泰山赤鳞鱼

闻名于世的泰山造就了闻名于世的泰山赤鳞鱼.泰山赤鳞鱼属硬骨鱼纲(Osteichthyes)、真骨总目(Teleostei)、鲅亚科(Barbinae)、突吻鱼属(Varicorhinus)、铲颌鱼亚属(Scaphesthes),种名未定,据《泰山药物志》记载"泰山赤鳞鱼又名螭霖鱼、石鳞鱼、斑文鱼".泰山赤鳞鱼是生活在泰山山中海拔270～800米高处水系中的一种珍贵野生鱼种,它以肉质细嫩、味美不腥、营养丰富和特殊的药用价值而驰名中外.登泰山以能吃到泰山赤鳞鱼为荣.说起泰山赤鳞鱼的历史,很少有人考证,它大     

鱼类常用催产剂对泰山赤鳞鱼的催产效果

本文对泰山赤鳞鱼的人工促进繁殖技术进行了试探性研究.利用各种常用的鱼类催产激素对赤鳞鱼亲鱼进行注射,用混合激素处理后的雌鱼排卵数和孵化率显著高于各种激素单独处理的效果,为进一步提高赤鳞鱼的繁殖率和产量提供了理论依据.     

羚牛线粒体DNA和系统进化研究

用8种限制酶分析了5种牛科动物，羚牛、黄牛、水牛、绵羊和山羊的线粒体DNA的多态性。依据数学模型计算这5种动物间的遗传距离，在此基础上构建了UPG和NJ两种分子系统进化树。结果表明：羚牛与牛和羊的分化时间分别为4．02Ma和3．72Ma，因此将羚牛归入羊亚科较为合理。     

猛禽和夜鹰类的线粒体DNA序列比较和分子进化关系的研究

测定和比对了隼形目、鸮形目、夜鹰目的12SrRNA基因片段，长度为415bp．使用MEGA2．1软件构建分子系统树并分析其系统进化关系．数据显示，该基因片段的DNA序列变异丰富，转换和颠换数未随着遗传距离的增加而出现饱和现象，反映出较高真实水平的鸟类系统发育关系．重建系统进化树表明：与隼形目隼科相比，隼形目鹰科与鸮形目、夜鹰目的亲缘关系更近，提示了隼形目隼科和鹰科之间可能存在着较大的遗传变异；与夜鹰目相比，鸮形目和隼形目鹰科鸟类的亲缘关系较近，与传统分类观点相同，不支持将鸮形目和夜鹰目合并为鸮形目的观点．     

猛禽和夜鹰类的线粒体DNA序列比较和分子进化关系的研究

测定和比对了隼形目、鸮形目、夜鹰目的12SrRNA基因片段,长度为415 bp.使用MEGA2.1软件构建分子系统树并分析其系统进化关系.数据显示,该基因片段的DNA序列变异丰富,转换和颠换数未随着遗传距离的增加而出现饱和现象,反映出较高真实水平的鸟类系统发育关系.重建系统进化树表明:与隼形目隼科相比,隼形目鹰科与鸮形目、夜鹰目的亲缘关系更近,提示了隼形目隼科和鹰科之间可能存在着较大的遗传变异;与夜鹰目相比,鸮形目和隼形目鹰科鸟类的亲缘关系较近,与传统分类观点相同,不支持将鸮形目和夜鹰目合并为鸮形目的观点.     

基于聚类分析的DNA序列分类研究

从DNA序列片段的个案中密码子分布密度角度出发,提取出DNA序列片段的特征,应用模糊数学中的模糊聚类分析理论对DNA序列片段进行分类．由DNA序列片段中64种密码子出现的频率,给出两个案夹角余弦的定义,由两个案的交角余弦来描述个案之间的相关性．采取分层聚类分解法,应用SPSS统计软件,计算出描述个案之间相关性的模糊矩阵,同时给出DNA序列片段的分类结果．仿真结果表明,该算法具有分类简单且分类结果精度高的优点．     

社鼠和针毛鼠线粒体DNA序列的歧异及其系统进化关系

社鼠和针毛鼠是有着广泛地理分布的山地鼠种,它们的一些形态特征及核型明显有别于同属的其它鼠类.社鼠的亚种--雷琼社鼠局限于分布在广东省西部地区和海南省,它的形态特征多似社鼠,但也有少数特征相似于针毛鼠.对于社鼠和针毛鼠的分类地位及社鼠亚种的分化一直有着各种讨论.本研究进行了社鼠和雷琼社鼠以及针毛鼠龙门种群和香港种群的细胞色素b (264个核苷酸位点)和12S rRNA (387个核苷酸位点)基因片段的测序.社鼠与雷琼社鼠线粒体的细胞色素b基因片段间包含有19个变异位点、12S rRNA 基因片段间包含11个变异位点和2个插入/缺失位点.针毛鼠的2个种群间的细胞色素b 和12S rRNA 基因片段分别包含了3个和11个变异位点.通过邻接法和最大简约法重建的系统进化关系表明:雷琼社鼠与社鼠有着紧密的亲缘关系,它的亚种地位得到了线粒体DNA序列证据的肯定.针毛鼠龙门种群和香港种群细胞色素b和12S rRNA 基因片段序列的歧异反映出两个种群由于长期的地理隔离及其所经历自然选择的结果.     

DNA序列的分类

本文由浅入深提出三种分类模型,应用统计知识进行检验并指导分类,得到了精度较高的模型2和模型3,对从数学的角度解读人类基因图谱提供了一种思路。     

大口胭脂鱼线粒体DNA控制区序列的研究

采用PCR扩增、直接测序的方法得到了大口胭脂鱼线粒体DNA控制区的序列,经过对比分析,其序列全长为920bp,碱基含量分别为：胸腺嘧啶（T）29．8％,胞嘧啶（C）21．6％,腺嘌吟（A）32．4％,鸟嘌呤(G)16．2％,与其它鲤科鱼类相比,胸腺嘧啶含量略低,鸟嘌呤含量略高,其它则相似,成功地识别了终止序列区（nt,1-235处）、中央守区（nt236－566处）和保守序列区(nt．567－920）处,并找到了终止相关的序列ETAS以及保守D(CSB－D）和保守序列1、2、3（CSB1,CSB2,CSB3）,这以中以为将来进行大口胭脂鱼的种群分化研究和资源保护研究提供基础。     

种鲿科鱼类基于线粒体DNA控制区序列的比较研究

采用PCR技术,对外形上易混淆的鲿科Bagridae 4种初级淡水鱼:中间黄颡鱼Pelteobagrus intermedius、普通黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco、粗唇鮠Leiocassis crassilabris和Pseudobagrus kyphus进行线粒体控制区489 bp序列的分析. 结果显示:4个种间的碱基差异为12.88%,28个样品共得到7个单倍型,通过遗传距离和系统发育分析可见,粗唇鮠和Pseudobagrus kyphus的亲缘关系比较近,而中间黄颡鱼、普通黄颡鱼和另外2种鱼的亲缘关系较远.     

黑线姬鼠线粒体DNA控制区的序列测定及分析

以黑线姬鼠肝脏组织为材料提取线粒体DNA,并以此为模版定向扩增D-loop区．克隆后测序得到的全序列大小为852bp．选取其相对保守序列与欧洲大陆同种黑线姬鼠进行序列比较,发现2个同种不同域的黑线姬鼠亲缘关系很近．通过比较突变位点出现的位置可以推断黑线姬鼠线粒体DNA控制区可分ETAS,central,CSB3个区域．由中心区最为保守这一原则,推测出central区大体位置,central区两侧则为ETAS和CSB区．     

麂属动物小麂线粒体DNA文库的建立和序列分析

通过建立麂属动物小麂线粒体DNA文库，鸟枪法测序，我们获得了小麂线粒体基因组全序列的初步信息，这也是国内有关哺乳动物线粒体基因组全序列的首次报道，与其他哺乳动物线粒体基因组全库列的比较研究发现：全长为16354bp的小麂线粒体基因组同样编码13种蛋白、2种rRNA和22种tRNA，除了用于调控线粒体DNA复制和转录的D-Loop区以外，小麂线粒体基因组各基因长度，位置与其他哺乳动物相似，其编码蛋白质区域的rRNA基因与基因他哺乳动物具有很高的同源性，D－Loop区长度和序列的差异是导致各种哺乳动物线粒体差异的主要原因。     

DNA序列在植物系统进化研究中的应用

DNA序列分析已广泛应用于植物系统与进化学研究，根据不同的研究对象和问题选择相对应的DNA序列来进行研究显得十分重要。目前在植物系统与进化学中主要一些DNA的应用，主要是讨论叶绿体基因组（rbcL等）和核基因组（18S，ITS）中的特定DNA序列区段。研究表明，18S,rbcL等编码基因一般适用于较高分类阶元甚至整个种子植物谱系间的系统发育的探讨，而ITS极cpDNA的非编码区序列等因其较快的进化速率多用于较低分类阶元的系统关系研究。     

中华假磷虾线粒体DNA COI基因片段序列分析

采用苯酚-氯仿提取、异丙醇沉淀提取中华假磷虾基因组DNA;以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNACOI片段;PCR产物采用化学法与载体(pGEM-TEasyVector)重组基因、热休克法转化重组质粒至感受态大肠杆菌(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养;测序.结果表明,中华假磷虾线粒体COI碱基709bp,其碱基组成A、T、G、C含量分别为28 59%、35 35%、17 61%和18 45%(国际基因库索引号AY754819);与同科内其它3属10种磷虾的mtCOI基因片段核苷酸组成相似.     

基于线粒体基因组全序列的鳅科(Cobitidae)鱼类进化关系分析

为了解鳅科(Cobitidae)鱼类线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息,利用生物信息学方法对已知的40种鳅科鱼类线粒体全基因组进行比对分析,用邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示：(1)鳅科鱼类线粒体基因组全序列长度在16 553～16 937 bp之间,基因组的结构特征及基因排列顺序与其他硬骨鱼类一致。(2)鳅科鱼类线粒体全基因组一致序列长度为17 483 bp,变异位点数为8039(45.9%),Kimura双参数平均遗传距离为0.19。在13个蛋白质编码基因中,ND2的变异程度(58.9%)和平均遗传距离(0.28)最大,变异程度最小的是12S rRNA(30.5%),tRNA拼接序列的平均遗传距离最小(0.07)。(3)Cox1、ND5、Cytb基因是进行鳅科鱼类系统发育分析较为理想的分子标记,NJ系统发育树显示,条鳅亚科(Noemacheilinae)是最早分化出来的一枝群系,位于祖先位置,沙鳅亚科(Botiinae)和花鳅亚科(Cobitinae)亲缘关系更近,互为姐妹群系。本研究为鳅科鱼类进化学研究和分子标记的选取提供参考依据。     

基于模糊聚类算法的DNA序列分类模型

通过分析DNA序列链之间的关联程度,构造出模糊相似矩阵,计算出传递闭包,获得详细的动态聚类过程.使用该模型的优点是,输入少量参数及阈值,就可以较准确的对DNA序列的集合进行分类.验证该算法的有效性.     

三种DNA条形码对卤虫分类和进化的比较研究

DNA条形码已成为物种分类和进化研究的有效工具.本研究开发了3种DNA条形码用于卤虫物种鉴定和进化关系研究,并分析比较了其有效性.通过对中国亚洲区域卤虫参考中心储存的48份卤虫卵样本进行DNA条形码检测和系统进化树构建,进一步完成对卤虫种的分类鉴定.结果表明:COI基因和16S-12S rRNA序列均可作为有效的卤虫D...     

DNA序列的一种分类方法

基于小波变换和相关技术,提出了一种DNA序列的分类方法.首先将DNA序列转换成数字序列,然后对此序列进行Matlab快速分解,计算未知类别序列与已知类别序列的相关系数,由此判定序列的类别.结果表明,该方法是切实可行的.