茶藨子属ITS2序列二级结构的预测和比较分析

目的:利用内转录间隔区2(ITS2)序列对茶藨子属30个物种进行分类鉴定.方法:利用Clustal W软件多序列比对分析从Genbank上下载的ITS2序列,通过MEGA7.0软件计算遗传距离(K2P),基于K2P模型构建邻接(NJ)聚类树,并用RNA Structure5.4软件分析各物种ITS2二级结构的差异.结果:从构建的聚类树可知,茶藨子属30个物种均聚为1大枝11个小分枝,说明茶藨子属是一个单系类群;根据ITS2的二级结构分析,该属所有物种都均具有相似的结构,说明了该属的特异性较强,同时也说明了ITS2序列分析适用于茶藨子属植物的分类鉴定,并在近缘物种间的系统学研究、物种的鉴定方面具有较大的应用潜力.     

ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品

为探讨基于ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品的新方法,对青葙子及其混伪品共4个物种7份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank下载青葙子及其常见混伪品共10个物种21个样本的序列信息.分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果表明青葙子及其混伪品的ITS2二级结...     

基于ITS2条形码鉴定酸橙类中药材

对正品枳及其5种常见混伪品进行ITS2分析,为制药和临床上鉴别枳实和枳壳类中药材提供一种方法,也为农业上鉴定橘类种子种苗提供一种可靠方法。提取枳及其混伪品DNA,对ITS2序列扩增和双向测序,从GenBank下载其他部分序列。用DNAstar 7.10进行序列长度统计,并计算G+C含量。用MEGA 5.0计算种内种间(K2P)遗传距离,并进行NJ树聚类分析和二级结构分析,最后通过条形码网站鉴定各物种序列。结果发现:枳及其混伪品ITS2序列长度范围为231～279bp,G+C含量范围为69.26%～72.93%;种内最大K2P遗传距离比种间最小遗传距离小;聚类树单系性良好,但二级结构区分不明显,条形码网站鉴定可得到正确物种。ITS2条形码可有效鉴别枳及其混伪品。     

DNA条形码技术的概况及其在大型海藻中的应用

随着DNA条形码技术的不断发展,资源丰富的条形码序列信息可供研究者进行各个物种的研究工作,藻类分类学家也做了各种各样的尝试,开发有效的DNA条形码序列进行相关藻种的鉴定,目前的条形码如RBCL、ITS均在石莼属等物种鉴定工作中取得了一定的效果。     

金针菇rDNA-ITS序列分析

为研究金针菇rDNA-ITS序列特征,提取了不同来源金针菇子实体的基因组DNA,对其rDNA的内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定,并提交NCBI获得登录号;将不同产地的金针菇ITS序列与本研究获得的金针菇ITS序列进行对比分析,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性,并构建了NJ系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS全长在710～719　bp范围内,G+C含量在49.3　%～49.9　%,所有序列共有34个变异位点,16个信息位点,ITS区遗传距离变化范围为0～0.016,即不同产地的金针菇ITS序列在进化过程中存在差异。此结果可为真菌分类鉴定等研究提供重要的资料和依据。     

灯盏花ITS2基因克隆及RNA二级结构预测

利用PCR方法扩增灯盏花ITS2基因并克隆,获得ITS2基因序列.用生物软件对ITS2序列进行分析并构建系统进化树和RNA二级结构,得到灯盏花的ITS2核苷酸序列为205 bp,基于ITS序列飞蓬属11种共分为5支,分支与地理分布情况基本一致.ITS2 RNA二级结构在飞蓬属种间表现基本一致,而TS2区结构表现出属间差异.利用r DNA ITS区序列一结构和二级结构相结合达到鉴定药用植物灯盏花分类的目的.     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

棉花45S rDNA内转录间隔区的克隆与分析

45S rDNA的内转录间隔区(Internal transcribed space, ITS)序列变异性强，是被广泛应用于物种间进化关系研究的序列标签.通过克隆艾克棉(Gossypium ekmanianum,AD₆)、斯蒂芬斯棉(Gossypium stephensii,AD₇)、异常棉(Gossypium anomalum,B₁)、戴维逊氏棉(Gossypium davidsonii,D_3-d)、克劳茨基棉(Gossypium klotzschianum,D_3-k)、旱地棉(Gossypium aridum,D₄)6个棉种的ITS序列，首次获得新鉴定的2个四倍体棉种艾克棉和斯蒂芬斯棉的ITS区序列信息，补充了异常棉、克劳茨基棉和戴维逊氏棉3个棉种ITS区序列的未知碱基.基于ITS序列信息构建了涵盖A,B,C,D,E,F,AD 7个基因组的棉属系统发育树，确定了新鉴定的2个四倍体棉种进化地位，探讨了棉属亲缘关系.研究结果补充和完善了棉属ITS序列信息，...     

基于菊科紫菀族ITS2二级结构的预测和比较分析

为比较菊科紫菀族32个物种间结构差异,对该族核糖体第二转录间隔区(ITS2)的核苷酸序列进行了比对分析并预测了其二级结构模型,结果表明:二级结构差异多集中在ITS2结构臂上,核苷酸比对构建的系统树与二级结构特征的比较结果基本一致,32个物种在B臂上均存在一个特殊的结构单元(内环1),其碱基类型、大小与发卡环的相对位置高度一致,表明这段高度保守序列区域对特定的结构拼接或识别具有重要作用,拥有重要的二级结构遗传信息,说明二级结构用于紫菀族的鉴定和亲缘关系研究有效.     

一株极端耐盐曲霉的分离、 鉴定及生物学特性分析

从晒盐场盐池周边的风干野生植被表面分离筛选到1株极端耐盐菌株CCHA, 通过形态观察及ITS序列分析对菌株进行鉴定, 并对其生物学特性、 耐盐性及金属耐受性进行分析. 研究结果表明: 菌株CCHA与 21株己报道的曲霉属菌株同源性为55.9%~100%; 其生长温度范围为25~45 ℃, 最适温度为35 ℃; 生长pH值范围为2.5~12.0, 最适pH值为5.0~8.0; 生长盐度范围为0~31%, 最适盐度为5%; 对Cu²⁺有较强的耐受性. 鉴定该菌株为曲霉菌（Aspergillus sp.）.     

高效菲降解菌的分离鉴定及细胞表面结构研究

从东北老工业基地长期受石油与重金属污染的土壤中,分离获得了一株以菲为唯一碳源的高效降解菌株ZX16,通过形态、生理生化和分子生物学鉴定为溶芳烃鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas aromaticivorans）.菌株降解菲的特性研究结果表明,ZX16可耐受2 500 mg/L的菲,对1 500 mg/L的菲在72 h内降解率为98.2%.不同的重金属离子对菌株的降解效能影响大小依次为Cu^2＋＞Cd^2＋＞Zn^2＋＞Pb^2＋.菌株在中性条件下生长良好,原子力显微镜观察结果表明,菌株在复合污染物胁迫下细菌体积和形态有显著变化,细胞表面结构也从粗糙趋向光滑.     

一株渤海丝状海洋真菌的分子生物学复核鉴定

采用真菌形态观察的标准培养条件,结合18S rDNA—ITS片段克隆测序和序列特征GeneBank比较分析,对本实验室分离保藏的海洋真菌Penicillium sp．BH06进行了培养特征和显微形态的复核鉴定研究,依据分子生物学和形态结构特征,认定该菌株应修订为桔青霉（Penicillium citrinum）．研究结果提示,基于传统形态学观察并结合ITS序列分析,可为丝状真菌的分类鉴定提供可靠的分子生物学依据．     

吴茱萸超微饮片ITS序列指纹图谱的研究

为探求吴茱萸超微饮片的品种鉴别方法,以来自不同产地的5个吴茱萸样品、7个疏毛吴茱萸和3个石虎样品制成的超微饮片为实验材料,用分子克隆方法获得并测定其ITS序列。标记它们的ITS1,5.8s,ITS2的全长序列,构建了吴茱萸的ITS序列指纹图谱,得出吴茱萸超微饮片3个不同植物来源种内相似度在98%以上;吴茱萸和其变种疏毛吴茱萸及石虎之间的ITS序列有显著的差异,可达27%,而疏毛吴茱萸和石虎的序列差异较小,但是在两组序列的对比中,发现有8个特异位点,显示了这两个亲缘关系比较相近的药材的区别。以ITS序列测定与分析可作为吴茱萸超微饮片的品种鉴定和质量控制的方法。     

酸雨条件下化肥中重金属的生物可利用性研究?

选用市面上常见的磷肥和复合肥,通过人为模拟不同酸雨环境,对其溶解时释放重金属的特点及所含重金属的生物可利用性进行了研究.结果表明,供试化肥样本中重金属总量均未超过限量标准,且磷肥中重金属的含量和溶解性均高于复合肥.不同酸雨环境对As、Cd和Cu的生物可利用性影响不大,Cr、Pb和V在pH为3.0的酸雨条件下,生物可利用性最高.化肥中重金属的溶解性由大到小排序为As、Cd、Cu、V、Cr、Pb,其溶解性受重金属总量、溶剂pH和化肥中其他离子的综合影响.相比于重金属总量,其可溶态含量更能反映出生物可利用性的程度.因此,可溶态重金属的含量应作为评判化肥施用潜在环境风险的重要指标.     

光柄筒冠花核糖体DNA ITS区序列

测定中国特有植物光西风筒化的ＩＴＳ区序列,分析了其结构特征,Ｇ＋Ｃ百分含质量及序列变异性,并比较了光西风筒冠花与其他被子植物的ＩＴＳ区序列特征。光柄筒冠花的ＩＴＳ区和５．８Ｓ ＤＮＡ的总长度为６０９个核苷酸。其中ＩＴＳ－１为２０７ｂｐ,ＩＴＳ－２为２３６ｂｐ,５．８ＳｒＤＮＡ为１６６ｂｐ;总的ω（Ｇ＋Ｃ）为５９．１１％,其中ＩＴＳ－１为６４．２５％,ＩＴＳ－２为５７．６３％和５．８ＳｒＤＮＡ为５３     

内蒙古蒿属沙生地理替代种的ITS序列的比较分析

对内蒙古蒿属6个沙生地理替代种以及同属龙蒿组的龙蒿(A．dracunculus)和猪毛蒿(A．scoparia)的ITS序列进行分析，以大籽蒿(A．sieversiana)作为外类群．结果表明，这6个替代种以及猪毛蒿的ITS序列有着高度的一致性：ITSI序列为251bp，GC含量为53．78％或54．18％，只有2个变异位点．ITS2序列为218～221bp，GC含量为56．42％～58．26％，有16个变异位点．种间同源性高达98．5％～99．7％，与龙蒿的同源性为91．3％～92．1％，与外类群为88．5％～89．4％．反映出ITS序列在替代种间高度保守．     

“活化石”植物银杏形态与分子进化（Ⅰ）

测定了银杏雌株核糖体ｒＲＮＡ基因转录间隔区ｒＤＮＡＩＴＳ区全序列共１１７２碱基对,其中ＩＴＳ１长７８８碱基对,ＩＴＳ２２２６碱基对,５８ＳｒＲＮＡ基因１５８碱基对．采用计算机分析软件对所获得序列进行比较分析．结果表明：形态上仅有很少变化的银杏,其个体之间有明显的分子差异,不同产地栽培株ｒＤＮＡＩＴＳ区序列的核苷酸差异值高达２５％,这一差异远远大于一般意义上种间的距离,表明了该类植物形态上的变化与分子进化的不一致．造成形态与分子进化不一致的原因有待进一步探讨．