诸葛菜EPSPS基因5′端的克隆和序列分析

烯醇式丙酮基莽草酸 3 磷酸合成酶(5 enolpyruvylshikimate 3 phosphatesynthase,EP SPS)是植物和微生物莽草酸途径中的一个必需合成酶,植物中该基因的超量表达或该基因中某些氨基酸突变可以产生对除草剂草甘膦(glyphosate)的耐性.采用5′ RACE技术从诸葛菜(Orychophragmusviolaceus)叶中克隆出一条长743bp的cDNA片段.序列分析结果表明:该cDNA与其它植物的EPSPS基因具有相当高的核苷酸序列同源性.其所编码的氨基酸序列与欧洲油菜(Brassicanapus)同源性最高为90%,与拟南芥(Arabidopsisthaliana)、玉米(Zeamays)、西红柿(Lycopersiconesculentum)、烟草(Nicotianatabacum)和水稻(Oryzasativa)的同源性分别为88%,81%,64%,62%和71%.     

黄蜀葵查尔酮合成酶基因AmCHS克隆及序列分析

从黄蜀葵(Abelmoschus manihot) 花瓣中通过简并引物克隆得到查尔酮合成酶基因cDNA 核心序列,根据核心序列设计特异引物,再应用5′RACE 和3′RACE 技术分别扩增该序列的5′末端和3′末端序列,最后通过序列拼接获得黄蜀葵查尔酮合成酶基因（AmCHS）cDNA全序列.序列分析结果表明AmCHS cDNA编码区长1170 bp,编码389个氨基酸.其氨基酸序列与其它已知高等植物CHS基因具有很高的同源性,并且包含了CHS具有的活性位点和催化位点等保守性位点.     

黄蜀葵查尔酮合成酶基因AmCHS克隆及序列分析

从黄蜀葵(Abelmoschus manihot) 花瓣中通过简并引物克隆得到查尔酮合成酶基因cDNA 核心序列,根据核心序列设计特异引物,再应用5′RACE 和3′RACE 技术分别扩增该序列的5′末端和3′末端序列,最后通过序列拼接获得黄蜀葵查尔酮合成酶基因（AmCHS）cDNA全序列.序列分析结果表明AmCHS cDNA编码区长1170 bp,编码389个氨基酸。其氨基酸序列与其它已知高等植物CHS基因具有很高的同源性,并且包含了CHS 具有的活性位点和催化位点等保守性位点.     

水稻中一个与COI1同源的基因克隆及其表达分析

利用同源序列分析,在水稻基因数据库中检索到了几条与拟南芥中的COI1基因具有高度同源性的EST(expression sequence tag)片段和相应的基因组序列．根据EST拼接和基因组比较结果设计引物,利用RT—PCR在水稻中得到与COI1高度同源的cDNA,并在基因组中推断出相应的基因,命名为RCOI1．RCOI1与COI1在氨基酸水平有74％的同源性．与COI1相似,RCOI1蛋白也具有典型的F—box和LRRs结构域．半定量RT—PCR显示该基因的表达受茉莉酸甲酯(MeJA)的诱导,说明这个基因可能参与水稻茉莉酸应答反应．该基因的发现对于探索单子叶植物的茉莉酸信号转导途径,以及研究该途径在农作物中的抗虫抗病和抵抗恶劣环境等方面的作用都有重要意义．     

甜瓜多聚半乳糖醛酸酶基因cDNA的克隆和序列分析

以甜瓜品种河套蜜瓜成熟果实mRNA为模板，经反转录合成和PCR扩增得到编码多聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase，PG)基因全长cDNA，将其克隆于pUC19质粒中获得重组质粒pCMPG．此cDNA长1183bp，包括一个393个氨基酸残基组成的开放阅读框架，与已报道的甜瓜PG基因cDNA核苷酸序列比较同源性为99．3％，相应的氨基酸的同源性为98．5％．     

河套蜜瓜ACC氧化酶基因cDNA部分片段的克隆和序列分析

以河套蜜瓜(Cucumis melo L．ev Hetao)成熟果实为材料，用硫氰酸胍法提取总RNA，以oligo(dT)15为引物，反转录合成cDNA，利用一对甜瓜ACC氧化酶(1-aminocyclopropane-1-earboxylate oxidase，ACO)基因cDNA的特异性引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增。获得了预期大小的cDNA片段．将此片段克隆于pUCl9质粒中，进行DNA序列分析．序列分析结果表明该片段为545bp，编码甜瓜ACO的第126至第306个氨基酸．该河套蜜瓜ACO基因cDNA序列与Andes甜瓜、Cantaloup charentais甜瓜和哈密瓜的相应序列进行比较，其核苷酸序列与Andes甜瓜的同源性为99．4％；与Cantaloup charentais甜瓜和哈密瓜的同源性均为99．6％。与其对应的氨基酸序列的同源性均为99．4％．     

苜蓿花叶病毒复制酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建

以侵染苜蓿的苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV—Ch)RNA2为模板，利用人工合成的特异性引物，进行反转录及PCR扩增，分两段分别扩增了复制酶基因的5′端1．32kb和3′端及其非编码区的1．23kb cDNA序列．用限制性内切酶切割PCR产物后，与pUCl9重组，转化大肠杆菌DH5α，筛选重组质粒，用限制性内切酶分析及PCR鉴定，得到分别含有5′端序列和3′端序列的重组质粒。已由上述两种重组质粒构建了含有完整复制酶基因的重组质粒．进行了全序列测定，并与国外报道的A1MV-425株系的相应序列相比较，其复制酶基因编码区核苷酸序列同源性达97．8％，推测的氨基酸序列的同源性达97．6％，3′端非编码区核苷酸序列同源性为98．2％．并将全长复制酶基因与植物表达载体pROKⅡ重组，得植物转化载体pAlMV—FL．     

大米草(Spartina anglica)中一种盐诱导 cDNA的分离和鉴定

通过改进的DDRT—PCR技术，从大米草(Spartina anglica)中分离和鉴定了盐诱导cDNA序列KDl．KDl核昔酸序列显示，5’—末端是一个含有444个核昔酸的开放阅读框架(ORF)，3’—末端是富含AT的非转录区．其编码的氨基酸序列与类调渗蛋白和致病相关蛋白相比，分别有63％、34％同源．结果表明，KDl是从大米草中分离出的一个盐诱导新基因．     

文昌鱼eIF5A基因的克隆和进化学分析

对文昌鱼神经胚cDNA文库进行测序和系统分析，首次从青岛文昌鱼(Brachiostoma belcheri tsingtauense)中成功得到1个eIFSA基因的cDNA序列，分析其推导的氨基酸序列揭示该基因产物具有eIF-5A家族蛋白质共有的保守区．对其二级结构进行预测，序列同源性分析表明eIF-5A家族基因在所有的真核生物中都高度保守．进化生物学的分析显示文昌鱼的eIF5A基因与脊椎动物的同源性较高，     

烟草MnSoD cDNA基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

烟草锰超氧化物歧化酶(MnSOD)是一种由核基因编码并定位于线粒体的蛋白质,是植物体内清除超氧根阴离子的主要酶类．采用RT—PCR方法,从烟草(Nicotiana tubaccum)中克隆到MnSODeDNA基因(SodA),序列分析结果与文献报告的资料相比,核苷酸序列的同源性为99．9％,氨基酸序列的同源性为99．6％．该基因能在原核表达载体pBV221中正确表达,并表现出SOD酶活性．     

水稻OsICK1基因克隆及其序列分析

细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂（ICK）是一种能够影响细胞生长和发育的重要调控蛋白．以水稻（9311）为材料，利用RT-PCR技术，扩增获得了1个新的可能为水稻细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂的基因，命名为OsICK1．核苷酸序列分析表明，该基因的开放阅读框为585bp，编码194个氨基酸．与Genbank中预测的水稻ICK基因序列（NM_196964）比对，两者同源性为79．84％；氨基酸序列分析表明，该基因氨基酸序列3＇端附近存在植物ICK所固有的保守序列，与玉米ICK1保守序列的同源性高达95．5％．     

西瓜八氢番茄红素合成酶基因全长的克隆与表达分析

通过RT-PCR和RACE技术从西瓜果实中克隆八氢番茄红素合成酶（PSY）基因的cDNA全长,用生物信息学方法对其cDNA序列及推测氨基酸序列进行分析,并用实时荧光定量PCR技术研究PSY在不同瓤色西瓜果实发育过程中的表达情况.结果表明,PSY基因cDNA全长1 561 bp（GenBank登录号为KC166870）,其开放阅读框为1 266 bp,编码421个氨基酸.该基因及其推导的氨基酸序列与同为葫芦科的其他植物的PSY及氨基酸序列的同源性分别为87％和91％以上;序列分析显示,PSY氨基酸序列N末端存在转运肽信号序列.不同瓤色西瓜果实发育过程中PSY的表达存在明显差异,红瓤果实中的表达量最高,这表明PSY可能与红瓤果实中积累较多的类胡萝卜素有关;PSY的表达量均高于PSY-A,推测PSY基因主要负责果实中类胡萝卜素的合成.     

转EPSPS基因抗草苷膦油菜基因漂移的初步研究

草苷膦是一种广谱内吸传导型除草剂[1].草苷膦通过竞争性抑制植物莽草酸代谢过程中磷酸烯醇式丙酮酸莽草酸-3-磷酸合酶(简称为EPSPS)活性,阻断芳香族氨基酸的生物合成导致植物死亡[2].因此,转EPSPS基因(来自微生物的基因)作物对草苷膦类型的除草剂具有抗性.在1996~2004年的9年间,抗除草剂生物技术产品一直占市场的主导地位.2004年,全球种植的抗除草剂的转基因作物有油菜、大豆、玉米及棉花等,种植面积共计有5,860万公顷,占全球转基因作物总种植面积(8,100万公顷)的72%.抗除草剂油菜品种在国外已广泛种植,据国际农业生物技术应用服务组…     

小拟南芥几丁质酶基因cDNA的克隆与序列分析

通过合成1对特异引物，应用RT-PCR技术从小拟南芥总RNA中经反转录克隆出几丁质酶基因，该cDNA基因全长985bp，含有1个963bp的开放阅读框(ORF)，编码321个氨基酸，推测分子量为35．53kD，序列同源性分析表明，该基因与拟南芥几丁质酶基因有93％的同源性。     

青岛文昌鱼泛素/52氨基酸融合蛋白AmphiUb52的研究

通过神经胚cDNA文库的大规模测序，从青岛文昌鱼(Brachiostoma belcheri tsingtauense)成功分离到一个泛素cDNA(AmphiUh52)克隆，演绎出的128位氨基酸序列揭示该基因产物为一个融合蛋白(76个氨基酸的泛素和52个氨基酸的60S核糖体蛋白)．序列同源性分析表明该基因在所有的真核生物中都高度保守．在52个氨基酸的核糖体蛋白中可能含有一个“锌指”模式参于核酸的结合．     

大花蕙兰MADS-box基因ChMADS1的克隆及表达分析

根据MADS～box基因保守区结构,设计简并性引物,从大花蕙兰（Cymbidium hybridium）子房中分离和克隆到一个MADS—box基因全序列cDNA（ChMADS1）,序列分析表明该基因长871bp,含一个编码228个氨基酸的完整开放读码框,具有典型的植物MADS—box蛋白结构,由MADS盒、I、K、C区四部分组成．该基因编码的蛋白质与另两种兰花的AP3类MADS盒基因蛋白质PeAP3（89％／94%）和DcOAP3A（89％／95％）同源性较高,属于B组AP3基因家族中的paleoAP3基因．RT—PCR和反Northern杂交分析进一步证实其在子房以及花的各个器官中表达,是B组AP3基因家族中具特殊表达功能的一个新成员．     

盾叶薯蓣3-羟基,3-甲基戊二单酰辅酶A还原酶和环阿屯醇合成酶基因克隆及序列分析

根据已报道的植物3-羟基,3-甲基戊二单酰辅酶A还原酶(HMGR)和环阿屯醇合成酶(CS)基因保守序列分别合成简并引物,先后从盾叶薯蓣(Dioscorea zingiberensis)幼苗中克隆了一段663 bp(HMGR-DZh)和一段1 245 bp(CS-DZc)的cDNA片段,经NCBI和CLUSTALW在线序列同源分析,结果表明,由HMGR-DZhcDNA推导的蛋白质与已报道植物HMGR氨基酸序列相似性达到63%~70%.由CS-DZc cDNA推导的蛋白质氨基酸序列中具有环氧角鲨烯环化酶(OSCs)特异保守结构域:DCTAE结构域和C末端的2个QW高度保守区,并与已报道植物环阿屯合成酶氨基酸序列相似性达到80%以上.本实验还分别以HMGR-DZh和CS-DZccDNA为探针进行了Southern和Northern杂交分析.Northern杂交分析表明,盾叶薯蓣HMGR-DZh基因的mRNA约为1.8~2 kb,CS-DZc基因的mRNA约为2~2.5 kb.     

青岛文昌鱼DAD1样蛋白基因的克隆和同源性分析

dud1基因为一种内源性细胞凋亡抑制子基因，在发育中可能执行着重要功能．我们通过对青岛文昌鱼18小时神经胚cDNA文库进行测序，获得文昌鱼dud1样基因的2个cDNA片断，经拼接首次得到含有完整读框的文昌鱼dud1样基因的cDNA序列，其演绎的氨基酸序列与人、鼠、鸡、非洲爪蟾、果蝇、线虫、扁豆、番茄的DAD1蛋白的同源性分别为73．5％、73．5％、67．5％、70．9％、67．5％、55．5％、41．9％、41．8％．结果证实青岛文昌鱼dud1样基因在进化上具有高度的保守性，并且在进化上更接近于脊椎动物．     

广西产眼镜王蛇毒α-神经毒素基因的分子克隆及序列分析

为获得眼镜王蛇（Ophiophagus hannah，简称Oh）蛇毒α－神经毒素（α-NT）的基因序列，依据眼镜蛇科不同毒蛇种类来源的α－NT基因有较高的同源性，设计1对上下游引物，为克服引物带来模糊扩增，在蛋白编码部分再设计1对上下游特异引物，用Nacleospin RNA Kit法从3条活眼镜王蛇毒腺中提取mRNA，以3′端引物合成的cDNA作为模板进行PCR扩增反应，测定产物的核苷酸序列，得到全长474bp的眼镜王蛇cDNA基因核苷酸序列。该核苷酸序列的信号肽与眼镜蛇树属Pseudonnaja textilis(Pt)、海蛇Laticauda semifasciata(Ls)100%同源，与眼镜蛇南洋亚种Naja sputatrix (Ns)、银环蛇（Bungarus multicinctus)(Bm)96.8%同源；蛋白密码部分有83．3％与Ns、79．2％与Pt、76．4％与Ls、74．1％与Bm同源。信号肽后紧接着的72个氨基酸有90．3％与已发现的眼镜王蛇毒长链α-NT Toxin a同源，大约有73．6％与Toxin b、69．7％与Oh-4、66．7％与Oh-5、56．9％与Oh-6A和6B同源，并与α－银环蛇毒素54．2％同源。说明新发现的眼镜王蛇cDNA是一条长链α-NT基因。