石油微生物16SrRNA基因PCR扩增研究

掌握石油微生物的16SrRNA基因保守区的扩增方法是先进分子水平鉴定微生物种类一种有效的实验方法。通过研究利用分子生物技术提高对石油微生物的了解,进行未来对石油的开采,摸索出石油微生物的DNA提取方法,16SrRNA基因的PCR扩增反应条件的研究进而初步鉴定菌种类型。本文是以大庆采油三厂分离纯化的石油微生物为实验材料,摸索合适的石油微生物基因组DNA的提取方法及合适的PCR扩增条件和反应体系,在本实验室后续开展石油微生物在分子水平方面的实践指导中有重要意义。     

鲇细胞色素b基因序列分析

对4个种群的鲇（Silurus asotus）的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）细胞色素b（cytochrome b,Cytb）基因片段的500bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400bp序列．结果表明：鲇种群内碱基的变异较低,雅砻江和涣阳河种群均为0,岷江种群为0．25％,乌江种群为1．25％．雅砻江和澳阳河种群只有1种单倍型,岷江和乌江种群有2种单倍型但单倍型间变异位点很少．雅砻江和涣阳河种群内无变异位点,岷江种群仅有1个变异位点,乌江种群有5个变异位点．结论：细胞色素b基因在鲇种群内是比较保守的,种群间的变异较大．     

墨吉对虾Penaeus merguiensis 线粒体16SrRNA 基因序列分析

比较墨吉对虾6个群体的线粒体16SrRNA基因约457个碱基对的DNA序列。结果表明这6个群体间的遗传距离（D）在0-0.0085之间，未发现广东的3个群体与澳洲或新加坡群体间存在地理群体以上的遗传差异。     

日本绒螯线粒体DNA序列研究Ⅱ.1.16rRNA

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体ＤＮＡ １６ＳｒＲＮＡ基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,得到５６７ｂｐ的咸基序列,其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１９４ｂｐ（３４．２２％）、２１６ｂｐ（３８．１０％）、９８ｂｐ（１７．２８％）５９ｂｐ（１０．４１％）,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的１６ＳｒＲＮＡ基因片序列含量相似。     

南方鲇GK基因片段的克隆及序列分析

为从南方鲇(Silurus meridionalis)中扩增葡萄糖激酶(GK)基因,根据已报道的GK基因结构中的氨基酸保守区域,设计简并引物;从南方鲇肝胰脏中迅速抽提RNA,将扩增出的产物克隆到pMD18-T载体上并导入到大肠杆菌DH5α中;阳性克隆鉴定后测序.将测序得到的南方鲇GK基因与已知的GK基因进行核苷酸序列比...     

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究：Ⅰ.12SrRNA

参考果民蚤状序列进行了日本绒螯蟹线粒体ＤＮＡ的１２ＳｒＲＮＡ基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,得到４５７ｂｐ的碱基序列,其中Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５９ｂＰ（３４．７９％）、１７８ｂｐ（３８．９５％）、５０ｂｐ（１０．９４％）、７０ｂｐ（１５．３２％）。     

梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且(A+T)含量高于(G+C)含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。     

AVMCD:基于16SrRNA测序的微生物群落 多样性分析与可视化平台

传统的技术手段已逐渐难以适应现代生物技术的发展,随着以16S rRNA为代表的第二代高通量测序技术飞速发展,微生物群落多样性研究已进入分子时代,但要分析庞大的测序数据并从中找寻存在的关联还是给生物学家带来诸多现实困难.为帮助研究者更快更好地掌握微生物群落多样性的信息,开发了AVMCD(analysis and visualization of microbial community datasets)生物信息平台,提供基于16S rRNA测序的专业在线分析及可视化服务.AVMCD坚持友好快捷的交互方式,注册用户只需上传待分析的数据,根据提示简单设置参数,即可由平台自动展开专业的序列分析,并将结果以丰富的可视化形式呈现给用户.     

3种鲍16S rDNA基因片段序列的初步研究

本文对引自日本的盘鲍（Haliotis discus discus)、皱纹盘鲍（H.discus hannai)和大鲍（H.gigantiea)3个自然群体的线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行了扩增和测序，分析了528bp的碱基序列，结果显示：3种鲍的基因序列中A＋T含量为56.74%-57.12%。3个自然群体间碱基片段序列差异不显著，盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有1处核苷酸检测到变异，皆为碱基转换，同源性为99.81%；皱纹盘鲍与大鲍有2处碱基转换，同源性为99.61%。16S rRNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。     

褶累枝虫16SrRNA基因分析

以缘毛目褶累枝虫为研究材料,探索和建立了适用于较难培养的单细胞原生动物的分子生物学研究方法．并测定了褶累枝虫１６ＳｒＲＮＡ基因３′端１１１５个核苷酸．通过比较分析,从分子水平探讨了累枝虫属与缘毛目其它属之间的亲缘关系,为进一步重构原生动物的系统图提供最基本的资料．     

3种沼虾的16S rRNA基因序列分析

为从分子角度理解3种沼虾,即罗氏沼虾、日本沼虾和祁连沼虾的遗传差异,为沼虾资源的管理、保护和合理开发利用提供理论基础,采集了每种沼虾各2尾样本,采用PCR的方法扩增了其线粒体16S rRNA基因片断并测序。比对后共获得了3种沼虾的297 bp的16S rRNA片断序列,共检测到47个变异位点,总变异率为15.8%。3种沼虾的平均碱基含量分别为T(37.7%)、C(10.9%)、A(29.8%)和G(21.6%)。罗氏沼虾种内个体间序列差异为3%。祁连沼虾和日本沼虾种内个体间差异均为0.7%,且两者种间差异很小,为0～0.7%。罗氏沼虾与祁连沼虾、日本沼虾之间的序列差异在13.1%～14.8%之间,种间差异明显。系统进化树显示罗氏沼虾自成一枝,而日本沼虾和祁连沼虾共同构成另一枝,日本沼虾和祁连沼虾的遗传距离小于5%,结果提示日本沼虾和祁连沼虾有很近的亲缘关系,两者也许是亚种关系。     

鲇核基因组遗传结构的RAPD分析

为了解鲇核基因组的遗传结构,采用38个随机引物对长江上游干支流以及长江中游支流舞阳河的鲇核基因组DNA进行随机扩增分析.结果表明,鲇核基因组保存了较为丰富的遗传多样性.同时,舞阳河鲇与长江水系干支流的其他个体间具有较大遗传差异(p=0.001),推测可能出现了适应舞阳河地理环境的在分子水平上差异显著而形态分化微弱的隐存种.     

饥饿对鲇鱼幼鱼静止代谢率的影响

本实验在25℃条件下对鲇鱼幼鱼(29.41~44.45 g)进行了60 d的饥饿处理,每天测定3次耗氧率。结果显示:鲇鱼幼鱼在饥饿60 d后,其静止代谢率由63.19±3.68降至22.38±1.36 mgO2kg-1h-1,下降了64.58%;通过对静止代谢率变化的分析,发现存在有3个相对稳定期:其代谢水平分别为41.62±0.34、34.72±0.55和27.59±0.52 mgO2kg-1h-1(P<0.05),持续时间分别为10、14和27 d。实验结果表明:鲇鱼幼鱼采用降低代谢水平的方式来适应饥饿环境;静止代谢率越低,则相对稳定期历时越长。     

雌雄鲶鱼肌肉和皮肤主要营养成分的比较分析

对雌雄鲶鱼(Silurus asotus Linnaeus)肌肉和皮肤营养成分进行了比较分析,并对其营养品质进行了评价.结果显示:雌鲶鱼肌肉和皮肤中粗蛋白的质量分数(19.57%、27.56%)均显著高于雄性(16.85%、26.34%,P<0.05),雌雄鲶鱼肌肉中水分的质量分数(79.77%、79.86%)显著高于皮肤(73.00%、73.50%,P<0.05),但雌雄鲶鱼肌肉之间、皮肤之间水分的质量分数差异不显著(P>0.05).雌雄鲶鱼肌肉和皮肤均含有18种氨基酸,雌鲶鱼肌肉中的氨基酸总量、必需氨基酸的质量分数、风味氨基酸的质量分数(18.44%、7.81%、5.87%)显著高于雄鲶鱼(13.02%、5.33%、4.21%,P<0.05),雌鲶鱼皮肤的氨基酸总量、必需氨基酸的质量分数、风味氨基酸的质量分数(27.81%、5.49%、14.03%)显著高于雄鲶鱼(22.66%、4.75%、10.63%,P<0.05).雌鲶鱼肌肉和皮肤的蛋白质氨基酸组成优于雄鲶鱼,表明雌鲶鱼较雄鲶鱼营养丰富.     

兰州鲇线粒体基因组序列结构及系统发育分析

利用GenBank中欧洲鲇的线粒体基因组序列, 设计出6对引物, 通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(primer walking)法测定了兰州鲇的线粒体基因组序列, 并对其进行结构分析。兰州鲇线粒体基因组序列全长16524 bp, 包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和1个非编码区。用最大似然法对鲇形目11种鲇鱼线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的核苷酸序列进行系统发育分析。结果显示, 兰州鲇首先跟其他鲇科鱼类聚为一支, 形成一个单系群, 位于系统发育关系树的中部。     

乌鳢、鲶和黄颡鱼摄食器官的比较研究

2000年4月－2001年6月,作者对乌鳢、鲶和黄颡鱼的摄食器官进行了解剖,重点比较了其口腔齿、咽磨、鳃耙的结构,分析了它们的摄食特点。     

南方鲶循环系统结构的研究

应用循环灌注和血管铸型技术对南方鲶循环系统的结构进行了研究 ,结果表明 :南方鲶鳃部动脉中入鳃动脉由鳃弓腹侧中部距前端约 1 / 3处入鳃 ,出鳃动脉在鳃弓的前 1 / 2到 2 / 3处分别由两条合并为一条 ;躯干部至尾部具特有的背上动脉和背上静脉 ;静脉系统中有两条肝门静脉 ,尾静脉分为 3支 ,左右两支形成肾门静脉 ,中间一分支形成左肝门静脉 .     

南方鲇消化道组织形态学的研究

应用组织学技术，对鲇形目南方鲇的消化道组织结构进行了系统的研究。结果表明，食道、胃和肠壁内突形成明显的粘膜皱褶。食道壁肌肉层极厚，并为横纹肌；胃、肠壁的肌肉层为平滑肌，胃盲囊部、幽门部的肌肉层明显比贲门部厚，肠前段的环肌层较中段厚，后段的环肌层最厚。胃腺发达，贲门部的胃腺较厚，从盲囊部下段至幽门部，胃腺逐渐减少至消失。食道近胃贲门处，贲门部和胃幽门部的粘膜下层有丰富的致密结缔组织，且有众多分支伸入肌肉层，逐渐分支变细直达肌肉细胞之间，彼此联结成网状，该结构在鱼类消化道中尚未见报道。     

鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生

采用通用引物对3种鲟形目（Acipenseriformes）鱼类,中华鲟（Acipenser sinensis）、俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedtii）和匙吻鲟（Polyodon spathula）的16S rRNA基因部分片段进行扩增,并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较,探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系.数据合并后用于分析的序列共514 bp,变异位点29个,含简约信息位点16个,单一信息位点13个.以多鳍鱼目（Polypteriformes）多鳍鱼属Polypterus ornatipinnis为外群,采用部分16S rRNA序列基于Kimura双参数模型构建其系统发育关系,结果表明：MP法和NJ法得到系统树基本相同,其科、亚科和属的分化上基本与传统形态学分类相吻合,另外,欧鳇与鲟属鱼类的分化也并不明显.值得注意的是,鲟亚科6个种所划分出的3个分支恰恰分别归属于3个地理区域,欧鳇、闪光鲟和俄罗斯鲟主要集中于黑海和里海流域等地区;中华鲟和达氏鲟分布在西北太平洋,中国长江流域以及朝鲜;而高首鲟则分布于东太平洋.     

麂属(Muntiacus)动物12SrRNA基因序列分析及其分子进化关系

对麂属（Muntiacus)中3种动物，赤麂（M.muntjak)(2n=6♀，7♂），小麂（M.reevesi)(2n=46),黑麂（M.crinifrons)(2n 8♀,9♂)线粒体DNA12SrRNA基因450bp左右的片段进行序列分析，并根据序列信息建立分子类聚图，同时探讨了这3种动物的起源，分类地位及进行关系，结果表明黑麂起源最早，赤麂次之，小麂最晚。