果蝇DNA和基因间序列的两个信息参数沿染色体分布

以果蝇染色体的全序列和基因间序列作为研究对象.分别用描述序列构成的两个信息参数X和F分析两类序列沿着染色体分布特征,并着重讨论染色体着丝粒及其周围区域的分布规律,用线性拟合和多项式拟合分析染色体各类序列沿染色体的统计分布特征(学生t检验),分析各个参数的平均值在染色体不同区域的分布.     

基于D2shepp统计法的非序列局部比对

两条生物序列间的相似性比对是计算生物学探讨的主要问题之一,一种快速的依赖于k-元组的D2shepp统计法目前已被应用到非序列比对中.文中在零模型的基础上产生两条相互独立的随机序列,基于D2shepp统计法进行了两条序列的局部比对,找到局部比对的最优值并求和.在此基础上模拟了Power值的分布情况,并分析了不同k参数下的Power值分布.在相同参数下将文中提出的局部比对与已有的D2shepp统计的全局比对进行比较,发现局部比对D2shepp统计的Power值随着序列长度的增大而快速地接近于1,比全局比对更加快速、准确.     

利用乙醇脱氢酶基因证据揭示稻属CCDD异源四倍体中染色体组的起源

对稻属异源四倍体中染色体组C和D以及稻属现存的所有二倍体染色体组A、B、C、E、F的乙醇脱氢酶基因（Adh1）片段分别进行PCR扩增、克隆和序列测定,并以G染色体组序列作为外类群,采用PAUP运算软件中的简约性方法对所测定的序列进行了系统发育分析．结果表明：（1）3个CCDD四倍体是同一次杂交事件的产物;（2）四倍体中的C染色体组和亚洲二倍体中的C染色体组表现出更近的系统发育关系;（3）D染色体组和E染色体组表现出较近的亲缘关系,二者可能有共同的祖先．     

福州市区降雨序列多时间尺度的混沌特征

利用多时间尺度(Δt=1,2,3,6月)对福州市区近60 a来降雨序列进行混沌分析,以相空间重构、相空间嵌入维数m、饱和关联维数D2、饱和关联维数D2与相空间嵌入维数m的比值和最大Lyapunov指数λ等参数揭示了福州市区降雨序列的混沌特征.结果表明:各种时间尺度的相空间重构m都为8、饱和关联维数D2分别为3.19,3.24,3.15和3.13,D2/m分别为0.400,0.405,0.394和0.391,最大Lyapunov数λ分别为0.33,0.50,0.34和0.25,体现了各种时间尺度下福州市降雨量存在着混沌现象;通过对比分析,得出以Δt=6时的时间尺度分析降雨序列的混沌特征较好.     

着丝粒串联重复序列RCS2对亚洲栽培稻和非洲栽培稻的比较分析

为了揭示中高度重复序列在同为AA基因组的亚洲栽培稻和非洲栽培稻基因组中的差异以及重复序列在.栽培稻种的分化过程中可能起到的作用,利用水稻着丝粒串联重复序列RCS2作为探针分别对籼稻广陆矮4号、粳稻日本晴和非洲栽培稻的体细胞染色体进行荧光原位杂交(FISH)实验,并对其核型进行同源性聚类和比较分析,杂交结果显示:RCS2序列位于在3种栽培稻染色体组中,RCS2序列位于每条染色体的着丝粒位置,但有不同的分布特点,表明该3种栽培稻基因组的RCS2序列有不同的进化方向.探讨了RCS2序列结合Cot-1 DNA FISH方法对水稻染色体组进行核型分析的可行性和优势.     

小麦蛋白质和淀粉品质性状的QTL分析

利用衍生自“川35050×山农483”组合包括131个系的RIL群体,对21个与蛋白质和淀粉相关的品质性状进行了QTL分析．共检测了19个性状的35个加性QTL,单个QTL可解释表型变异的7．99%—40．52％,这些QTL分布在1D,2A,2D,3B,3D,5A,6A,6B,6D和7B等10条染色体．30个QTL的加性效应值为正值,其增加效应来自亲本川35050;其余5个QTL为负值,其增加效应来自亲本山农483．获得了蛋白质性状的15个QTL,主要分布在1D,3B和6D染色体;检测到淀粉性状的20个QTL,主要分布在3D,6B和7B染色体;只有7个（20％）交叠QTL（co—location QTL）涉及蛋白质和淀粉性状两方面性状．蛋白质和淀粉性状的QTL有分布在不同染色体、不同区域的趋势．22个QTL簇集于5条染色体的6个区域．蛋白质性状的2个QTL簇（QTL cluster）位于1D和3B染色体,淀粉性状的3个QTL簇位于3D,6B和7B染色体,而涉及蛋白质和淀粉性状的1个QTL簇位于1D染色体．     

线虫DNA序列沿染色体进化的非均匀性

选择了四个信息参量来刻画核酸序列的进化水平,研究线虫染色体全序列、基因序列和基因间序列的进化水平沿染色体的非均匀分布规律.结果显示各类序列的进化水平沿常染色体呈现明显的非均匀性和规律性.进化水平高的序列分布在染色体的两端,是进化活跃区,进化水平低的序列,分布在染色体的中部,是进化保守区;基因序列和基因间序列是协同进化的,在染色体上具有相同的分布规律;Ⅳ号染色体显示出了染色体形成的拼接模式,由此推断常染色体的形成与进化过程是先以一个进化保守序列为核序列,在其两端拼接其它的序列,通过序列间的协调和融合使之逐渐走向成熟;整个X染色体具有稳定的进化水平,进化模式与常染色体不同.     

两种单克隆抗体杂交瘤细胞系染色体的研究

本文对猪痢疾密螺旋体单克隆抗体杂交瘤细胞系和鸭瘟病毒单克隆抗体杂交瘤细胞系(6H细胞系和D细胞系)的染色体进行了初步研究。6H细胞系,染色体平均数为97.5条;染色体数目分布在95—115条之间的细胞占48.33％。D细胞系,染色体平均为99条;染色体数目分布在95—115条之间的占总数54.54%。 两种细胞系细胞的绝大部分染色体为端部着丝点,只有两条中部着丝点染色体,且在两种细胞系中保持相对稳定,可以作为标记染色体。 本文还对两例杂交瘤细胞染色体进行了核型分析。两例染色体都为106条,其中,104条端部着丝点,2条中部着丝终点。     

利用C_ot-1 DNA FISH对3种异源四倍体野生稻的比较分析

利用来源于药用野生稻(CC基因组)的中高度重复序列C_ot-1 DNA作为探针,在相同的洗脱严谨度下,通过荧光原位杂交(FISH)对3种基因组同为CCDD的异源多倍体野生稻,宽叶野生稻(O.latifolia)、高杆野生稻(O.alta)、大颖野生稻(O.grandiglumis)进行基因组比较分析.结果发现:在80%的洗脱严谨度下,杂交信号在宽叶野生稻的C、D基因组上的分布差异较为明显,可以区分24条来源于C基因组的染色体和24条来自于D基因组的染色体;相同洗脱度下的高杆野生稻和大颖野生稻的C、D基因组则区别不明显,表明此2种野生稻中的C、D基因组亲缘关系比宽叶野生稻中的C、D基因组关系要近.在此基础上,分别利用来源于栽培稻(AA基因组)和药用野生稻(CC基因组)的C_ot-1DNA作为探针,在不同洗脱严谨度下,对C、D基因组关系相对最远的宽叶野生稻进行FISH分析,进一步研究宽叶野生稻染色体中C、D基因组的进化关系.随着洗脱严谨度的调整,杂交信号呈现出较高的特异性,主要分布在着丝粒、近着丝粒及端粒区域.结果表明:以不同洗脱严谨度下的FISH结果为基础进行的基因组分析.可进一步提高野生稻染色体识别的准确性,为研究异源多倍体的起源及进化提供依据.     

含裂纹岩石受载后的应力场特征及其影响因素分析

通过数值模拟的方法,应用RFPA^2D软件分析了含裂纹岩石受载后的应力场分布特征,用定义的应力集中系数来分析由于裂纹的影响而产生的应力场强度,并研究了裂纹长度以及它的力学参数等因素对应力场分布的影响。     

The DNA sequence of the human X chromosome

The human X chromosome has a unique biology that was shaped by its evolution as the sex chromosome shared by males and females. We have determined 99.3% of the euchromatic sequence of the X chromosome. Our analysis illustrates the autosomal origin of the mammalian sex chromosomes, the stepwise process that led to the progressive loss of recombination between X and Y, and the extent of subsequent degradation of the Y chromosome. LINE1 repeat elements cover one-third of the X chromosome, with a distribution that is consistent with their proposed role as way stations in the process of X-chromosome inactivation. We found 1,098 genes in the sequence, of which 99 encode proteins expressed in testis and in various tumour types. A disproportionately high number of mendelian diseases are documented for the X chromosome. Of this number, 168 have been explained by mutations in 113 X-linked genes, which in many cases were characterized with the aid of the DNA sequence.     

The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1

The reference sequence for each human chromosome provides the framework for understanding genome function, variation and evolution. Here we report the finished sequence and biological annotation of human chromosome 1. Chromosome 1 is gene-dense, with 3,141 genes and 991 pseudogenes, and many coding sequences overlap. Rearrangements and mutations of chromosome 1 are prevalent in cancer and many other diseases. Patterns of sequence variation reveal signals of recent selection in specific genes that may contribute to human fitness, and also in regions where no function is evident. Fine-scale recombination occurs in hotspots of varying intensity along the sequence, and is enriched near genes. These and other studies of human biology and disease encoded within chromosome 1 are made possible with the highly accurate annotated sequence, as part of the completed set of chromosome sequences that comprise the reference human genome.     

Sequence and analysis of rice chromosome 4

Rice is the principal food for over half of the population of the world. With its genome size of 430 megabase pairs (Mb), the cultivated rice species Oryza sativa is a model plant for genome research. Here we report the sequence analysis of chromosome 4 of O. sativa, one of the first two rice chromosomes to be sequenced completely. The finished sequence spans 34.6 Mb and represents 97.3% of the chromosome. In addition, we report the longest known sequence for a plant centromere, a completely sequenced contig of 1.16 Mb corresponding to the centromeric region of chromosome 4. We predict 4,658 protein coding genes and 70 transfer RNA genes. A total of 1,681 predicted genes match available unique rice expressed sequence tags. Transposable elements have a pronounced bias towards the euchromatic regions, indicating a close correlation of their distributions to genes along the chromosome. Comparative genome analysis between cultivated rice subspecies shows that there is an overall syntenic relationship between the chromosomes and divergence at the level of single-nucleotide polymorphisms and insertions and deletions. By contrast, there is little conservation in gene order between rice and Arabidopsis.     

DNA碱基组成和碱基关联的进化

据ＤＮＡ序列新资料，研究了ＤＮＡ碱基组成和关联与序列进化的关系，进一步证实了关于分子进化信息参数的发现：Ｄ２和Ｘ及其第一子序列的值在粗粒平均的意义下随进化增长，对ＭｙｏｓｉｎＨｅａｖｙＣｈａｉｎ（ＭＨＣ）序列进行了单独的研究，也证实了这个结论，同时研究了信息参数对度的依赖，发现由于碱基组成和关联的漂变造成长序列某些参数值的变小     

濮城油田南区沙二上4-7砂层组低渗透储层流动单元研究

利用孔隙度、渗透率、油藏品质指数和流动层指数4个岩石物性参数，应用交会图法和聚类分析方法对濮城油田南区沙二上4-7砂层组低渗透油藏储层流动单元进行了划分。将其取心井和非取心井划分为A，B，C，D4类流动单元，并依据沉积微相分布特征，通过井间流动单元预测，确定了流动单元的空间展布。研究结果表明，在4类流动单元中，A类具有最好的储集物性，主要存在于分流河道下部；B类储集物性较好，主要存在于分流河道和河口坝中；C类储集物性一般；D类储集物性最差。实际应用效果说明流动单元法可以用来预测储层剩余油分布。     

燃料热值变化对9FA燃气轮机涡轮流场的影响

对GE公司9FA机型地面燃气轮机进行了准三维计算,分析了燃料热值不同对于涡轮流场产生的影响,对比了各种损失在总损失中的比例,能量损失系数沿叶高的分布,并对二次流损失进行了分析.通过分析得出,燃料热值变化导致了流量变化,继而导致了涡轮部分的气动性能发生变化,能量损失也发生了变化.对于能量损失沿叶高分布影响最大的是二次流损失,其他损失沿叶高分布相对比较平均.     

燃料热值变化对地面9FA燃气轮机涡轮部分的影响

本文对GE公司9FA机型地面燃气轮机进行了准三维计算,分析了燃料热值不同对于涡轮部分产生的影响,对比了各种损失在总损失中的比例,能量损失系数沿叶高的分布,并对二次流损失进行了分析。通过分析得出,燃料热值变化导致了流量变化,继而导致了涡轮部分的气动性能发生变化,能量损失也发生了变化。对于能量损失沿叶高分布影响最大的是二次流损失,其他损失沿叶高分布相对比较平均。     

SH2D7基因及其编码蛋白的生物信息学分析

 为了对SH2D7 基因序列及其编码蛋白进行生物信息学分析,应用NCBI 数据库和ExPASy 等程序,对SH2D7 基因核苷酸序列进行了分析,并预测了其编码蛋白的理化性质及二级结构等。结果表明,SH2D7 基因定位于人类染色体15q25.1,包含了6 个外显子和5 个内含子。SH2D7 基因编码蛋白的功能主要涉及基因表达调控、信号传导等;分子量约为49.8 kD,等电点为5.99,是一种亲水蛋白,主要位于细胞核中,有35 个磷酸化位点及22 个抗原位点。     

The genome sequence and structure of rice chromosome 1

The rice species Oryza sativa is considered to be a model plant because of its small genome size, extensive genetic map, relative ease of transformation and synteny with other cereal crops. Here we report the essentially complete sequence of chromosome 1, the longest chromosome in the rice genome. We summarize characteristics of the chromosome structure and the biological insight gained from the sequence. The analysis of 43.3 megabases (Mb) of non-overlapping sequence reveals 6,756 protein coding genes, of which 3,161 show homology to proteins of Arabidopsis thaliana, another model plant. About 30% (2,073) of the genes have been functionally categorized. Rice chromosome 1 is (G + C)-rich, especially in its coding regions, and is characterized by several gene families that are dispersed or arranged in tandem repeats. Comparison with a draft sequence indicates the importance of a high-quality finished sequence.