网络药理学联合分子对接技术探究固肠止泻丸治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的网络药理学联合分子对接技术探析固肠止泻丸治疗溃疡性结肠炎（UC）的药效物质基础及其潜在作用机制。方法在TCMSP数据库收集固肠止泻丸各中药成分及对应靶点,并于疾病靶点取交集,获取潜在有效成分及治疗靶点。利用String数据库构建治疗靶点间蛋白互作网络,计算相关拓扑学参数,获得关键基因。将治疗靶点导入David数据库进性GO富集与KEGG富集分析。通过Auto Dock1.1.2软件对核心成分与关键基因进性分子对接验证。结果筛选出50个有效成分,其中槲皮素、山奈酚与小檗碱可能是参与治疗作用的关键成分;涉及16个治疗靶点,其中包括5个关键基因PTGS2、IL-1β、MMP9、CXCL8和ICAM1。GO生物过程30个,细胞成分6个,分子功能7个。涉及对炎症的反应等生物进程;细胞外域空间等细胞成分以及趋化因子活性等分子功能。与溃疡性结肠炎相关的KEGG通路共5条,包括Toll-样受体信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果表明固肠止泻丸核心成分可以对上述核心靶点发挥调节作用。结论固肠止泻丸通过多成分、多靶点调控肠道免疫功能,发挥抗炎、抗氧化应激等作用,是其治疗UC的重要机制。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络,应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析,最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分,68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用,GO功能富集得到407个条目,KEGG通路富集分析得到151条信号通路,且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...     

网络药理学探究败酱草治疗溃疡性结肠炎机制

通过网络药理学分析和分子对接来探讨败酱草治疗(ulcerative colitis,UC)可能的分子作用机制.通过数据库得到溃疡性结肠炎相关靶点和败酱草主要成分,基于已有数据库文本挖掘和常见成分靶点预测工具获取成分靶点,进行一系列对比.对主要靶点进行GO及KEGG分析,得到核心靶点;对核心靶点进行分子对接.败酱草40种...     

基于网络药理学和分子对接技术探究地胆草治疗溃疡性结肠炎的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术,研究地胆草治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的分子机制。根据文献调研确定地胆草的化学成分,利用SwissADME数据库筛选活性成分、SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点。通过GeneCards、Disgenet、PharmGKB和TTD数据库获取UC的相关靶点,并进行拓扑分析,采用Metascape数据库对候选靶点进行GO (gene ontology)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)生物通路富集分析,最后结合RCSB PDB数据库及Chemdraw、PyMoL、AutoDock 4.2.6对核心成分和关键靶点进行分子对接验证并进行可视化分析。从地胆草中筛选出34个调控UC的潜在靶点,对关键靶点作GO功能和KEGG通路富集分析,显示地胆草可能通过对系统过程的调节、外部刺激反应的负面调节、凋亡信号通路的调节以及机械刺激的反应等生物学过程调节MAPK3、PIK3CA、STAT3和JAK2等关键靶点的表达,从而参与调控癌症信号通路、PI3K-A...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨鬼针草对结肠炎的治疗作用及机制研究

利用网络药理学方法,研究鬼针草(Bidens pilosa L.)治疗结肠炎的潜在药效物质基础和分子机制,为其后续体内外基础研究提供一定的理论依据.通过TCMSP数据库检索鬼针草化学成分;结合PubChem数据库和Chemicaldraw软件获得化合物SDF格式文件,并在SwissTarget Prediction对化合物进行靶点预测;通过GeneCards数据库查询结肠炎的相关靶点;借助Uniprot数据库;使靶点的蛋白和基因信息标准化;制作分子预测靶点和疾病靶点韦恩图,获得交集基因;借助String数据库,筛选核心靶点,使用Cytoscape3.7.2软件构建成分靶点图和PPI网络互助图.再通过Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.TCMSP数据库筛选到OB≥30且DL≥0.18的活性成分6个,SwissTarget Prediction靶点预测,去除重复靶点后剩下137个靶点,GeneCards数据库获得疾病靶点203个,共有靶点19个.Metascape数据库GO富集分析得到29个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到相关通路5条(P&l...     

基于网络药理学和分子对接的催乳丸调治缺乳作用机制

通过网络药理学方法筛选催乳丸调治缺乳的主要活性成分和潜在靶点蛋白,构建有效成分-蛋白相互作用网络,采用计算机模拟方法开展分子对接验证,探讨催乳丸调治缺乳的潜在分子机制。经筛选,催乳丸中主要包括槲皮素、木犀草素、山奈酚、香叶木素、叶酸、β-谷甾醇等12个活性成分;药物与疾病靶点的交集包括STAT3、MAPK1、JAK2、EGFR、ESR1、STAT5A等16个关键蛋白靶点;经过富集分析和筛选,发现与催乳丸活性成分作用的靶点蛋白富集在催乳素信号通路、雌激素信号通路、AMPK信号通路、cAMP信号通路等多种生物学过程。分子对接结果显示,槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素与关键靶点STAT3、MAPK1、ESR1、EGFR的结合能力较强,其通过调控转录因子、激酶、雌激素受体蛋白和表皮生长因子受体蛋白,影响乳腺上皮细胞生长,发挥调治缺乳作用。研究结果初步揭示了催乳丸治疗缺乳的多组分、多靶点、多途径机制,为缺乳症状的治疗研究提供了参考。     

地榆-茜草药对治疗子宫异常出血的网络药理学研究

采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索地榆-茜草药对的主要活性成分,并对筛选出成分的靶点进行预测,靶点不全者以Swiss Prediction数据库进行预测.在DrugBank、GeneCards等数据库检索异常子宫出血的疾病相关靶点.构建成分-靶点网络,并提取出关键靶点进行GO分析及KEEG分析.地榆-茜草药对共检出符合条件的候选化合物26个,289个作用靶点,并获得2 898个疾病靶点.药物相关靶点疾病相关靶点作交集获得194个潜在治疗靶点,最终筛选出30个靶点为核心靶点.GO富集分析,共得到290个相关条目.其中生物途径(BP)条目231个,细胞组分(CC)条目18个,分子功能(MF)条目41个(均P<0.05).KEEG通路富集分析,共得到86个信号通路.结果可见,地榆-茜草药对治疗异常子宫出血的潜在主要活性成分为：槲皮素、β谷甾醇、山奈酚、茜草素B及地榆皂苷Ⅰ.潜在关键靶点为ATK1、CASP3、STAT3、HIF1A、MMP9等.潜在关键的生物学进程及通路包括：癌症通路、TNF信号通路等.     

基于网络药理学卷柏活血通经的作用机制分析

通过网络药理学分析来探讨卷柏活血通经作用可能的分子作用机制.通过查阅文献及在TCMSP数据库中获取卷柏可能的主要活性成分,并对其进行筛选,利用Gene-Cards、OMIM数据库预测活血通经疾病(痛经、经闭、抗血栓、抗凝血)相关基因,构建卷柏活性成分-靶点-通路相互关系网络,对靶点进行GO及KEGG分析,结果显示,卷柏...     

基于网络药理学研究连翘抗炎作用机制

文章基于网络药理学研究连翘抗炎作用机制。通过TCMSP数据库收集连翘化学成分,并以OB≥30%,DL≥0.18筛选连翘化学成分。采用PharmMapper数据库预测连翘作用靶点。以“inflammation”为关键词使用OMIM数据库和TTD数据库检索炎症相关靶点,并用Cytoscape 3.8.1软件构建“活性成分-靶点”网络。通过String数据库进行蛋白质相互作用分析,并使用Cytoscape 3.8.1软件构建蛋白相互作用网络。最后使用DAVID数据库对连翘抗炎作用靶点进行通路富集分析,以探究连翘抗炎的作用机制。结果为经筛选得到良好的连翘活性成分21个,预测到45个潜在的抗炎靶点。其中连翘抗炎的主要靶点为丝裂原激活蛋白激酶14(MAPK14)、 SRC蛋白激酶（SRC）、胰岛素样生长因子1(IGF1)、丝裂原激活蛋白激酶1(MAPK1)及表皮生长因子受体（EGFR）等核心靶点。经GO分析和KEGG通路分析,连翘参与的抗炎信号通路主要有癌症通路、催乳激素信号通路、结核病、破骨细胞分化、丙型肝炎、PI3K-Akt信号通路等。本研究得连翘的抗炎作用潜在机制可能是槲皮素,连翘苷,木犀草...     

基于网络药理学探究百合抗抑郁的作用机制

通过网络药理学的方法探究百合抗抑郁的作用机制.利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库,以生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为条件筛选百合活性成分及抗抑郁的靶点,构建成分-靶点、关键靶点蛋白网互作图、靶点基因GO富集及KEGG通路分析.结果表明,通过筛选获得7个符合标准的活性成分、85个与抑郁相关的靶点,GO富集分析得到17个生物学功能,KEGG通路分析得到11条显著富集的通路.百合通过多靶点、多通路、多成分发挥抗抑郁的作用,可能是通过胆碱能突触、神经活性配体-受体、p53信号通路、钙信号通路等信号通路发挥复杂的调节作用.     

基于网络药理学研究重楼皂苷抗肿瘤的协同机制

为系统探究重楼皂苷抗肿瘤的协同机制,基于重楼皂苷的含量和活性筛选其抗肿瘤成分,利用靶点数据库获取入选皂苷成分的抗肿瘤靶点,并借助蛋白互作网络分析选出重楼皂苷抗肿瘤的主要作用靶点,对主要作用靶点进行GO(gene on-tology)生物过程富集、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and ...     

基于网络药理学的五苓散多成分-多靶点-多通路作用机制研究

通过中药系统药理学数据库与分析平台（traditional Chinese medicine system pharmacology datebase and analysis platform,TCMSP)筛选五苓散组分白术、茯苓、猪苓、泽泻、桂枝的潜在活性成分,PharmMapper服务器预测潜在靶点,构建化合物-靶点网络、蛋白互作( protein-protein interaction,PPI) 网络,进行基因本体( gene ontology,GO) 富集分析、基于KEGG( Kyoto encyclopedia of genes and enomes) 的生物通路富集分析。结果表明,筛选得到五苓散中50种活性成分,构建化合物 靶点网络共459个节点,关键靶点包括CSDE1、PRPS1、HSD17B4、CLPP、ACBD7、AZGP1等。构建五苓散靶点的PPI互作网络包含155个节点和527条相互作用关系,关键节点包括CSDE1、CITED2、RANBP2、HSD17B4、TAF13、SOD2等。GO富集分析途径相关条目主要涉及细胞溶质、细胞对有机物质和化学刺激的反应,含氮物质代谢,有机物循环代谢进程,蛋白、小分子和离子结合及转运活性等。KEGG代谢通路分析包括膀胱癌、前列腺癌、内分泌抵抗、癌症中的蛋白聚糖、流体剪切应力和动脉粥样硬化等途径。研究结果初步验证了五苓散药理作用的分子机制,为进一步深入揭示其分子作用机制奠定了基础,预测五苓散的潜在作用靶点如PRPS1、HSD17B4等,可为五苓散的深入研究提供新思路。     

基于网络药理学和分子对接研究丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制

利用网络药理学初步分析丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制,应用分子对接辅助研究丹参中活性化合物与浆细胞性乳腺炎主要靶点的亲和力,以证明筛选出的活性物质确实可与疾病靶点结合。基于中药系统药理学数据库与分析平台筛选丹参中的有效活性成分及这些成分的相关作用靶点,构建中药-成分-靶点网络,利用GeneCard数据库和DisGeNET数据库筛选浆细胞性乳腺炎的高相关性基因靶点,将药物成分靶点与疾病基因靶点相互映射,得到药物-成分-靶点-疾病网络,分析网络得到潜在药物活性化合物及潜在作用基因靶点,将此潜在作用靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对潜在作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。对筛选到的高相关性活性成分和靶点进行分子对接,选择浆细胞性乳腺炎相关度最高的靶点IL-6、ICAM1和PGR,在PDB数据库中找到其三维蛋白结构,后在Zinc数据库中找寻丹参活性成分的分子结构,利用autodock4.0软件将蛋白与分子相对接。得到中药有效活性物质59个及其相关作用靶点132个,疾病相关靶点125个,映射后得到BCL2L1、EDNRA、ERBB2、ICAM1、IFNG、IL-4、IL-6、NR3C1、PGR、STAT3等10个潜在作用靶点,基因本体富集分析后找到潜在作用靶点共14个生物过程,京都基因与基因组百科全书分析后筛选得到16条信号转导通路,以乳腺癌通路、癌症信号通路、库欣综合征通路、NF-κB信号通路等通路为主。分子对接表明筛选出的药物活性成分与潜在作用靶点确有较大的亲和力。该研究初步筛选出了丹参治疗浆细胞性乳腺炎的物质基础,并揭示了丹参治疗该病症是通过多成分、多靶点、多途径共同调控。     

基于网络药理学探讨玫瑰花抗抑郁物质基础及作用机制

利用网络药理学和分子对接方法探究玫瑰花抗抑郁的物质基础及作用机制。通过中国知网收集抗抑郁单体和玫瑰花的化学成分,借助PubChem、SwissTargetPrediction数据库预测玫瑰花的抗抑郁活性成分及作用靶点,通过DAVID数据库进行通路富集分析,运用Discovery Studio 2017软件对关键成分和靶点进行分子对接。收集抗抑郁单体117个,玫瑰花成分127个,筛选出玫瑰花与抗抑郁相关的核心成分17个,分子对接显示玫瑰花所含芹菜素、槲皮素、山柰酚、异丁香酚、异槲皮苷、矢车菊素-3-O-葡萄糖苷6个活性成分,可较好地与AKT1、PTGS2、ESR1 3个抑郁相关靶点结合。结果表明玫瑰花抗抑郁的物质基础为芹菜素、槲皮素、山柰酚等黄酮类化合物,主要通过影响HIF-1信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、催乳激素信号通路、多巴胺能神经突触信号通路发挥抗抑郁作用。该研究为抗抑郁新药研发提供了理论依据及新的研究思路。     

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎恢复期的作用机制

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用（PPI）数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎恢复期的作用机制

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用（PPI）数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。     

香连片抗细菌性痢疾相关疾病的网络药理学研究

通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选香连片的主要活性成分;通过TCMSP及Swiss Target Prediction数据库查找筛选其活性成分的对应靶点.收集有关细菌性痢疾相关疾病的靶点,映射至香连片活性成分靶点基因,构建活性成分-靶点网络及共同靶点蛋白相互作用网络(PPI).将共同靶基因进行GO功能富集与K...