Two forms of transforming growth factor-beta distinguished by multipotential haematopoietic progenitor cells

Type-beta transforming growth factors (TGF-beta s) are polypeptides that act hormonally to control proliferation and differentiation of many cell types. Two distinct homodimeric TGF-beta polypeptides, TGF-beta 1 and TGF-beta 2 have been identified which show approximately 70% amino-acid sequence similarity. Despite their structural differences, TGF-beta 1 and TGF-beta 2 are equally potent at inhibiting epithelial cell proliferation and adipogenic differentiation. The recent immunohistochemical localization of high levels of TGF-beta in the bone marrow and haematopoietic progenitors of the fetal liver has raised the possibility that TGF-beta s might be involved in the regulation of haematopoiesis. Here we show that TGF-beta 1, but not TGF-beta 2, is a potent inhibitor of haematopoietic progenitor cell proliferation. TGF-beta 1 inhibited colony formation by murine factor-dependent haematopoietic progenitor cells in response to interleukin-3 (IL-3) or granulocyte-macrophage colony stimulating factor (GM-CSF), as well as colony formation by marrow progenitor cells responding to CSF-1 (M-CSF). The progenitor cell lines examined were approximately 100-fold more sensitive to TGF-beta 1 than TGF-beta 2, and displayed type-I TGF-beta receptors with affinity approximately 20-fold higher for TGF-beta 1 than TGF-beta 2. These results identify TGF-beta 1 as a novel regulator of haematopoiesis that acts through type-I TGF-beta receptors to modulate proliferation of progenitor cells in response to haematopoietic growth factors.     

An unusual feature revealed by the crystal structure at 2.2 A resolution of human transforming growth factor-beta 2.

Transforming growth factor type beta 2 (TGF-beta 2) is a member of an expanding family of growth factors that regulate proliferation and differentiation of many different cell types. TGF-beta 2 binds to various receptors, one of which was shown to be a serine/threonine kinase. TGF-beta 2 is involved in wound healing, bone formation and modulation of immune functions. We report here the crystal structure of TGF-beta 2 at 2.2 A resolution, which reveals a novel monomer fold and dimer association. The monomer consists of two antiparallel pairs of beta-strands forming a flat curved surface and a separate, long alpha-helix. The disulphide-rich core has one disulphide bone pointing through a ring formed by the sequence motifs Cys-Ala-Gly-Ala-Cys and Cys-Lys-Cys, which are themselves connected through the cysteines. Two monomers are connected through a single disulphide bridge and associate such that the helix of one subunit interacts with the concave beta-sheet surface of the other. Four exposed loop regions might determine receptor specificity. The structure provides a suitable model for the TGF-beta s and other members of the super-family and is the basis for the analysis of the TGF-beta 2 interactions with the receptor.     

胀果甘草查尔酮合成酶基因cDNA的克隆及序列分析

为进一步利用基因工程手段调控甘草黄酮的合成,通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,从胀果甘草愈伤组织中克隆查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)基因的cDNA,运用DNAMAN软件对序列进行分析,运用PHYLIP 3.67软件绘制系统进化树.克隆得到的基因片段全长为1 170 bp,包含1个完整的开放阅读框架(ORF),编码1个由389个氨基酸残基组成的多肽.该基因片段与紫花苜蓿、大豆、豌豆等几种豆科植物的CHS核苷酸同源率高达80%以上,氨基酸同源率高达90%以上.表明克隆得到了胀果甘草chs基因cDNA,序列提交GenBank注册,序列号为EU706287.     

分离与克隆中国人TPO基因片段及序列分析

应用ＲＴＰＣＲ技术从中国人胎肝细胞中分离出１个５６６ｂｐ大小的基因片段,经过克隆、限制性内切酶鉴定和序列分析证实为ＴＰＯ的ｃＤＮＡ片段．与ＧｅｎＢａｎｋ中发表的人ＴＰＯｍＲＮＡ的序列比较同源性在８２％～９９％之间,仅有２个碱基不相同,在１７５位密码子（５２３～５２５位的碱基）分别是ＣＧＧ和ＣＡＡ,即精氨酸（Ｒ）的位置上,中国人是谷胺酰氨（Ｇ）．而与测得的韩国人序列比较,在相应位置的氨基酸是相同的     

Structure and expression of a cloned cDNA for human interleukin-2

A cDNA coding for human interleukin-2 (IL-2) has been cloned from a cDNA library prepared from partially purified IL-2 mRNA. The DNA sequence codes for a polypeptide which consists of 153 amino acids including a putative signal sequence. A biologically active polypeptide, characteristic of human IL-2, was produced when the cDNA was fused to a simian virus 40 promoter sequence and used to transfect cultured monkey COS cells.     

人核蛋白P68 cDNA基因克隆及全序列测定

靠人合成４个混合聚核苷酸探针，从一个人盘λｇｔ１１ ｃＤＮＡ库筛选到含有ｐ６８ ｃＤＮＡ基因的阳性噬菌斑。经次克隆得到含ｐ６８ ｃＤＮＡ基因的ｐＢＲＢｔ７－ｐ６８质粒。用末端终止法对此ｃＤＮＡ基因进行了全序列测定。分析结构证明得到的ｐ６８ｃＤＮＡ基因含有２２８７３个苷酸，具有一个可阅读框架，共编码６１４个氨基酸。其５＇端非编码区含有１３０个碱基。３＇端非编码区含有３１５个碱基，比已发表的３＇端非     

马铃薯卷叶病毒中国分离株外壳蛋白基因及其上游先导序列的cDNA克隆和序列分析

按照马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）核苷酸序列，针对ＣＰ基因及其上游基因间隔区全长约０．８ｋｂ的区段设计合成两个特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国分离株（ＰＬＲＶ－Ｃｈ）的ＲＮＡ为模板，反转录合成ＣＤＮＡ第一条链，再经ＰＣＲ扩增合成ｃＤＮＡ，将ＣＤＮＡ克隆于ｐＵＣ１９质粒．限制性酶切分析和核苷酸序列测定表明克隆的ＰＬＲＶ－Ｃｈ外壳蛋白（ＣＰ）基因及其上游基因间隔区的全长ＣＤＮＡ共８２４个核苷酸，与国外报道的４个ＰＬＲＶ分离株的核苷梳序列相比具有高度同源性．ＰＬＲＶ的外壳蛋白基因序列与其上游基因间隔区相比保守性更强．     

五指山小型猪PMSA6基因cDNA克隆及生物信息学分析

为了对海南五指山小型猪蛋白酶体亚基α型6（proteasome subunit alpha type 6,PMSA6）cDNA基因进行克隆和生物信息学分析,笔者以构建的五指山小型猪外周血白细胞cDNA文库为材料,采用菌落PCR方法,克隆得到PMSA6全长cDNA,并向GenBank递交了该序列（登录号：FJ358606）．同时运用生物信息学软件对该基因核苷酸序列进行了分析,并预测了其编码蛋白的理化性质及二级结构等．生物信息学分析表明：该cDNA全长1029bp,5’非翻译区长96bp,3’非翻译区长192bp,含有一个741bp完整的开放阅读框,编码246个氨基酸．该蛋白的分子量为37．680kD,等电点为8．76．进一步比对分析发现,五指山小型猪PMSA6基因的核酸序列及其氨基酸序列与人、牛等哺乳动物具有很高的相似性．本研究成功克隆了海南五指山小型猪P肛SA6基因cDNA,并进行了相关生物信息学分析,为进一步研究PMSA6在动物体内的作用机理奠定了基础．     

青岛文昌鱼硫氧还蛋白基因的克隆及同源性分析

通过对文昌鱼神经胚cDNA文库进行测序 ,获得含文昌鱼硫氧还蛋白基因全部读框的cDNA序列 ,并演绎出对应的氨基酸序列 ,对其可编码蛋白进行了分析预测 ,还与多种脊椎动物和无脊椎动物中同种蛋白的同源性进行比较分析 .发现该蛋白具有典型的硫氧还蛋白活性部位 ,与脊椎动物硫氧还蛋白的同源性大于无脊椎动物 ,说明作为脊椎动物和无脊椎动物之间典型的过渡类型 ,文昌鱼在进化上更接近于脊椎动物 .     

厚叶悬蒴苣苔 BcWRKY1 转录因子基因的克隆及初步的功能分析

通过RT-PCR程序,从经过SA诱导的厚叶悬蒴苣苔中获得含WRKY家族保守序列的一条cDNA片段。运用RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)技术获得全长1 803bp的cDNA克隆,名之为 BcWRKY1 。序列分析表明: BcWRKY1 与甘薯SPF1 ［D30038］相似性最高,保守区同源性达到84％。初步的Northern杂交分析表明：干旱、低温、高盐等逆境胁迫和外加SA、MeJA、JA、ABA等信号分子的诱导均能提高 BcWRKY1 基因的表达。但是表达情况各不相同。150 mmol/L NaCl对 BcWRKY1 的诱导作用尤为明显和迅速。2 168 bp的 BcWRKY1 的基因组DNA克隆亦已获得,序列分析表明它含有4个内含子。     

基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用

基于unix/linux操作系统和mysql数据库 ,利用phred/phrap ,stackpack ,blast软件 ,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析。它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化 ,去除载体污染和重复序列 ,序列聚类 ,拼接 ,分析可变剪切 ,数据库搜索进行相似性分析。该系统可以加速大规模EST测序的分析速度。     

水稻几丁质酶基因(Oschi)cDNA的克隆及序列分析

 以成功克隆大蕉几丁质酶基因（MpChi-1）时设计的一对引物,采用RT-PCR技术从广亲和水稻品种（Oryza．satival L．Cpslo17）中扩增到一水稻几丁质酶的全长cDNA,长1 115 bp,命名为Oschi;此序列已在GenBank中注册,登录号为EU045451;将Oschi基因核苷酸测序结果在NCBI服务器上用BLAST搜索软件进行同源性基因检索;并将Oschi的cDNA序列及氨基酸序列与大蕉及其它单子叶植物的相应序列进行多重序列排列比较并构建系统树;结果显示此基因具有编码Ⅰ类几丁质酶的基本结构;与大蕉核苷酸序列相比同源性为99%,氨基酸序列同源性为99%,与预测登记的最相近的水稻［Oryza sativa(japonica cultivar-group)］核苷酸序列相比同源性为98%, 氨基酸序列同源性为98%;广亲和水稻Oschi基因与大蕉MpChi-1基因的序列及蛋白结构有较高的一致性。     

人Rab蛋白cDNA的克隆和表达

从人胎脑cDNA文库中克隆到一种新的Rab cDNA,全长920bp,以编码213个氨基酸残基,该蛋白预测的分子质量为24567u,等电点7．34,经同源比较,该cDNA与GenBank数据库中登录号为X14964的Rab蛋白有83％的相似性和76％的相同性,将该cDNA克隆到经改造的PBV220表达质粒,转化DH5a菌株诱导表达出该蛋白,取24种不同组织的总cDNA各100ng,用该基因序列设计引物作PCR,结果在胎肝组织中检测到有明显条带,表明该Rab基因相对在胎肝有高表达。     

中华绒螯蟹卵巢新基因EJO5的全长cDNA克隆和序列分析

利用RACE技术从中华绒螯蟹卵巢获得了新基因EJO5 (Eriocheirjaponicaovarygene 5 ,EJO5 )的全长cD NA序列 (GenBank检索号 :AY185 92 1) .该cDNA序列长度为 14 2 5bp ,开放阅读框为 5 85bp ,编码 194个氨基酸 .根据氨基酸序列计算的相对分子质量和等电点分别为 2 2 3 44和 9 5 .用生物信息学的方法未能得到对该基因功能预测的信息 .     

兔肌肉生长抑制素基因的cDNA克隆及初步分析

以兔骨胳肌为实验材料,构建了兔骨骼肌cDNA文库,根据该基因保守序列,设计简并引物,利用RT-PCR技术,克隆了兔MSTN基因EST片段,以EST片段为探针,应用Southern杂交技术筛选文库,克隆了兔肌肉生长抑制素基因全长cDNA并在GenBank注册(注册号:AY169410).用生物信息学方法对该基因进行了比较分析,表明从氨基酸序列及进化角度兔和其他哺乳类生物的肌肉生长抑制素基因之间关系密切.     

应用3’RACE技术扩增仿刺参C型凝集素基因及实验条件的优化

从GenBank上调取刺参C型凝集素（C-type Lectin）基因序列EST,根据此序列设计RACE引物,采用PCR扩增技术得到了仿刺参C-type Lectin基因序列（EST）,根据这段EST序列设计1个基因特异引物（GSPF）,与通用引物（UPM）扩增,成功地克隆到了该基因的3’末端序列.同时,对仿刺参C型凝集素基因3’克隆的实验条件进行了优化.该扩增片段长度为670bp,与已知序列重叠部分为417bp.经测序和比对发现该段序列与预期的目标基因的序列一致.     

钙离子敏感受体基因cDNA的克隆与序列分析

本研究通过RT-PCR技术从妊娠第九天的大鼠子宫中扩增出长为423bp的钙离子敏感受体cDNA片段,PC R产物经凝胶回收纯化后,克隆在PGEM-T载体的T位点.测序结果和序列分析表明,本试验已成功地扩增、克隆了钙离子敏感受体基因cDNA序列,为进一步研究钙离子敏感受体在大鼠子宫中的表达与调节奠定了基础.     

猪色素上皮衍生因子的电子克隆及序列分析

用鼠的色素上皮衍生因子cDNA序列在猪的ESTs库进行BLASTn搜索,得到一系列不同大小的ESTs片段,经拼接得到完整cDNA序列.序列分析显示该cDNA长1 425 bp,有一个1 242 bp的开放阅读框,编码413个氨基酸,5’非编码区长53 bp,3’非编码区长130 bp,有一个加尾序列和多聚腺苷酸尾巴.其核苷酸序列与牛、人和鼠的同源性分别为89%、87%和82%,氨基酸的同源性分别为89%、87%和84%,且有保守的糖基化位点、半胱氨酸位点和serp in基序,说明所克隆的cDNA序列为猪的PEDF全长cDNA.     

滑膜肉瘤融合基因SYT-SSX cDNA的克隆与序列分析

利用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法获得SYT-SSX的cDNA，克隆入PUCm-T载体后，在美国ABI DNA自动测序仪上以反向引物测序法进行核苷酸序列的测定，扩增出98bp的特异性片段，并筛选出阳性重组克隆质粒PUCm-SYT-SSX。获得的滑膜肉瘤融合基因SYT-SSX的cDNA，为深入揭示滑膜肉瘤分子发生机理奠定基础，同时可进一步完成原核表达。     

平颏海蛇CRVP基因全长cDNA片段的克隆和序列分析

通过对平颏海蛇毒腺cDNA文库的随机测序和PCR筛选,克隆得到两种分别长为1309和1307bp的编码半胱氨酸丰富毒蛋白（cysteine-rich venom protein,CRVP）的全长cDNA序列。这两种crvp基因同源性为97％,分别编码238和199个氨基酸残基,其中包括一段相同的由19个氨基酸残基组成的信号肽。氨基酸序列分析表明,这两种CRVP蛋白与蜥蜴helothermine毒素蛋白以及台湾饭铲倩CRVP毒蛋白高度同源,而且具有半胱氨酸丰富分泌蛋白（cysteine-rich secretory protein,CRISP)家族的典型结构特征。