基因芯片设计及数据分析软件系统

基因芯片是提取生物分子信息的一种新技术,该技术是分子生物学与电子信息科学交叉的产物。基因芯片在基因型分析、基因表达监控和疾病检测方面有着重要的应用。本论分析基因芯片中的信息处理问题,介绍一个高密度基因芯片设计及数据分析软件系统,该系统包括基因芯片探针设计、芯片优化、杂交图像处理和检测结果分析等功能。     

DNA芯片技术及其农业应用

 ＤＮＡ芯片（ＤＮＡｃｈｉｐ）是生物芯片（ｂｉｏ-ｃｈｉｐ）的一种 ,它有多种同义词 :基因芯片（ｇｅｎｅｃｈｉｐ）、ＤＮＡ显微芯片（ＤＮＡｍｉｃｒｏｃｈｉｐ）、ＤＮＡ阵列（ＤＮＡａｒｒａｙ）、ＤＮＡ显微阵列（ＤＮＡｍｉｃｒｏａｒｒａｙ） ;另外 ,由于ＤＮＡ芯片是一种寡核苷酸 ,所以也称为寡核苷酸阵列（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｒｒａｙ）或寡核苷酸芯片（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｃｈｉｐ）［１］。显微阵列分析源于固体表面的生化试验。芯片技术就是利用高密度的分子阵列分析方法来检测生化样品 ,ＤＮＡ或ＲＮＡ混合物用酶促方法加上核苷酸作为标记形成报告标签 ,再与显微阵列进行杂交。     

DNA芯片--世纪之交的技术革命

ＤＮＡ 芯片是以硅、玻璃等材料作固相载片,应用计算机、半导体、光化学合成等微加工技术,将数十万个寡核苷酸片段高密度集成于１ｃｍ ２ 左右的芯片上．它可以作为微反应进行ＰＣＲ、ＬＣＲ等反应,尤其是芯片上的探针列阵可用于检测人类遗传病的基因变异,加速人类基因组的研究及为临床医学开辟新路．ＤＮＡ 芯片有望成为研究生命信息的一种新的有力工具．     

基因芯片技术及产品的应用研究与开发

建立了完备的基因芯片制备应用体系 ,其核心包括高密度ｃＤＮＡ基因芯片制作和应用、寡核苷酸基因芯片制备以及修饰基片制备等 研制出一系列人ｃＤＮＡ表达谱芯片、小鼠ｃＤＮＡ表达谱芯片和水稻ｃＤＮＡ表达谱芯片 ;研究出一种基于ｃＤＮＡ基因芯片的新型抗肿瘤药物筛选模型 ,它具有经济、快捷、高通量的特点 ,所提供大量信息不仅能辅助比较药物疗效 ,且可解释药物作用机理 该项目 2 0 0 1年 1 1月获得上海市人民政府颁发的上海市科技进步奖一等奖基因芯片技术及产品的应用研究与开发$遗传工程国家重点实验室     

微生物基因芯片鉴定及再生利用

生物芯片是一种重要的生物分子检测方法,在科研和医学应用领域被广泛关注。该文以大肠杆菌和黄单胞菌检测为例研究微生物的基因芯片鉴定方法和生物芯片的再生使用价值,采用一种自主研制的新型微阵列芯片扫描仪对微生物鉴定和生物芯片的重复利用开展理论与实验研究。结果表明基因芯片鉴定微生物是非常可靠的,所设计的生物分子探针与芯片表面修饰分子的结合很牢固,5次重复杂交清洗后依然可以产生良好的荧光信号,从而验证了再生芯片使用的可行性。为了提高生物芯片的重复使用次数,论文还对生物芯片的设计与荧光标记方法进行了分析讨论。     

什么是生物芯片?

生物芯片是八十年代末发展起来的一种新技术 ,它是将生命科学研究中所涉及的许多分析步骤 ,利用微电子、微机械、化学、物理技术、计算机技术 ,使样品检测、分析过程连续化、集成化、微型化。生物芯片主要包括以下内容 :芯片实验室 (Ｌａｂ ｏｎ ａ ｃｈｉｐ)、基因芯片 (Ｇｅｎｅｃｈｉｐ ,ＤＮＡｃｈｉｐ ,ＤＮＡｍｉｃｒｏａｒｒａｙ)、蛋白芯片 (Ｐｒｏｔｅｉｎｃｈｉｐ)等。什么是生物芯片?     

微生物基因芯片鉴定及再生利用

生物芯片提供一种重要的生物分子检测方法,在科研和医学应用领域被广泛关注。该文以大肠杆菌和黄单胞菌检测为例研究微生物的基因芯片鉴定方法和生物芯片的再生使用价值,采用一种自主研制的新型微阵列芯片扫描仪对微生物鉴定和生物芯片的重复利用开展理论与实验研究。结果表明,用基因芯片鉴定微生物是非常可靠的,所设计的生物分子探针与芯片表面修饰分子的结合很牢固,5次重复杂交清洗后依然可以产生良好的荧光信号,从而验证了再生芯片使用的可行性。为了提高生物芯片的重复使用次数,论文还对生物芯片的设计与荧光标记方法进行了分析讨论。     

DNA芯片—世纪之交的技术革命

ＤＮＡ芯片是以硅，玻璃等材料作固相载片，应用计算机，半导体，光化学合成等微加工技术，将数十万外寡苷酸片段高密度集成于１ｃｍ＾２左右的芯片上，它可以作为微反应进行ＰＣＲ，ＬＣＲ等反应，尤其是芯片上的探针列阵可用于检测人类遗传病的基因变异，加速人类基因组的研究及为临床医学开辟新路。     

利用衍生DNA研制定量检测基因芯片

 为了建立基因芯片定量检测技术体系,在同一张芯片上完成不同浓度DNA的梯度测定,本研究以检测探针序列为基础,合成不同的衍生DNA作为标准曲线测定的探针序列.由于衍生序列与检测探针序列之间不改变碱基配对关系,同时具有相同的PCR扩增序列,使得标准品的浓度与测定值之间具有较好的相关性,从而解决了基因芯片定量测定中的标准曲线制作问题.结果显示,用衍生DNA序列作为标准DNA,其基因芯片测定值与浓度之间的相关性系数达到0.995以上,用此方法建立定量基因芯片测定的浓度与实际浓度一致.本研究为研制定量检测基因芯片提出了新的思路.     

兰属植物DNA指纹图的研究

采用ＬＺＦ－１寡核苷酸探针和限制性内切酶Ｈｉｎｆ１,检测兰属２３样株和石斛属１样株的ＤＮＡ酶解片段,获得了清晰易读的由６－１５条带组成有特异性的遗传指纹图谱。表明：（１）ＬＺＦ－１探针能与兰属及石斛属植物基因组ＤＮＡ中的酶解片段中简单重复序列形成杂交分子,证实近缘植物基因组中存在同源ＤＮＡ片段;（２）在介于１－２４ｋｂ的谱带中,大红朱砂（Ａ）１５条,３株红蝉（Ｂ）皆１２条,Ａ＊ＢＦ１２ｎ＝４０两株     

应用于生物检测的微流体聚焦芯片的研制

为了完成生物检测实验中待检测微球的单列通过,基于流式细胞仪的技术原理,设计了一种微流体聚焦芯片,并利用Intellisuite软件对聚焦进行仿真和设计.用微浇铸方法制作基于聚二甲基硅氧烷的微流控芯片,并采用插针式封接,提高了芯片成品率.通过实验制作芯片,并将它应用于测试,成功地实现了直径为10 μm的悬浮待检测微球呈单...     

基因芯片的信息挖掘

基因芯片是一项急速发展的新技术，该技术大致包含芯片设计、芯片制作和数据分析三个主要环节．该文综合介绍了在基因芯片的数据分析中所采用的信息挖掘方法，特别是一些行之有效的数学模型和算法．当前，基因芯片的信息挖掘已成为生物信息学研究的热点之一，而数学技术的应用将促使基因芯片技术日趋完善．     

锥虫Ls—rRNA序列分析与锥虫rDNA探针群

用大分子ＲＮＡ快速测序法测定刚果锥虫（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａｃｏｎｇｏｌｅｎｓｅ）ＬｓｒＲＮＡ５′端６９４个核苷酸序列．比较分析揭示伊氏锥虫、布氏锥虫和刚果锥虫之间以及它们与其它鞭毛虫和哺乳动物宿主的分子差异；表明ＬｓｒＲＮＡ高变区可以作为一个灵敏的分子指标研究锥虫属内的系统进化关系；并为研制属、种不同专一性的锥虫ｒＤＮＡ探针奠定了基础．人工合成锥虫亚属ｒＤＮＡ探针Ｄ１ｔｅ与ＰＣＲ方法联用，可以检测相当于单个伊氏锥虫的微量ＤＮＡ．     

中国科学家研制出预警白血病基因芯片

中国科学家近日研制成功能早期预警白血病的基因芯片。专家称,这标志中国利用基因技术在疾病早期诊断领域取得了新突破,为人类利用基因法治疗白血病打下良好基础。基因芯片主要是将许多特定的探针固定在特定的介质上,利用分子之间相互识别的原理,来检测与探针相互作用的分子。     

基因芯片技术及其应用

２０００年６月２６日，参与人类基因组计划的美、日、德、法、英、中等国的科学家宣布，人类基因组的工作草图已经绘制完毕并向全世界公布。这项被誉为生命科学 “登月计划”的人类基因组ＤＮＡ全序列测定的完成，标志着人类对自我的认识进入了一个崭新的阶段，它也为基因芯片技术的迅猛发展奠定了坚实的基础。 基因芯片技术诞生于９０年代，它是现代微电子技术与基因工程技术有机结合的产物。基因芯片技术是指根据不同的集成要求，把现代生命科学研究中许多不连续的分析步骤，集中在１ｃｍ２大小的硅芯片或玻璃芯片上，并根据用途划分出数…     

基因芯片技术及其应用的研究进展

基因芯片是指将大量核酸片段探针以预先设计的方式固定在载玻片、尼龙膜等载体上组成密集的分子阵列,能1次检测大量的目标分子,在研究基因表达、发现新基因、疾病诊断、DNA测序和药物筛选中有广泛的应用前景.     

基于微流体芯片的准分子激光微加工技术的研究进展

微流体芯片作为一种新型的生物芯片被广泛应用在生命科学等领域,而准分子激光在生物芯片加工过程中有着快速、可控和高效的特点,正逐渐应用于微流体芯片的制造,并有着广阔的发展前景。简要介绍了微流体芯片的技术特点,重点介绍了近年来国外基于微流体芯片制作的准分子激光微加工技术的研究进展和应用,分析了影响准分子激光加工微流体芯片技术发展的因素,并对此技术的今后发展趋势进行了展望。     

豌豆cop1cDNA的克隆,序列分析及其在大肠杆菌中的表达

以拟南芥ｃｏｐ１ｃＤＮＡ为探针,从豌豆ＣＤＮＡ文库中克隆到了豌豆ｃｏｐ１ｃＤＮＡ。序列分析表明,它全长为２８６３ｂｐ,其中包括６０４ｂｐ５‘非编码区,２４３ｂｐ３’非编码区和２０１６ｂｐ编码区,编码６７２个氨基酸。在大肠杆菌中实现了豌豆ｃｏｐ１基因的高效表达。对拟南芥、豌豆和番茄３种植物ｃｏｐ１的序列同源性比较表明,ｃｏｐ１可能是一种进化上很保守的蛋白质。     

尿蛋白分离中微流控芯片的制作与电渗流速度检测的研究

提出了微流控芯片应用于尿蛋白分离中的芯片制作与电渗流速度检测方法,讨论了用SG4009匀胶铬版玻璃制作微流控芯片过程中提高芯片质量的方法;采用以CCD为图像传感器的微通道尺寸的检测方法和以Rh123中性分子为标定物的直接测定电渗流速度的方法进行尿蛋白分离.结果表明,该法可提高临床的诊断率.     

浅论基因芯片的研究

基因芯片是将大量核酸片段探针以预先设计的方式固定在载体上组成密集的探针集群,能1次检测大量的样品靶DNA(RNA)分子的存在和量,在研究基因表达、基因测序、发现新基因、疾病诊断和治疗等方面有广泛的应用.