基于位置关联权重矩阵及DNA结构信息预测人类剪接位点

人类剪接位点的识别是当前研究的一个重要课题.根据人类剪接位点附近区域的保守性,以位置关联权重矩阵及DNA结构信息作为特征输入参数,应用支持向量机(SVM)对人类基因组中的供体端和受体端剪接位点做了预测.对于供体端,5-fold交叉检验总体预测精度为92.55%,3-way data split检验总体预测精度为92.25%;受体端5-fold交叉检验总体预测精度为90.70%,3-way data split检验总体预测精度为89.87%.     

基于DNA结合特异性权重矩阵的TAL效应物靶标预测

计算预测出TAL效应物的候选靶标有助于高效地确定TAL效应物的靶基因,进而阐明TAL效应物的生物学功能,但是目前在TAL效应物靶标计算预测方面的研究仍然很少.为了设计出预测TAL效应物靶标的有效算法,基于TAL效应物的已知靶标数据,构建了TAL效应物靶点的RVD-核苷酸关联矩阵,并将RVD-核苷酸关联矩阵归一化成RVD特异性概率矩阵,为靶标预测构造新的打分函数.实验结果表明,改进的TAL效应物靶标预测算法对大部分已知靶标预测的打分排名比已有算法更靠前,并且结合基因表达数据可以预测出TAL效应物的新的候选靶标.     

基于PCWM扫描模型的植物启动子分析及识别

启动子是基因转录调控机制中最重要的调控区域,启动子区域内转录元件的识别是揭示基因表达调控的重要基础.快速,可靠的启动子预测算法对于广范围内启动子元件的识别能够提供很大的帮助,目前的启动子识别算法及预测软件普遍存在假阳率高的缺点.因此改进识别算法的泛化能力显得尤为重要.本文利用从PlanPromDB数据库上下载的启动子数据,在深入分析启动子GC-Skew偏好、特异性位点保守性及TSS-TIS距离分布的基础上,通过改进原有位置权重矩阵(PWM)模型,构建出能够同时考虑位点保守性和关联性的位置关联性权重矩阵(PCWM)扫描模型,在此基础上利用标准化打分函数对植物TATA启动子进行预测,获得了较好的结果.     

大肠杆菌yigP基因启动子的定位

在已知大肠杆菌yigP基因的最小功能片段为yigP-P4P2基础上,将该片段装载于无外源启动子的载体质粒上,通过功能回补yigP基因缺陷株JDP14,发现其可以代替温敏质粒,保证大肠杆菌正常生长,推断其包含完整转录单元。RT-PCR结果显示该片段内部有转录产物,即yigP-P4P2片段具有转录独立性。将不同长度的yigP-P4P2亚片段克隆到启动子探针质粒pSP-Z上,通过对重组菌进行蓝白斑筛选及β-半乳糖苷酶活性测定,结果显示pP40V3-Z/JM83和pP40V4-Z/JM83可观测到蓝色菌斑,并检测到较弱的β-半乳糖苷酶活性,由此表明大肠杆菌yigP基因启动子位于该片段上游,下游边界位于引物V4区域内。     

大肠杆菌基因启动子探针型载体的构建

利用ＰＣＲ技术将ｐＵＣ１８和ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ中的多克隆位点区（ＭＣＳ）及旁侧序列分别进行扩增,然后将扩增产物插入到已除去ＬａｃＺα基因的ｐＵＣ１８中,获得三个中间载体ｐＳＵＧＶ１,ｐＳＧＶ２和ｐＳＵＧＶ３,最后将ｐＳＵＰＶ２中无表达活性的新霉素磷酸转移酶Ⅰ（ＮＰＴⅠ）基因分别插入到三个中间载体的ＭＣＳ中,构建成功大肠肝菌基因启动子探针型载体ｐＳＵＰＶ４,ｐＳＵＰＶ５和ｐＳＵＰＶ６．     

T7启动子促发下的人尿激酶原在大肠杆菌中的高效表达

将人工全化学合成的尿激酶原（ｐｒｏ－ｕｒｏｋｉｎａｓｅ）ｃＤＮＡ克隆到表达载体ｐＥＴ３ｄ中，转化大肠杆菌ＢＬ２１（ＤＥ３）ＬｙｓＳ，经ＩＰＴＧ诱导，获得了占菌体总蛋白１８％的高表达。经ＳＤＳ－ＰＡＧＥ和Ｗｅｓｔｅｒｎ－ｂｌｏｔ鉴定，表达产物主要为单链尿激酶，并且在菌体内基本以无活性的包涵体形式存在。经体外变复性，从ＩＬ培养基中可获得３０００００单位的活性尿激酶原。     

基于DNA双链特征的启动子预测方法

真核启动子预测是DNA序列分析的重要问题之一.本文提出一个基于内容的新算法, 考虑DNA的双链特征,特征的出现频率用位置权矩阵表示,利用boosting算法进行训练和预测,得出的结果与其他算法相比,有很好的敏感性和特异性.     

大肠杆菌中心人钠素基因在PL和T7启动子控制下的…

将Ｐ１噬菌体的ｒｅｆ基因与人心钠素的嵌合基因ＲＥＦ－ＡＮＰ分别克隆入带ＰＬ启动子和Ｔ７启动子的两种表达载体，获得高铲表达重组质粒ｐＺＪＭ１和ｐＺＪＭ４．ｐＺＪＭ１转化ＤＨ５α，ｐＺＪＭ４转化ＨＭＳ１７４，在表达细菌培养到ＯＤ６００＝０．２５时分别进行温度诱导和化学诱导，快速凝胶扫描结果表明ＲＥＰ－ＡＮＰ表达量各占细菌可溶性总蛋白的６７．１％和２８．１％；在ＯＤ６００＝１．０或２．０时进行诱导，均能     

大肠杆菌—分枝杆菌启动子探针型穿梭载体pEQ3的构建

报道了大肠杆菌－分枝杆菌启动子探针型穿梭质粒ｐＥＱ３的构建过程。证明其保留了在大肠杆菌和分枝杆菌之间的穿梭功能，并具有启动子筛选功能。利用构建的ＰＥＱ３质粒，从卡介苗染色体中筛选出了具启动子活力的ＤＮＡ片段。     

φ10启动子控制下大肠杆菌中rhNTA表达的乳糖诱导

采用乳糖作为诱导物,对φ启动子控制下重组蛋白rhNTA（a new thrombolytic agent）在大肠杆菌中的表达进行研究,结果为培养12h（诱导6h）后湿菌体重量86．0－100．2g/L、目标蛋白占细胞总蛋白的40％－50％。研究了关键基质组分、乳糖诱导等对表达的作用。结果表明,基础料和补充氮源中酵母膏的比例、诱导时机和乳糖流加方式等对表达量的提高有明显的影响。实验显示,采用乳糖诱导时重组蛋白的可溶性部分占有较大的比例。     

鸡马立克氏病病毒与大肠杆菌混合感染症的病原分离鉴定

鸡呼吸道病流行病学调查的过程中,在韶关市某养鸡场观察到一群100日龄广西黄肉仔鸡发生了以呼吸道症状为主要临床表现的疾病,死亡率达10%.病理解剖学检查可见病鸡有单一或多器官肿瘤病变(4/8)、典型腹膜炎病变(3/8)和肿瘤与腹膜炎病变并存(2/8).在病鸡肿瘤组织切片中可见典型MD病理组织学变化.采用CEF接种方法,从有肿瘤和腹膜炎病鸡的羽髓液中分离到MDV.在病鸡的心、肝、脾等脏器分离到大肠杆菌O78血清型菌株.研究结果表明:HVT疫苗免疫鸡群MDV强毒株和E.coliO78血清型菌株以混合感染形式存在,病鸡出现以呼吸道症状为主的临床表现,死亡率明显增加.     

河北省部分地区肉、蛋食品大肠杆菌污染状况的检测

为了解河北省肉食品大肠杆菌污染状况,从河北省内不同地区集贸市场和超市随机采集了生活用肉、蛋类等105个样品,采用国家标准法和PCR方法对样品进行了大肠杆菌的检测与鉴定。结果表明,从105个样品中检测到大肠杆菌19株,大肠杆菌总阳性率18.1%。其中,生鸡肉、生猪肉、生鸡蛋的大肠杆菌阳性率分别为35.3%,23.8%,16.7%;生羊肉、生牛肉、生鸭蛋、生虾没有检出大肠杆菌。19株大肠杆菌中从生鸡肉样品中检出产志贺样毒素大肠杆菌2株。河北省肉类食品总体上大肠杆菌污染程度较轻,但生鸡肉中大肠杆菌的检出率较高。     

含PRPL,Ptac双启动子表达载体的构建

报道了一个新的含ＰＲＰＬ，Ｐｔａｃ双启动了的大肠杆菌表达载体ｐＮＪ的构建．在ＰＲＰＬ，Ｐｔａｃ分别或共同启动下，报告基因人肿瘤坏死因子（ＴＮＦ）基因获得了较好的表达．双启动共同启动时的表达水平为两启动子分别启动时的表达水平之和．     

改进法制备大肠杆菌膜囊及其电镜观察

使用改进方法成功地制得大肠杆菌膜囊。该膜囊为一封闭的、不合任何细胞质组织的、仅由细胞膜构成的囊状结构。少数膜囊外仍保留部分外膜成份。     

枯草杆菌启动基因在大肠杆菌中的克隆和表达

以大肠杆菌启动基因选择载体pHE5为载体,枯草杆菌染色体DNA为供体,克隆了一批启动基因功能片段,带克隆片段的重组质粒在大肠杆菌中表现不同的四环素抗性水平,其中50%在100μg/ml以上,12%达到200μg/ml。对其中一个转化子进行质粒检测和分析,获得一个重组质粒pHE273,经酶切分析证明,克隆的强启动基因位于2.2kb的EcoRI-HindⅢ片段上。     

三种大肠杆菌高效感受态的制备及转化

描述了一种改良的高效细菌感受态的制备和感受态细胞的保藏及细菌的转化方法.三种不同的大肠杆菌分别是DH5α,TG1和XL1blue,其中最有效的是XL1blue.每种菌株的感受态细胞制备的最佳光密度(OD600值)不同.对感受态细胞的存储时间及其与转化效率之间的关系也进行了研究,结果显示感受态细胞可以在-20℃存储7d,在-70℃存储15d.将常见的方法做了三种改进:首先是将CaCl2溶液改为TB溶液;其次是将培养基由LB换成S.O.C;再就是在质粒对感受态细胞的转化过程中加入DMSO或PEG8000.改良的细菌转化系统比常见的方法能提高转化效率约1000倍,是一种高效的细菌转化系统.     

核酸与分子建模及结构表达启动子强度预测

从核酸分子的一级结构出发，基于分子中原子间距离及各原子电负性，构建了能描述核酸分子结构的系列参数：分子电性边数矢量简称分子电边矢量。据此对38个脱氧核糖核酸(DNA)启动子序列的强度进行定量结构活性相关(QSAR)及定量序列活性模型(QSAM)研究，取得良好结果。与其它方法相比，分子电边矢量具结构分辨率高、活性相关性好、计算简便等特点，可望应用于生物大分子的结构表征及活性预测。     

杜氏藻与大肠杆菌融合初探

杜氏藻(Dunaliella peircei Nicolai)系真核单胞绿藻,无纤维素细胞壁,细胞膜外由糖蛋白类物质组成柔软的包被,E.coli(Cm~r)内含带Cm~r基因的质粒。以对氯霉素(Cm)抗性的变化作为杜氏藻和大肠杆菌融合的选择标记,因而首先测定了它们在各自琼脂培养基上对Cm(原始浓度125g/1)的抗性水平(Tab.1)。     

稀土药物对大肠杆菌作用的初步研究

目的探讨新的有效抗菌药物及其研究策略和新的抗菌活性筛选试验方法。方法用TAM air微量热仪测定了新合成的二种稀土药物[La（Hsal）2·（tch）]·2H2O和La（Hsal）2·（hq）在37℃时对大肠杆菌作用的产热曲线。结果实验表明药物[La（Hsal）：·（tch）]·2H2O在低浓度下对大肠杆菌有刺激作用,高浓度下为抑制作用,说明药物[La（Hsal）2·（tch）]·2H2O对微生物的生长具有双向生物效应。结论药物La（Hsal）2·（hq）的抑制效果优于[La（Hsal）2·（tch）]·2H2O。