Cloning,Sequencing and Phylogenetic Study of rbcL Gene from Cyanobacteria Arthrospira and Spirulina

Large subunit gene of rubisco (rbcL) of cyanobacteria Arthrospiraplatensis FACHB341, A. platensis FACHB439, A. maxima OUQDSM and Spirulina sp. FACHB440 is cloned, sequenced and characterized. Results show that GC content of the gene in strain Spirulina sp. FACHB440 is higher than that in the others. The alignments based on deduced amino acid sequences indicate that Spirulina sp. FACHB440 is different from that in other three samples of Arthrospira, though they have the same conserved functional sites (95, 98, 121, 124, 221, 257). The nucleotide sequence similarity among the three strains of the genus of Arthrospira (96.5 - 99.6% ) is higher than that between Arthrospira and Spindina (78.1 - 78.5 % ). By comparison of the corresponding sequence of other cyanobacteria, a phylogenetic tree with two clusters is constructed. A. platensis FACHB341, A. maxima OUQDSM and A.platensis FACHB439 form the monophyletic linage, which is fully supported by bootstrap values (1000), while Spirulina sp. FACHB440 and Anabaena sp. PCC7120 cluster in another linage with the bootstrapvalue of 909.     

极大节旋藻气囊蛋白基因gvpA克隆与序列分析

为了研究极大节旋藻气囊蛋白的分子生物学特性,并为gvpA基因的研究提供基础材料,在对极大节旋藻GSS序列分析的基础上,采用PCR技术克隆了gvpA基因的全长序列,并进行了相关分析。结果表明极大节旋藻gvpA基因编码区的GC含量为42.92%,核苷酸序列和蛋白序列与Planktothrix agardhii的gvpA基因相似性最高(79.4%,97.2%),其次是Pseudanabaena sp.PCC6901(75.3%,94.4%)。系统发生分析表明极大节旋藻gvpA基因与Planktothrix agardhii的gvpA基因同源性最高(89%ML,85%MP,89%NJ)。     

玫瑰微球菌海藻糖合成相关酶基因的克隆和序列分析

从玫瑰微球菌QS412中克隆出海藻糖生成相关酶――麦芽寡糖基海藻糖基水解酶的基因treZ ,测定了其核苷酸序列并进行了表达。treZ 编码的蛋白质有624个氨基酸、分子质量为68 kD. 它们与已报道的其他微生物的海藻糖生成相关酶的基因进行同源性比较，treZ 的同源性分别为33.0%(耐放射异常球菌)；10.1%(硫矿硫化叶菌KM1)；51.9%(节杆菌Q36)；52.8%(根瘤菌M11)；48.5% (短杆菌)。经过氨基酸序列比较分析还发现，所有的海藻糖生成相关酶都含有糖苷酶家族13个中几个高度保守的α-淀粉酶催化活性区，推测这些海藻糖生成相关酶都可能有着共同的进化来源。     

土曲霉CCTCCAF93044植酸酶基因的克隆及序列分析

参考Hartingsvedt已发表的NRRL3135植酸酶（phyA）基因序列,设计并合成了一对引物,应用PCR技术,以土曲霉CCTCCAF93044总DNA为模板,扩增出了不包括假定的信号肽序列的phyA基因,并将其克隆到PMD18－T载体上,测定了其核苷酸序列,并推导了其氨基酸序列,该基因全长为1433bp,与已发表的NRRL3135的phyA基因的同源性为97％,编码一个含458个氨基物的蛋白质。     

发状念珠藻中麦芽寡糖基海藻糖水解酶基因的克隆和序列分析

从发状念珠藻(Nostoc flaglliforme)中克隆出麦芽寡糖基海藻糖基水解酶MTHase的基因TreZ,对该基因核苷酸序列测序表明开读框全长1848 bp,编码的蛋白质有615个氨基酸.根据基因序列预测的TreZ氨基酸序列具有MTHase的催化功能保守区.发菜TreZ和TreY与点形念珠藻(Nostoc punctiforme)的TreZ和TreY有很高的同源性.结果初步表明:可以从发状念珠藻中克隆到麦芽寡糖基海藻糖水解酶基因TreZ,为进一步研究海藻糖代谢在发状念珠藻抗逆机理的工作奠定了理论和实验基础.     

N-[1,2,4]噻二唑[3,2-b]苯并噻唑苯甲酰亚胺的合成与晶体结构

报道了N-[1,2,4]噻二唑[3,2-b]苯并噻唑苯甲酰亚胺(3,C15H9N3OS2,Mr=311.37)的合成及晶体结构.晶体属于单斜晶系,空间群P21/c,晶胞常数:a=1.011 5(2)nm,b=1.184 8(2)nm,c=1.210 7(3)nm,α=90°,β=114.616°,γ=90°,Z=4,V=1.319 0(5)nm3,Dc=1.568 g/cm3,μ(MoK)=0.404mm-1,F(000)=640,241 9个可观察衍射点(I>2(σI)),R1=0.058 9,R2=0.120 1.X-衍射分析表明标题化合物为N-[1,2,4]噻二唑[3,2-b]苯并噻唑苯甲酰亚胺.     

粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)几丁质酶基因克隆的筛选及序列分析

用改进方法提取粘质沙雷氏菌染色体DNA.通过PCR扩增,得到几丁质酶(chiA)基因,利用pUC19质粒构建了含有chiA基因的克隆载体 ,并转化E.coli DH5α.经测序分析,证明克隆片段与文献报道基本相同,仅在第437位碱基由C变为T.     

马尾松PmCBL3基因的克隆及其表达分析

【目的】为明确马尾松(Pinus massoniana)CBL基因结构特征及干旱胁迫下的表达特性,探讨该基因在马尾松抗旱调控过程中的生物学功能。【方法】以马尾松优良家系为试材,采用RT-PCR和RACE方法克隆马尾松CBL基因全长cDNA,运用生物信息学方法,分析其蛋白质性质和亲缘关系,利用荧光定量PCR分析干旱胁迫下的基因表达特性。【结果】获得马尾松的一个CBL同源基因,命名为PmCBL3,该基因cDNA序列全长1 035 bp,包括681 bp的完整开放阅读框,编码226个氨基酸。PmCBL3蛋白含4个EF-hand功能域,且相邻EF-hand功能域之间的氨基酸数目非常保守,属于EFh家族蛋白。系统进化分析表明:该蛋白与其他植物CBL同源性达62%～98%,其中与北美云杉(Picea sitchensis)CBL亲缘关系最近。qRT-PCR结果显示,PmCBL3在马尾松根中表达量最高,茎和叶次之; 干旱第15天表达量最大,随干旱胁迫加剧,表达量逐渐降低。【结论】PmCBL3基因属于CBLs家族,与北美云杉亲缘关系最近。该基因响应干旱胁迫,推测其可能参与马尾松干旱逆境的应答调控。     

螺[吲哚-3,3'-吡咯嗪]-2-酮骨架构建及结构表征

 以查尔酮、5-甲基靛红和脯氨酸为原料,微量的甲醇作溶剂,多组分一步合成得到螺[吲哚-3,3'-吡咯嗪]-2-酮化合物C₂₇H₂₄ClN₃O₂。其结构通过单晶X射线衍射法确定,晶体属单斜晶系,空间群P₂（1）/c,分子量M_r=504.01,晶胞参数a=0.84907（6）nm,b=1.07072（9）nm,c=2.9121（4）nm,V=2.6415（5）nm³,Z=4,晶胞密度D_c=1.267 mg/m³,吸收系数μ=0.180 mm^-1,单胞中电子的数目F（000）=1064。晶体结构用直接法解出,经全矩阵最小二乘法对原子参数进行修正,最终的偏离因子为R=0.0657,ω_R=0.1376。在晶体结构中新形成的四氢吡咯环为信封式构象。     

聚噻吩并[3,4-c]呋喃的电子结构及导电性研究

采用密度泛函(DFT)B3LYP方法优化了聚噻吩并[3,4-c]呋喃的单体和低聚物的电子结构,聚合物采用PBC方法和LSDA方法计算了性质特征,全部的优化都采用6-31G*基组计算.找出了单体、低聚体和聚合物电子结构的关系,并对其能带结构与态密度进行了分析与探讨.研究表明,并环分子的导电性能比单环分子更好.其能隙仅有0.19 eV,可以作为潜在的导电聚合物材料.     

N-(1-萘基)-[1,2,4]噻二唑[2,3]并吡啶-2-亚胺的合成及荧光性质

合成了一种新的1,2,4-噻二唑衍生物:N-1-萘基-[1,2,4]-噻二唑-[2,3]并吡啶-2-亚胺,分子式C16H11N3S,相对分子质量277.34,熔点192-193℃。用红外光谱、氢核磁共振谱、质谱、元素分析和紫外可见光谱对其进行了表征、测定了化合物在几种常见有机溶剂中的荧光光谱,化合物在374nm处发射荧光。     

六元瓜环与D,L-色氨酸配合物的晶体结构分析

本文对制备得的六元瓜环(Q[6])与D,L-色氨酸(Try)包结配合物晶体进行了分析.结果表明,该晶体主客体间通过氢键作用、离子-偶极作用形成配合物,位于配合物间的水分子将其连接成超分子链,并呈有规律的层状排列,层与层之间分布着Try分子与大量的水分子.     

乐至黑山羊催乳素受体基因cDNA克隆及序列分析

根据GenBank中绵羊催乳素受体（PRLR）基因序列（AF041257.1）设计1对引物,以乐至黑山羊脑垂体总RNA为模板,通过RT-PCR技术对乐至黑山羊PRLR基因cDNA克隆测序和序列分析.结果表明：扩增出的乐至黑山羊PRLR基因cDNA序列长为1743bp,编码581个氨基酸.乐至黑山羊与绵羊、牦牛、欧洲牛、野猪和人的核苷酸同源性分别为：98.34％、94.67％、94.27％、77.48％、74.33％.以核苷酸序列构建分子进化树,乐至黑山羊先与绵羊聚为一类,再与欧洲牛和牦牛聚为一类,而后与野猪聚为一类,最后与人聚为一类.     

梅花鹿骨形态发生蛋白BMP4基因的克隆与序列分析

通过提取梅花鹿肝脏总RNA以及采用RT-PCR技术,成功克隆梅花鹿骨形态发生蛋白BMP4基因序列,并对其核酸序列、蛋白质序列,功能保守区、亲疏水性进行生物信息学分析,同时构建序列进化树以及部分结构的三维模型.该序列已提交Genbank(索取号:HQ877675).该研究可为日后通过基因工程手段表达重组梅花鹿BMP蛋白并探究其药理作用提供基础.     

5-p-甲基苯基偶氮基-25,26,27,28-四羟基杯[4]芳烃的合成与晶体结构

合成了标题化合物5-p-甲基苯基偶氮基-25,26,27,28-四羟基杯[4]芳烃,它的结构被氢谱、碳谱、电喷雾质谱、元素分析和X-射线单晶衍射所表征.晶体结构分析表明该化合物属于三斜晶系,P-1空间群,晶胞参数为a=10.9773(9),6=18.4860(15),c=18.8587(16)A,a=60.820(2),β=77.198(2),γ=89.198(2).,晶胞体积为V=3238.3(5)A3,Z=4,Dc=1.187 mg/m3,μ=0.081 mm-1,F(000)=1224,R=0.0927,wR=0.1577,在固态时该化合物以扭曲锥式构象存在.     

芜菁花叶病毒四川分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

从四川省3个蔬菜基地感病的甘蓝、花菜、萝卜、叶芥菜分离到芜菁花叶病毒6个分离物.利用 RT-PCR克隆了这6个分离物的外壳蛋白基因(CP), 测定了它们的核苷酸序列并进行了序列分析. 结果表明,6个分离物的 CP基因均为864个碱基,核苷酸序列同源性较高, 达 97.0%～100%;它们与 world-B组分离物的同源性最高,达 92.1%～100%;与 basal-B组分离物的同源性最低,仅 87.6%～90.2%. 基于 TuMV的 CP基因核苷酸序列的分子进化树显示,TuMV分离物可分为4组,本研究所分离到的6个 TuMV四川分离物属于第四组,即 world-B组.     

野桑蚕漆酶基因克隆、序列分析及转录表达谱研究

利用RT-PCR方法,克隆了野桑蚕Bombyx mandarina漆酶基因,获得了其cDNA序列.该序列长2 317bp,含有一个2 295bp的完整开放阅读框,有8个外显子,7个内含子,编码一个由764个氨基酸残基组成的蛋白质,其蛋白质的分子量和等电点分别为84 340.91和6.61.推导的氨基酸序列与其它鳞翅目昆虫(Laccase)基因相应氨基酸序列有较高的同源性,该序列具有它们的漆酶基因所共有的典型特征.组织特异性表达分析表明了该基因仅在野桑蚕的表皮、头部、中肠和血液中有表达.这些结果为进一步研究野桑蚕漆酶基因的功能提供了分子基础.     

4-溴苯并[b]噻吩的合成及表征

利用3-溴苯硫酚和2-溴-1,1-二-甲氧基乙烷为起始原料,经过SN2亲核取代和分子内环化两步反应合成了4-溴苯并[b]噻吩.通过对溶剂、温度、反应时间、多聚磷酸（PPA）用量等影响反应收率的主要因素的考察,得到了合成目标化合物的较佳反应条件.第一步较优条件：选择DMF作为溶剂,反应温度35～45℃;第二步较优条件：100mL氯苯作溶剂情况下,PPA投料量20 g,反应温度110℃.实验结果表明,该反应条件温和,后处理简单,并且目标产物的收率（64.2％）令人满意.产物的结构通过IR,GC-MS和1HNMR进行了确证.