GenBank中CDS..join特征域研究初步

由NCBI建立和维护的大型公用数据库GenBank是进行生物学研究最为重要的工具之一. 其DNA序列数据库的每条记录描述了相关基因的详细特征,其中的CDS(Coding Sequence)特征域被认为是DNA生成蛋白质的翻译指令,它对GenBank中每条基因的组装进行了详细的说明. 通过CDS可以很容易在互联网上进行多序列搜索,并获得相关的基因序列、编码蛋白序列及种属特异性信息. 利用CDS特征域构建外显子-内含子数据库(Exon-Intron Database,EID)是研究内含子起源、进化和功能的重要手段,本文试图以CDS为线索,解决建库初期从GenBank海量数据中提取相关序列的问题.     

人类基因组非冗余Exon/Intron数据库的构建

以Homo.sapiensRefSeq作为原始数据库来构建EID(Exon/Intron Database)可以克服GenBank所带来的冗余问题.通过分析RefSeq基因组数据库中每个CDS(Coding Sequence,编码序列),获得构建EID的相关的数据(基因的定义、基因标识符、基因序列、蛋白质标识符、蛋白质序列、外显子和内含子的数量、大小、总数、非翻译区(UTR)内含子、内含子相位、内含子剪切位点模式).结果表明,人类24条染色体(22条常染色体和2条性染色体,共计2 870 827355 bps)中含有32 157个基因标识符(gene blocks),其中7 398个基因为假基因,4 014个基因发生了可变剪切(Al-ternative Splicing,AS),15 533个基因含有CDS内含子,765个基因含有UTR内含子,2 585个基因不含有内含子,其他的为异常基因.     

癌症相关基因选择性剪接进化数据库的构建

选择性剪接是真核生物基因调控的基本调节机制之一,与各种类型的生理和病理活动相关.癌症相关基因的不正常剪接可能与多种癌症的发生发展有关.作为选择性剪接进化的主体,选择性剪接外显子展示了其在不同物种中多样的进化功能.本文系统整理了2 989个癌症相关基因的各项功能,通过比较基因组学的分析方法总结了癌症相关基因的选择性剪接外显子的功能和进化关系,建立了癌症相关基因选择性剪接进化数据库(ASeeDB数据库).ASeeDB包含癌症相关基因外显子区域的进化保守性、结构域预测、Ka/Ks值、以及基因、转录本、外显子区域3个层次的表达量统计等信息,结合这些信息用户可以方便的检索有研究意义的基因或者外显子.外显子区域蛋白质结构域的预测可以帮助了解其可能的功能,而外显子是否存在选择性剪接又可以推及包含该外显子的转录本是否具有相似的功能以及推测剪接是否会对蛋白质功能发生影响.数据库提供的物种间的序列比对可以帮助用户发现没有注释的外显子区域或者是保留的失去功能的外显子.相比于基因层面的Ka/Ks,数据库提供的外显子层面的Ka/Ks对于发现适应性进化事件具有更高的敏感性,可以更加方便地预示基因中未知功能的区域.     

真核生物上游刺激因子家族的分子进化

氨基酸序列和基因结构的系统发育分析表明,上游刺激因子家族usf1和usf2基因的产生是基因复制的结果,同时,usf1和usf2的内含子位置以及插入相位分析揭示在不同进化地位的物种中,可独立地发生内含子的插入或删除,因此,看似同源的内含子不一定是同源的,这说明在以内含子为基础进行同源性分析时应谨慎.与低等动物相比,脊椎动物中的usf基因序列高度相似,对比usf1和usf2的各个选择性剪接变体发现,二者的剪接模式都很保守,而新的变体是由点突变或内含子中额外序列的插入造成的.另外,以前的研究均认为所有usf中均有亮氨酸拉链,然而本研究发现,该结构域是新近插入到该蛋白家族中的.     

基于B/C/S模式的MIS系统构建及应用

对C/S模式和B/S模式的工作特点进行了分析,并根据MIS系统中用户对信息处理的实际要求,给出了基于B/C/S模式的信息管理系统的构建方法,该方法充分利用了C/S模式和B/S模式各自的优势。最后,通过实例展示了这一方法在学籍管理系统中的具体应用。     

构建基于B/S面向对象的电子海图数据库

研究了基于Intemet电子海图的系统结构,并主要讨论了如何构建面向对象的海图数据库,如何从海图数据库中搜索出有用的空间数据.     

LU/LC样本影像数据库管理系统的构建及其应用

针对遥感解译及土地核查中传统的人机交互方法人为影响较大、精度不稳定、判读标准不一等现象,综合地总结了土地利用/土地覆盖(LU/LC)常见典型地物样本及影像特征信息,通过建设数据库的总体流程、基本示例影像以及关键技术,从而构建具有一定通用性的LU/LC样本影像数据库管理系统,解决了遥感解译及土地核查过程中主要涉及的大量遥感图像和繁杂的属性文本信息等问题,实现对样本影像数据统一存储、有序管理以及实时更新,更好地为生产决策服务。同时,结合该样本影像数据库,将LU/LC样本库知识学习应用于福州市地区1994年、2000年、2009年、2013年的遥感影像解译,获得影像的分类精度分别为87.89%、91.46%、88.35%、88.62%。结果表明,建立LU/LC样本影像数据库辅助解译减少了判读误差,并且精度较稳定及符合生产要求。     

基于B/S的临川文化名人数据库的设计与实现

结合基于B/S的临川文化名人数据库的建设实践,对数据库的构建、信息的搜集与组织、系统功能及编程实现、数据库的宣传等方面进行了探讨。     

Linux系统中基于动态PL/SQL数据库研究开发

本文主要阐述Linux+数据库的开发模式,用动态PL/SQL高级数据库程序设计语言,提出了基于动态PL/SQL的数据库开发的两种模式,对动态PL/SQL数据库服务器进行了设计,并给出了客户端与数据库服务器的连接方式。这种基于动态PL/SQL数据库具有良好的安全和跨平台效果。     

基于B/S模式人事管理信息系统的构建

以校园网为基础,提出了建立基于B/S模式的人事管理信息系统.着重研究了基于B/S模式的人事管理信息系统的总体结构和实现方法.利用ASP技术和数据库系统SQL Server2000来实现系统的功能.     

构建非冗余EID的若干技巧

基于GenBank构建的外显子内含子数据库（EID）含有大量的冗余数据.为了解决冗余问题,构建了基于RefSeq的非冗余EID（non-redundant EID）.RefSeq是由NCBI staff负责维护和更新的参考序列库,为基因组注释、基因识别、基因突变、多态性分析、表达研究和比对分析提供了一个稳定的参考.该EID可用于大规模分析Exon/Intron结构和内含子剪切（Splicing）的研究,并拥有一些内部机制来控制数据质量和可能出现的错误.同时,它的新的改进是增加了基因序列中非翻译区（UTR）的数据内容.该文对构建基于RefSeq的非冗余EID的一些技巧作出说明.     

基于GIS的生态系统服务空间数据库构建研究

根据我国两屏三带生态安全战略以及国家公园自然保护地体系建设的具体情况,基于ArcSDE空间数据库引擎关键技术,以湘西州1980-2018年时间段四个年度Landsat-TM遥感影像为基础数据源,结合同类型的生态系统服务多源异构指标数据及统计年鉴相关自然灾害、生态环境和社会经济方面数据,进行空间数据库的图层架构和逻辑结构属性设置,在Visual C#系统中对ArcGIS进行二次开发,建成空间数据库平台。实验结果表明,平台能更好地为各类型生态系统服务查询数据、计算价值,及生态系统服务效应评估与决策支持等利用。     

基于Web服务的分布式数据库共享模型的研究

为了克服当前分布式数据库共享方法的不足,提出了一种基于W eb服务的分布式数据库共享模型,该模型解决了现有方法不能穿越防火墙的问题,解决了CORBA和DCOM互操作性差的问题,能够简单地实现分布式数据库的信息共享,并且当新加入一个共享数据库时,能够实现“即插即用”,有很好的扩充性.     

基于PKI的CA认证中心的搭建

随着网络的普及和人们对网络信息的安全性要求的日益增加，建立一套保证网上传输信息安全性的机制已是刻不容缓。文章着重介绍了PKI系统的组成，实现的各种功能，具体讨论了基于PKI思想的CA认证中心的一种搭建方式，其中包括了CA服务器的搭建，证书的发布和作废等。此外对CA的信任模型也作了讨论。     

基于工艺形态学理论的工艺数据库设计

工艺形态学是一种新的工艺方法分类理论,文章阐述了工艺形态学理论的基本概念,应用工艺形态学理论对各种工艺方法进行了系统化的分析与描述,建立了相应的工艺方法分类原则和分类代码,在此基础上,建立了工艺数据库。     

基于 XML 中间数据的异构数据库交换技术

随着信息化程度的不断提高,在多数企事业单位中,由于各个部门间一般采用的网络环境、操作系统和数据库系统都各有差异,形成了以各部门为核心的信息资源孤岛,数据共享和访问都比较困难．因此为解决这一问题,笔者首先介绍了基于 XML的异构数据库数据交换方面的相关技术,重点讨论了关系数据和 XML 数据的转换问题．提出了一种新的异构数据库交换系统的体系结构,并在高校数字化校园平台的基础上,将异构数据库交换方案应用到该平台的各异构数据交换系统中,同时给出了数据抽取模式的算法．并采用了 C＃语言及 ASP．NET 等相关技术对该系统中的各主要模块进行了详细的设计与实现,最后给出了实现的过程及数据交换的结果．     

基于Logic SQL安全数据库的隐蔽通道分析

Logic SQL数据库是自主研制基于linux的高安全级别安全数据库,本文根据近年来成熟的隐蔽通道分析技术针对Logic SQL安全数据库的隐蔽通道进行分析,从隐蔽通道的标识、带宽的计算、隐蔽通道的处理等方面进行分析.并展望下一步Logic SQL安全数据库的隐蔽通道研究方向.     

基于模糊决策法的成绩数据库的知识挖掘

采用模糊决策方法,对学生的成绩数据库进行挖掘,得到了学生的综合能力排名和综合素质的定量评价以及分类的相关知识．同时本文还对Borda计数方法、模糊评判标准及模糊关系矩阵的确定等进行了研究。得到了较满意的结论．