box基因的表达检测

根据MADS－box基因的保守区结构，设计简并性引物，利用RT－PCR从水稻（Oryza sativa L.)中克隆到一个新的水稻MADS－box基因cDNA睛段，将它命名为FDRMADS5．该基因核苷酸序列851bp,编码160个氨基酸，有典型的植物MADS－box基因的结构，FDRMADS5的Southern分析，表明它为单拷贝基因，用Northern检测了FDRMADS5的表达情况，发现该基因除了在花中有表达外，在水稻的根尖和幼苗端中也有微量的表达，这一结果表明，水稻的MADS－box基因功能可能并不局限于控制花的发育。     

一个新水稻低温敏感叶色突变体tcm11的鉴定及基因定位

对粳稻嘉花1号经~(60)Coγ诱变处理获得的稳定遗传低温敏感叶色突变体tcm11(thermo-sensitive chloroplast mutant 11)进行了表型鉴定与遗传分析.在20℃条件下,该突变体三叶期之前幼苗均表现为黄色,光合色素含量明显下降,叶绿体发育不完整,从第4叶开始逐渐转为浅黄绿色直至最后死亡.而在32℃条件下,其表型与野生型相比没有明显差异,具有低温敏感属性.通过对培矮64S与tcm11杂交的F_2代分离群体进行遗传分析,发现该低温敏感突变体性状是受单个隐性核基因(tcm11)控制,利用图位克隆技术对tcm11进行定位,将其定位在第11号染色体的InDel分子标记ID13252与SSR分子标记MM1361之间一个约1 566 kb的区域内.这也为后续的研究奠定了基础.     

水稻OsPPDK基因的克隆及生物信息学分析

利用比较基因组学方法,通过小麦TaNAM基因序列来设计引物,在早衰水稻品系金23B中寻找TaNAM的同源基因.对获得的c DNA片段进行序列比对分析,发现其与丙酮酸磷酸双激酶(Pyruvate phosphate dikinase,PPDK)基因高度同源,因此将其命名为OsPPDK(Oryza sativa PPDK).为进一步探索OsPPDK基因的功能及其与叶片衰老的关系,根据水稻预测OsPPDK基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆出OsPPDK基因的编码区,并进行生物信息学分析.结果表明:该基因全长为3 515 bp,包含一个完整的ORF,编码区长2 844 bp,编码947个氨基酸,分子量为102. 79 k D,所编码的氨基酸序列与其他已知的植物来源的PPDK基因相比,相似性大多在80%以上.在PPDK基因所编码的氨基酸序列中,发现了一个PEP利用酶位点信号,3个N-糖基化位点和15个酪蛋白激酶II磷酸化位点,12个蛋白激酶C磷酸化位点,2个酪氨酸激酶磷酸化位点和一个PEP利用酶位点.同时推测出多肽链中有规则重复的构象,并同源建模PPDK蛋白整条肽链的三维空间结构.     

一个新的水稻幼苗黄叶突变体的遗传分析及其基因的初步定位

在60Coγ射线辐照的水稻突变体库中,发现了一个以粳稻品种日本晴为遗传背景的幼苗叶色黄化突变体syl11(seedling yellow leaf 11).与野生型相比,突变体幼苗第二和第三叶表现黄色,在其完全展开之前叶片自其顶端开始转绿,长到四叶期其叶色恢复正常;并且该突变体syl11幼苗黄色叶片光合色素含量明显下降.遗传分析表明,该突变体的遗传性状由1对隐性核基因控制.本研究以培矮64S/syl11的F2代突变型植株作为定位群体,应用微卫星(SSR)分子标记以及新发展的InDel分子标记,将基因syl11定位在水稻第11号染色体长臂上的RM26652和处于着丝粒附近的ID11974分子标记之间,其遗传距离分别为0.5 cM和0.7 cM.     

基因识别中信噪比与功率谱的快速计算公式及算法实现

DNA序列信号频谱3-周期性是一个被广泛用于区分编码区和非编码区的重要特征,根据核苷酸中3个密码子位置的不均衡性,给出了功率谱与信噪比的快速计算公式.研究发现快速计算公式有助于基因识别的实现,为探测内含子、外显子提供了一个快速高效的方法.     

一个水稻抗纹枯病突变体的遗传分析及其基因的初步定位

高水平抗纹枯病突变体和高感纹枯病品种蜀恢881杂交构建分离群体,经F2分离世代的遗传分析,抗、感单株比例符合3 1(χc2=0.563,χ12,0.05=3.84),初步确定该突变体对纹枯病的抗性由一对显性主效基因所控制,命名为Rsb-2(t)。利用已合成的530对微卫星引物,对抗纹枯病突变体和蜀恢881进行多态性引物筛选,用多态性引物对上述F2分离群体的全部感病单株和部分抗病单株的DNA进行PCR分析,借助MAPERMAKER/EXP3.0软件,对其微卫星标记实验数据进行连锁分析,将Rsb-2(t)定位于第3染色体的p臂,发现RM218、RM251、RM4321和RM5748与Rsb-2(t)连锁,它们均位于着丝粒端,连锁距离分别为32.1 cM,41.1 cM,42.4 cM和49.7 cM。研究结果为进一步对该基因的精细定位奠定了基础。     

一个新的水稻矮秆突变体sd-sl的遗传与基因定位研究

新的矮秆基因的发掘、研究和利用对水稻育种和植物生长发育机制研究有重要的作用.用60Coγ射线辐照粳稻9522,获得一个能稳定遗传的突变体.该突变体表型为株高较野生型矮,叶片短而微卷.将该突变体与籼稻广陆矮杂交,F2代呈3∶1分离,说明该突变体受隐性单基因控制.通过InDel分子标记对F2代分离群体进行遗传定位,将该基因定位于第6染色体InDel标记OS604附近.随后又发展了多对有多态性的InDel分子标记,将该基因座位精细定位在InDel标记XL6-6和XL6-1之间,AP003490和AP005619上,两个引物之间的物理距离为118 kb.本研究为该克隆基因及其作用机理的探究奠定了基础.     

一个水稻苗期白化致死突变体asl6的鉴定及其基因定位

经60Coγ诱变处理粳稻嘉花1号得到一个稳定遗传苗期白化致死突变体asl6(albino seedling lethality 6).与野生型(WT)相比,该突变体从发芽出苗起一直表现白化,四叶期逐渐死亡,叶合色素含量几乎没有且没有完整的叶绿体结构.通过qRT-PCR分析发现,与叶绿体发育、叶绿素合成及光合作用相关的基因表达量明显下调.对利用asl6突变体与培矮64S杂交获得的F2代分离群体进行遗传分析,发现该突变表型受单个隐性核基因控制.利用图位克隆技术将该asl6基因定位于第2号染色体的InDel分子标记ID31982与SSR分子标记MM5712之间约293 kb的区域内.目前,该范围内没有叶色相关基因的报道,可能为一新的调控水稻叶绿体发育的基因.     

水稻细菌性条斑病菌一个假定的udgH基因的功能研究

水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)是一种重要植物病原菌,其引发的水稻细菌性条斑病导致水稻严重减产。Xoc一个假定的udgH基因的突变,导致Xoc产胞外多糖和致病力的严重减弱,并使胞外淀粉酶和纤维素酶的酶活也有一定的降低,互补菌株能恢复到野生型水平,但致病力仅能恢复到80%,而高表达菌株与野生型相比胞外多糖产量增加,但致病力降低。本研究为进一步研究该基因在水稻条斑病菌中胞外多糖代谢途径的作用奠定了基础,并为利用基因工程手段改造高产黄原胶菌种提供了一种可行的策略。