干扰素诱导的IFI-200蛋白家族研究进展

IFI-200蛋白家族是一组高度保守的干扰素诱导蛋白,家族中的每个成员其C-末端含有一个或几个特征性200氨基酸结构域.到目前为止,已发现有10个IFI-200蛋白家族成员,其中6个成员来源于小鼠,包括p202a、p202b、p203、p204、p205和p206,另外4个成员来源于人体,分别是IFI16、MNDA、AI M2和IFIX.IFI-200蛋白家族成员已知参与细胞生长、细胞衰老、细胞分化及细胞死亡的调控.但是,最近愈来愈多的证据显示IFI-200家族成员在人类肿瘤及自身免疫疾病中起作用.     

黑斑蛙Dmrt4基因的克隆测序

Dmrt基因家族是新近发现的一个与性别决定相关的基因家族.该家族成员都含有一个新的具有DNA结合能力的保守基序--DM结构域,它们在性别决定和分化发育的调控中担负重要的功能.本文采用简并PCR技术,扩增并克隆了黑斑蛙基因组中的DM结构域,经序列分析,获得了Dmrt家族的一个成员rnDmrt4.通过对不同进化地位的物种进行Dmrt4基因的氨基酸序列聚类,发现了Dmrt4基因在系统进化中具有高度保守性,提示该基因在性别分化和功能维持上可能具有重要作用.     

硫酯蛋白家族保守区域分析

硫酯蛋白家族(thioester-containing proteins,TEPs)广泛分布于动物界,在动物非特异性免疫反应中发挥了重要的作用,然而其家族成员多,分子进化关系复杂.本研究从基因数据库中挑取已收录TEPs家族各成员的氨基酸全序列,包括α2-巨球蛋白、补体3、补体4、murinoglobulins、卵巨球蛋白、妊娠区带蛋白,α-1-抑制因子等.多重序列比对分析TEPs家族各成员间功能位点和保守区域的变化,构建系统进化树分析TEPs家族分子进化.TEPs家族除保守的GC*EQ**硫酯键区域及两侧的脯氨酸残基,还有7个完全保守的氨基酸残基及G*****Q*T,FPETW,QTD,KPTVK等保守区域.上述分析结果可为深入研究TEPs家族分子进化及动物非特异性免疫进化提供参考.     

Wnt信号通路在哺乳动物卵泡发育中的作用

Wnt是一类癌基因。Wnt信号分子家族调控着多个组织脏器的胚胎发育,在动物发育过程中具有广泛的作用。Wnt信号通路作为一种在进化中高度保守的信号通路,在动物生长、发育、代谢和干细胞维持等多种生物学过程中发挥重要作用。     

植物中的DREB类转录因子

DREB转录因子属于AP2/EREBP转录因子家族.AP2/EREBP转录因子是特异存在于植物中,与植物发育密切相关的一类转录因子的总称.该家族有五个亚家族,其家族成员的蛋白质序列均含有保守的AP2 domain.其中,DREB转录因子特异地与DRE顺式作用元件相结合,在调节低温,干旱和高盐等胁迫反应时具有重要作用.一个DREB转录因子可以调控下游的多个抗逆基因,从而使植物产生抗逆性.植物抗逆反应是一个非常复杂的过程,目前人们对其信号转导正在进行进一步的探究.     

水稻DUF642家族基因的鉴定及在非生物逆境中的表达分析

DUF(domain of unknown function)家族,是指含有未知功能域的蛋白质家族,在植物生命活动中发挥着重要的调控作用. DUF642是其中一个高度保守的植物特异性的未知细胞壁相关蛋白家族,参与调控植物的生长发育以及逆境响应.在水稻全基因组内对DUF642家族成员进行了鉴定,并对其染色体定位、进化关系、基因结构、蛋白结构和启动子顺式作用元件等进行了系统的分析.结果显示,水稻DUF642基因家族有6个成员,分布在1号、3号、4号、7号染色体上.系统发育进化树分析可将6个水稻DUF642蛋白分为3个亚组,基因结构和蛋白结构保守基序分析都表明水稻DUF642家族成员在进化上具有较高的保守性.启动子顺式作用元件预测以及非生物逆境诱导表达模式分析表明,OsDUF642家族基因在水稻响应非生物逆境胁迫中具有重要作用.以上结果加深了对植物DUF642基因家族的认识,并为进一步阐明OsDUF642基因家族成员在水稻抵御非生物逆境中的生物学功能提供了参考依据.     

哺乳动物Gpx 基因家族进化选择和功能分歧研究 (动物科学)

研究哺乳动物谷胱甘肽过氧化物酶基因家族(Gpx)的亲缘关系和进化选择压力性质。从NCBI等网站获取哺乳动物Gpx基因编码区核酸序列和GPX蛋白氨基酸序列,并用MEGA、Clustal构建亲缘关系树,用SignalP和TargetP分析信号肽和亚细胞定位信息;用K estimator和PAML分析其Gpx基因家族进化先后顺序和选择压力;用Diverge分析GPX蛋白家族功能分歧。结果表明,GPX蛋白家族进化中形成两个亚类,其一包括GPX1和GPX2,其二包括GPX3、GPX5和GPX6;各GPX蛋白成员均有高度保守的GPX蛋白家族基序和高度保守的硒代半胱氨酸或半胱氨酸残基,氨基端信号肽分析显示,GPX1蛋白为胞浆线粒体型,其余家族成员均为胞外分泌型;哺乳动物Gpx1基因进化上受到严格的负选择作用,Gpx基因家族成员保守区也受到负选择作用,但用枝位点模型却检出了正选择作用,GPX蛋白家族内存在轻微的功能分歧。哺乳动物GPX蛋白家族的进化上的负选择作用表明其在哺乳动物清除自由基抗氧化方面的关键作用。     

猕猴胚胎干细胞神经分化过程中ASPP家族变化的初步研究(英文)

为研究肿瘤细胞凋亡调控因子ASPP(Apoptosis-stimulating protein of p53)家族蛋白(ASPP1,ASPP2,iASPP)在猕猴神经系统细胞早期发育过程中是否存在变化,并初步研究其变化趋势,通过体外诱导猕猴胚胎干细胞定向分化为神经前体细胞模拟猕猴神经系统细胞早期发育过程,并对此过程中细胞内ASPP蛋白量进行检测,检测方法使用细胞免疫荧光和western blotting.实验初步检测出,肿瘤调控因子ASPP家族蛋白在猕猴神经系统细胞早期发育过程中在蛋白量和蛋白分子量上有变化,并且可以初步了解其变化趋势.该实验结果表明ASPP蛋白家族作为肿瘤细胞凋亡调控因子与猕猴神经系统早期发育过程有着密切的关系,这也许对将来治疗神经系统退行性疾病和肿瘤发生有一定帮助.     

赤点石斑鱼促性腺激素及其受体基因的克隆和表达模式分析

鱼类脑垂体分泌的促性腺激素(GtHs)与分布在性腺中的促性腺激素受体(GtHRs)所形成的信号通路,在性腺发育过程中发挥了重要作用.为了解GtH/GtHR信号通路在雌性先熟雌雄同体鱼类性腺发育过程中的作用,本文克隆了赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)GtHsβ亚基(FSHβ和LHβ)及其受体GtHRs(Fshr和Lhcgr)基因的序列,并分析了它们在性腺发育过程中的表达模式.结果表明:FSHβ和LHβ具有糖蛋白激素家族成员保守的结构特征;Fshr和Lhcgr具有糖蛋白激素受体亚家族保守的结构特征;FSHβ和LHβ基因仅在脑垂体表达,而Fshr和Lhcgr基因仅在性腺表达;在性逆转早期(ET)阶段FSHβ表达量处于低水平,但在性逆转后期(LT)阶段和雄性阶段表达量升高;LHβ的表达模式与FSHβ相似,但从ET阶段到LT阶段,与FSHβ相比其表达量的升高幅度较低;性腺中Fshr和Lhcgr在雌性和ET阶段表达量都很低,LT阶段明显上升,雄性阶段达到最高水平,但Fshr表达量远远高于Lhcgr.研究结果提示,GtH/GtHR通路参与了赤点石斑鱼的性腺发育过程,其中FSH信号通路在这过程中可能发挥更主要的作用.     

FZD蛋白家族的起源与演化分析

FZD(Frizzled)蛋白家族是Wnt信号通路的跨膜受体,在动物发育过程中起着非常关键的作用.通过对不同物种(从单细胞动物到哺乳动物)基因组中FZD家族基因的检索,发现FZD蛋白家族起源于早期的、与海绵动物具有共同祖先的后生动物.进化分析结果表明,FZD蛋白家族分为4个亚家族:FZD1/2/3/4/6/7亚家族、FZD5/8亚家族、FZD4亚家族和FZD9/10亚家族;不同亚家族之间的motif组成不同,但在C端都含有一个保守的KTXXXW motif.进化速率分析结果表明,尽管FZD蛋白家族成员在演化过程中受到较强的纯化选择,但是在其基因发生复制或motif组成变化的分支上仍有正选择的作用.该结果可为进一步理解FZD蛋白家族的起源与演化动态提供一定的参考.     

胚胎发育过程中与TGF—β相关的多肽信号分子的作用

在所有已研究过的有机体中，胚胎诱导－即从某个细胞群发出的信号影响另一个细胞群命运的过程－在发育中都起了主要的作用。在许多情况下，信号分子属于数个高度保守的蛋白质大家庭，而最初被确认的是哺乳动物生长因子。已知的最大家族与变形生长因子β有关，就目前所知，它至少包括了２４个不同的成员。在果蝇中，对与ＴＧＦ－β相关的基因ｄｅｃａｐｅｎｔａｐｌｅｇｉｃ（ｄｐｐ）进行的遗传学研究表明，在发育过程中，这种蛋白质     

苹果全基因组AHK家族成员鉴定及表达分析

通过生物信息学分析,将从苹果全基因组中鉴定出的11个组氨酸激酶蛋白基因(MdAHKs)依次命名为MdAHK1～MdAHK11,依据是这些基因在染色体上的位置;此外,对MdAHK1～MdAHK11的理化特性、系统进化关系、蛋白基序及启动子元件进行了分析.MdAHK编码的蛋白大小为901～1 230 aa;等电点介于4.95和8.56之间;对蛋白保守基序的分析发现,MdAHKs家族成员中有4～10个保守基序,根据系统进化分析将MdAHKs家族11个成员分为了A1, A2和A3共3个亚家族.此外,利用RT-qPCR技术检测了试验材料苹果砧木"M9-T337"中MdAHKs在不同组织以及不定根发育不同时期的表达量;结果发现MdAHKs家族中MdAHK1,MdAHK4,MdAHK5和MdAHK9在根、茎中高表达,同时响应6-BA处理表达量显著下调,Lovastatin(细胞分裂素抑制剂)处理表达量呈上调趋势.结合生物信息学分析和荧光定量结果推测MdAHK4,MdAHK5,MdAHK9可能在介导苹果砧木不定根的发育过程中发挥重要作用.     

植物BURP-蛋白家族

BURP-蛋白是植物中所特有的一类蛋白．目前,在NCBI数据库登录的BURP-蛋白序列已超过260个,其中有20余种在文献中有报道．BURP-蛋白家族成员在初级结构上具有相似的特征：N-端多含有疏水的信号肽序列,而G端均含有保守的BURP-结构域．它们具有一定的组织特异性和不同的表达模式,在功能上或与特定组织、细胞的发育有关,或参与植物的逆境胁迫响应．文中主要从BURP-蛋白家族成员的结构、系统进化、表达及功能等方面对这类蛋白的特点及它们在植物生长发育中的重要性进行了讨论．     

非典型钙粘蛋白Celsr1-3在神经系统发育和PCP中的功能

Celsr1-3(Cadherin EGF Laninin Seven Pass Receptor 1-3)是果蝇Flamingo/starry night的哺乳动物同源基因,其编码属于钙粘蛋白家族的非典型钙粘蛋白.Celsr1-3是“核心平面细胞极性(PCP)基因”组的成员.3个Cekr基因在小鼠中枢神经系统发育过程中都有表达.总结有关Celsr1-3在神经系统发育和PCP中的工作.Celsr1是在脊椎动物PCP的主要参与者,在许多典型PCP事件中发挥着重要作用.Celsr2和Celsr3可调节纤毛生成,并很可能是通过PCP信号参与调控脑室管膜纤毛发生.Celsr1-3在FBM神经元迁移过程中扮演着不同的重要角色.Celsr1决定FBM神经元迁移的方向,而Celsr2和3则控制其迁移能力.越来越多的证据证明Celsr1-3在神经系统的发育、维持以及PCP中发挥着多种不同的重要作用.     

Toll样受体2的研究进展

Toll样受体家族（TOU likereceptors,TLRs）是先天性免疫系统进化过程中形成的非常保守的模式识别受体家族,Toll样受体2（T011-likereceptors2,TLR2）是已经克隆的Toll样受体家族中表达范围最广,识别病原微生物种类最多的成员。它可单独或协同其他Toll样受体家族成员完成对病原体相关分子模式的识别,触发机体对致病微生物的级联免疫应答,尤其是针对细胞毒素的抗炎症反应具有重要的作用,已经成为多种疾病治疗的新靶点。文章对N-SL动物TLR2的分布,结构特征,配体识别,信号转导及其生物学功能的最新研究进展进行了综述。     

大豆bHLH转录因子家族成员的进化及功能分化研究

碱性螺旋-环-螺旋蛋白(basic Helix-Loop-Hleix,bHLH)转录因子家族是动植物中最大的转录因子家族之一,主要由碱性氨基酸区域和螺旋-环-螺旋区域组成,在动植物生长发育和胁迫应答反应中发挥着重要作用.本研究通过对大豆全基因组生物信息学分析和分子生物学研究手段,深入研究了大豆bHLH基因家族的进化机制,同时探讨了该基因家族在大豆中的功能分化.结果表明,大豆中含有340个非冗余的bHLH基因家族成员,通过对这些成员的Pfam蛋白结构域、Motif组成和系统进化关系的分析,将这些成员分为15组共24个亚家族,在大豆20条染色体上呈现不均匀分布.bHLH理化性质差异较大,编码的大豆氨基酸数量为91～815aa,相对分子量为10 273.88～91 300.38,理论等电点为4.56～10.40;碱性氨基酸区含有His5-Glu9-Arg13保守序列,与靶基因结合有关,HLH区含有Arg23和Arg55,与形成二聚体有关,同时含有5种保守元件.多数成员在大豆根以及花发育的5个时期中具有组织表达特异性,不同基因表达量差异较大.     

苦荞CCT基因家族生物信息学及表达分析

CCT转录因子在调控植物花期、生长发育及抗非生物胁迫等方面发挥着重要的功能。本研究以拟南芥AtCCT基因家族为参考序列,利用本地BLAST并结合保守结构域等生物信息学工具,筛选出苦荞FtCCT基因家族成员,并对其理化性质、染色体分布、基因结构、系统进化及表达水平进行分析。结果显示:从苦荞中共鉴定出35个FtCCT基因,含1-8个内含子;编码蛋白有117-753个氨基酸残基,等电点为4.96-9.51,均为亲水性蛋白。染色体定位分析表明,这些基因在8条染色体上均有分布。苦荞FtCCT基因家族含有10个保守基序和5个保守结构域,且都含有CCT保守结构域。系统进化分析表明,苦荞的FtCCT基因家族与拟南芥一样可分为3个亚家族,其中CMF亚家族的成员最多。35个FtCCT基因在苦荞根、茎、叶和花中的表达水平具有差异性,在叶和花中具有高表达量的成员较多,只有少数的成员在根和茎中高表达。本研究为进一步解析CCT基因调控苦荞花期及生长发育奠定基础。     

植物糖基化磷脂酰肌醇锚定蛋白LORELEI家族研究进展

植物LORELEI （LRE）蛋白家族是植物糖基化磷脂酰肌醇锚定蛋白（GPI-AP）亚家族的一种,在拟南芥中有4个成员,分别为LRE,LRE-like GPI-AP 1（LLG1）,LLG2和LLG3。这些成员在植物体内的表达位置和功能不同。LRE主要在雌配子体的助细胞、卵细胞和中央细胞表达,在助细胞中表达量最高,另外在受精卵与胚乳中也有部分表达。LRE主要参与高等植物的双受精作用,介导花粉管接受并调控胚胎的早期发育。LLG1在植物各组织器官中都有表达,在营养器官（根和叶）中表达水平最高,主要调控植物生长发育（如根与根毛生长）、盐逆境应答,以及免疫应答过程。LLG2和LLG3主要在成熟花粉粒和花粉管中表达,调控花粉管生长与爆裂,释放精子完成双受精作用。该文综述了植物LRE家族成员组成、蛋白质特征,及其在植物生长发育与逆境应答过程中的作用。     

hnRNPK基因在猪成肌细胞增殖分化过程中的表达及分子调控机制研究

<正>我校生命科学学院徐永杰博士主持获批国家自然科学基金项目:hnRNPK基因在猪成肌细胞增殖分化过程中的表达及分子调控机制研究,项目批号:U1204326.异质性胞核核糖核蛋白K(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K,hnRNPK)是从梅山猪骨骼肌不同发育时期的蛋白质组动态表达中筛选出的一个差异表达蛋白质,是hnRNPKs家族中的成员之一.作为机体内一个重要的多功能蛋白,它与神经系统和卵巢的发育、多种器官发生以及某些肿瘤的发生发展密切相关,在骨骼肌的分化发育中可能起着非常重要的作用.该项目从猪hnRNPK基因的表达着手,围绕该基因在成     

2个水稻花发育相关MADS-box基因的全序列cDNA克隆及结构分析

一组具有MADS-box结构域的转录因子在控制花器官的诱导与发育中起着重要作用．以水稻广陆矮4号(Oryza sativa L．Guang-Lu—Ai No．4)幼穗总RNA为模板，根据MADS-box保守区的序列设计简并性引物。利用3′-RACE的方法获得了2个新的水稻花发育相关MADS-box基因，分别命名为FDRMADS3和FDRMADS4；并利用5′-RACE的方法获得了该2个基因完整的cDNA序列，包括完整的编码区，5′-UTR和3′-UTR．它们编码的蛋白质都具有典型的MADS-box结构域和半保守的K区，其与水稻中其他家族成员的MADS-box结构域同源性高达90％以上，这说明它们都是典型的MADS-box基因．