筛选微卫星位点的改进方法

微卫星位点是遗传学领域被广泛使用的分子标记。磁珠富集法筛选微卫星是一种新的方法,可以降低筛选时间以及劳动强度,大大提高微卫星位点的得率。本文主要实验步骤包括:(1)构建小插入片段基因组文库;(2)生物素标记的探针富集;(3)阳性克隆建库;(4)进行PCR筛选。在此路线的基础上,通过采用两次杂交富集的技术,对原有技术路线进行了方法改进。新的方法在提高阳性克隆率上取得了成功。     

中药植物玉竹微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

利用磁珠富集法构建玉竹的微卫星文库,用筛选出的微卫星引物对玉竹样品进行遗传多样性分析。根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,用3’端生物素标记的探针与两端连接已知序列人工接头的玉竹基因组DNA酶切片段杂交,杂交复合物结合到包被有链亲和素的磁珠上,洗脱并收集吸附在磁珠上的含有微卫星的片段。经过克隆和测序,再根据微卫星两侧的保守序列设计引物,最后利用从中筛选出的微卫星引物对玉竹种群进行遗传学分析。从基因组微卫星富集文库中分离出9个多态微卫星位点,来自3个玉竹种群的40个个体的多态性显示,每个位点的等位基因数从3到6个不等,观察杂合度范围为0000～0.875,预期杂合度范围为0.520～0.760,多态信息含量范围为0.066～0.687。9个多态位点经哈温平衡检测结果显示有5个位点符合哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡,其余4个位点显著偏离哈温平衡(P0.05)。这可能是存在无效等位基因和或近亲繁殖效应的结果,鉴定出的微卫星遗传标记可以在玉竹的遗传多样性和种群遗传结构的评价中具有潜在的应用价值。     

玉叶金花(Mussaenda pubescens)SSR引物的快速开发

利用链亲和素磁珠吸附法捕捉能与生物素标记的探针(AC)15退火结合的玉叶金花(Mussaenda pu-bescens)微卫星序列的单链限制性酶切片段.获得的单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEMT载体上,转化至DH5α中,得到一个微卫星序列文库.经测序统计,引物得率为12.5%;根据序列设计的SSR两侧引物PL和PR,共得到5对有多态性的SSR引物.玉叶金花微卫星引物的筛选将为下一步进行玉叶金花基因组结构的分析、分子进化和系统发育研究提供重要的微卫星标记.     

黄缘闭壳龟微卫星分子标记的开发及遗传多样性分析

采用FIASCO法构建了黄缘闭壳龟基因组微卫星富集文库,开发了18个具有多态性的微卫星分子标记. 18个位点的等位基因数目为2~14个不等,每个位点平均等位基因数为6.3个;观测杂合度在0.032和0.936之间变化(平均值为0.329),期望杂合度在0.148和0.903之间变化(平均值为0.635).黄缘闭壳龟微卫星分子标记的开发,将为其遗传学和种群结构分析研究提供有力的分子工具,并为制定新的保护策略提供理论依据.     

藏羚羊(AAC)_n微卫星富集文库构建与引物筛选

基于磁珠富集法,利用生物素标记的寡核苷酸探针(AAC)8从藏羚羊(Tibetan antelope)基因组酶切的300~1000bp片段中筛选微卫星位点,纯化的富集片段连接到pCR@2.1载体和转化到Trans5α感受态细胞.随机挑取180个白斑克隆,PCR检测到条带数大于或等于2的阳性克隆为56个,阳性率为31.1%.对阳性克隆测序,获得43条含微卫星座位的序列,微卫星重复次数在5~20次之间.舍弃不适宜设计引物的微卫星座位,试验设计并合成了20对微卫星引物;以3个样点(青海、新疆、西藏)的24个藏羚羊基因组为模板进行PCR扩增,获得8对可得到稳定扩增产物的微卫星引物,其中4对引物的扩增产物具有多态性,座位分别为AAC050、AAC056、AAC165和AAC477.上述引物可用于藏羚羊及近缘物种的遗传多样性、种群遗传结构等研究.     

曼氏无针乌贼微卫星DNA富集文库构建与鉴定

曼氏无针乌贼是我国四大海产之一,开发其微卫星标记具有重要的科研与应用价值。本研究采用FIASCO法(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)构建了曼氏无针乌贼的(CA)n微卫星富集文库,通过PCR检测出640个阳性克隆,占所有克隆的87%,从阳性克隆中随机选取118个进行测序,序列分析发现,103个克隆含有7次以上的重复序列,其中完全的为67(65%)个,不完全的23个(22.3%),复合的为13(12.7%)个,重复次数范围为7~59次,平均为38次。在103个序列中共42条可以设计引物,所筛选出的引物可以用于评估曼氏无针乌贼种质资源遗传多样性、遗传结构、亲子鉴定以及放流效果评估等。     

微卫星标记引物的开发及其在棉花中的应用

本文综述了微卫星标记引物开发的三类主要方法:构建基因组文库筛选的方法、直接PCR扩增为基础的方法、数据库筛选为基础的方法。概述了每种方法的实验步骤,总结了其优缺点,提出了新的发展思路,并简述了微卫星标记在棉花中的最新应用情况。     

水稻S_5区候选克隆R2I19的筛选及序列信息学分析

以水稻广亲和品种Cpslo17为材料 ,构建了一个覆盖 9倍核基因组的cosmid文库 ,其平均插入片段约4 0kb。以与广亲和位点紧密联锁的单拷贝分子标记BAC2 3D12的R末端为探针 ,从cosmid文库中筛选得到一个阳性克隆R2I19(～ 32kb)。结合S5位点的高密度连锁图和物理图谱 ,初步确定为S5区候选克隆。对该克隆的 2个TAC亚克隆TRW15 10 (～ 15kb)及TRW15 17(～ 15kb)进行了初步的生物信息学分析 ,证实与已知的水稻基因组序列有很高的同源性 ,并显示其中可能含有与水稻育性相关的基因。     

产酸克雷伯氏菌基因组文库的构建及鉴定

为了给基因功能研究提供基础,以pWEB~(TM)质粒构建产酸克雷伯氏菌KO108基因组文库,克隆数目为1 329个。通过EcoRⅠ酶切分析随机挑取的20个文库克隆的重组质粒,结果显示所有质粒均有8.2kb载体条带同时含有外源DNA,且外源DNA的带型并不相同,这表明所构建的KO108基因组文库中插入的外源DNA随机性较好。分析外源DNA电泳条带的大小,结果显示克隆的外源DNA片段最小约为25kb,最大约为50kb,平均大小估算为40kb,文库克隆容量约52Mb,证明该基因组文库包含基因组任意一个基因的概率为99.8%,是KO108基因组覆盖率的5倍。该文库的构建为产酸克雷伯氏菌功能基因克隆和比较基因组学研究奠定了基础。     

黄瓜(Cucumis sativus L.) BAC文库的构建及连锁群特异克隆的分离

利用中国华北类型的黄瓜自交系S94构建一个BAC文库,该文库包含约19200个克隆,平均插入片段为105kb,大约覆盖黄瓜基因组的5倍．为了使黄瓜的遗传连锁群锚定其染色体,从黄瓜的7个连锁群共选择了22个标记,其中15个SCAR标记和7个SSR标记,利用这些标记用PCR的方法筛选BAC文库的DNA池,15个标记筛选到至少2个克隆,共筛选到60个BAC克隆,最后确定了22个BAC克隆作为连锁群特异克隆,这个BAC文库的构建为今后黄瓜基因组研究奠定了基础。