Genetic analysis on 3′- terminal flanking region of uncoupling protein 3 in different pig breeds

The 3′-terminal flanking region of porcine uncoupling protein 3 (UCP3) was cloned, the sequence data revealed 15 nucleotide substitutions among Landrace and three Chinese native pig breeds named Neijiang, Minpig and Erhualian. The continuous 9 polymorphic sites were checked by PCR-RFLP, the results indicatedthat Erhualian had extraordinary gene frequency, presented most significant difference by χ2 test compared with Landrace, Largewhite, Neijiang and Minpig respectively, significant level compared with Meishan; and Meishan also had significant difference compared with Landrace and Minpig respectively. These results canbe concluded that Taihu pigs have special genetic characteristics among pig breeds.     

杜洛克与梅山猪大卵泡消减文库的构建

为了鉴定杜洛克猪相对于梅山猪在大卵泡中高表达的基因,本研究应用抑制性消减杂交技术成功构建了以梅山大卵泡c DNA为driver,杜洛克大卵泡c DNA为tester的消减c DNA文库。结果显示:以G3PDH和β-actin为指标检测文库的消减效率为25,从该文库中获取了350个有效的阳性克隆,PCR检测插入片段主要分布在150-750 bp。克隆测序得到74个有效的EST序列,GO分析表明主要与细胞信号、细胞结构、代谢、细胞分化、基因/蛋白质合成、细胞组织防护等功能相关。利用q PCR技术验证了ELTD1、Grb14、SNRPE、CSDE1、ALDH18A1、e IF4E、BMPR-IB等基因在梅山和杜洛克大卵泡中的表达模式。结果发现在两猪种的大卵泡间存在显著性差异。本研究有助于揭示影响猪卵泡发育和生殖数量控制的分子基础。     

山西白猪和F_1杂种野猪GH基因片段PCR-RFLPs分析

用ApaⅠ酶切山西白猪和F1杂种野猪GH基因第一内含子+206位到第三外显子+711位间约506 bp的片段。检测到片段中有一个酶切位点,形成三个基因型(AA,GG,AG),基因频率分析表明,两种猪的基因频率无显著差别(P>0.05)。     

六品系猪SLA-2多肽结合区分子结构差异研究

为研究我国饲养的不同品系猪sLA_2抗原多肽结合区分子结构差异,设计引物,克隆了六品系猪SLA-2基因cDNA全长序列,用分子生物学软件分析其基因特征,比较各品系猪SLA-2分子结构差异,并通过同源模建显示变异住点的空间位置．结果表明,六品系猪SLA-2cDNA全长为1119bp,其中3-1097为编码区,共编码364个氨基酸,分别在第125,188,227,283位置出现半胱氨酸残基,含有2对链内二硫键．六品系猪SLA-2胞外区氨基酸差异主要集中在α1区的62-70及77-82和口2区的143-156．同源模建显示,这些变异位点均位于SLA-2多肽结合区的口螺旋结构上,推测可能与动物的抗病毒免疫特性有关．可为猪品系的改良及抗病毒免疫研究提供参考．     

不同品种猪生长激素基因的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLPs技术,对临高猪、玉山黑猪、蓝塘猪及国外猪种的生长激素基因-119～＋486区域共605 bp片段的扩增产物用Apa I限制性内切酶检测酶切位点的多态性.结果显示：Apa I酶切时,四个品种的猪都出现了3种基因型（AA、BB和AB）,等位基因B的频率以蓝塘猪最高,等位基因A的频率以玉山黑猪最高,四个猪种间基因型频率、等位基因频率的差异不显著（P＆gt;0.05）.     

应用微卫星标记对中国7个品种猪遗传变异的研究

对中国 4个地方猪品种 (二花脸、通城、清平、皖南花 )和 3个引进品种 (长白、大白、杜洛克 )的 6个微卫星位点的多态性进行了检测 ,并对品种内和品种间的遗传变异进行了群体遗传学分析。初步结果表明 ,地方猪品种的群体内变异均大于引进品种 ,其中二花脸的品种内变异最高。品种间的聚类结果表明 ,地方品种与引进品种间具有较远的亲缘关系 ,但地方品种的聚类结果并不完全符合由生态特征进行的分类     

Differential expression analysis and regulatory network reconstruction for genes associated with muscle growth and adipose deposition in obese and lean pigs

During the growth and development of skeletal muscle cells and adipose cells, the regulatory mechanism of micro-effect polygenes determines porcine meat quality, carcass characteristics and other relative quantitative traits. Obese and lean type pig breeds show obvious differences in muscle growth and adipose deposition; however, the molecular mechanism underlying this phenotypic variation remains unknown. We used pathway-focused oligo microarray studies to examine the expression changes of 140 genes associated with muscle growth and adipose deposition in longissimus dorsi muscle at six growth stages （birth, 1, 2, 3, 4 and 5 months） of Landrace （a leaner, Western breed） and Taihu pigs （a fatty, indigenous, Chinese breed）. Variance analysis （ANOVA） revealed that differences in the expression of 18 genes in Landrace pigs and three genes in Taihu pigs were very significant （FDR-adjusted permutation, P 〈 0.01） and differences for 22 genes in Landrace pigs and seven genes in Taihu pigs were significant （FDR-adjusted permutation, P 〈 0.05） among six growth stages. Clustering analysis revealed a high level of significance （FDR-adjusted, P 〈 0.01） for four gene expression patterns, in which genes that strongly up-regulated were mainly associated with the positive regulation of myofiber formation and fatty acid biogenesis and genes that strongly down-regulated were mainly associated with the inhibition of cell proliferation and positive regulation of fatty acid β-oxidation. Based on a dynamic Bayesian network （DBN） model, gene regulatory networks （GRNs） were reconstructed from time-series data for each pig breed. These two GRNs initially revealed the distinct differences in physiological and biochemical aspects of muscle growth and adipose deposition between the two pig breeds; from these results, some potential key genes could be identified. Quantitative real-time RT-PCR （QRT-PCR） was used to verify the microarray data for five modulated genes, and a good correlation between     

9个地方鸡种MHC B-G座位多态性及其分子系统进化分析

以我国9个地方鸡为研究对象,对其MHC B-G座位全基因序列进行测序,以揭示这9个地方鸡种MHC B-G基因的遗传多样性,并构建其系统进化树.结果表明,9个地方鸡种MHC B-G基因序列具有较高的遗传多样性,在9个地方鸡种中共存在666个突变位点,其中单一位点突变554个,简约信息112个,共缺失782 bp.核苷酸多样度(Pi)为0.030 79±0.004 39,平均核苷酸差异(K)为182.639.9个地方鸡品种为9个单倍型,单倍型多样度为1.00±0.052.9个鸡种MHC B-G基因Kiumura双参数遗传距离范围为0.010～0.070,鹿苑鸡与新狼山鸡的遗传距离最小,为0.010;茶花鸡与东乡绿壳蛋鸡遗传距离最大,为0.070.根据9个鸡品种MHC B-G基因全序列构建的NJ树和ME树,茶花鸡单独聚为1类,其他8个品种被聚为2大类.Tajima's D值为-1.554 6,且差异不显著(0.10>P>0.05),说明MHC B-G基因为负向选择,不遵循中性进化理论,MHC B-G基因多态性不是遗传漂变的结果,而是自然选择和人工选择的结果.     

Mutation in the porcine SERPINA7 gene and its association with boar fertility

The porcine SERPINA7 gene is considered as a positional candidate gene responsible for testis size for its location on X chromosome and its biologically critical role in the development of testis. A nonsynonymous polymorphism (His226Asn or C678A) in the ligand-binding domain of SERPINA7 has been identified, which alters SERPINA7’s affinity to thyroxine and is closely associated with testis size. In this study, a primer mutagenesis strategy was developed to genotype this polymorphism in Chinese indigenous pigs and some western commercial pigs. The C allele existed in all tested Chinese indigenous and wild pigs, while the A allele is specific for western commercial breeds, indicating the occurrence of the mutation is of western origin. The correlation of this polymorphism with different boar fertility traits was assessed using a White Duroc × Erhualian intercross which included 110 F₂ mature boars. The results showed that the C678A polymorphism was closely associated with testis weight and epididymis weight (P＜0.0001 and P=0.0016, respectively) with significant heavier testis weight and epididymis weight in boars carrying the A allele than boars with the C allele. A significant correlation was also observed between this polymorphism and total sperm in the ejaculate (P＜0.01) as well as semen volume (P＜0.05). No statistically significant association of the C678A polymorphism with sperm concentration and sperm motility was found.     

利用线粒体 DNA Cytb 基因 PCR-RFLP 分析方法鉴别青鱼和草鱼

建立了一种以线粒体细胞色素 b（Cyt b）基因为标靶,应用 PCR -RFLP 技术进行草鱼和青鱼种质鉴定的分析方法。设计一对引物 QYCYT -S 和 QYCTY -A 分别对青鱼和草鱼的 Cyt b 基因进行了 PCR 扩增,并选用 BglⅠ和 EcoRⅡ两种限制性内切酶对扩增产物进行酶切分析。结果表明,草鱼和青鱼都可以扩增出1111 bp 的条带,两种酶切检验发现,草鱼扩增产物能被 BglⅠ切成247 bp 和864 bp 两个片段,而青鱼的 PCR 产物能被 EcoRⅡ切成140 bp 和971 bp 两个片段,这表明,mtDNA Cyt b 基因 BglⅠ和EcoRⅡ的酶切位点都可作为鉴定青鱼和草鱼的有效分子标记。利用 PCR -RFLP 分析 mtDNA Cyt b 基因的方法操作简单,是一种快速鉴别草鱼和青鱼的可靠方法。     

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

为建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术,对何首乌及其常见混淆品的rDNA ITS（核糖体DNA内转录间隔区）序列进行了扩增和测序,运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果表明：何首乌与毛脉蓼（F. multiflora var.cilliinervis）、翼蓼（Pteroxygonum giraldii）及耳叶牛皮消（Cynanchum auriculatum）在ITS1区的差异率分别为6.9%、18.1%、42.0%,在ITS2 区的差异率分别为10.0%、19.4%、43.9%,而何首乌种内各居群间ITS1 和ITS2 区的差异分别为0%～2.13% 和0%～1.03%．进一步利用premer premier 5 找出了一个位于ITS2间区的何首乌特征性NsbI酶切位点,将何首乌rDNA ITS 序列PCR扩增产物用NsbI酶切后可得到得一个含约531 bp和109bp的二片段PCR－RFLP图谱, 而其混淆品rDNA ITS 序列PCR扩增产物不能被NsbI酶切,图谱呈单一条带.建立的PCR－RFLP方法简单易行,可用于何首乌原植物的鉴别．     

中国四个小型猪品种生长激素基因克隆测序及分子进化研究

研究对中国四个小型猪五指山猪、贵州香猪、滇南小耳猪和藏猪的生长激素基因(pGH,porcine growth hormone)进行了克隆测序及构建分子进化树,考察该激素对小型猪体型的影响。通过筛选合适的引物,采用PCR技术,扩增了四个小型猪品种的pGH基因全序列,并对其进行了克隆测序分析。4个小型猪品种pGH基因全长为2006bp,包括5个外显子和4个内含子,CDS全长为648bp。将4个品种小型猪和长白猪、雅南猪、内江猪进行了核苷酸序列比对,共有63处发生了变异,变异率为2.9%,其中外显子有12处变异,全部为转换;内含子有51处发生了变异,包括转换、颠换和缺失。聚类结果基本符合其地方猪种的地理位置分布原则。     

枣实蝇及其他5种检疫性实蝇的PCR-RFLP快速鉴定

枣实蝇(Carpomya vesuviana Costa)是一种新入侵检疫性有害生物。应用PCR-RFLP技术,快速区分鉴定了枣实蝇与我国口岸截获频率较高的5种检疫性实蝇。研究表明:设计出的2对引物对6种供试实蝇线粒体DNA(mtDNA)进行PCR扩增,其扩增片断大小分别为350 bp和450 bp。PCR扩增产物用2种限制性内切酶Dra I和MseI进行酶切,根据不同的酶切位点准确区分了6种供试的实蝇。此方法可用于口岸截获实蝇的快速检疫鉴定。     

苜蓿草粉对生长猪生产性能和免疫功能的影响

试验选用体重约25kg的杜长大三元杂交猪60头,采用单因子实验设计,分为5组,每组3个重复,每个重复4头猪,分别在基础饲粮中添加0％、5％、10％、15％、20％的苜蓿草粉．结果表明：添加5％、10％苜蓿草粉可显著提高25-50kg生长猪的增重效果及饲料转化率（P〈0.05）,对淋巴细胞和ANAE阳性细胞也有明显的促进作用（P〈0．05）．     

云南改良稻及元阳地方稻磷高效研究

 在土壤有效磷质量比分别为0.26mg·kg^-1和80.0mg·kg^-1条件下对云南111份改良稻和77份元阳地方稻进行形态性状与程氏指数间的磷高效研究,以明确籼粳分化和米色与磷高效间相互关系,对比改良稻和地方稻间磷高效差异.结果表明:①相对地上干物质量、相对地下干物质量、相对总干物质量和相对分蘖力4个耐低磷指标性状可作为水稻耐低磷能力强弱评价的理想指标,能明确反映出磷高效能力强弱;②元阳地方稻各亚种间平均耐低磷能力均明显高于云南改良稻,且差异明显,4个耐低磷指标性状平均值为籼>偏籼>偏粳>粳,无色米>有色米,耐低磷能力随程氏指数的增大呈递减趋势;③总体而言,程氏指数和耐低磷指标性状间多数呈显著负相关,磷高效特性和籼粳分化密切相关.     

PCR—RFLP analysis of mitochondrial DNA ND5／6 region among3 subspecies of common carp（Cyprinus carpio L.）and its application to genetic discrimination of subspecies

Mitochondrial DNA ND5/6 region was studied by PCR-RFLP analysis among ten representative strains belonging to three subspecies (Cyprinus carpio carpio,Cyprinus carpio haematopterus and Cyprinus carpio rubrofuscus) of common carp(Cyprinus carpio L.)A total of 2.4kb fragment was amplified and subjected to restriction endonuclease analysis with nine restriction endonucleases subsequently.The results indicated that each subspecies owned one hyplotype and four restriction enzymes(Dde Ⅰ，HaeⅢ,Taq Ⅰ and MboⅠ)produced diagnostic restriction sites which could be used for discriminating the three subspecies and as molecular genetic markers for assistant selective breeding of common carp.     

血管内皮生长因子936^＊T／C基因多态性与胃癌的关系

研究血管内皮生长因子（VEGF）936^＊T／C基因多态性与胃癌之间的关系,了解该基因多态性对胃癌生成及发展的影响。采用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法检测胃癌患者和健康者外周血的VEGF936。T／C基因型。结果,胃癌患者外周血中VEGF936。T／C基因型或等位基因与健康者相比无差异（精确概率法计算基因型P=0．226;卡方检验等位基因x^2=2．934,P=0．087）。Ⅲ、Ⅳ期病理分期患者C／C基因型和c等位基因比例（66．7％和82．0％）明显大于Ⅰ、Ⅱ期（12．9％和1．2％）,两者差异有统计学意义（基因型：x^2：14．215,P=0．000;等位基因：X2=28．430,P=0．000）。结果表明,VEGF9360C／C基因多态性与胃癌的生成无关,而与胃癌的进展相关。     

DRD3基因多态性与精神分裂症的相关性研究

目的 :研究多巴胺D3受体 (DRD3)基因的多态性与精神分裂症的关系。方法 :应用PCR -RFLP技术 ,在90名无亲缘关系的正常汉族人和80名精神分裂症患者中对DRD3基因第一外显子内Ser9Gly多态性进行分析。结果 :正常汉族人群中 ,DRD3等位基因1(Ser)和2(Gly)的频率分别为0.71和0.29。在正常对照组和精神分裂症组之间 ,等位基因频率 (X2=0.02,υ=1,P>0.05)和各种基因型 (P值均大于0.05)分布无显著性差异。结论 :DRD3基因的Ser9Gly多态性与中国汉族人群精神分裂症不相关。     

江苏汉族人生长激素受体基因多态性研究

为了解生长激素受体(GHR)基因多态性在江苏汉族人群中的分布,通过多重PCR及PCR-RFLP的方法对269例江苏地区正常汉族人进行GHR基因3个位点的多态性分析,并与文献中报道的其它种族和地区的人群进行比较分析.结果显示江苏地区汉族正常人群中GHR基因型以fl/fl、I/L、P/P发生频率最高,这种分布在男女之间没有差异,与其它地区汉族人比较没有明显差异,与日本人差异也不明显,而与法国、俄罗斯人差异明显.研究表明,GHR基因3个位点多态性在不同种族之间分布存在着明显的差异,这种差异有可能是导致不同种族间人体测量学差异及对一些疾病的易感性及对药物的反应性不同的因素之一.     

山羊INHA和INHBA基因的cDNA克隆、序列分析及组织表达研究

分别提取处于同一发情周期的5只低繁藏山羊和5只高繁金堂黑山羊的卵巢、垂体的总RNA,并通过RT-PCR技术对INHA、INHBA基因cDNA进行克隆、序列分析,以Real-time PCR技术对其进行组织表达研究.结果表明:藏山羊和金堂黑山羊INHA基因编码区均长1083bp,编码360个氨基酸,两品种基因编码区有7处碱基不同,并导致3处氨基酸的差异;INHBA基因编码区均长1278bp,编码425个氨基酸,两品种基因编码区有4处碱基不同,并导致1处氨基酸的差异.藏山羊INHA基因编码区核苷酸序列与金堂黑山羊、绵羊、牛、野猪、小鼠、褐家鼠、人的同源性分别为:99.4%、98.9%、95.8%、88.6%、81.0%、79.5%和84.8%;藏山羊INHBA基因编码区核苷酸序列与金堂黑山羊、绵羊、牛、野猪、小鼠、褐家鼠、人的同源性分别为:99.7%、99.4%、98.1%、91.7%、88.0%、88.5%和91.2%.INHA和INHBA基因mRNA在两个山羊品种的卵巢、垂体中均有表达,但两品种间无显著性差异(P0.05).说明INHA和INHBA基因在动物进化中比较保守,与山羊多羔性状的相关性有待进一步研究.