细茎大豆（G.gracilis）rbcS基因结构与分子进化分析

从细茎大豆的嫩叶中提取总ＤＮＡ，用ＰＣＲ方法扩增得到包含完整编码区的ｒｂｃＳ基因并将其克隆到ｐＢＬＵＥＳＣＲＩＰＴ载体中。完成全基因１０８９个核苷酸测序后，运用ＰＣＧＥＮＥ进行顺序编辑和同源比较，并应用ＭＥＧＡ１．０２１软件中的Ｎｅｉｇｈｂｏｒ－ｊｏｉｎｉｎｇ方面画出Ｒｕｂｉｓｃｏ小亚基仓的系统进化树。     

灵长类酪氨酸酶基因外显子1序列进化研究

酪氨酸酶是黑色素合成当中的关键酶,酪氨酸酶基因的突变将导致白化病,测定了黑猩猩,倭黑猩猩,大猩猩、猩猩、长臂猿、食蟹猴、猴猴９个灵长类中代表物种的酪氨酸酶基因外显子１的ＤＮＡ序列。     

棉花黄萎病菌VdSgel基因的克隆与序列分析

为了探索棉花黄萎病菌（Verticillium dahliae Kleb）是否存在转录调节因子VdSgel,本研究以新疆棉花黄萎病菌强致病力菌株V592为材料,通过设计引物,对棉花黄萎病菌进行了VdSgel基因的克隆和测序。获得VdSgel基因全序列为1533bp,不含内含子,只编码1个含510个氨基酸的蛋白（VdSgel）。VdSgel的N端含有真菌特异的TOS9结构域（COG5037）和Gti1—Pac2基因家族结构域（Pfam09729）。此外N端还含有一个推测的蛋白激酶磷酸化位点（^66KRWTDG^71）及一个核定位信号（^94PGEKKR^100）。系统进化分析结果表明,VdSgel与番茄枯萎菌、荚膜组织胞浆菌、小麦赤霉菌和葡萄孢菌的同源调节因子进化关系较近。本研究为进一步研究VdSgel的功能奠定了基础。     

棉花黄萎病菌VdSge1基因的克隆与序列分析

为了探索棉花黄萎病菌(Verticillium dahliae Kleb)是否存在转录调节因子Vd Sge1,本研究以新疆棉花黄萎病菌强致病力菌株V592为材料,通过设计引物,对棉花黄萎病菌进行了Vd Sge1基因的克隆和测序。获得Vd Sge1基因全序列为1533 bp,不含内含子,只编码1个含510个氨基酸的蛋白(Vd Sge1)。Vd Sge1的N端含有真菌特异的TOS9结构域(COG5037)和Gti1_Pac2基因家族结构域(Pfam09729)。此外N端还含有一个推测的蛋白激酶磷酸化位点(66KRWTDG71)及一个核定位信号(94PPGEKKR100)。系统进化分析结果表明,Vd Sge1与番茄枯萎菌、荚膜组织胞浆菌、小麦赤霉菌和葡萄孢菌的同源调节因子进化关系较近。本研究为进一步研究Vd Sge1的功能奠定了基础。     

H5N1亚型禽流感病毒M基因的克隆与分子进化分析

以一株H5N1亚型禽流感病毒RNA为模板,用RT-PCR方法,扩增M基因全长,将PCR产物克隆于pMD18-T载体,测序结果表明所克隆的982个核苷酸的片段包含了M1和M2基因的完整阅读框架,通过软件推导M1和M2基因分别编码252和97个氨基酸,将M全长序列与Genbank收录的10株H5N1亚型流感病毒M基因序列进行比较,病毒株之间M基因核苷酸序列同源性为92.3%～99.3%,编码的两个蛋白M1和M2氨基酸序列间同源性分别为为96.0%～98.8%和92.9%～99%,分子进化分析揭示了病毒株间的亲源关系.     

鸟类TLR基因进化分析

为了明确鸟类Toll样受体(Toll-like Receptor,TLR)基因物种间拷贝数量差异和基因进化选择,本试验利用BLAST程序对73种鸟类基因组数据进行TLR基因的鉴定,将预测到的序列进行系统发育分析,分析其进化选择方向,探究鸟类TLR基因进化机制.结果显示：1)在73种鸟类中可以预测发现大多数的TLR基因,TLR7基因存在多拷贝现象,多数发生在雀形目中,TLR21在部分鸟类中未预测到;2)在大多鸟类物种中,TLR3基因和TLR21基因表现出正向选择;3)在不同类群中部分TLR基因进化存在差异.结果表明鸟类TLR基因存在不同的选择进化方向.     

黑线仓鼠AVP基因部分序列的系统进化及结构分析

根据GenBank中黑线仓鼠（Cricetulus barabensis）同源物种的AVPcDNA序列设计引物,利用RT-PCR技术得到了黑线仓鼠精氨酸加压素（AVP）基因部分cDNA序列,包括外显子2的全部序列和外显子1、3的部分序列,共433bp,并注册到GenBank（登录号：JN227681）。该段序列共编码143个氨基酸,二级结构预测显示片段中含较多的a螺旋。该序列与其他物种相应区域的比较结果表明其同源性为84％～92％,氨基酸序列同源性为82％-93％。系统进化分析结果与物种亲缘关系的远近一致,该序列的克隆为研究AVP的表达调控机制奠定了基础,将有助于AVP的作用机制的研究及功能分析,同时该cDNA序列可作为物种亲缘关系或遗传距离研究的理想标记。     

一株野生鹧鸪源冠状病毒主要结构基因进化特性分析

从野生禽类鹧鸪的喉气管拭子中分离到1株冠状病毒，命名为Partridge/GD/S14/2003（简写为S14）.通过RT-PCR扩增、克隆测序获得了该毒株的全基因组序列（AY646283），序列经DNAstar分析发现，S14毒株与肾型毒株JX1-99，TJ2-96 S1基因同源性最高，分别达到94.6%和93.4%，并且该毒株的S1基因还和QXIBV，LX4株也存在高度亲缘性，分别达到85%和84.3%，同时对S14 S1基因BLAST时发现只有上述毒株和S14有高度同源.由此推测该鹧鸪分离株S14的进化可能与IBV肾型和腺胃型病毒存在一定关系.序列分析表明，S14毒株与GenBank中注册序列QXIBV，LX4的S2基因同源性最高分别达到97.2%和90.6%，都处于Ⅱ群.M基因系统进化树研究发现，S14处于Ⅲ群，与SAIB20，GD698同源性最高，分别达到90.6%和90.2%；而与其S1，S2基因同源较高的BJ，QXIBV株，M基因的进化关系却较远.N基因同源性和系统进化树分析发现，Ⅰ群毒株可能为H52和Gray株发生重组的结果，Ⅱ群毒株可能为H120和D1466等毒株重组的结果，而S14株处于Ⅲ群，其N基因与QXIBV高度同源，达到95.7%，Ⅳ群为肾型分离株.而与其M基因亲缘性最近的SAIB20，GD698则分处Ⅰ，Ⅳ进化群.     

异种同源基因、分子进化与肿瘤治疗

癌症目前是人类主要死因之一,肿瘤生物治疗(主要是免疫治疗和基因治疗)有望成为继手术、化疗和放疗后肿瘤治疗的第4种模式,具有广阔的应用前景.然而至今仍有很多方面制约着肿瘤免疫基因治疗的发展,有必要探索肿瘤免疫基因治疗的新途径.自然界生物在由低级向高级物种进化的过程中,不同种属的生物之间有相当一部分基因是比较保守的,它们在不同种属的生物之间都呈现出在结构和/或功能上某种程度的相似性,这些基因就是异种同源基因.异种同源基因之间的碱基差别是由突变引起的,这种突变大多是中性突变.异种同源基因在进化过程中所形成的这种细微差别可用来打破免疫耐受、增强免疫原性、诱导肿瘤细胞的自体免疫反应进而达到抗肿瘤的目的.用异种同源基因诱导自体免疫反应进行肿瘤免疫治疗必将为肿瘤治疗开辟一条全新的途径,并为其他疾病的治疗提供新思维.同时对利用包括"人类基因组计划"在内的多种生物基因组计划成果的应用和产业化,对理解在生物进化过程中的基因同源性规律等都具有重要意义.综述了异种同源基因、分子进化与肿瘤免疫基因治疗等问题并开展讨论.     

灵长类CCR5基因的序列进化与系统发育研究

对白颊长臂猿和白臀叶猴的β－趋化因子受体ＣＣＲ５基因进行全序列测定，并与人、黑猩猩、大猩猩，恒河猴，食蟹猴，豚尾猴，阿拉伯狒狒的ＣＣＲ５基因序列进行比较后发现，这些灵长类的ＣＣＲ５基因序列之间以及蛋白质序列之间具有很高的相似性。采用ＰＡＵＰ３．１．１（简约法）和ＭＥＧＡ１．０２（ＮＪ法）对ＤＮＡ序列数据进行聚类分析，得到了这几种灵长类的分子系统树。两种方法得到的分枝结构完全一致，并且其主干分枝与公     

多鳍鱼Shh基因克隆与同源性分析

根据已报道的软骨鱼、硬骨鱼、两栖类、鸟类、哺乳类和人的Sonichedgehog(Shh)基因序列,在Shh基因保守区设计一对简并性引物,利用PCR技术从多鳍鱼cDNA中扩增Shh基因。结果显示,多鳍鱼Shh基因全长1263bp,编码421个氨基酸。通过同源性比较发现,多鳍鱼与肺鱼的同源性最高,为82.5%,二级结构分析表明,Shh蛋白含有30.71%的α螺旋,21.67%的扩展线条和47.62%的无规卷曲,不含β片层;并以蛋白质结构数据库(PDB)中已解析的Shh蛋白的三维结晶结构(3D)为模板,利用http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html同源模建Shh蛋白的三维结构,为进一步研究Shh基因在胚胎体节发育和肢芽图式形成中的功能奠定了基础。     

系统发育分析在古DNA研究中的应用

介绍了系统发育分析的基本原理及各种构树方法的统计学基础,阐述了各种分析方法在古DNA数据分析中的具体应用,并对各种方法的优缺点进行了评价.分析了系统发育分析的局限性和发展趋势,以及古DNA研究的不断发展对其所提出的问题.     

Randomization of protein encoding gene during species evolution

Employing chi-square teat, the authors observed the bias of 4 kinds of bases’ locating in 3 codon positions in gene sequence, and proved that there is a positive correlation between higher chi-square value and protein coding structure. By this, the observatlon that genes undergo progressive reduction in chi-values along evolution direction will reflect the progressive randomization of gene structures and the loss of the characteristics of protein coding sequences. The result proposed that during the evolution of life, genes are unexpectedly degenerating.     

羚牛细胞色素b基因序列分析和系统进化研究

应用聚合酶链式反应（PCR）分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素b基因,并对其全序列（1140bp）进行了测定。其中羚牛细胞色素b基因序列属首次报道。通过对8种偶蹄类动物细胞色素b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的分子系统树,发现羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近,与其他动物亲缘关系较远。表明将羚牛放入羊亚科较为合理,序列差异分析还表明羚羊约在距今500万年前（上新世）从牛类动物中分化出来,牛类分化时间约在600万年前的中新世（Miocene）。     

转betA/als基因棉花生存竞争力和基因漂流的调查

对导入乙酰乳酸合成酶突变基因als及来自大肠杆菌的胆碱脱氢酶基因betA的棉花纯合株系T3、T4代植株的田间农艺学性状和基因漂流进行了研究。 结果表明,与野生型对照鲁棉研19相比,转betA/als基因棉花涉及生存竞争力的一些农艺学性状,如种子繁殖能力、贮存后活力以及盐碱地条件下的经济产量等显著提高,转基因棉花的棉花纤维马克隆值下降,其它农艺学性状无明显差别;获得的转基因性状之一除草剂抗性遗传稳定,并在田间表达良好;在转基因棉花释放区面积为6?m×6?m的条件下,als基因通过花粉介导进入野生型棉花的频率随着非转基因棉花种植区与释放区之间的距离增大而迅速降低,采取适当的隔离距离（大于200?m）,可以避免外源基因逃逸事件的发生。但设置隔离区时应考虑昆虫对花粉传播等不确定因素的影响,适当加大隔离距离。     

棉花半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因的克隆、表达与活性研究

通过从已构建好的突变体湘棉-18的cDNA文库中筛选分离出一个半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因的全长cDNA序列,经测序和序列分析,发现该片段包含一个完整的开放阅读框,长378个碱基,编码125个氨基酸,氨基酸序列中包含了一个半胱氨酸蛋白酶抑制剂家族的保守区段Gln-Val-Val-Ala-Gly;信号肽预测发现该序列包含一个N端信号肽,保守区分析该基因编码的氨基酸包含一个半胱氨酸蛋白酶抑制剂相似区域.半胱氨酸蛋白酶抑制剂在大肠杆菌中表达重组蛋白,在条件为30℃,IPTG 5mmol/L,时间24～36h时,CPI实现最优表达,Western Blotting分析表明表达的蛋白正确.通过木瓜蛋白酶活性抑制实验,结果表明该重组CPI具有一定的酶活抑制作用.     

Identification of RAPD marker linked with fertility-restoring gene of cytoplasmic male sterile lines in upland cotton

Bulked segregant analysis was employed to construct two mixed DNA pools to screen the RAPd marker linked with the fertility-restoring gene(Rf _i) of upland cotton. A total of 425 arbitrary 10-mer oligonucleotide primers were screened on two DNA pools, bulked male fertile and sterile DNAs isolated from BC₃ segregating population of (0-613-2R X Simian No. 3). Three primers produced repeatable polymorphisms between the paired bulks and their parents. DNA was extracted and amplified with these three primers for 92 plants of (Zhong 12A-1 × 0-613-2R)F₂. Based on the male fertility scoring and RAPD amplification, it is found that one RAPD marker fragment designated OPV-15₃₀₀ was linked with the fertility-restoring gene (Rf₁) with a recombination value of 13.0±2.57%.     

土曲霉CCTCCAF93044植酸酶基因的克隆及序列分析

参考Hartingsvedt已发表的NRRL3135植酸酶（phyA）基因序列,设计并合成了一对引物,应用PCR技术,以土曲霉CCTCCAF93044总DNA为模板,扩增出了不包括假定的信号肽序列的phyA基因,并将其克隆到PMD18－T载体上,测定了其核苷酸序列,并推导了其氨基酸序列,该基因全长为1433bp,与已发表的NRRL3135的phyA基因的同源性为97％,编码一个含458个氨基物的蛋白质。