4种鲍肠道菌群多样性比较

利用16S rRNA高通量测序技术比较皱纹盘鲍、黑足鲍、黑唇鲍和杂交鲍(皱纹盘鲍♀×黑足鲍♂)菌群结构特征、多样性.结果表明,OTU数量、Shannon指数和Chao1指数均为黑足鲍最大,黑唇鲍最小;4种鲍肠道中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)和软壁菌门(Tenericutes),占比达到61.93％～95.78％.其中,皱纹盘鲍、黑足鲍和杂交鲍中绝对优势菌门为变形菌门,而黑唇鲍为软壁菌门;冷泥杆属(Psychrilyobacter)、弧菌属(Vibrio)和支原体属(Mycoplasma)为4种鲍肠道的优势菌属,占比达到39.70％～53.65％;4种鲍核心菌群共有175个OTU,相对丰度超过1％的共有11个OTU;Anosim和Adonis分析均发现杂交鲍与黑唇鲍、杂交鲍与黑足鲍、皱纹盘鲍与黑唇鲍肠道菌群存在显著性差异(P<0.05);经LefSe分析鉴定出4种鲍肠道菌群具有显著性差异的Biomarker共有7个,包括黑足鲍的6个和杂交鲍的1个.     

皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)、黑足鲍(Haliotis iris)及其杂交F_1代营养成分的比较分析

利用生物化学方法,对皱纹盘鲍、黑足鲍及其杂交F1腹足部肌肉一般营养成分、氨基酸及脂肪酸组成与含量、矿物质元素及总糖和还原糖含量进行测定分析。结果表明,杂交鲍的粗蛋白含量最高(17.97%),黑足鲍的粗脂(1%)和粗糖(9.29%)含量最高;杂交鲍氨基酸总含量(58.91%)和呈味氨基酸含量(28.77%)最高,黑足鲍的必需氨基酸含量最高(21.33%),皱纹盘鲍氨基酸总含量、呈味氨基酸含量及必需氨基酸含量最低;黑足鲍与杂交鲍脂肪酸种类和不饱和脂肪酸含量高于皱纹盘鲍。实验共测定9种矿物质元素,除了黑足鲍腹足部肌肉Mn、Cu含量明显高于皱纹盘鲍和杂交鲍外,3种鲍其他7种矿物质元素含量差别不大;黑足鲍总糖和还原糖含量最高,皱纹盘鲍最低。以上实验结果表明,通过种间杂交,亲本某些遗传性状缺陷在子代中得以改良,并且获得的杂交F1代部分性状优于双亲,表现出一定的杂交优势。     

皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)与黑足鲍(Haliotis iris)杂交育苗的初步研究

采用新的性腺发育控制技术和温控转换受精技术,对皱纹盘鲍与黑足鲍进行了杂交和自交育苗比较研究.结果表明,皱纹盘鲍♀×黑足鲍6的杂交受精率和孵化率分别为23.4％和32.87％,皱纹盘鲍自交受精率和孵化率分别为77.97％和76.86％,二者附着率和变态率相近;在水温20℃,盐度3.0％的条件下,杂交鲍胚胎发育速度明显比自交鲍滞后,但生长速度明显高于皱纹盘鲍,体现出较好的杂交优势.     

3种鲍16S rDNA基因片段序列的初步研究

本文对引自日本的盘鲍（Haliotis discus discus)、皱纹盘鲍（H.discus hannai)和大鲍（H.gigantiea)3个自然群体的线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行了扩增和测序，分析了528bp的碱基序列，结果显示：3种鲍的基因序列中A＋T含量为56.74%-57.12%。3个自然群体间碱基片段序列差异不显著，盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有1处核苷酸检测到变异，皆为碱基转换，同源性为99.81%；皱纹盘鲍与大鲍有2处碱基转换，同源性为99.61%。16S rRNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。     

皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai）、黑足鲍（Haliotis iris）及其杂交F1代营养成分的比较分析

利用生物化学方法,对皱纹盘鲍、黑足鲍及其杂交F1腹足部肌肉一般营养成分、氨基酸及脂肪酸组成与含量、矿物质元素及总糖和还原糖含量进行测定分析。结果表明,杂交鲍的粗蛋白含量最高（17．97％）,黑足鲍的粗脂（1％）和粗糖（9．29％）含量最高;杂交鲍氨基酸总含量（58．91％）和呈味氨基酸含量（28．77％）最高,黑足鲍的必需氨基酸含量最高（21．33％）,皱纹盘鲍氨基酸总含量、呈味氨基酸含量及必需氨基酸含量最低;黑足鲍与杂交鲍脂肪酸种类和不饱和脂肪酸含量高于皱纹盘鲍。实验共测定9种矿物质元素,除了黑足鲍腹足部肌肉Mn、Cu含量明显高于皱纹盘鲍和杂交鲍外,3种鲍其他7种矿物质元素含量差别不大;黑足鲍总糖和还原糖含量最高,皱纹盘鲍最低。以上实验结果表明,通过种间杂交,亲本某些遗传性状缺陷在子代中得以改良,并且获得的杂交F1代部分性状优于双亲,表现出一定的杂交优势。     

三种鲍腹足肌胶原多肽抗氧化性研究

研究了皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)、黑足鲍(Haliotis iris)及其杂交鲍腹足胶原多肽的制备和性质,并采用总还原力、对O^-₂·和·OH自由基清除率和致衰小鼠灌胃胶原多肽后体内MDA、SOD和GSH-PX变化来评价3种鲍胶原多肽的抗氧化性。结果显示,皱纹盘鲍、黑足鲍及其杂交鲍的胶原蛋白分别占总蛋白含量的23.44%、30.78%和26.92%,皱纹盘鲍与杂交鲍胶原蛋白含有α1、α2、β和γ链,而黑足鲍胶原蛋白没有γ链;来自3种鲍的胶原多肽均呈现出较高的还原力、O^-₂·和·OH自由基清除能力,对O^-₂·清除率的IC₅₀值分别为3.03、2.40、1.15 g/L,对·OH清除率的IC₅₀值分别为4.12、3.58、3.70 g/L;灌胃3种胶原多肽后,致衰小鼠肝脏和血清的MDA含量均降低,SOD和GSH-PX活力均上升。三者比较,杂交鲍胶原多肽在降低MDA含量、提高GSH-PX活力的作用最强,黑足鲍胶原多肽在提高SOD活力的效果最显著。     

皱纹盘鲍亮氨酸氨肽酶基因cDNA克隆及表达分析

利用PCR和RACE技术从皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)肌肉中克隆亮氨酸氨肽酶基因cDNA序列,并对其结构进行分析。皱纹盘鲍亮氨酸氨肽酶(Haliotis discus hannai leucine aminopeptidase,Hdh-LAP)cDNA全长共3251 bp,包含5'非编码区(5'UTR)56 bp,3'非编码区(3'UTR)651 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)2544 bp,共编码847个氨基酸残基。多序列比对结果显示,该氨基酸序列与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)、霸王莲花青螺(Lottia gigantea)、囊舌虫(Saccoglossus kowalevskii)的亮氨酸氨肽酶序列相似性分别为85%、68%和61%。预测Hdh-LAP基因编码蛋白质的相对分子质量为95.09 ku,理论等电点为5.16。Hdh-LAP蛋白质的二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,其中α-螺旋占38.02%,无规则卷曲占30.11%,β-折叠占22.43%,β-转角占9.45%。Hdh-LAP主要分布在细胞质(59.2%)、线粒体(10.0%)和溶酶体(10%)中,推测其可能在能量代谢和辅因子的生物合成过程中发挥信号转导和转录因子调控的作用。系统发育关系分析结果显示,Hdh-LAP与牡蛎亮氨酸氨肽酶关系最近。荧光定量PCR结果表明,Hdh-LAP基因在鲍肌肉、肝胰腺、性腺、血淋巴细胞、腮、外套膜等6个组织中均有表达,在血淋巴细胞中表达量最高,肌肉次之,性腺最少。     

皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)、黑足鲍(Haliot isiris)及其杂交F_1代同工酶比较分析

采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对皱纹盘鲍、黑足鲍及其杂交F1代的脏器和肌肉中的7种同工酶(MDH、POD、EST、CAT、ODH、SOD和LDH)进行了比较分析,以探究双亲同工酶基因在杂交F1代中的表达情况以及3种鲍鱼品系之间产生差异的分子基础。结果表明,两亲本中部分同工酶谱表达相似,如ODH和肌肉中的POD、EST在父母本中酶谱相同;同时两个亲本之间的同工酶谱具有差别,MDH、LDH和内脏中EST的酶谱均存在稳定的种间差异。杂交F1代的同工酶谱与母本皱纹盘鲍的相似,其中POD、EST、LDH、SOD和肌肉中的MDH酶谱均与母本相同,而与父本黑足鲍的差别较大,说明主要是母本的同工酶基因在杂交F1代中表达。     

皱纹盘鲍与九孔鲍杂交的研究

采用皱纹盘鲍与九孔鲍进行杂交,并与两亲本自交进行育苗比较.结果表明:自交组的受精率、孵化率以及存活率显著高于杂交组(P0.05);皱纹盘鲍(♀)×九孔鲍(♂)和皱纹盘鲍(♂)×九孔鲍(♀)杂交的受精率分别为0.9%和3.2%,受精率存在显著差异(P0.05),而孵化率分别为12.4%和13.1%,二者差异不显著(P0.05),二者之间幼体存活率的差异也不显著(P0.05);自交组和杂交组之间的鲍生长速度存在明显的差异(P0.05),杂交组合的生长速度明显比自交组合的要快;但杂交组中稚鲍的存活率和自交组之间差异不显著(P0.05).     

皱纹盘鲍Hdh-MMP-1基因cDNA的克隆及原核表达

利用同源克隆方法和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,从皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)肌肉组织中克隆得到基质金属蛋白酶-1基因(Hdh-MMP-1)cDNA全长序列(GenBank登录号:KR537291)。结果表明,Hdh-MMP-1 cDNA全长2136 bp,其中ORF长度为1551 bp,编码区含有516个氨基酸残基,预测其分子质量为58.94 ku,理论等电点为5.99。Hdh-MMP-1具有MMPs家族典型的N-端前肽区、催化区、铰链区和C-端类血红素结合区。利用SOPMA和SWISS-MODEL软件对该基因编码蛋白质高级结构进行了预测分析。氨基酸序列相似性结果显示,Hdh-MMP-1不仅与多种生物MMP-1基因具有序列相似性,且与某些软体动物和虫类的MMP-14及MMP-19也具有序列相似性。多序列比对结果显示,Hdh-MMP-1与红螺鲍、杂色鲍、美洲牡蛎的MMP-1相似性分别为95.29%、82.35%、38.85%。随后,构建了表达载体pET28a-catMMP-1,利用大肠杆菌原核表达系统,在大肠杆菌BL21 (DE3)中成功对该蛋白质催化区进行异源表达。     

皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai）、黑足鲍（Haliotis iris）及其杂交F1代同工酶比较分析

采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对皱纹盘鲍、黑足鲍及其杂交F1代的脏器和肌肉中的7种同工酶（ MDH、POD、EST、CAT、ODH、SOD和LDH）进行了比较分析,以探究双亲同工酶基因在杂交F1代中的表达情况以及3种鲍鱼品系之间产生差异的分子基础。结果表明,两亲本中部分同工酶谱表达相似,如ODH和肌肉中的POD、EST在父母本中酶谱相同;同时两个亲本之间的同工酶谱具有差别,MDH、LDH和内脏中EST的酶谱均存在稳定的种间差异。杂交F1代的同工酶谱与母本皱纹盘鲍的相似,其中POD、EST、LDH、SOD和肌肉中的MDH酶谱均与母本相同,而与父本黑足鲍的差别较大,说明主要是母本的同工酶基因在杂交F1代中表达。     

海中珍品—鲍鱼

鲍鱼(Abalone)是鲍的俗称,是些栖息在海洋中营匍匐生活的底栖贝类。隶属于动物界中的软体动物门、腹足纲、前鳃亚纲、原始腹足目、鲍科。分布在我国沿海的主要种类有:皱纹盘鲍(Haliotis dis-cus),杂色鲍(H.diversicolor),耳鲍(H.asinina),多变鲍(H.varia),羊鲍(H.ovina),格鲍(H.clathrata)等。鲍是由一个钙质的外壳和壳     

皱纹盘鲍基质金属蛋白酶基因的克隆与表达分析

为了探索基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases,MMPs)在软体动物中的存在形式及其在机体抗菌免疫中的作用,以皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)为研究对象,采用分子生物学技术克隆得到皱纹盘鲍MMP-16、MMP-17和MMP-21 3个基因部分序列,并对其进行生物信息学分析和多序列比对。此外,利用荧光定量PCR技术检测了Hdh-MMPs在皱纹盘鲍不同组织及副溶血弧菌感染前后各组织中的表达情况。结果显示,克隆得到的Hdh-MMPs序列包含完整的催化结构域和(或)类血红素结合区,Hdh-MMPs蛋白与多种软体动物的MMPs具有序列相似性。荧光定量PCR结果显示,Hdh-MMP-16和Hdh-MMP-17在血淋巴细胞中表达量最高,而Hdh-MMP-21在鳃中表达量最高。副溶血弧菌感染后,Hdh-MMP-16的表达量在鳃中呈现上升趋势,而Hdh-MMP-17的相对表达量呈现先上升后下降的趋势,Hdh-MMP-21基因在鳃和肝胰腺中呈现一定程度的上调表达。本研究结果表明,Hdh-MMP-16/17/21可能与皱纹盘鲍抵御病原菌入侵的先天免疫性调控相关。     

皱纹盘鲍精子的激活及超低温保存研究

用不同浓度的氨海水激活解剖获得的皱纹盘鲍精子并进行激活率和受精率的测定.以自然海水作基础溶液,以二甲基亚砜(DMSO)和甘油(Gly)做保护剂,在不同降温程序下,将解剖获得和经诱导自然排放的皱纹盘鲍精子置于液氮罐中保存24 h,解冻后检测精子的成活率.结果表明,加入自然海水后有64.27%的解剖精子被激活,但不能受精,经氨海水处理后的精子在0.02‰浓度条件下激活率和受精率最高,分别为85.60%、67.42%.自然排放和解剖获得的精子在14%DMSO、4℃平衡15 min,-20℃时平衡5min,-80℃时平衡5 min条件下精子存活率最高,分别为48.15%和64.01%.     

温度骤变对皱纹盘鲍与西氏鲍及其杂交群体的热休克蛋白表达影响

杂交是改良种质的有效方法,杂交后代往往具有生长率、存活率、抗逆性方面的优势.为研究杂交对鲍的耐热性的影响,以皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)、西氏鲍(Haliotis gigantea)以及它们的正反交F1代为研究材料,以半定量PCR为研究手段研究了在梯度温度应激下,2种热休克蛋白(HSPs)在4个群体中的表达情况.实验结果表明,在正常温度下,西氏鲍具有最高的HSPs水平;在应激条件下,皱纹盘鲍的HSPs水平呈现先上升后下降的趋势,其他3个群体的HSPs水平均随温度上升而上升;在相对高温的30℃条件下,皱纹盘鲍的HSPs水平显著低于其他3个群体.本研究的结果说明,正反交F1代明显地继承了西氏鲍的耐高温能力,表现出杂种优势或中亲优势.     

3种色型仿刺参线粒体和核糖体序列片段遗传结构比较研究

仿刺参作为我国重要的海水养殖物种,良种选育是目前研究的重点,其中体色是重要的考虑因素之一。为了比较3种不同体色仿刺参的遗传结构,采用PCR扩增与测序技术对我国3种体色(青色、白色和紫色)仿刺参线粒体16S rRNA和COⅠ与核糖体18S rRNA-ITS-28S rRNA序列片段进行分析,揭示其遗传结构差异及系统发育关系。结果表明, 16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列长度分别为812~830 bp、877~915 bp、1 536~1 572 bp。16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列在青色、紫色和白色仿刺参中分别检测到单倍型个数分别为4/5/5、5/3/4和4/4/3, COⅠ序列多态性位点数目所比例最大, 16S rRNA序列最小。3种色型仿刺参16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列遗传距离数值均比较小,范围分别为0~0.014 7、0~0.021 2和0~0.010 3,没有达到种的分化水平。以紫海胆为外群,基于COⅠ序列构建系统发育树,结果表明白刺参单独聚为一支,但是紫色和青色仿刺参不同个体间相互交叉聚集,无法通过发育树区分。     

黑腹果蝇种组组蛋白基因间内含子区的分子进化

通过分析黑腹果蝇种组(Drosophila melanogasterspecies group)9个种亚组代表种和D.pseudoobscura的组蛋白基因H2A和H2B的内含子的碱基组成、替换速率、转换/颠换比、二级结构和系统发育关系等发现:整个序列长度变异范围在201 bp(ficusphila)到232 bp(takahashii)之间,替换速率为0.82,转换明显高于颠换,内含子和外显子结合区不遵循“GT-AG”和“AT-AC”模式,而是“TT-AG”模式,二级结构与系统分化关系具有相关性.我们认为组蛋白基因H2A和H2B的内含子是先起源的,在进化过程中由于承受的选择压力不同而发生了变异.     

种鲿科鱼类基于线粒体DNA控制区序列的比较研究

采用PCR技术,对外形上易混淆的鲿科Bagridae 4种初级淡水鱼:中间黄颡鱼Pelteobagrus intermedius、普通黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco、粗唇鮠Leiocassis crassilabris和Pseudobagrus kyphus进行线粒体控制区489 bp序列的分析. 结果显示:4个种间的碱基差异为12.88%,28个样品共得到7个单倍型,通过遗传距离和系统发育分析可见,粗唇鮠和Pseudobagrus kyphus的亲缘关系比较近,而中间黄颡鱼、普通黄颡鱼和另外2种鱼的亲缘关系较远.     

杂色鲍肌动蛋白启动子的克隆与序列分析

杂色鲍(H.diversicolor diuersicolor)是我国华南地区重要的海水养殖对象,作为利用转基因技术改良杂色鲍品质研究工作的首要部分,作者利用PCR和染色体步移(Genome Walking)方法克隆了杂色鲍肌动蛋白基因编码区部分序列和启动子序列(GenBank登陆号:EU622901).所分离的肌动蛋白基因DNA序列片段全长为1 990 bp,与GenBank中彩虹鲍(Haliotis iris)肌动蛋白A1基因序列和肌动蛋白A1a基因序列有非常高的相似性(99%和96%).在基因编码区中间发现了一个内含子区,在编码区之前发现一个类启动子区,经过Promoter Prediction在线软件分析,发现了该启动子序列和转录起始位点,同时也发现了该启动子特有的启动元件两个标准的CAAT BOX和一个TATA BOX.这些实验结果表明所克隆的杂色鲍肌动蛋白和启动子序列符合实验的目的.并且这一实验的成功也为下一步利用所分离的启动子做杂色鲍转基因工作打下基础.     

杨树系统发育和分子进化研究

采用 PCR直接测序法测定了杨属 5个组主要代表种的 ITS全序列和叶绿体 Trn L-Trn F基因间隔区序列 ,通过序列分析探讨杨属植物各组之间系统发育关系和分子进化规律。杨属 ITS序列长度为 594 bp,其中 ITS-1是 2 2 0 bp,ITS-2为 2 1 0 bp,5.8s是 1 6 4bp,青杨组部分种在 ITS-2区有一段 9bp碱基的缺失。G+C含量大约是 6 9%。ITS-1序列的碱基变化以转换和颠换为主 ,而 ITS-2序列则以转换和插入、缺失形式存在。具有系统发育意义的信息位点主要分布在 ITS-2区间。从序列分析所得系统树可看出 ,杨属为单系起源 ,其 Bootstrap值支持率达到 1 0 0 %。各组在杨属中明显是独立的 ,黑杨组、胡杨组、青杨组和大叶杨组 4组亦为单系起源 ,并得到了 Bootstrap值的有力支持 ( 97% )。白杨组起源较早 ,而胡杨组和黑杨组则起源较晚 ,白杨组与其它各组之间的亲缘关系相对较远。各组在分歧以后沿着各自的方向演化。ITS全序列分析对研究杨属各组间系统发育关系是一种较好的分子标记。杨属 Trn L-Trn F基因间隔区序列长度约 350 bp左右 ,但由于插入和缺失造成长度上的较大变化 ,使其具有系统发育意义的信息位点大大高于以前在其他植物上的报道 ,未能很好地反映出杨属 5组之间的系统发育关系。ITS序列分析表明青杨组遗传变化较