单细胞测序技术在植物中的应用研究进展

为了探究单细胞测序技术在植物中的应用，综述了单细胞测序技术发展概况、原理、测序技术流程及其在植物中的应用研究，为今后系统全面地开展植物单细胞测序提供理论依据。     

单细胞组学数据库的研究进展

随着测序技术的发展，目前单细胞测序已经成为生命科学各研究方向的前沿技术.单细胞测序技术是指在单个细胞的水平上对其携带的遗传信息进行高通量测序分析的技术.在2011年和2013年，单细胞测序技术分别被《Nature Methods》和《Science》列为年度最值得期待和关注的技术之一.随后单细胞测序数据呈现指数级增长，使得在海量的数据中寻找有用信息成为一个难题，整合单细胞测序数据的数据库有效地解决了该问题.概述了近年来有关单细胞数据库的研究进展，结合单细胞测序技术的重要性探讨单细胞数据库的功能特点及适用范围，并提出未来单细胞数据库发展的趋势.     

焦磷酸测序技术的原理及应用

焦磷酸测序技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应，适于对已知的短序列的测序分析，其可重复性和精确性能与Sanger DNA测序法相媲美，而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术不需要凝胶电泳，也不需要对DNA样品进行任何特殊形式的标记和染色，具备同时对大量样品进行测序分析的能力。在单核苷酸多态性、病原微生物快速鉴定、病因学和法医鉴定研究等方面有着越来越广泛的应用。     

以病毒的230 kb DNA分子为模板的DNA序列测定

目的：为确认Tn3-gpt已插入小鼠巨细胞病毒(mouse cytomegalovirus，MCMV)基因组的特定位置，改进大分子病毒DNA的测序方法，建立以230kb DNA为模板直接进行DNA序列测定的方法。方法：待测MCMV的Tr3-gpt插入突变株感染NIH3T3细胞后，从培养液中制备病毒颗粒并从中纯化得到基因组DNA，以此DNA为模板，合成的寡核苷酸为引物，用热循环方法按Promega公司的DNA Cycle Sequencing System试剂盒的方法进行测序。结果：获得纯度较高可直接作为模板进行测序的：DNA，测序所得放射自显影图片条带清晰明亮，间隔正常，分辨率较高，可顺利读出插入位点的MCMV的DNA序列，证实Tn3-gpt插入在特定的位置。结论：长达230kb的大分子病毒DNA可直接作为模板，用热循环测序方法进行测序，无需切割成小片段后才进行测序。     

“2009年国际基因组学大会”征文

目前基因组学的发展正面临着从“以大规模测序为目的”到“以大规模测序为手段解决科学问题”的一个转型。测序技术的发展使基因组学面临的最大挑战是如何提高测序适量转变为如何利用新的测序技术解决重大科学问题。藉此，中国科学院北京基因组研究所联合中国遗传学会于2009年10月21-23日在北京市举办“2009年国际基因组学大会”，     

大规模EST序列测定中的条件优化

EST技术已广泛用于发现新基因和基因表达谱研究。笔者对EST序列测定中的不同反应体系、BigDye类型、用量、测序产物纯化及不同测序板等因素进行了比较，确定了大规模EST测序方案，同时对文库质量及其他影响因素进行了讨论，经优化后的方案可降低大规模EST测序成本及提高测序成功率。     

人类基因组意味着什么？

人类基因组计划(HumanCenomePr05ectlHGP)是美国科学家在1985年率先提出的。这是一个为期15年，耗资30亿美元的人类基因组作图和测序计划。它的焦点问题是通过制作人类染色体的详细的遗传图谱和物理图谱，将整个基因由粗到细地进行有序的划分，最终得到可以用于测序的重叠度最小的连续克隆系，从而测出24条染色体DNA的全部核苷酸序列，破译人类全部遗传信息以及3万个基因的定位和结构。美国于1990年正式启动人类基因组计划，预计在2005年完成基因组的全部测序。现在，HGP不仅进入7大规模测序和基因识别阶段，从而极大地带动7人类相关基因图谱定位、克隆与结构、功能研究，而且“全基因组随机测序”的大胆设想也积极推动7人类基因组测序的进程。     

了解细菌和古菌基因组的计算方法

目前已有500多个原核基因组被测序，在接下来几年时间也有数以千计的基因组将被测序。这些基因组序列数据为生物学家提供了空前的机遇来研究原核生物的世界，也提出极富挑战性的问题，     

高通量测序在蜜蜂基因组中的应用及研究进展

【目的】回顾近些年来在蜜蜂基因组研究领域取得的进展，为后续进一步研究提供参考。【方法】检索蜜蜂高通量测序相关文献并归纳总结，获得高通量测序在蜜蜂基因组中的应用和研究进展。【结果】高通量测序主要应用于蜜蜂线粒体基因组、核基因组和转录组3个方面。目前，蜜蜂属（Apis）下所有9个种的线粒体基因组以及6个种的全基因组已被获得。基于转录组测序分析，一些与蜜蜂重要性状相关的候选基因被靶定。【结论】高通量测序技术的快速发展，使得该技术在蜜蜂基因组学的研究应用范围不断扩大、应用深度不断加深。这为研究蜜蜂分类、系统演化、群体遗传、亲缘关系、群体历史等提供了重要的数据支撑，也为进一步筛选和利用关键基因提供了理论支持。     

美国推出纳米新技术

据《每日科学》近日报道，由美国华盛顿大学物理学家领导的研究小组设计了一种新技术，可在纳米孔内对DNA进行快速测序，而且价格比较便宜。新方法可为癌症、糖尿病或某些成瘾患者量身绘制个性化基因测序蓝图，提供更加高效的个体医疗。     

马鹿生长激素基因的克隆与5′侧翼序列分析

根据报道的哺乳动物GH基因序列设计引物，首次利用PCR方法扩增和克隆了马鹿GH基因，该基因大小约为1．8kb，对该基因上游340bp核苷酸测序及分析表明，测序区域包括5′侧翼序列，第一外显子和部分第一内含子，第一外显子所编码的所有氨基酸与猪的相比完全相同，初步认为GH基因在马鹿基因组中为单基因，该测序区域与已报道动物GH基因相比是高度保守的。     

基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析

目的 指出当前已有的基于三代测序数据的基因组组装方法的缺陷，并提出改进措施，以提高组装的准确率与运行效率。方法 深入分析当前基于三代长读长测序技术的基因组组装方法，包括基于“校正后组装”策略的FALCON,Canu和MECAT组装方法，基于“组装后校正”策略的Flye和Wtdbg2组装方法，指出不同策略的优缺点。结果与结论综合2种组装策略的优势，提出了可以融合2种组装策略优势的新的基因组组装方案，解决了当前基于三代测序数据的基因组组装中的难点。     

鲁西黄牛α干扰素基因分析

本研究通过PCR从鲁西黄牛基因组DNA中克隆了α干扰索（BoIFN-α）基因，并进行了测序。测序结果表明，鲁西黄牛IFN-α基因全长498个核苷酸，含一个开放阅读框（ORF），编码166个氨基酸的成熟蛋白，与已报道的牛俚干扰素C亚型氨基酸组成同源性为97．6％。     

原核DNA甲基化的表观调控作用的研究进展

自从2009年第三代DNA测序技术平台商业化以来，测序、绘制原核DNA甲基化组飞速发展，10余年来已完成甲基化组测序的细菌超过4 000种，极大推动了原核表观遗传学的研究.越来越多的研究表明，DNA甲基化修饰不仅仅局限于宿主的防御功能，而且广泛参与各种细胞过程及基因的表达调控，在染色体的复制起始、细胞周期、致病性、抗生素抗性等方面起到了重要的作用.在简要回顾原核DNA甲基转移酶及其甲基化修饰的相关研究的基础上，着重对近期原核甲基化修饰的调控作用的研究进展进行综述，以期推动原核甲基化修饰表观遗传的研究.     

纤细眼虫(Euglena gracilis)核纤层蛋白基因的初步研究

目的：探讨在纤细眼虫(Euglena gracilis)中是否存在核纤层蛋白(lamin)基因，为核纤层蛋白基因的起源与进化研究提供线索．方法：以较为低等生物的核纤层蛋白基因cDNA序列为参考，设计引物P0010和P0012，以纤细眼虫总DNA为模板进行PCR，PCR产物回收、测序．由于不能获取完整序列，所以据测序结果又设计了P0013和P0014两条中间引物，组成P0010／P0013和P0014／P0012引物对进行PCR，回收产物测序．结果：P0010／P0012、P0010／P0013和P0014／P0012引物对进行PCR分别获得775、400和395bp的特异性PCR产物，对这3种产物分别测序，最终获得了P0010和P0012之间的全序列，共775bp．结论：在纤细眼虫中存在着核纤层蛋白基因．     

双歧杆菌对慢性腹泻猕猴肠道微生物组的影响

本研究旨在结合高通量测序和平板计数实验探索含活性双歧杆菌(Bifidobacterium spp)的饲料对慢性腹泻猕猴(Macaca mulatta)肠道微生物多样性及其腹泻症状的影响.通过16S rRNA高通量测序对比分析添加双歧杆菌前后饲料的菌群组成，发现添加组双歧杆菌的相对丰度显著高于未添加组(P<0.05).向慢性腹泻猕猴投喂该饲料，一个月后收集粪便进行宏基因组测序，并与前期研究获得的未添加组慢性腹泻猕猴和健康猕猴的肠道宏基因组数据对比分析，发现添加组的肠道菌群中乳杆菌(Lactobacillus spp)相对丰度较未添加组显著上调(P<0.05)，与健康组无显著差异(P>0.05).最后对饲喂双歧杆菌后好转及持续腹泻猕猴的粪便进行乳杆菌平板计数实验.发现经饲喂，猕猴肠道中乳杆菌数量增加，验证了宏基因组测序分析的结果.     

远海梭子蟹Sox9基因序列测序验证与进化分析

采用全长转录组文库结合三代高通量测序的方法得到远海梭子蟹Sox9基因的全长序列，通过引物设计及PCR产物直接测序验证三代测序结果，最终准确地获得Sox9基因序列。对Sox9基因全长序列进行生物信息学及基因进化分析。结果表明该基因CDS基因序列全长1461bp，蛋白质的无规则卷曲、α-螺旋、β-折叠区域分别占58.64%、25.93%、0%。进化树分析结果表明，远海梭子蟹Sox9与三疣梭子蟹的Sox10基因同源性较高，其核酸序列和氨基酸序列的相似性分别为96.24%和98.77%。远海梭子蟹的Sox9基因鉴定和蛋白质结构预测与功能分析，将为该物种遗传资源挖掘与利用分析奠定重要基础。     

2002生物技术产业展望

2001年的生物技术产业可以说是充满了“大事”和“争论”。先是年初的基因大论战，塞莱拉（Celera）公司的科学家发现，在30亿个碱基对中只有3万个基因，大大少于先前认为的10万个基因；而后不久，另外的一些科学家指出塞莱拉的计算有误，正确的数目应该在3～10万之间，更可能的数目是6万。除了人类基因组测序的完成，在2001年又有许多物种的基因组测序完成，如难治性伤寒杆菌，致死性埃希氏大肠杆菌，日本河豚鱼等等。随着基因组测序的完成，许多科学家和投资者开始将目光投向了蛋白组学，正是在这一领域，IT公司和生物技术公司展开了前…     

微生物的全基因组测序

微生物基因组测序在当今生命科学领域的研究中起着重要作用．本文通过对主要测序方法一鸟枪法的介绍，阐明了微生物全基因组序列的测定与注释在基因组学的进一步研究中的广阔领域．     

纳米孔DNA测序:我们在哪了?(英文)

纳米孔DNA测序技术是一类重要的DNA测序技术,可以实现长链DNA序的快速读取.一个DNA分子可以以毫秒每碱基,甚至更快的速度通过纳米孔,从而有可能实现在1 h以内完成人类全基因组测序.与下一代DNA测序技术(next generation DNA sequencing,NGS)相比较,纳米孔DNA测序技术可以实现单分子测序,无需使用酶进行样品扩增.纳米孔DNA测序技术是后NGS时代极具潜力的DNA测序技术.本文将介绍纳米孔DNA测序技术的研究现状,并讨论在这个快速发展的领域当中面临的挑战和机遇.