赤红球菌JDM312环己酮单加氧酶的原核表达及检测

通过酶切法从重组质粒pUC18-chnB中得到编码环己酮单加氧酶的chnB基因序列,将其定向插入原核表达载体pQE30中,构建重组质粒pQE30-chnB,转化到大肠杆菌BL21中并诱导表达目的蛋白,用SDS-PAGE电泳检测表达产物.测序结果表明chnB基因大小为1 623bp,编码由540个氨基酸残基构成的多肽.S...     

大鸨的随机扩增多态DNA分析与种内亲缘关系研究

利用随机扩增多态DNA技术对大鸨(Otis tarda)6个个体进行了随机扩增多态DNA分析,共筛选出有效随机引物14条,利用所得的随机引物对每只大鸨的基因组DNA进行扩增,共得到327个扩增片段,其中共有片段150个,根据聚类分析所得到的树状图确定了6只大鸨的亲缘关系.     

红树林土壤环境DNA提取和纯化方法比较

探讨适合红树林土壤环境DNA的提取及纯化方法,筛选出可以提取到高质量且物种覆盖度广的环境DNA的方法。本研究通过多种方法提取和纯化红树林土壤环境DNA,并进行物种覆盖度(细菌、真菌、底栖无脊椎动物、植物、线虫)的比较评估。用6种方法提取红树林潮间带林下土壤环境DNA,并使用2种方法对DNA进行纯化;用不同物种类群的通用引物进行PCR扩增,评估各种方法提取和纯化的环境DNA的物种覆盖度。结果显示,不同方法提取DNA的效率有一定的差异,但2种方法纯化前后DNA的质量并没有显著差异;5种试剂盒方法提取的DNA均可以有效扩增出细菌和无脊椎动物的DNA;DNeasy PowerSoil试剂盒提取的DNA扩增植物引物结果最佳;来自不同区域红树林土壤的DNA在扩增真菌对应引物时差异较大;2种试剂盒直接提取的DNA可以有效扩增出线虫的DNA。本研究为今后基于环境DNA技术研究红树林生物多样性工作的顺利开展提供科学依据,奠定了一定的基础。     

桂花品种的ISSR-PCR分析

利用ISSR—PCR方法对桂花的54个品种进行了基因组多态性分析,从70个ISSR引物中筛选出13个多态性引物用于正式扩增,共扩增出90条DNA片段,其中多态性DNA带79条,占总扩增片段的87.8％,平均每个引物扩增的DNA带的数目为6.92条。依据扩增结果,应用RAPD Distans软件进行Nei相似性系数和遗传距离计算,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果表明:ISSR分析中产生了一些品种特有的指纹图谱,因此ISSR技术在桂花品种和品种群(品系)的鉴定和阐明遗传关系中有很大的应用潜力。利用DNA扩增结果进行聚类分析,把供试桂花的54个品种分为7个大类,并对品种进行了处理及种下品种群的遗传关系进行了探讨。     

几种榕属(Ficus)植物标本的DNA提取及PCR扩增

植物标本作为一种非常重要的DNA资源受到越来越多的关注.由于其储存时间久远及储存手段局限,使得植物标本DNA提取和扩增相当困难.本研究以桑科榕属的9个种作为研究对象,采用4种DNA提取方法,比较其产物的数量和质量,并将所提取的DNA作为模版进行PCR扩增ITS和trnL-F片段.通过比较,得出以下结论:①标本的制作和储存条件对于植物标本DNA的质量有重要影响;②改进的CTAB法对于桑科榕属植物的DNA提取最为适合;③DNA模版的质量较之其他因素对PCR扩增的影响更大,适当缩短扩增片段的长度对实验的成功是至关重要的.     

不同预处理对酒精浸制标本DNA提取效果比较

为解决昆虫样本在保存和运输过程中因DNA降解而导致DNA提取效果差的问题。研究采用0.9%NaCl溶液、Tris-EDTA盐水缓冲液(STE)、磷酸缓冲盐溶液(PBS)、无菌水对朽木甲酒精浸制标本进行预处理,提取基因组DNA后,比较分析基因组DNA的质量、浓度及PCR的扩增效果。结果表明：0.9%NaCl溶液、STE缓冲液、PBS缓冲液这3种预处理方式均可在一定程度上提升朽木甲酒精浸制标本DNA的得率和PCR扩增的质量,其中使用PBS缓冲液进行预处理对朽木甲酒精浸制标本DNA提取的综合提升效果最佳;使用无菌水进行预处理对样本DNA提取没有任何提升作用,反而会使PCR扩增的效果更差;相较于线粒体基因片段的PCR扩增,除无菌水外的其他3种预处理方式对核基因的PCR扩增提升效果均较佳;此外,不同预处理均对提取到的DNA的OD_260/280值没有显著的影响。本研究结果为朽木甲酒精浸制标本的基因组DNA提取提供了更好的预处理方式,大大提高了其DNA提取的得率和扩增质量,减少了在DNA提取过程中标本数量的消耗和浪费。为后续的分子研究工作奠定了基础,同时也为其他昆虫酒精浸制标本...     

内蒙古荒漠草原土壤微生物DNA提取方法的研究

利用三种提取方法从内蒙古荒漠草原土壤样品中提取了土壤微生物DNA,得到的DNA片段长度在23 kb以上,提取效果较好无降解.采用试剂盒直接纯化、凝胶回收试剂盒纯化、玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化这三种方法对粗提液进行纯化,结果显示:凝胶回收试剂盒纯化后DNA纯度最高,试剂盒直接纯化可得到较纯的DNA,而玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化的效果不佳,不宜进行后续的PCR扩增.以纯化的土壤微生物DNA为模板扩增了细菌16SrDNA,扩增产物分子量为1.5kb左右.通过比较研究提出了一种适合于从荒漠草原土壤中进行微生物DNA提取、纯化及PCR扩增的有效方法.     

运用RAPD技术检测Cu2+对草鱼基因组DNA的影响

对草鱼腹腔注射了CuSO4,抽取注射前后其血液以提取基因组DNA。选用10个随机引物对草鱼基因组DNA进行了RAPD扩增,结果表明:5个引物能产生1～5条扩增带,扩增产物分子大小在200～3500bp之间,其中引物S15和S16能检出用CuSO4染毒前后草鱼基因组DNA的差异。CuSO4可使草鱼基因组DNA发生改变,应对其使用加以限制。     

DNA扩增过程数据建模方法研究

在控制过程中,由于在反应室内的环境因素复杂,在循环过程中会随着循环次数的变化引起环温变化,这对最终结果会产生影响.提出了一种因环境变化对控制参数进行调整和修订的数学建模方法,对DNA扩增过程的各个细节利用数学方法进行了分析和研究,构建了数学模型,这种数学模型利用DNA扩增的过程把每次循环的过程控制参数进行了分析和处理,依据DNA本身的特性通过实验方法对控制流程进行了分类和研究.实验结果表明所建立的数学模型在DNA扩增过程中是有效的.     

6个短片段STR基因座复合扩增的法医学初步研究

构建包括6个短片段STR基因座的复合扩增体系,应用于法医学DNA检验。采用荧光标记短片段引物建立复合扩增体系,对DNA样本进行检测,分型结果与DNATyper^TM15试剂盒及AmpFLSTR^S Identifiler试剂盒进行比较。利用该复合扩增体系可从高度降解检材中获得较好的DNA分型,大大提高高度降解检材的检出率。     

利用CODEHOP设计简并引物克隆红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段和序列分析

利用CODEHOP(Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primers)软件设计了红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段的简并引物,选取1对简并引物进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),得到348 bp的聚合酶链式反应产物,经pMD18-T载体克隆转化至大肠杆菌DH5α中,测序后进行BLASTX比对,发现此DNA产物与其他丝氨酸羧肽酶基因序列有相似性,推断所克隆的产物即为红色红曲霉的丝氨酸羧肽酶基因片段.     

牦牛牛病毒性腹泻病毒P20和P14基因的克隆及序列分析

参考GenBank中多个BVDV毒株基因组序列,利用生物软件primer5.0设计两对引物,扩增出BVDV牦牛株 P20基因和P14基因.结果表明,克隆得到的P20基因序列为504 bp,与GenBank上发表的BVDV P20大小一致,P14基因序列为312 bp,与GenBank上发表的BVDV毒株比较有6个插入碱基.核苷酸序列的同源性及系统发生分析的结果表明,牦牛(Yak)株属于BVDV-1.     

Cloning the Promoter of BcNA1 from Brassica napus and Fad2 Gene from Arabidopsis thaliana and Construction of the Plant Expression Vector

The upstream regulatory region of a seed-specific gene was isolated from the genomic DNA of Brassica napus by PCR amplification. The cloned fragment contained 1755 nucleotides, and shared a sequence homology of 99.6% with the reported data. The coding region of oleic acid desaturase gene was then cloned from Arabidopsis thaliana. The sequencing analysis indicated that the sequence of the PCR product was just the same as reported before. In addition, the plant expression vector harboring the seed-specific promoter and trans-Fad2 gene was constructed.     

二苯并噻吩单加氧酶基因(dszC)的克隆及其在大肠杆菌中的表达

利用PCR法从红球菌DS-3中克隆了dszC基因,序列测定结果与报道的Rhod ococcus ery throp olisIGTS8中d szC基因有99%的同源性.构建了含dszC基因的表达载体paC 5并在E.coli中实现高效表达,重组蛋白(D szC)在降温条件下重组菌表达量可达20%.可溶性D szC经N i2 亲和层析纯化达到电泳纯(95%以上).用纯化的D szC制备一抗血清进行免疫印记检测,证明工程菌表达产物中存在目的蛋白.纯化的D szC酶活可达0.36 U.D szC能作用于DBT及其甲基取代物,但不能利用无硫的DBT类似物及无机硫源.     

一株环己酮高效降解菌株的筛选及鉴定

自岳阳巴陵石化公司环己酮生产车间总出水口污泥中分离得到一株能快速降解环己酮的菌株,菌号为JDM-3-11.通过形态观察、生理生化特征检测和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,初步鉴定其为赤红球菌（Rhodococcus ruber）的一个菌株.当环己酮的质量浓度为2 000 mg/L时,在温度为30 ℃,转速为150 r/min,pH值为7的条件下,70 h内该菌株对环己酮的降解率达到94.79%.     

PRV广东株gE基因去信号肽片段的克隆与序列测定

根据伪狂犬病病毒（PRV）Rice株gE基因的序列设计并合成了1对引物,以我国PRV地方毒株广东株的基因组DNA为模板,通过PCR方法获得了一大小约1.6kb的DNA片段,并将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,序列测定结果显示,该片段长1665bp,编码555个氨基酸,与PRV Rice株gE基因的核苷酸序列同源性为97.7%,氨基酸序列同源性为95.9%。     

Cloning the Promoter of BcNA1 from Brassica napus and Fad2 Gene from Arabidopsis thaliana and Construction of the Plant Expression Vector

The upstream regulatory region of a seed-specific gene was isolated from the genomic DNA of Brassica napus by PCR amplification. The cloned fragment contained 1755 nucleotides, and shared a sequence homology of 99.6% with the reported data. The coding region of oleic acid desaturase gene was then cloned from Arabidopsis thaliana. The sequencing analysis indicated that the sequence of the PCR product was just the same as reported before. In addition, the plant expression vector harboring the seed-specific promoter and trans-Fad2 gene was constructed.     

赤红球菌CGMCC3090生物转化肉桂腈合成肉桂酰胺的工艺

针对目前肉桂酰胺工业生产采用的肉桂酸和二氯亚砜、浓氨水两步化学反应工艺存在安全性较低、产物分离纯化困难等问题,建立并优化了赤红球菌CGMCC3090催化肉桂腈生成肉桂酰胺的转化工艺.研究表明:底物肉桂腈浓度为1.5,mol/L,赤红球菌菌体质量浓度为2.6,g/L,在30,℃、pH 7.5条件下,转化5,h后转化率可达100%,具有产物纯度高、无副产物肉桂酸生成的优势,为赤红球菌CGMCC3090生物转化合成肉桂酰胺的工艺放大和生产性应用奠定了良好基础.     

LPA法克隆嗜盐菌Halobacterium species xz515古紫质基因

Halobacterium species xz515是从中国西藏分离到的嗜盐菌，所含古紫质(古细菌视紫红质的简称命名为AR4)具有与其他已知菌视紫红质相反的质子释放和吸收的顺序而引起重视．连接反应介导的PCR扩增法(LPA)是一种克隆部分序列已知的基因的新型克隆方法．LPA法利用“酶切-连接-PCR”之组合，首先选定一组限制性内切酶，各自单独地酶切细菌总DNA样品，然后酶切产物分别与相应的寡聚核苷酸片段接头连接．连接液混合起来，作为扩增未知序列DNA的模板．通过这种方法，克隆到了包括完整AR4基因开放阅读框和0．4kb上游调控区域的总长度1．3kb的DNA片段．实验结果表明LPA法可以代替传统的构建基因组DNA文库的方法，可以快速有效地获得目标基因相关的序列．