肝细胞癌关键基因的生物信息学分析

肝细胞癌是一种高死亡率的原发性肝癌,其有限治疗和较低的化疗敏感性,使得迫切需要寻找潜在的临床治疗靶点和预后判断的生物标志物.为此,采用生物信息学方法对肝细胞癌发生发展的关键基因进行挖掘.从基因表达数据库(GEO)中下载数据集,并筛选差异表达基因,使用在线数据库DAVID 6.8对筛选到的DEGs进行基因本体(GO)富集...     

肝细胞癌中异常甲基化差异表达基因的生物信息学分析

肝细胞癌是全球常见的高死亡率癌症之一,为找到可以作为其诊断和治疗的生物标志物,通过GEO数据库中的相关数据分析,获取异常甲基化差异表达基因;其中,甲基化下调表达上调的交集基因68个,甲基化上调表达下调的交集基因59个.对所获取的基因进行功能和通路富集分析,进而阐明与肝细胞癌相关的生物学功能及通路;构建蛋白互作网络并对其...     

肾透明细胞癌关键枢纽基因的筛选及生物信息学分析

目的:旨在通过生物信息学方法筛选与肾透明细胞癌(ccRCC)发生、发展相关的关键枢纽基因.方法:从公共基因数据库下载ccRCC基因芯片数据集(GSE66270)并筛选ccRCC组织与正常癌旁组织样本间的差异表达基因.R软件的clusterProfiler程序包用于差异表达基因的基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用STRING数据库、Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI)并筛选关键枢纽基因.通过GEPIA数据库对关键枢纽基因进行验证和预后分析.结果:共筛选出280个差异表达基因.GO分析结果显示差异表达基因在离子的稳态、跨膜转运和离子跨膜转运蛋白活性中显著富集.KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与PPAR信号通路、补体和凝血级联反应以及胆固醇代谢等相关肿瘤信号通路.从差异表达基因中筛选出7个关键枢纽基因,包括3个上调基因C3、CXCR4、CXCL9和4个下调基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析结果显示,关键枢纽基因C3和CASR与ccRCC患者的预后不良相关.结论:通过生物信息学方法筛选了与ccRCC发生、发展相...     

基于网络药理学预测双莲方对肝细胞癌作用的机制

文章通过GEO数据库获取肝细胞癌样本差异表达基因,利用中药系统药理学数据库及 在线分析平台TCMSP收集双莲方的主要成分及作用靶点,通过Cytoscape构建双莲方中主要成分 的作用靶点与肝细胞癌相关基因的关系网络,预测双莲方治疗肝细胞癌的关键靶点基因,并利用 DAVID进行GO和KEGG富集分析,探讨双莲方治疗肝细胞癌的可能机制。结果表明,从双莲方中 筛选出225种活性成分,与肝细胞癌重合的靶点有28个,主要与肝细胞癌细胞中的激素代谢过程、 蛋白激酶复合物、细胞因子活性等关联,可能通过参与TNF信号通路、P53信号通路、Toll样受体信 号通路等发挥治疗肝细胞癌的潜在作用。研究结果为更深入地研究双莲方对肝细胞癌的作用提 供了理论依据。     

基于非标记定量技术的肝细胞癌血浆蛋白质组学研究

采用非标记定量蛋白质组学技术获得10例肝细胞癌患者和10例健康人的血浆样本蛋白质组表达谱数据,并对其细胞定位与功能进行注释分析.利用修正t-检验算法对差异蛋白质进行筛选,通过DAVID平台分析软件对差异蛋白质进行功能注释分析,发现了一系列潜在的肝细胞癌血浆诊断生物标志物,包括16个肝细胞癌血浆上调蛋白质和15个下调蛋白...     

肝细胞癌特异抗原的筛选

应用重组克隆表达抗原的血清学鉴定技术,从广西肝细胞癌中初步筛选出９个基因克隆,与肝癌患者及其他人血清的反应证明对肝癌有特异性。ＤＮＡ测序结果与基因库核对,发现其中７个有同源结构;２个为无同源结构的新分子。     

肝细胞癌中铜死亡标志物的筛选及化合物的预测

通过文献查阅铜死亡相关基因,使用STRING数据库对铜死亡相关基因产物进行PPI分析;使用R语言、Kaplan-Meier方法、THPA以及TIMER等数据库进行铜死亡相关基因与HCC相关的差异表达分析、ROC分析、临床的相关性分析、免疫浸润,最后将得到的铜死亡相关基因进行药物筛选和分子对接.结果显示,共筛选出4个与肝癌相关性较强的铜死亡相关基因,即DLAT、CDKN2A、GLS和MTF1,它们主要参与TCA循环、铂类耐药性、癌症中的碳代谢、丙酮酸代谢、糖酵解/糖异生等.4个基因与患者5年生存率相关性较大,与性别、淋巴结转移、肿瘤分期和免疫细胞密切相关,最后筛选出阿霉素、表没食子素没食子酸酯、曲格列酮、熊去氧胆酸等与上述蛋白结合能力较高的活性化合物.     

基于GEO数据库对IgA肾病关键基因的筛选及生物信息学分析

目的:IgA肾病(IgAN)是引起终末期肾病(ESRD)最常见的原发性肾小球肾炎,其潜在发病机制和关键基因有待深入地探索,本研究旨在确定IgAN发病的关键基因.方法:从高通量功能基因组(GEO)数据库中获取IgAN相关表达谱芯片GSE93798和GSE37460,筛选出两个数据集中共同的差异基因.通过基因本体论(GO)...     

血浆p16基因甲基化在原发性肝细胞癌诊断中的作用

用甲基化特异性-多聚酶链反应（MSP）方法, 检测原发性肝细胞癌（HCC）、 肝硬 化、 慢性肝炎病人及健 康人各30例的血浆DNA甲基化的p16基因. 结果显示, HCC病人血浆p16 基因甲基化率为67%, 慢性肝炎、 肝硬化及健康者未发生甲基化.     

肝细胞癌铜死亡标志物SLC31A1、DBT的鉴定及化合物筛选

探究铜死亡相关基因对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)的影响,并挖掘治疗HCC的活性成分。通过GEO数据库下载GSE84402数据集,获取肝癌差异表达基因,通过文献检索铜死亡相关基因,两者取交集获得肝癌相关铜死亡基因。进一步分析交集基因,使用UALCAN分析其差异表达,R语言分析其表达水平与临床的相关性,Kaplan-Meier Plortter分析其预后价值,HCMDB分析其与肝癌转移的关系,并使用THPA分析其与肝癌的病理关系。最后进行化合物预测与分子对接。结果表明,与正常组相比,铜死亡关键基因SLC31A1、DBT在肿瘤中表达水平下调,病理分析显示其蛋白在HCC组织中表达增加,且与临床相关性变量性别、肿瘤分期、淋巴结转移显著相关,其高表达与肝癌预后良好相关,其中SLC31A1低表达与肝癌向肾上腺、肺部转移显著相关。最后筛选出可能与SLC31A1、DBT结合的活性化合物,其中白藜芦醇、叶酸对接分数高。研究认为铜死亡相关基因SLC31A1、DBT在HCC的发生发展中起重要作用,为HCC的诊断及治疗药物研究提供了新思路。     

基于PD-L1蛋白调控的五味子酚对肝细胞癌细胞增殖的影响

目的 探究五味子酚(Schisanhenol)对肝细胞癌细胞增殖及作用机制的影响。方法 将HepG2细胞分为空白对照组和五味子酚3、10、30μmol/L 3个浓度组。应用Western Blot检测HepG2细胞PD-L1蛋白表达;通过免疫荧光试验进一步检测五味子酚对PD-L1蛋白表达的影响;通过集落试验观察HepG2细胞的增殖情况。结果 HepG2细胞PD-L1蛋白表达结果显示,3、10、30μmol/L五味子酚均可显著抑制PD-L1蛋白表达(P<0.05或P<0.01),且抑制效果呈剂量依赖性;免疫荧光试验和集落试验结果显示,30μmol/L五味子酚对HepG2细胞增殖有显著的抑制作用(P<0.01)。结论 五味子酚通过调节PD-L1蛋白表达抑制肝细胞癌细胞HepG2增殖。     

基于生物信息学的结核杆菌候选药靶基因的分析筛选

结核分支杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)是结核病的致病菌,MTB基因组和蛋白质组的研究为筛选新的抗MTB药物提供了可能．鉴于前人所做的工作,目前比较一致的意见是：与MTB细胞壁的合成相关的酶类,尤其是与脂肪酸合成和降解相关的酶类,是筛选抗结核杆菌药物的理想靶标．选取与脂肪酸合成、分解、转运相关的187个基因,分析blast结果,剔除与人和其他生物(如大肠杆菌等)蛋白序列相似性大于60％的基因．利用相关生物软件挑选出至少有一个糖基位点且具有溶剂可及性的抗原基因9个．本研究为以后分析药靶基因编码蛋白质的三维结构、利用现有的生物技术和有关的化合物对候选药靶进行功能研究、在细胞水平加以验证打下基础．     

基于共表达网络对OLR1在头颈肿瘤发生发展及预后判断的生物信息学分析

mRNA基因芯片表达谱为头颈癌（HNC）的分子生物学诊断及研究HNC的生物过程提供了诸多重要生物学信息。目的：通过生物信息学技术研究HNC基因表达谱,从而发掘头颈癌新的分子标志物。方法：我们对4个GSE数据集和TCGA头颈癌数据库进行了综合分析,鉴定出HNC和相邻正常组织样本中3639个差异表达基因（DEGs）,然后应用加权基因共表达网络分析相关差异表达基因DEGs和HNC临床特征之间的关系。结果：鉴定出15个共表达基因模块。其中蓝绿色基因模块所对应HNC患者的风险比最高（HR =6.16, P<0.00001）。通过对该模块的进一步研究,我们发现氧化低密度脂蛋白1（OLR1）的表达量与HNC患者的总体生存率呈显著负相关性。结论：OLR1在mRNA水平的表达水平可作为判断HNC患者生存预后的潜在分子标志物。     

绵羊MTNR1A基因SNPs筛选及生物信息学分析

目的 为了研究绵羊MTNR1A基因结构、多态性,以及其对繁殖功能的影响.方法 以高繁殖力的湖羊、多胎萨福克羊和繁殖力相对较低的中国美利奴羊(新疆军垦型)为研究对象,采用PCR方法扩增MTNR1A基因exon2,通过测序和序列比对发现新的SNPs,应用MassARRAY技术对SNPs进行基因分型,通过生物信息学初步分析M...     

探讨MSCT对肝细胞癌合并动静脉分流的诊断价值

目的探讨肝细胞癌合并AVS(包括HAPVS和HAHVS)的MSCT影像学表现,评价MSCT在AVS诊断中的价值.方法回顾性分析298例HCC患者中的68例合并AVS患者的MSCT表现.所有患者采用SiemensSensation16层螺旋CT行动态增强扫描,动脉期延迟20~25 s,静脉期延迟55~60 s,将采集的薄层图像传到Wizard工作站进行血管重建,部分病例采用SSD,VRT,MIP技术,部分采用MPR技术.结果门静脉主干和/或1级分支提早显影,或显影密度大于肠系膜上动脉/脾动脉者,属于中央型(n=15);门静脉2级和/或以下分支提早显影,或显影密度大于上1级分支者,属于周围型-Ⅰ型(n=18);一过性肝实质强化者,属于周围型-Ⅱ型(n=32);4例HAHVS HCC病灶内粗大迂曲引流静脉汇集至肝静脉,肝静脉提早增强、浓密显影.SSD,VRT和MIP对中央型AVS显示率达100%,在显示能力上无统计学意义;在周围型-Ⅰ型上,SSD的显示能力不及VRT和MIP,VRT和MIP在统计学上无差异;对于周围型-Ⅱ型,3种技术显示均较低,无法用来评估,补充采用MPR,MPR对THPE的显示能力达100%.结论HCC合并AVS具有多种复杂的表现形式,CTA可以弥补CT横轴位的不足,二者结合,明显提高了AVS的诊断和鉴别诊断能力.     

肝细胞癌相关抗原kinectin的血清学分析

肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)为广西高发肿瘤,是死亡率最高的恶性肿瘤之一～([1])。目前 HCC的诊断和治疗急待改善,其关键是找到免疫系统能识别的 HCC肿瘤抗原。近年来,SEREX(Serological Identi-fication of Recombinant Expression Cloning)技术的建立,已筛选出许多肿瘤相关抗原～([2])。运用该技术,我们建立了广西HCC cDNA表达文库,并首次报道了用HCC病人血清筛选出系列HCC相关抗原～([3—6]),其中一种抗     

基于生物信息学和机器学习探究溃疡性结肠炎能量代谢关键基因及其潜在机制

为鉴定溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)中与能量代谢相关的关键基因,通过从GSE87466数据集中提取能量代谢相关基因的表达量并进行差异分析后对其进行富集分析,使用最小绝对收缩和选择算子(the least absolute shrinkage and selection operator, LASSO)算法和支持向量机器-递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination, SVM-RFE)算法识别UC能量代谢关键基因,对关键基因进行富集分析、免疫浸润分析、关键基因靶向药物预测和构建ceRNA网络,最后用GSE75214作为验证集对关键基因的表达进行验证。结果表明：共筛选出32个与能量代谢相关基因,通过LASSO和SVM算法鉴定出5个关键基因(SLC16A1、ACSF2、NR1H4、CHST11和CBR3)。单基因富集结果显示关键基因通过糖酵解/葡萄糖新生、丁酸代谢、丙酮酸代谢等途径参与UC的发生发展。验证集GSE75214对关键基因进行验证发现表达均具有差异。为从能量代谢角度治疗溃疡性结肠...