青海省曲麻莱牦牛的母系遗传多样性及遗传背景探究

为从分子水平上揭示青海省曲麻莱牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,对34头曲麻莱牦牛线粒体D-loop区的部分序列进行测定,确定多态位点、单倍型数目、核苷酸多样度及单倍型多样度,并进行系统发育分析。结果表明:在获得的618 bp D-loop序列中,排除1处插入/缺失后,共检测到36处多态位点,其中单一多态位点4处,简约多态位点32处;根据序列间的核苷酸变异共确定了20种单倍型,其中优势单倍型为H1,单倍型多样度(h)为0.952±0.021,核苷酸多样度(π)为0.018±0.009,将测得结果与中国牦牛进行对比,曲麻莱牦牛具有非常丰富的母系遗传多样性。使用NJ法构建的系统发育树结果显示,20种单倍型可以分为2个支系,表明曲麻莱牦牛有2个母系起源。     

环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高.     

成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)mtDNA D-1oop序列多态性研究

采用mtDNA多态性标记对成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)D-loop序列多态性进行分析.结果表明,供试山羊品种(群体)mtDNA片段长度为16kb左右,mtDNA D-loop片段长度为1210～1212bp,共检测到10种单倍型,群体间共有多态座位83个,单一多态座位23个,简约信息座位24个,平均核苷酸歧异度为0.001510,D-loop序列多态性较贫乏.经聚类,成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)分为两大类,成都麻羊首先与金堂黑山羊(D=0.203)聚在一起后,再依次与乐至黑山羊(D=0.223)、建昌黑山羊(D=0.477)、白玉黑山羊(D=0.593)形成一大类;合江黑山羊与江安黑山羊(D=0.231)先聚在一起后,再与自贡黑山羊(D=0.337)聚为1类,营山黑山羊与嘉陵黑山羊(D=0.242)聚为1类,2类形成另一大类.最后两个大类聚在一起.聚类结果与供试山羊品种(群体)来源和生态地理分布相一致.     

基于线粒体控制区D-loop序列的洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性分析

为掌握洪泽湖翘嘴鲌(Culter alburnus)种质资源遗传多样性状况，采集洪泽湖6个群体共233尾翘嘴鲌，采用线粒体控制区D-loop全序列进行遗传多样性分析.结果显示，翘嘴鲌线粒体D-loop序列长度为934 bp～936 bp,碱基(A+T)含量(66.0%)明显高于(G+C)含量(34.0%). 243条D-loop序列检出23个变异位点，其中有9个单一信息位点，14个简约信息位点. 6个群体发现22个单倍型，全部群体的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为(0.794±0.019)和(0.002 51±0.000 14),呈现出高H_d和低P_i的遗传多样性模式. 6个群体中洪泽湖群体的遗传多样性最高(H_d:0.873±0.038,P_i:0.002 95±0.000 35),顾勒河群体的遗传多样性最低(H_d:0.709±0.064,P_i:0.002 03±0.000 31).分子方差分析表明，...     

赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析

 研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区（D-loop）和细胞色素b（Cyt b）基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和F_ST值,D-loop和Cyt b都一致表明：长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出“小则越小,大则越大”的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。     

黑线仓鼠与大仓鼠线粒体DNA控制区全序列SNPs分析

以华北地区大仓鼠和黑线仓鼠为研究对象,运用第三代DNA分子标记SNPs(single nucleotide polymorphisms)技术,研究了其线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)全序列的单核苷酸多态性.结果表明:在黑线仓鼠和大仓鼠种群中共检测到11个单倍型,22个多态位点,其中只有2个是颠换,其余都是转换.不同种群的核苷酸多态性不同,种群内的核苷酸多态性小于种群间的核苷酸多态性.线粒体DNA D-loop全序列适合作黑线仓鼠和大仓鼠的核苷酸多态性和遗传进化关系的分析.     

西藏马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

对西藏拉萨和泽当两个地区23匹西藏马的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分片段进行序列分析, 检测出16个单倍型, 包括32个核苷酸多态性位点(其中转换位点31个, 缺失位点1个), 占所分析位点总数的9.27%. 单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.93±0.04和2.51%±0.16%, 表明西藏马的遗传多样性较丰富. 基于23匹西藏马序列以及现代欧亚马群的mtDNA序列, 进行了系统发育分析和多维尺度分析. 结果表明, 西藏马在母系遗传关系上与近东、 中亚以及欧洲家马有较近的亲缘关系, 与东亚的蒙古马以及韩国马亲缘关系较远.     

新疆河狸mtDNA D-loop HV-Ⅰ区的遗传多样性研究

通过测定和分析我国新疆乌伦古河流域16只河狸的mt DNA D-loop HV-Ⅰ区序列,对新疆河狸的遗传多样性进行了研究。结果表明,新疆河狸mt DNA D-loop HV-Ⅰ区序列长度为569 bp,A、T、G和C四种核苷酸的平均比例分别为27.0%、32.7%、24.0%和16.2%,新疆河狸mt DNA D-loop HV-Ⅰ区A+T含量高于G+C含量,表现出碱基组成的偏倚性。与蒙古国河狸mt DNA D-loop HV-Ⅰ区(AY623632)比对后,发现我国新疆河狸mt DNA D-loop HV-Ⅰ区10个变异位点,占分析位点总数的2.03%,其中转换位点4个,颠换位点5个,缺失位点1个,无插入位点。依据Gen Bank上已公布的不同地区河狸种群mt DNA D-loop HV-Ⅰ区序列,构建系统树后发现我国新疆河狸和蒙古国河狸位于一个分支,说明两者属于欧亚河狸种下的同一个亚种-蒙新亚种(Castor fiber birulai)。在16只新疆河狸个体中鉴定出2种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.233 00±0.015 78,核苷酸多样性(Pi)为0.001 23±0.015 90,平均核苷酸差异数(K)为0.700,与其他河狸亚种种群比较后发现新疆河狸遗传多样性较低,基因丰富度低,这与新疆河狸局限的生活环境和人为因素的影响是密切相关的。     

长江流域3个群体草鱼mtDNA D-loop区段的PCR-RFLP分析

对采自长江流域湖北省监利县、江西省九江市以及江苏省扬州市邗江区3个群体的141尾草鱼线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增,使用12种核酸内切限制酶酶切.结果显示,扩增出的140尾试验鱼的mtDNA D-loop区段长度约为1.6 kbp,监利群体中的1尾约为1.8 kbp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中监利群体中有长度变异的1尾为一种单倍型,另外140尾为另一种单倍型.依据单倍型频率的组成情况计算出九江和邗江两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,监利群体内的分别为0.046 6、0.001 80;监利群体与邗江(或九江)群体间的Rogers遗传距离为0.040 3;x2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著(P＞0.05).这些结果表明草鱼mtDNA D-loop区段的遗传多样性很低.     

野生杏遗传多样性研究

采用DNA测序技术对原产于我国新疆伊犁河谷地区的杏(Armenica vulgaris Lamarck)进行了群体样本测序.对所获得的野生杏单拷贝核基因Adh1序列进行了分析.结果表明:不同野杏居群的核苷酸多态性和单倍型多态性没有显著差异.Gapdh基因序列的分析显示,各野生杏居群的核苷酸多态性和单倍型多态性相对较低,特别是巩留县核桃沟的野生杏居群,其核苷酸多态性和单倍型多态性均为0.此外,AMOVA分析结果表明,遗传变异主要发生在居群内,而居群之间没有明显的遗传分化.研究结果不仅揭示了野生杏居群的遗传多样性,而且为杏的遗传资源研究保护提供了科学依据.     

福建近海蓝圆鲹群体遗传结构分析

测定了福建近海蓝圆鲹(Decapterus maruadsi Temminck&Schlegel)2个群体共60尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东和闽南群体遗传结构和遗传多样性.结果显示:获得长度为834～838 bp的控制区部分序列,在所测的60个样本中,共检测到23个变异位点,定义了28个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.948±0.0145,核苷酸多样性(π)为0.004 99±0.002 79,核苷酸差异数(K)为4.173±2.104,提示了福建近海蓝圆鲹具有较高的遗传多样性水平.构建的单倍型邻接关系树没有明显的以地理群体为单位的家系式分支出现,单倍型网络图也未显示出单倍型和地理位置的对应关系.Tajima's D和Fu's Fs中性检验及核苷酸不配对分析暗示了蓝圆鲹闽南群体在63 000年前可能发生过扩张事件,而闽东群体符合中性理论进化,2个群体不同的历史动态可能是由于小冰河期海区间的气候差异和闽东群体的过度利用所致.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内,2个群体间具有紧密的基因流和较低的遗传分化,群体问和群体内的Kimura双参数遗传距离均较小.可知:福建近海蓝圆鲹遗传多样性较高,闽东和闽南群体的遗传结构相似,不存在显著的遗传分化.因此,建议将闽南渔场和闽东渔场作为一个种质资源评估、管理和保护单元.     

蒙古国西北部狼(Canis lupus)遗传多样性研究

采用PCR和测序技术,分析了30只蒙古国西北部狼线粒体DNA(mt DNA)D-loop区519 bp核酸序列,基于mt DNA D-loop区序列对蒙古国狼和NCBI公布的其它狼种群进行系统树构建。结果显示:蒙古国狼存在7种单倍型,检测到29处变异位点,占所分析位点总数的4.9%,各单倍型间的遗传距离为0.006~0.024平均遗传距离是0.004±0.001。单倍型多样性为0.952±0.096,核苷酸多性为0.011 60±0.006 46。聚类分析表明,蒙古国狼分布在2个支系中,与中国新疆、内蒙古种群亲缘关系较近,与中国青海、西藏、喜马拉雅山脉种群的亲缘关系较远。蒙古国西北部狼种群具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其他狼种群的影响较大。中国青海、西藏、喜马拉雅山附近的狼种群应同属于一个群体,该研究为蒙古国乃其与我国毗邻区域狼的遗传多样性保护提供了理论依据。     

棣棠花的遗传多样性初探

棣棠花是蔷薇科棣棠花属一种极具药用价值和观赏价值的野生植物资源,从8个叶绿体DNA序列和1个核DNA序列中筛选出1个有效DNA片段rps16,利用其对棣棠花6个居群58个个体进行了遗传多样性研究,以期为该物种的资源评价和利用奠定基础.结果显示:rps16序列矩阵长度为607bp,共检测到9个核苷酸变异位点和11个单倍型,居群总的遗传多样性(HT)为0.884,单倍型多态性(Hd)为0.778,核苷酸多态性(π)为0.001 2.棣棠花居群间遗传变异(62.84%)大于居群内遗传变异(37.16%),居群间变异是其主要变异来源;6个居群间具有较高的遗传分化(Gst=0.653,Nst=0.600,Fst=0.628 4),基因流水平较低(Nm=0.128 5).失配分析结果表明种群在进化过程中曾经历过快速扩张,中性检验支持上述结果:Tajima's D=-1.019 04(P0.1);Fu and Li's D=-2.056 07(0.1P0.05);Fu and Li's F=-2.020 36(0.1P0.05).研究结果表明:棣棠花居群遗传多样性较高,居群间存在较高的遗传分化,奠基者效应和瓶颈效应可能是主要的影响因素.     

西藏牛亚科部分群体线粒体DNA遗传多样性研究

为了在从母系遗传上研究西藏牛亚科部分群体的遗传多样性和亲缘进化关系,通过PCR扩增西藏巴美牛、当地土种牛、驼峰牛以及引进娟珊牛4个群体18个个体的mtDNA D-loop控制区全序列,并测序.结果显示,D-loop区大小分布在892 bp～912 bp之间,不同群体间存在长度差异,同时西藏各群体牛D-loop区富含A、T碱基,共检测到颠换、转换、插入、缺失以及颠换和转换共存同一位点等5种突变类型.4个群体发现17种单倍型,多态位点达到125个,平均单倍型多样性约为0.992,平均核苷酸多样性约为0.039,表明西藏黄牛群体遗传多样性丰富.系统进化分析显示17种单倍型大致可以分为三大类,在其进化过程中出现相互交流的情况,巴美牛和驼峰牛亲缘关系最近,当地土种牛仍为较纯的黄牛,西藏黄牛群体不包含瘤牛单倍型,均为普通牛单倍型.     

基于线粒体D-loop基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于珠江流域的野生翘嘴鲌种群遗传多样性与遗传分化状况,实验在珠江流域广东省(肇庆和韶关)、广西省(梧州、昭平、平乐、柳城、桂平、平果、田阳、龙州和扶绥)自然河流内采集野生翘嘴鲌种群。研究采用线粒体分子标记技术(D-loop基因)对珠江流域翘嘴鲌种群的遗传多样性做一个多方面的分析。利用PCR技术,得到D-loop全基因序列856 bp,通过分析发现,176个个体中合计41个单倍型;其单倍型多样性指数(Hd=0.875 06)和核苷酸多样性指数(π=0.007 00)显示种群具有较高的遗传多样性。11个野生地理群体翘嘴鲌遗传分化指数(FST)为0.188 28,显示珠江流域翘嘴鲌作为一个大种群已产生了中度分化,种群分化时间经计算推断为5万年前左右。其中,梧州和桂平,梧州和肇庆,昭平和平乐,田阳和平果,扶绥和大部分种群(柳城、桂平、田阳、韶关)的遗传分化程度都较低(FST0.05),基因流Nm5;其他种群两两之间达中度遗传分化(FST0.05),基因流Nm5。分子系统树和单倍型网络关系显示:单倍型Hap1和Hap2可能为单倍型先祖,其余单倍型由其进化而来。但遗传距离与地理距离并没有显著相关性,种群扩散规律需要进一步探索,说明珠江流域野生翘嘴鲌并未地理因素产生种属分化。     

基于COⅠ基因和D-loop序列的东海鳓鱼种质资源遗传变异研究

以东海区鳓鱼背部肌肉的线粒体DNA作为模板,对16个个体的CO Ⅰ基因和D-loop序列进行了扩增,通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了691 bp的CO Ⅰ基因片段和718 bp的D-loop序列片断.用DNASP软件分析得知,16个CO Ⅰ基因序列定义了6个单倍型(在GenBank登录号:HM030765-HM030768,HM030769-HM030770),在6个单倍型中,共检测到6个变异位点,其中有5个变异位点发生在第三密码子位置上,有1个变异位点发生在第一密码子位置上.东海区鳓鱼16个个体D-loop序列共定义了14个单倍型(GenBank登录号:HM030781,HM030783-HM030792,HM030794-HM030796).除去插入/缺失位点,14个单倍型共检测到30个多态位点,主要发生在D-loop序列的两端区域;D-loop序列还检测到80个插入或缺失位点,碱基插入主要发生在340～419 bp之间的中央区域,以40 bp重复片断插入的形式进行.每个个体含有2～4个连续重复片断.对鳓鱼进行了遗传多样性分析,CO Ⅰ基因序列的单倍型多样性为0.617,核苷酸多样性指数为0.001 37,平均核苷酸差异数为0.950.D-loop序列的单倍型多样性为0.983,核苷酸多样性指数为0.009 98,平均核苷酸差异数为6.367.综合分析,东海区鳓鱼的遗传多样性并不高,有必要采取综合措施对其进行种质资源保护.     

灵空山褐马鸡种群遗传多样性研究

山西灵空山国家级自然保护区位于太岳山脉中段,近二百年来没有褐马鸡分布的记载和报道,2005年首次发现褐马鸡在此栖息。灵空山褐马鸡地理种群的来源和遗传背景的研究尚属空白。文章采用线粒体DNA分子标记技术,对灵空山褐马鸡种群的遗传多样性、遗传结构、系统发育进行了分析。结果显示:4只个体均获得长度为1 238 bp的mtDNA D-loop全序列以及1 458 bp Cyt b的全序列,分别定义了3个和2个单倍型。两条序列D-loop和Cyt b单倍型多样性(h)平均值分别为0. 833和0.5,核苷酸多样性平均值(π)分别为0.002 83和0.002 06,平均遗传距离分别为0.003和0.002。反映了灵空山自然保护区褐马鸡种群具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,种群遗传多样性较低。这与该地区褐马鸡的资源现状、分布范围相适应。     

基于mtDNA控制区的波纹唇鱼的4个不同地理群体的遗传多样性

以海南陵水、西沙、南沙以及马来西亚4个地理区域的101尾波纹唇鱼作为研究对象,利用mtDNA控制区序列对波纹唇鱼进行了遗传多样性分析,并通过扩增、克隆与序列测定技术,获得了mtDNA控制区905 bp的序列,其多态性遗传参数的统计显示,在101尾个体中存在110个变异位点和71个单倍型;总群体的单倍型多样性(Hd)为0.981,核苷酸的多样性指数(Pi)为0.005 79,表明其遗传多样性处于较低水平.Tajima’s D中性检测均为负值,Fst值属于较低水平,仅为0.031 95,分子方差分析(AMOVA)和Kimuar 2参数模型的分析表明,这4个不同地理群体的波纹唇鱼是由一个小而高效的种群迅速发展而来的,且其遗传多样性和遗传分化水平较低.     

浙江沿岸髭缟虾虎鱼的系统地理分析

通过对浙江沿岸41个髭缟虾虎鱼样本579 bp线粒体DNACOI序列进行分析,共鉴定出11种单倍型。单倍型之间碱基替换为1～5个。H01是最常见单倍型(占总数的56.1%),被23个个体分享,分布于6个采样点;H02分布于除象山之外的5个采样点;洞头、临海分享了H03;H06和H07仅分布在嵊泗;H08和H09仅分布在岱山;H10只分布在象山;H11只分布在苍南。单倍型多态性与核苷酸多态性在嵊泗最高(Hd=0.90±0.16;π=0.003 1±0.000 7),在临海最低(Hd=0.57±0.13;π=0.001 3±0.000 4)。这可能与嵊泗列岛栖息地生态环境多样性,或者较少人为活动干扰有关。单倍型网络图呈辐射状,以H01和H02为中心,通过1～3个碱基替换与其它所有单倍型相连接,除此之外,NJ聚类树、AMOVA和FST分析结果一致表明,浙江沿岸髭缟虾虎鱼没有显著的系统地理分化。初步推断有两种可能:(1)不同群体间的隔离时间不久;(2)该海域没有显著的基因流障碍。此外,台湾暖流与沿岸入海径流的交汇,有助于海洋生物卵、幼体及成体的扩散,导致了髭缟虾虎鱼群体间的遗传结构不显著。     

大黄鱼线粒体DNA控制区遗传多样性分析

采用PCR-DNA测序技术测定、分析了闽-粤东族、岱衢族大黄鱼群体47个个体的线粒体DNA控制区基因序列.结果表明:所获序列长度为786～799 bp,具32个碱基替换位点和41个插入/缺失位点;控制区碱基组成中T、C、A、G含量分别为31.9%、15.8%、29.3%和23.0%,平均转换颠换比(R)5.5;共有10个单倍型,闽-粤东族8个和岱衢族3个,仅Hap03为共享单倍型;所有个体的平均单倍型多样性(Hd)为0.470,核苷酸多样性(Pi)为0.006 50;2个群体的遗传距离(D)为0.007 13,遗传分化指数(Fst)为0.181 6,基因流(Nm)为1.13.群体遗传分析结果表明,闽-粤东族、岱衢族大黄鱼野生群体遗传变异处于较低水平,闽-粤东族大黄鱼的遗传多样性水平稍高于岱衢族,群体间的遗传分化不明显.