白洋淀乌鳢线粒体D-Loop区序列遗传多样性分析

采集白洋淀野生鸟鳢(Channa argu)群体和养殖乌鳢群体62个样本.运用PCR技术对该62个样本的线粒体D-Loop区序列进行扩增,测序得到的序列进行比对.结果显示,线粒体D-Loop区片段中,T,C,A和G碱基平均含量分别为28.14％,22.36％,34.38％和15.12％,A+T的含量(62.52％)高于G+C含量(37.48％),具有明显的碱基组成偏向性.共检测到112个变异位点,占全部序列的12.3％,检测到单倍型9种,单倍型多样性(Hd)为0.783,核苷酸多样性(Pi)为0.054 09,2个群体的遗传距离为0～0.12,遗传分化指数(Fst)为0.943 44,基因流(Nm)为0.014 99.基于线粒体D-Loop区序列的研究表明:野生乌鳢群体的遗传多样性比养殖群体的遗传多样性低,同时2群体间具有明显的遗传分化现象.     

母系遗传耳聋家系核心成员MTO1基因的突变筛查

根据MTO1基因序列及有关文献,采用Oligo6软件设计并合成了8对引物,扩增了淮阴母系遗传非综合征耳聋大家系10例母系成员(5例听力正常,5例具有严重耳聋症状)的MTO1基因12个外显子及其与内含子交界区的DNA片段.测序结果发现5例具有严重耳聋症状患者的MTO1基因与5例听力正常个体的MTO1基因相应序列完全一致,且与MTO1标准序列相比,无任何序列变化.推测MTO1基因可能不对该家系线粒体DNA A1555G突变具有核修饰效应.     

补体C3基因敲除小鼠的繁育及子代基因型鉴定

目的 探讨繁殖和鉴定补体c3基因敲除小鼠的实验方法。方法将所引进的补体c3基因敲除杂合子小鼠（c3＋／-）进行饲养并繁殖,其子代出现三种基因型的小鼠,即纯合子c3-／-、杂合子c3＋／-、野生型c3＋／＋,采用ELISA与PCR相结合对子代小鼠基因型进行鉴定。结果繁育出135只子代小鼠,经鉴定,（=3＋／＋、c3＋／-、C3-／-各为38只、68只、29只,经爿。检验,子代小鼠分离比例符合孟德尔遗传规律。结论正确的饲养繁殖以及子代鉴定是从杂合子小鼠中获得补体c3基因敲除小鼠的有效途径。     

Smyd2基因敲除加重压力超负荷诱导的病理性心肌肥厚

目的 探讨组蛋白甲基转移酶Smyd2基因敲除对压力超负荷诱导的病理性心肌肥厚发生发展的影响。方法 将10只野生型小鼠和10只Smyd2基因敲除小鼠采取主动脉弓结扎术建立小鼠病理性心肌肥厚模型,术后4周超声检测心脏结构和功能,并通过组织学病理染色评价心肌肥厚和纤维化的程度。结果 主动脉弓结扎术4周后,与野生型小鼠相比,Smyd2基因敲除小鼠的心肌肥厚和心脏纤维化程度加重,超声结果显示,Smyd2敲除加重了压力负荷导致的心脏功能受损。结论 Smyd2敲除加重压力负荷导致的病理性心肌肥厚和心肌纤维化,导致心脏功能受损。     

基于COI和D-Loop序列豫北虾虎鱼分子系统分析

虾虎鱼在河南省北部广泛分布,但其系统分类和多样性未有报道.从豫北原阳黄寺、安阳小南海、淇县淇河、长垣孙东闸、林州弓上水库等地采集虾虎鱼样本共计23尾,成都岷江样本6尾,分别扩增了线粒体COI基因和D-Loop序列.联合GenBank下载虾虎鱼的COI序列和D-Loop序列,构建了虾虎鱼的系统进化树.结果显示,采自黄寺、小南海、淇县、岷江地区的子陵吻虾虎鱼(Rhinogobius giurinus)聚为一个分支,而采自孙东闸和弓上水库的褐吻虾虎鱼(Rhinogobius brunneus)聚为一个单系群;这两种虾虎鱼遗传分化主要来自群体间.系统发育结果支持子陵吻虾虎鱼的韩国群体与中国群体构成姐妹群关系,中国不同地理种群间则相互交叉.     

中国东北地区各民族的母系遗传关系

对吉林、辽宁两地23例满族个体的线粒体高可变Ⅰ区序列进行了测定,并采用APLP分析和编码区SNP分析将这些样本归属于单倍群A,B,C,D,D4,F,M,M8a和R,结合已经发表的东北地区其他人群的母系遗传数据,对蒙古族、朝鲜族、鄂温克族、鄂伦春族、达斡尔族以及汉族人群的线粒体遗传数据进行了主成分、分子差异、中介网络分析.结果表明:同一起源地区的民族之间有较近的遗传关系,同时居住在相同或相邻地区的民族之间同样表现出较近的遗传关系,表明东北各民族向外扩张时与当地居民发生了基因融合.     

Ⅰ型干扰素受体(Ifnar)基因敲除小鼠的繁育及基因型鉴定

目的对Ifnar基因敲除小鼠繁育及鉴定方法进行分析,为多种病毒研究提供理想的动物模型。方法将引进的纯合Ifnar基因敲除小鼠,以1雄2雌的合笼方式进行饲养繁殖,从仔鼠中提取鼠尾基因组DNA,PCR法扩增目的基因片段,琼脂糖凝胶电泳进行基因型结果判定。结果 Ifnar基因敲除小鼠繁育成功,获得了一批基因敲除鼠,使用PCR方法成功鉴定出Ifnar基因敲除纯合子小鼠。     

p53 基因敲除小鼠生长发育和繁殖性能的调查

摘要: 目的观察p53 基因敲除小鼠与BALB/c 小鼠在生长发育和繁殖性能方面的差异。方法p53 基因敲除小 鼠和BALB/c 小鼠各34 只,雌雄各半,观察其2 周龄至12 周龄的体质量和体长,并随机选取30 笼一雌一雄所产第 2 胎仔鼠进行幼仔个数的统计。结果在生长发育方面,3 周龄时p53 基因敲除小鼠与BALB/c 小鼠体质量无明显 差异,P = 0. 846 ＞ 0. 05; 6 周龄时p53 基因敲除小鼠体质量明显低于BALB/c 小鼠,P = 0. 000 ＜ 0. 05; 体长在3 周龄 和6 周龄时p53 基因敲除小鼠体长明显低于BALB/c 小鼠,P = 0. 000 ＜ 0. 05。在繁殖性能方面,p53 基因敲除小鼠 同样明显低于BALB/c 小鼠,P = 0. 000 ＜ 0. 05。结论初步研究了p53 基因敲除对小鼠的繁殖与发育的影响,与 BALB/c 小鼠比较均有显著差异。     

eEF1A2敲除对小鼠骨骼肌组成的影响

目的 探究真核细胞翻译延长因子1-α2 (eEF1A2)缺失对小鼠骨骼肌的含量和组成的改变。方法 12月龄的eef1a2^fl/fl;CreER^T2+小鼠(iHBKO)及其对照eef1a2^fl/fl;CreER^T2-小鼠(Control)分别连续3 d腹腔注射30 mg/kg他莫昔芬,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和Western Blot验证小鼠骨骼肌eEF1A2敲除效率,利用HE染色检测小鼠骨骼肌形态,qRT-PCR检测小鼠骨骼肌主要纤维类型标志物的表达变化。结果 与对照组小鼠相比,iHBKO小鼠骨骼肌实现了eEF1A2的高效敲除。敲除小鼠腓肠肌脏器系数下降,但腓肠肌形态及横截面积无明显变化。eEF1A2基因敲除还导致快肌腓肠肌和趾长伸肌中慢肌标志物肌球蛋白重链7(myosin heavy chain 7,Myh7)表达明显升高,快肌标志物肌球蛋白重链4(myosin heavy chain 4,Myh4)明显降低,而慢肌比目鱼肌和胫骨前肌的Myh4和Myh7显著降低。结论 eEF1A2...     

PAX-8基因敲除小鼠的饲养繁殖及基因型鉴定

目的繁殖和鉴定PAX-8基因敲除小鼠。方法将引进的杂合子小鼠进行饲养并繁殖,繁殖成功后其子代中将会出现野生型、杂合子以及纯合子3种基因型,提取每种基因型小鼠尾部基因组DNA,用PCR法进行鉴定,将其雄性杂合子与雌性杂合子交配,依照孟德尔遗传定律就有可能获得较多的基因敲除纯合子小鼠。结果PAX-8杂合子小鼠的繁殖和饲养均获得成功,亦获得了较多的基因敲除纯合子小鼠。结论正确的饲养繁殖以及鉴定方法是从杂合子中获得PAX-8基因敲除纯合子小鼠的有效途径。     

淡水鱼类线粒体DNA D-loop基因的引物设计和应用

 线粒体DNA测序已广泛应用于鉴定和区分种类以及解决系统进化关系问题。本文选取已测定的主要淡水鱼类的线粒体DNA D-loop基因序列进行同源性比较,寻找保守序列,利用简并性原则设计一对通用的简并引物。利用设计的引物对广东省珠江流域主要的淡水鱼类线粒体DNA D-loop控制区基因进行扩增,均能获得单一的目的DNA片断,特异性扩增产物大小为1 kb左右。经测序及与GenBank同源序列的比较,证实为包含线粒体控制区全序列的扩增产物。本研究所设计的引物和应用的方法可以快速地同时对多种鱼类进行大规模的遗传背景分析,鉴定某些难于鉴别的近缘物种,为我国鱼类的种类鉴定、地理种群鉴别及种质资源的评估提供重要的工具。     

环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高.     

东海野生灰鲳mtDNA D-loop序列遗传变异分析

以东海区野生灰鲳背部肌肉的线粒体DNA为模板,采用PCR技术对7个个体的D-loop序列进行了扩增,通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了471 bp的核苷酸片断(除去两端部分序列)。用DNAMAN6.0软件进行了排序比较发现,东海野生灰鲳的D-loop序列同源性高达99.48%;用DNASP4.0软件分析得知,7个序列共有6个单倍型(在GenBank登录号:GU970085-GU970087,GU970089-GU970091),在7个个体中,共检测到14个变异位点,包括13个转换和1个颠换位点。运用MEGA4.0软件计算出了不同个体间的遗传距离,并据此构建了MP和NJ系统树。用DNASP4.0软件计算出的多态位点数为14,核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.009 71和4.571。研究结果表明,东海野生灰鲳的D-loop序列个体变异程度并不丰富。     

中国部分地方牛种mtDNA D-loop区全序列的遗传多样性与系统进化分析

利用PCR测序及生物信息学分析技术,对我国5个地方黄牛品种、5个地方水牛品种及2个地方牦牛品种的mtDNA D-loop区全序列进行PCR扩增以及核苷酸多样度、单倍型多样度分析,发现中国地方黄牛、水牛与牦牛具有丰富的遗传多样性.对试验牛mtDNA D-loop区全序列与牛亚科代表性物种黄牛、水牛、家牦牛、野牦牛、欧洲普通牛、印度瘤牛以及摩拉水牛相应序列进行系统发育分析.结果显示:黄牛与牦牛的亲缘关系较近,它们与水牛的亲缘关系较远;中国水牛属于沼泽型水牛,也有少量江河型水牛渐渗入中国水牛群体;中国黄牛为普通牛和瘤牛的混合母系起源;进化树显示高原牦牛与野牦牛的亲缘关系较近,环湖牦牛与家牦牛的亲缘关系较近.     

Nucleotide sequence evidence for rapid genotypic shifts in the bovine mitochondrial DNA D-loop

Mitochondrial DNA (mtDNA) is unusual in its rapid rate of evolution and high level of intraspecies sequence variation. The latter is thought to be related to the strict maternal inheritance of mtDNA, which effectively isolates within a species mitochondrial gene pools that accumulate mutations and vary independently. A fundamental and as yet unexplained aspect of this process is how, in the face of somatic and germ-line mtDNA ploidy of 10(3) to 10(5) (refs 4, 5), individual variant mtDNA molecules resulting from mutational events can come to dominate the large intracellular mtDNA population so rapidly. To help answer this question, we have determined here the nucleotide sequence of all or part of the D-loop region in 14 maternally related Holstein cows. Four different D-loop sequences can be distinguished in the mtDNA of these animals. One explanation is that multiple mitochondrial genotypes existed in the maternal germ line and that expansion or segregation of one of these genotypes during oogenesis or early development led to the rapid genotypic shifts observed.     

Mitochondrial DNA analysis of Bronze Age horses recovered from Chifeng region, Inner Mongolia, China

In this study, mitochondrial DNA (mtDNA) analysis was carried out on 9 Bronze Age horses recovered from Dashanqian and Jinggouzi archaeological sites in Chifeng region, Inner Mongolia. China to explore the origin of Chinese domestic horses. Both mtDNA 16S rRNA gene and control region (D-loop) fragments of ancient horses were amplified and sequenced. The analysis of the highly conservative 16S rRNA gene sequences indicated that the burial environment of Chifeng region is suitable for the preservation of ancient DNA (aDNA). Combing 465 mtDNA D-loop sequences representing different breeds from East Asia, Central Asia, Near East and Europe, we constructed a phylogenetic network to investigate the relationship between ancient and modern horses. The phylogenetic network showed that the 9 horses were distributed into different modern horse clusters which were closely related to them representing a certain geographical distribution. Our results showed that the maternal genetic line of the ancient horses in Chifeng region was highly diversified, which contributed to the gene pool of modern domestic horses and suggested a complex origin of domestic horses in China.     

Mitochondrial DNA analysis of Bronze Age horses recovered from Chifeng region, Inner Mongolia, China

In this study, mitochondrial DNA (mtDNA) analysis was carried out on 9 Bronze Age horses recovered from Dashanqian and Jinggouzi archaeological sites in Chifeng region, Inner Mongolia. China to explore the origin of Chinese domestic horses. Both mtDNA 16S rRNA gene and control region (D-loop) fragments of ancient horses were amplified and sequenced. The analysis of the highly conservative 16S rRNA gene sequences indicated that the burial environment of Chifeng region is suitable for the preservation of ancient DNA (aDNA). Combing 465 mtDNA D-loop sequences representing different breeds from East Asia, Central Asia, Near East and Europe, we constructed a phylogenetic network to investigate the relationship between ancient and modern horses. The phylogenetic network showed that the 9 horses were distributed into different modern horse clusters which were closely related to them representing a certain geographical distribution. Our results showed that the maternal genetic line of the ancient horses in Chifeng region was highly diversified, which contributed to the gene pool of modern domestic horses and suggested a complex origin of domestic horses in China.     

乌金猪mtDNA D-Loop区的遗传多样性

为揭示乌金猪3个地方类群遗传多样性及其分布情况.以乌金猪的3个地方类群凉山猪、大河猪和柯乐猪为对象,研究了线粒体DNA Ｄ环高变区（mtDNA D-loop HVI）的序列多态性.研究表明,在全长290 bp的核苷酸序列中共检测到46个突变位点,其中简约信息位点为5个,单一多态位点为37个,其中以A/G突变为主.凉山猪的3个类群（昭觉、美姑、西昌）首先聚为一类,然后凉山猪与大河猪聚为一类,最后凉山猪与柯乐猪聚类.3个地区的乌金猪有2个母系起源,大河猪与凉山猪为一个母系起源,柯乐猪为另一个母系起源.就总体而言,乌金猪的各地方类群凉山猪与大河猪遗传亲缘关系最近,其次是柯乐猪,有2个母系起源.     

赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析

 研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区（D-loop）和细胞色素b（Cyt b）基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和F_ST值,D-loop和Cyt b都一致表明：长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出“小则越小,大则越大”的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。