草地藏系绵羊贾洛类群mtDNA D-loop区遗传多样性的研究

本文通过对草地藏系绵羊贾洛类群mtDNAD-loop区序列的分析,与有相似生活环境的草地藏系绵羊其他类群进行比较,明确其遗传多样性,为开展下一步的相关研究奠定基础．同时,为草地藏系绵羊贾洛类群育种方法的制定提供科学依据．     

中国部分地方牛种mtDNA D-loop区全序列的遗传多样性与系统进化分析

利用PCR测序及生物信息学分析技术,对我国5个地方黄牛品种、5个地方水牛品种及2个地方牦牛品种的mtDNA D-loop区全序列进行PCR扩增以及核苷酸多样度、单倍型多样度分析,发现中国地方黄牛、水牛与牦牛具有丰富的遗传多样性.对试验牛mtDNA D-loop区全序列与牛亚科代表性物种黄牛、水牛、家牦牛、野牦牛、欧洲普通牛、印度瘤牛以及摩拉水牛相应序列进行系统发育分析.结果显示:黄牛与牦牛的亲缘关系较近,它们与水牛的亲缘关系较远;中国水牛属于沼泽型水牛,也有少量江河型水牛渐渗入中国水牛群体;中国黄牛为普通牛和瘤牛的混合母系起源;进化树显示高原牦牛与野牦牛的亲缘关系较近,环湖牦牛与家牦牛的亲缘关系较近.     

乌金猪mtDNA D-Loop区的遗传多样性

为揭示乌金猪3个地方类群遗传多样性及其分布情况.以乌金猪的3个地方类群凉山猪、大河猪和柯乐猪为对象,研究了线粒体DNA Ｄ环高变区（mtDNA D-loop HVI）的序列多态性.研究表明,在全长290 bp的核苷酸序列中共检测到46个突变位点,其中简约信息位点为5个,单一多态位点为37个,其中以A/G突变为主.凉山猪的3个类群（昭觉、美姑、西昌）首先聚为一类,然后凉山猪与大河猪聚为一类,最后凉山猪与柯乐猪聚类.3个地区的乌金猪有2个母系起源,大河猪与凉山猪为一个母系起源,柯乐猪为另一个母系起源.就总体而言,乌金猪的各地方类群凉山猪与大河猪遗传亲缘关系最近,其次是柯乐猪,有2个母系起源.     

西藏马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

对西藏拉萨和泽当两个地区23匹西藏马的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分片段进行序列分析, 检测出16个单倍型, 包括32个核苷酸多态性位点(其中转换位点31个, 缺失位点1个), 占所分析位点总数的9.27%. 单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.93±0.04和2.51%±0.16%, 表明西藏马的遗传多样性较丰富. 基于23匹西藏马序列以及现代欧亚马群的mtDNA序列, 进行了系统发育分析和多维尺度分析. 结果表明, 西藏马在母系遗传关系上与近东、 中亚以及欧洲家马有较近的亲缘关系, 与东亚的蒙古马以及韩国马亲缘关系较远.     

太行山猕猴种群mtDNA遗传多样性研究

2007年11月～2008年2月,利用非损伤性取样法,在太行山猕猴国家级自然保护区采集到3个地理单元、5个野生种群猕猴个体的粪便样品,并从22份样品中提取到DNA,在此基础上,分析和探讨了野生太行山猕猴种群的遗传多样性状况及种群遗传结构.结果表明:①在341 bp的mtDNA控制区序列中发现11个变异位点,其中转换和颠换的位点分别为9个和2个;②在3个地理单元中,共定义了9种单倍型;③AMOVA分析结果表明,88.02％和11.03％的遗传变异分别发生在各地理单元间和各种群间,而地理单元内的各种群间的遗传变异仅占0.95％,且济源、焦作和新乡3个地理单元间存在着显著的遗传分化(P＜0.01),无共享单倍型;④济源黄楝树种群具有最多的单倍型数(3),最高的单倍型多样性(0.833),最高的核苷酸多样性(0.002 93)和最高的平均核苷酸差异数(1.000).因此,从保护物种基因多样性的角度考虑,建议自然保护区管理部门将该种群列为优先保护单元.     

拉氏鱥mtDNA COI区段的遗传多样性分析

为了检测拉氏鱥的遗传多样性以及不同体质量的个体间是否存在遗传差异,选取同时间人工繁殖、同池养殖的体质量不同的40尾拉氏鱥,对其线粒体DNA COI区段进行PCR扩增,测序后获得碱基顺序排列清晰的1 551～1 552 bp DNA片段. 40尾拉氏鱥可分为23种单倍型,共有128个位点存在碱基差异.依据单倍型间Kimura 2-parameter遗传距,可将23种单倍型分为类型1和类型2.类型1中37尾拉氏鱥含20种单倍型(Ⅰ～XX),Kimura 2-parameter遗传距范围为0.000 00～0.005 84;类型2中3尾拉氏鱥含3种单倍型(XXⅠ～XXⅢ),遗传距范围为0.001 29～0.003 23;类型1各单倍型和类型2各单倍型间的遗传距范围为0.073 75～0.080 48. 2种类型间的遗传差异明显,可以初步认为其亲本来自2个不同的物种.类型1中的大、中、小不同体质量的拉氏鱥组内、组间遗传距在0.001 23～0.001 97之间,不同体质量的个体间未见明显的遗传差异.类型1拉氏鱥的单倍型多样性指数(Hd)、核苷酸多样性指数(Pi)及平均核苷酸差异性(k)分别为0.862、0.001 71和2.646,类型2拉氏鱥的H_d、P_i和k分别为1.000、0.002 58和4.000.类型2拉氏鱥的遗传多样性略高于类型1的多样性.     

基于mtDNA COⅠ基因的西藏牦牛遗传多样性及系统进化研究

为从分子水平上探讨西藏牦牛的序列多态性、群体遗传多样性和系统进化关系,本研究对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅠ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性.基于Kimura-2-Parameter双参数模型,分别采用邻近法(NJ)和最大似然法(UPGMA)构建系统进化树,分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类.结果表明:①西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅠ全序列长度均为1 545 bp,个体间无长度差异,无内含子,起始密码子为AUG(ATG),终止密码子为UAA(TAA),共编码514个氨基酸.T、C、A和G 4种碱基的平均含量分别为29.5%(29.3%~29.8%)、25.5%(25.2%~25.6%)、28.7%(28.6%~28.9%)和16.3%(16.2%~16.5%);A+T的平均含量为58.2%,存在一定的碱基偏倚性.②在17个西藏牦牛类群的170头牦牛中,共发现mtDNA COⅠ有25种单倍型,单倍型多样性值在0~0.978之间,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.566、0.00326,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.③西藏牦牛mtDNA COⅠ中亮氨酸平均含量最多(11.496%),半胱氨酸平均含量最少(0.1946%).碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为6.6171%、4.8627%;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为57.39%、42.61%.④基于mtDNA COⅠ,西藏17个牦牛类群可分为2大类,即类乌齐(LWQ)牦牛单独成一类,其它牦牛类群聚为一类.     

新疆的河狸资源

河狸是分布于北半球森林地带河流、湖泊、沼泽的半水栖珍贵经济动物,在欧亚大陆和北美洲曾有过广泛分布.河狸的毛被细密柔软,具有保暖性强,沥水性好等优良特性;河狸香是一种名贵的香料,被列为四大动物名香(麝香、河狸香、灵猫香和龙涎香)之一,同时又是高级定香剂,用河狸香作为定香剂配制的香料,香度适中,香味耐久.世界现存的河狸有两种:欧亚河狸(Castor fiber)和加拿大河狸(C. canadensis)或称美洲河狸,分别分布在欧亚大陆和北美洲.欧亚河狸有7个亚种,分布于我国的亚种为蒙新河狸,是欧亚河狸分布区最南缘的一个稀有亚种.对蒙新河狸的保护和研究,有重要学术价值和开发利用前景.     

长江流域3个群体草鱼mtDNA D-loop区段的PCR-RFLP分析

对采自长江流域湖北省监利县、江西省九江市以及江苏省扬州市邗江区3个群体的141尾草鱼线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增,使用12种核酸内切限制酶酶切.结果显示,扩增出的140尾试验鱼的mtDNA D-loop区段长度约为1.6 kbp,监利群体中的1尾约为1.8 kbp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中监利群体中有长度变异的1尾为一种单倍型,另外140尾为另一种单倍型.依据单倍型频率的组成情况计算出九江和邗江两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,监利群体内的分别为0.046 6、0.001 80;监利群体与邗江(或九江)群体间的Rogers遗传距离为0.040 3;x2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著(P＞0.05).这些结果表明草鱼mtDNA D-loop区段的遗传多样性很低.     

基于mtDNA基因序列的北美五倍子蚜遗传多样性

对北美五倍子蚜9个种群156个个体的mtDNA基因部分序列进行了PCR扩增和测定,计算核苷酸组成和变异,分析其遗传变异和遗传结构,共获得M.rhois mtDNACytb和COI基因联合片段1 680bp,其中变异位点192个,简约信息位点162个;碱基G+C含量与A+T含量相比要低,碱基转换高于颠换;mtDNACytb和COI联合基因序列共获得86个单倍型。种群AMOVA分析显示,种群间变异高于种群内变异(FST=0.595 30,P0.05),说明M.rhois种群间遗传结构分化相对明显。TCS网络图显示,俄亥俄州克利夫兰种群比较特殊,与其余种群间的遗传距离和分化较大(FST值高),推测可能是M.rhois的一个新种。中性检测mtDNACytb和COI基因的Tajima’D值为正,并且单倍型歧点分布呈多峰型,说明M.rhois可能在历史上长期处于动态平衡之中,地理隔离可能是造成这一遗传结构特点的主要原因。     

基于线粒体D-loop基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于珠江流域的野生翘嘴鲌种群遗传多样性与遗传分化状况,实验在珠江流域广东省(肇庆和韶关)、广西省(梧州、昭平、平乐、柳城、桂平、平果、田阳、龙州和扶绥)自然河流内采集野生翘嘴鲌种群。研究采用线粒体分子标记技术(D-loop基因)对珠江流域翘嘴鲌种群的遗传多样性做一个多方面的分析。利用PCR技术,得到D-loop全基因序列856 bp,通过分析发现,176个个体中合计41个单倍型;其单倍型多样性指数(Hd=0.875 06)和核苷酸多样性指数(π=0.007 00)显示种群具有较高的遗传多样性。11个野生地理群体翘嘴鲌遗传分化指数(FST)为0.188 28,显示珠江流域翘嘴鲌作为一个大种群已产生了中度分化,种群分化时间经计算推断为5万年前左右。其中,梧州和桂平,梧州和肇庆,昭平和平乐,田阳和平果,扶绥和大部分种群(柳城、桂平、田阳、韶关)的遗传分化程度都较低(FST0.05),基因流Nm5;其他种群两两之间达中度遗传分化(FST0.05),基因流Nm5。分子系统树和单倍型网络关系显示:单倍型Hap1和Hap2可能为单倍型先祖,其余单倍型由其进化而来。但遗传距离与地理距离并没有显著相关性,种群扩散规律需要进一步探索,说明珠江流域野生翘嘴鲌并未地理因素产生种属分化。     

基于mtDNA CO I基因的西藏牦牛遗传多样性及系统进化研究

为从分子水平上探讨西藏牦牛的序列多态性、群体遗传多样性和系统进化关系,本研究对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅠ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性.基于Kimura-2-Parameter双参数模型,分别采用邻近法（NJ）和最大似然法（UPGMA）构建系统进化树,分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类.结果表明：①西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅠ全序列长度均为1 545 bp,个体间无长度差异,无内含子,起始密码子为AUG（ATG）,终止密码子为UAA（TAA）,共编码514个氨基酸.T、C、A和G4种碱基的平均含量分别为29.5％（29.3％ ～ 29.8％）、25.5％（25.2％ ～ 25.6％）、28.7％（28.6％ ～ 28.9％）和16.3％（16.2％ ～ 16.5％）; A＋T的平均含量为58.2％,存在一定的碱基偏倚性.②在17个西藏牦牛类群的170头牦牛中,共发现mtDNA COⅠ有25种单倍型,单倍型多样性值在0～0.978之间,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.566、0.00326,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.③西藏牦牛mtDNA CO Ⅰ中亮氨酸平均含量最多（11.496％）,半胱氨酸平均含量最少（0.1946％）.碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为6.6171％、4.8627％;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为57.39％、42.61％.④基于mtDNA COⅠ,西藏17个牦牛类群可分为2大类,即类乌齐（LWQ）牦牛单独成一类,其它牦牛类群聚为一类.     

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。     

基于线粒体控制区D-loop序列的洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性分析

为掌握洪泽湖翘嘴鲌(Culter alburnus)种质资源遗传多样性状况，采集洪泽湖6个群体共233尾翘嘴鲌，采用线粒体控制区D-loop全序列进行遗传多样性分析.结果显示，翘嘴鲌线粒体D-loop序列长度为934 bp～936 bp,碱基(A+T)含量(66.0%)明显高于(G+C)含量(34.0%). 243条D-loop序列检出23个变异位点，其中有9个单一信息位点，14个简约信息位点. 6个群体发现22个单倍型，全部群体的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为(0.794±0.019)和(0.002 51±0.000 14),呈现出高H_d和低P_i的遗传多样性模式. 6个群体中洪泽湖群体的遗传多样性最高(H_d:0.873±0.038,P_i:0.002 95±0.000 35),顾勒河群体的遗传多样性最低(H_d:0.709±0.064,P_i:0.002 03±0.000 31).分子方差分析表明，...     

应用RAPD技术对新疆布顿大麦遗传多样性的研究

利用RAPD分子标记，通过40条10碱基随机引流，对32份新疆布顿大麦进行了遗传多样性评价。在40个10碱基随机引物中，有22个引物（占55％）的扩增产物具有多态性，每条多态性引物能产生1－7条多态性DNA带纹。40个引物共扩增227条带，其中95条（占41．9％）具有多态性，平均每条引物能产生1．7条多态性DNA带纹。基于RAPD技术计算了32份布屯大麦间的遗传相似系数（GS）变化值为0．427－0．848，平均值为0．681，利用不完全加权算术平均数（UPGMA），采用1－GS矩阵对其进行遗传聚类，结果表明，RAPD标记将32份参试材料区分为3类（或亚类），来源于新疆北部的20份材料有17份材料（占85％）聚入Ib亚类，而第Ia亚类则主要来自于新疆中部的一些材料。研究表明，RAPD标记揭示的新疆布顿大麦间的遗传多样性与其地理来源紧密相关。     

黄檗遗传多样性研究

利用两对叶绿体非编码区基因trnH-psbA和trnT-trnL,以及核基因ITS对黄檗25个自然种群进行了遗传结构和遗传多样性分析,结果表明黄檗具有较低的遗传多样性,且无明显的亲缘地理格局,但是在不同山系单倍型的分布具有不同的特点,推测长白山区域尤其是南部地区极有可能是黄檗冰期孑遗种群所在.因此,对长白山系、辽宁大板等遗传多样性高的大种群实施就地保护策略,同时在人工育种过程中,尽可能在多个群体中取样,最大限度地保护黄檗的遗传多样性.     

藏系绵羊贾洛类群、阿勒泰羊、新疆细毛羊线粒体DNA D-LOOP区遗传多样性研究

为探讨藏系绵羊贾洛类群的起源、进化和遗传多样性,通过对贾洛类群、阿勒泰羊、新疆细毛羊三个群体51只绵羊的线粒体DNA D-LOOP区全序列进行测序分析.结果表明:51条序列长度范围为1032-1331bp,以1181bp为主(含4个75bp重复序列),A％+T％含量大于G％+C％含量,贾洛类群与阿勒泰羊亲缘关系较近,三个绵羊群体有3个独立的母系起源,没有发现羱羊对臧系绵羊贾洛类群、阿勒泰羊、新疆细毛羊起源有贡献的证据.     

基于mtDNA控制区的波纹唇鱼的4个不同地理群体的遗传多样性

以海南陵水、西沙、南沙以及马来西亚4个地理区域的101尾波纹唇鱼作为研究对象,利用mtDNA控制区序列对波纹唇鱼进行了遗传多样性分析,并通过扩增、克隆与序列测定技术,获得了mtDNA控制区905 bp的序列,其多态性遗传参数的统计显示,在101尾个体中存在110个变异位点和71个单倍型;总群体的单倍型多样性(Hd)为0.981,核苷酸的多样性指数(Pi)为0.005 79,表明其遗传多样性处于较低水平.Tajima’s D中性检测均为负值,Fst值属于较低水平,仅为0.031 95,分子方差分析(AMOVA)和Kimuar 2参数模型的分析表明,这4个不同地理群体的波纹唇鱼是由一个小而高效的种群迅速发展而来的,且其遗传多样性和遗传分化水平较低.     

野生杏遗传多样性研究

采用DNA测序技术对原产于我国新疆伊犁河谷地区的杏(Armenica vulgaris Lamarck)进行了群体样本测序.对所获得的野生杏单拷贝核基因Adh1序列进行了分析.结果表明:不同野杏居群的核苷酸多态性和单倍型多态性没有显著差异.Gapdh基因序列的分析显示,各野生杏居群的核苷酸多态性和单倍型多态性相对较低,特别是巩留县核桃沟的野生杏居群,其核苷酸多态性和单倍型多态性均为0.此外,AMOVA分析结果表明,遗传变异主要发生在居群内,而居群之间没有明显的遗传分化.研究结果不仅揭示了野生杏居群的遗传多样性,而且为杏的遗传资源研究保护提供了科学依据.