紫茉莉不同花色植株遗传变异的ISSR分析

采用简单序列重复区间扩增ISSR分子标记技术对分布于四川省成都市的紫茉莉(Mirabilis jalapaL.)3种不同花色群体进行了遗传变异分析.从100条引物筛选出5条引物进行PCR扩增,共扩增出67条清晰条带,其中62条条带具多态性.紫茉莉的等位多态性位点百分数(PPB)为92.54%,观测等位基因数(Na)为1.9254,有效等位基因数(Ne)为1.2354,Nei的基因多样性指数(H)为0.1562,Shannon指数(I)为0.2633.3种花色的遗传一致度在0.9054~0.9620之间,遗传距离在0.0388~0.0994之间,其中白色与黄色的遗传距离最小(0.0388),表现出最近的亲缘关系,黄色与紫色的遗传距离稍大(0.0994),亲缘关系稍远.紫茉莉的遗传变异主要存在于群体内,不同花色群体间的基因流(Nm)为1.279.     

6个绵羊品种微卫星多态性分析

为了研究5个新疆当地绵羊品种与藏羊的遗传多样性及进化关系,本研究采用8个微卫星标记对策勒黑羊、多浪羊、巴音布鲁克羊、巴什拜羊、阿勒泰羊和藏羊6个群体共计263个血液DNA样品进行检测,通过计算基因频率、多态性分析含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)和杂合度(He),分析以上绵羊品种群体的遗传多样性。同时采用Mega5.2分析软件对其遗传距离进行聚类分析。结果表明:8个微卫星位点在6个绵羊品种中共检测到130个等位基因,每个座位平均16.25个等位基因;6个群体的平均Ne为7.6882-9.8722。6个群体中藏羊的He与PIC最高值分别为0.8922和0.8715,其次是巴什拜羊,而巴音布鲁克的He和PIC都最低分别为0.8629和0.8350,但是6个群体均属于多态信息含量较高的遗传群体。由遗传距离构建的系统进化树也符合地理分布与育种历史。结果提示,6个群体都存在丰富的遗传多态性,而遗传距离有助于诠释品种之间的亲缘关系,预测杂交优势。     

检疫性杂草假高粱及其近似种SSR分子标记的遗传多样性

利用SSR标记对8个假高粱及其近似种样品的遗传多样性进行研究,结果发现:(1)在11对SSR引物中,有5对扩增出多态性,这5对引物共检测到25个多态性位点,每对引物平均能检测到5个多态性位点;(2)根据Nei's遗传距离分析的聚类树显示:这8个高粱属物种共可分为2个类群,7个亚类群;假高粱和黑高粱、拟高粱和明福1号间的亲缘关系极近;(3)SSR结果揭示出所测8个群体的Gst为0.0864,说明本文研究的Sorghum属8个物种的群体遗传分化程度属于中度.     

翘嘴鳜EST-SSR标记的开发及3个群体遗传多态性分析

为保护野生翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的种质资源以及遗传育种,本研究从翘嘴鳜的EST文库中开发微卫星并筛选出22对具有多态性的微卫星标记,对来自陆水水库(赤壁)和沅江流域(常德、怀化)的3个野生群体进行了遗传多样性分析.实验结果显示,这些标记在3个群体中均表现出了丰富的多态性;共检测到134个等位基因;各基因座观测等位基因数4～8个;平均等位基因数为6.090 1;观测杂合度0.675 4;期望杂合度0.748 7;多态信息含量0.701 0,表明3个翘嘴鳜群体在各检测位点中具有较好多态性.对数据进行F-检测,平均Fst值为0.038 3,说明群体间的遗传分化程度低;而群体遗传相似度和遗传距离的计算结果显示:常德和怀化群体的遗传相似度最大,遗传距离最小;而常德与赤壁群体的遗传相似度最小,遗传距离最大.这恰恰与翘嘴鳜群体的流域分布一致.     

检疫性杂草假高粱及其近似种SSR分子标记的遗传多样性

利用SSR标记对8个假高粱及其近似种样品的遗传多样性进行研究,结果发现:(1)在11对SSR引物中,有5对扩增出多态性,这5对引物共检测到25个多态性位点,每对引物平均能检测到5个多态性位点;(2)根据Nei’s遗传距离分析的聚类树显示:这8个高粱属物种共可分为2个类群,7个亚类群;假高粱和黑高粱、拟高粱和明福1号间的亲缘关系极近;(3)SSR结果揭示出所测8个群体的Gst为0.0864,说明本文研究的Sorghum属8个物种的群体遗传分化程度属于中度。     

舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

鳜属3个物种的遗传多样性分析

本研究在实验室已有的转录组结果的基础上,从测序结果中随机选出部分微卫星位点进行多态性研究,并利用其中25个具有多态性的SSR(simple sequence repeat)位点,对3个鳜属物种斑鳜、翘嘴鳜和大眼鳜进行遗传多样性研究,分析其遗传结构和亲缘关系.实验结果显示,在3个野生物种中共检测到324个等位基因;每对引物检测到的等位基因数为3~23个;平均等位基因数为12.96个.其中共有21个位点属高度多态位点,其平均观测杂合度为0.523 4,平均期望杂合度是0.794 4,平均多态信息含量为0.701 0,这表明3个物种在各检测位点中具有较好的多态性.对数据进行F-检测,25个微卫星位点的Fst值为0.040 0~0.634 0,平均Fst值是0.200 0,说明3个鳜属群体间的分化程度存在差异,在部分位点处,分化程度较高.斑鳜和大眼鳜间Nei氏遗传距离最大,为1.773 4;翘嘴鳜和大眼鳜的遗传距离最小,为0.371 4.根据遗传距离进行的UPMEGA法聚类分析显示翘嘴鳜和大眼鳜聚为一支,斑鳜独自为一支.     

基于SSR标记的麻栎天然群体遗传多样性分析

【目的】基于SSR分子标记对麻栎天然群体遗传多样性与遗传结构进行分析,为麻栎种质资源的保护和利用提供理论基础。【方法】以分布于我国7个省8个麻栎天然群体的150个个体为研究对象,利用筛选出的18对SSR引物,使用GenAIEx 6.51、MEGA 7.0.26和Structure 2.3.4等软件,采用AMOVA分析、主成分分析、聚类分析和Structure分析等方法,对麻栎群体及相应个体的遗传多样性、分子方差、遗传距离及遗传结构进行研究。【结果】18个SSR位点的等位基因数(N_a)平均为5.625个,有效等位基因数(N_e)平均为4.104个,Shannon指数(I)平均为1.338,观测杂合度(H_o)平均为0.895,期望杂合度(H_e)平均为0.645,筛选出的18对麻栎SSR引物具有丰富的多态性。8个麻栎群体的遗传距离为0.222~1.587,遗传一致度为0.205~0.801,遗传分化系数(F_st)平均为0.252,基因流(N_m)平均为1.140,固定指数(F)均为负值且平均为-0.441。麻栎群体的遗传多样性水平较高,遗传分化小,且群体间存在杂合子剩余;其98%的变异来自群体内, 2%的变异来自群体间。UPGMA聚类分析、Structure分析均将8个群体分为2组,二者的个体组成成分存在一定差异;主成分分析结果与上述基本一致,存在一定的交叉引种及基因渐渗现象。【结论】麻栎群体遗传多样性水平较高,遗传分化水平较低,遗传差异主要存在于群体内部,并呈现出沿“西南—东北”方向地理变异规律。因此,对麻栎天然群体的保护应该采取原地保护和异地繁育保存相结合的措施。     

检疫性杂草假高梁及其近似种SSR分子标记的遗传多样性

利用SSR标记对8个假高粱及其近似种样品的遗传多样性进行研究,结果发现：（1）在11对SSR引物中,有5对扩增出多态性,这5对引物共检测到25个多态性位点,每对引物平均能检测到5个多态性位点;（2）根据Nei’s遗传距离分析的聚类树显示：这8个高粱属物种共可分为2个类群,7个亚类群;假高粱和黑高粱、拟高粱和明福1号间的亲缘关系极近;（3）SSR结果揭示出所测8个群体的Gst为0．0864,说明本文研究的Sorghum属8个物种的群体遗传分化程度属于中度。     

长江中下游湖泊和云南抚仙湖黄颡鱼群体遗传结构研究

采用10个微卫星位点对长江中下游5个湖泊和云南抚仙湖黄颡鱼群体遗传结构进行分析.结果显示,黄颡鱼各群体平均等位基因数为3.5～4.6,平均有效等位基因数为2.240～3.041,平均观测杂合度为0.343～0.499,平均期望杂合度为0.432～0.600,平均多态性信息指数为0.389～0.571.鄱阳湖、滆湖和洪泽湖群体的遗传多样性高于太湖、巢湖和抚仙湖群体.群体间的遗传距离为0.089～0.524,其中,鄱阳湖与巢湖群体的遗传距离最小,鄱阳湖与滆湖群体遗传距离最大,IBD分析结果显示黄颡鱼群体不遵循地理距离模型.AMOVA显示大多数遗传变异存在于群体内(84.51%),群体间的遗传变异为15.49%(Fst＝0.1549),表明黄颡鱼群体存在明显的遗传分化,两两遗传分化指数也证实了这一点.UPGMA聚类和Structure分析结果均显示6个黄颡鱼群体可分为2组,鄱阳湖、巢湖和洪泽湖为一组,滆湖、太湖和抚仙湖群体为另一组.     

基于SLAF-seq技术的舒玛栎群体遗传多样性与遗传结构分析

【目的】对美国引进的不同种源舒玛栎群体进行遗传多样性与遗传结构分析,揭示其遗传分化特点及单株间遗传关系,为舒玛栎种质资源的保护与品种选育提供理论依据。【方法】以舒玛栎6个种源30个单株以及外类群纳塔栎5个单株为材料,基于SLAF-seq技术进行简化基因组测序,开发一批SNP标记并选择其中多态性的SNP标记进行基因分型。利用GenAlex、Arlequin、MEGA、Admixture和Cluster等软件进行遗传多样性参数估算、F统计量及分子分差分析、进化树构建、遗传结构与PCA主成分分析。【结果】35个栎树个体SLAF测序平均深度11×,碱基质量(Q₃₀)平均为93%,GC含量平均为38.9%。共获得4 256 436个SLAF标签,开发多态性SNP标记8 459 025个,SNP完整度平均为79.29%,杂合率平均为14.15%。舒玛栎6个种源平均有效等位基因数为1.31个,多态性位点比例平均为49.21%;观测杂合度(H_o)与期望杂合度(H_e)变化范围分别为0.13~0.16和0.17~0.21;多态信息含量(PIC)、香农指数(I)、Nei’s基因多样性指数(H)和群体内的近交系数(F_IS)平均值分别为0.15、0.34、0.09和0.19。不同种源间Nei’s遗传距离和遗传分化系数(F_ST)变化范围为0.08~0.18和0.15~0.39。分子方差分析表明舒玛栎遗传变异主要来自个体间。遗传结构分析显示30个舒玛栎个体来源于3个原始的祖先。【结论】舒玛栎群体遗传多样性水平较高,群体间遗传分化程度较大,在品种选育中应注重群体内个体优树的选择。     

凡纳滨对虾选育系间杂交的生长性状及遗传多样性分析

对2个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)选育系(A和B)的自繁与杂交后代的生长性状及遗传多样性进行了分析.养殖对比实验结果表明,杂交组合AB生长性状优于其他各组,表现出较好的杂种优势.使用11对荧光标记的微卫星引物对4个凡纳滨对虾自繁与杂交群体以及1个从美国引进的初代亲本SIS群体的基因组DNA进行扩增,结果显示除AA群体外,其余4个群体均表现出较丰富的遗传多样性,观测到的平均等位基因数(Na)为4.273~5.636,平均期望杂合度(He)为0.586~0.629,平均多态信息含量(PIC)为0.512~0.556.遗传距离分析结果显示,SIS群体和AA群体的遗传距离最远(0.670 4),而与AB群体的最近(0.131 4).研究结果表明,引自美国的凡纳滨对虾群体经多代自繁后,其遗传多样性水平降低;而选育系间杂交则可使杂交后代的生长性状和遗传多样性水平得到改善.     

基于微卫星标记的西方蜜蜂抗螨蜂种群体遗传多态性分析

为了分析西方蜜蜂抗螨蜂种的群体遗传多态性情况,采用18对微卫星(SSR)引物对抗螨蜂种子一代和子二代,并与同场饲养不抗螨的本地意蜂和浙大蜜浆高产蜂种进行比对,共计22个群体进行遗传多样性检测.结果表明:遗传一致度在0.2时,抗螨蜂种子代发生一定的分化,其他两个品系基本一致.抗螨蜂种子代之间的亲缘关系较近(遗传距离在0.043 9以内),与本地意蜂和浙大蜜浆高产蜂种各自相互分开.从而对抗螨蜂种的选育和保护具有重要的指导意义.     

我国几种野鸭和家鸭遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术分析我国几种野鸭和家鸭品种群体间及群体内的多样性.21对引物在群体间共扩增得到516条带,其中多态性条带410条.多态性位点比率在60%～96.7%之间.运用简单匹配系数法计算了品种(系)间的相似性系数和遗传距离,采用类间平均链锁法(Between-groups linkage method)构建了聚类图谱,并进行了系统发生分析.实验结果表明,群体间遗传多样性丰富,聚类图谱显示我国11个地方鸭品种(系)被划分为两大类,这与根据生产性能、经济性状划分的结果相一致.筛选12个多态性较好的微卫星标记,对群体内的遗传多样性水平进行检测.利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数(多态信息含量,平均杂合度以及有效等位基因数),结果表明:本实验所调查的鸭群体的平均杂合度在0.296至0.675之间,各品种(系)依照平均多态信息含量高低排列的次序与按群体平均杂合度排列的顺序基本一致,一些群体内的平均杂合度值较低,反映出群体内遗传多样性水平较低,这很可能与群体近交程度高有关.     

波纹巴非蛤5个地理群体的遗传多样性分析

采用形态特征和微卫星分子标记对采自菲律宾(PH)、泰国(TH)、福建云霄(YX)、海南儋州(HN)和广西北海(BH)的5个地理群体的波纹巴非蛤(Paphia undulata)进行遗传多样性分析.形态差异分析结果显示,国外群体和国内群体形态差异明显:2个国外群体(PH和TH)形态接近,聚为一支;国内支系中,YX和HN群体的形态较近,先聚为一支,而BH群体的外部形态与前两者差异较大.Hardy-Weinberg平衡检验检测到所有群体在5个位点上均出现不同程度地偏离平衡.5个群体间遗传分化指数(FST,0.000 5~0.183 1)、基因流值(Nm,2.230 46~1 066.23)以及分子方差分析(AMOVA,群体间的变异贡献率为10.21%,p0.000 1)结果表明,群体间存在中等程度的分化.基于遗传距离的非加权组平均法(UPGMA)聚类分析显示:2个国外群体和3个国内群体分别聚为一支,再聚为一个整体;国内支系中,YX和BH群体先聚为一体,再与HN群体聚类.研究结果揭示了波纹巴非蛤较高的遗传多样性水平和中等程度的遗传分化水平,同时也暗示其现有的遗传分化程度受到人类生产活动的干扰.     

萱草属野生资源遗传距离和多态性分析

以萱草属的9个野生种和1个变种为材料,应用ISSR-PCR分子标记技术,对野生种间的亲缘关系和多态性进行了研究.从123条ISSR通用引物中筛选出了10条扩增产物清晰且多态性高的引物,对实验样本进行扩增,共产生了218条条带,多态率为100%,野生种间遗传多态性丰富.采用TFPGA数据分析软件,计算出Nei's相似系数和遗传距离,构建亲缘关系树状聚类图.野生种之间的遗传距离为0.0187～0. 4941,种间遗传差异明显.其中,北黄花菜与黄花菜的遗传距离最小,矮萱草与黄花萱草之同的遗传距离最大.亲缘关系聚类图显示各种被聚为4组:北黄花菜、黄花菜、萱草、小萱草、重瓣萱草为一组;西南萱草、折叶萱草和小黄花菜聚为另一组;黄花萱草和矮萱草各为一组.因此,矮萱草与其他种间亲缘关系最远;黄花萱草其次;黄花菜与北黄花菜亲缘关系最近;萱草、小萱草、重瓣萱草亲缘关系接近;西南萱草与折叶萱草、小黄花菜亲缘关系接近.     

中国南部沿海条纹斑竹鲨遗传多样性研究

采用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了中国南部沿海闽东(MD)、闽南(MN)、粤西(YX)3个条纹斑竹鲨地理群体遗传多样性和遗传结构.结果表明,34个随机引物在这3个群体中共检测出316个位点,各群体检测出的位点数分别为308、308、303,其中多态位点数分别为49、52、42,多态位点比例分别为15.90%、16.88%、13.86%.3个群体的Shannon多样性指数分别为0.099 8、0.105 5、0.093 6;表明条纹斑竹鲨群体的遗传多样性水平较低.遗传距离和UPGMA聚类分析结果显示条纹斑竹鲨的基因交流模式属于沿海岸线的距离隔离模式,遗传差异大小与地理距离远近相关.进行分子方差分析(AMOVA)得到遗传变异固定指数(FST=0.044 04,p＜0.05),显示大部分变异(95.60%)发生在群体内部,群体间变异较小(4.40%).     

唐鱼野生与养殖群体遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对唐鱼野生与养殖群体的遗传多样性进行了分析。从40个10BP引物中选取15个用于群体遗传多样性分析,共检测出93个位点,其中46个(49.46%)呈多态;两群体的多态位点比例分别为43.01%和41.94%;用香农指数量化的遗传多样性指数,野生群体(0.23)略高于养殖群体(0.20),平均遗传多样性指数为0.22,群体内和群体间的遗传变异比例分别为85%和15%;群体的遗传相似度高达0.96,彼此间的遗传距离仅为0.04。研究表明,唐鱼目前的种质资源状况令人堪忧,恢复唐鱼有效种群大小、丰富物种遗传多样性是资源保护的基础。     

杂色鲍×盘鲍杂交及亲本自繁群体的AFLP分析

应用AFLP技术研究了杂色鲍(SS)、盘鲍(JJ)及其正反交群体(SJ和JS)的遗传关系,并比较了各群体内的遗传多样性.3对选择性引物共扩增出344个位点.双亲自繁群体SS和JJ 的AFLP图谱差异很大,平均遗传距离达1.425.因此,AFLP图谱可以用于两物种及其杂交种的种质鉴别.正反交群体SJ与JS的AFLP图谱很接近于母本自繁群体,平均遗传距离分别为0.111(SJ与SS之间)和0.134(JS与JJ之间),而与父本自繁群体则有较大区别,平均遗传距离分别达1.408(SJ与JJ之间)和1.394(JS与SS之间).将4个群体分为SS/SJ和JS/JJ两组,进行三水平的AMOVA分析,结果显示:84.74%遗传变异来源于母本不同的两组之间(SS/SJ组和JS/JJ组之间),12.66%变异存在于群体内个体之间,正反交群体与母本之间的变异仅有2.60%.另一方面,正反交F_1群体的多态性位点比例、Nei′s 遗传多样度、香农多样性指数均低于母本自繁群体.综合群体内多样性和群体间遗传关系分析结果,杂色鲍与盘鲍正反交F_1的遗传物质组成有别于同时含有双亲基因组的实质性杂交,而与母本有着高度的遗传同质性,且遗传多样性水平略低于母本自繁群体.     

新吉富罗非鱼选育过程中遗传变异的AFLP分析

为了查明罗非鱼选育过程中发生的遗传变异,采用扩增片段长度多态(AFLP)方法,对吉富品系尼罗罗非鱼选育系基础群体F0、选育群体F6-9进行遗传差异分析.8对EcoR Ⅰ/Mse Ⅰ引物组合共产生308条清晰的DNA带.多态位点比例在群体间呈现出差异性,F0代为51.3%,F6代为48.7%,F7代为47.1%,F8代为46.1%,F9代为43.8%.平均基因多样性指数F0代为0.183 4,F6代为0.176 5,F7代为0.175 4,F8代为0.1620,F9代为0.1560.Shannon多样性指数F0代为0.2684,F6代为0.2626,F7代为0.2614,F8代为0.241 5,F9代为0.231 9.各项遗传多态性指标一致表明,F0代群体遗传多态性水平最高,随选育世代数的累进,选育群体的遗传多态性水平呈现出下降的趋势.吉富品系罗非鱼选育群体间遗传相似性水平(Nei,1972)较高,为0.967 5～0.987 5,群体间遗传距离较小,大小范围为0.012 6～0.033 1.经过偏差校正,Nei(1978)计算得到选育群体间遗传相似性大小为0.972 6～0.992 6,群体间遗传距离为0.007 4～0.027 8.随选育世代数的累进,选育群体与基础群体间的Nei(1972,1978)遗传相似性呈减弱趋势,而Nei(1972,1978)遗传距离逐渐呈现出增大趋势.引物组合E-AAG/M-CTA产生一条大小为502 bp的特异性DNA条带,该条带在不同选育世代间随世代数的累进呈现出频率增高的趋势.