一种冰川微生物总DNA的提取方法

利用SDS高盐法对冰川微生物总DNA进行了提取,实验结果表明这种方法对不同区域的冰川都可以提取到长度大于15kb的DNA片段,所得DNA应用细菌16S rRNA基因的引物进行PCR扩增,均能获得目的片段。因此,SDS高盐法是一种高效、简单的从小量冰川样品中直接提取DNA的理想方法。     

内蒙古荒漠草原土壤微生物DNA提取方法的研究

利用三种提取方法从内蒙古荒漠草原土壤样品中提取了土壤微生物DNA,得到的DNA片段长度在23 kb以上,提取效果较好无降解.采用试剂盒直接纯化、凝胶回收试剂盒纯化、玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化这三种方法对粗提液进行纯化,结果显示:凝胶回收试剂盒纯化后DNA纯度最高,试剂盒直接纯化可得到较纯的DNA,而玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化的效果不佳,不宜进行后续的PCR扩增.以纯化的土壤微生物DNA为模板扩增了细菌16SrDNA,扩增产物分子量为1.5kb左右.通过比较研究提出了一种适合于从荒漠草原土壤中进行微生物DNA提取、纯化及PCR扩增的有效方法.     

污水处理系统中噬菌体的浓缩分离和宏合格基因组DNA的提取

以城市污水活性污泥为材料,经分级粗滤、超滤、等密度梯度离心等方法获得高纯度噬菌体悬液,常规SDS方法提取噬菌体DNA.荧光显微镜观察和计数表明浓缩液中噬菌体的纯度和丰度都显著提高;利用透射电镜对浓缩液进行观察,噬菌体的形态呈杆状、线状等多样;基因组提取结果显示,得到的DNA样品纯度高,大小介于20~25kb之间,电泳条带清晰,整个泳道没有弥散现象;利用细菌通用引物对提取的噬菌体DNA进行16SrDNA扩增阴性,说明所得到的噬菌体纯度较高,没有细菌污染.通过实验获得一种高效快捷的从污水处理系统中纯化浓缩噬菌体并进一步获得噬菌体宏基因组DNA的方法,同时为研究环境噬菌体生态分布、多样性组成奠定基础.     

自来水中细菌宏基因组DNA的浓度与细菌菌落总数的相关性分析

分析自来水中细菌宏基因组DNA浓度与细菌菌落总数之间的相关性,探索新的自来水细菌菌落总数检测方法。采用国标法检测自来水中的细菌菌落总数约为(165±5)CFU/m L,高于国标限值(100 CFU/m L)。通过计算得出,检测600 m L本实验水样中的细菌菌落总数相当于检测1 000 m L(1 L)100 CFU/m L的自来水。首先将600 m L及低于和高于该体积不同体积梯度的自来水经滤膜过滤收集菌体;然后使用细菌基因组提取试剂盒提取滤膜上的细菌宏基因组DNA,电泳分析提取的宏基因组质量;最后检测各个体积自来水宏基因组DNA浓度,根据检测结果分析自来水中宏基因组DNA含量与细菌菌落总数之间的相关性。提取的自来水宏基因组DNA主条带清晰,可以进行基因组DNA含量测定分析;自来水中细菌宏基因组DNA浓度与细菌菌落总数之间呈正相关的线性关系。建立一种通过检测自来水中细菌宏基因组DNA浓度来反映细菌菌落总数的检测方法,检测灵敏度可达7 CFU/m L,且省时、重复性好。     

红树林土壤环境DNA提取和纯化方法比较

探讨适合红树林土壤环境DNA的提取及纯化方法,筛选出可以提取到高质量且物种覆盖度广的环境DNA的方法。本研究通过多种方法提取和纯化红树林土壤环境DNA,并进行物种覆盖度(细菌、真菌、底栖无脊椎动物、植物、线虫)的比较评估。用6种方法提取红树林潮间带林下土壤环境DNA,并使用2种方法对DNA进行纯化;用不同物种类群的通用引物进行PCR扩增,评估各种方法提取和纯化的环境DNA的物种覆盖度。结果显示,不同方法提取DNA的效率有一定的差异,但2种方法纯化前后DNA的质量并没有显著差异;5种试剂盒方法提取的DNA均可以有效扩增出细菌和无脊椎动物的DNA;DNeasy PowerSoil试剂盒提取的DNA扩增植物引物结果最佳;来自不同区域红树林土壤的DNA在扩增真菌对应引物时差异较大;2种试剂盒直接提取的DNA可以有效扩增出线虫的DNA。本研究为今后基于环境DNA技术研究红树林生物多样性工作的顺利开展提供科学依据,奠定了一定的基础。     

土壤微生物DNA提取方法的研究

目的 研究土壤微生物DNA的提取方法.方法 选用3种常见有效的土壤微生物DNA提取方法与本实验设计的土壤微生物DNA提取方法对麦田土壤微生物DNA进行提取比较.结果 4种方法均能从麦田土壤中提取到片段长度大于22kb的DNA片段,不同方法提取的DNA浓度有一定的差异.提取得到的总DNA不需要纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA的通用引物可以扩增得到相应的片段.结论 该法操作简便、提取快速、DNA纯度和得率较高.     

细菌基因组DNA提取方法简化的研究

DNA提取是生物学领域最基础的操作,是科研和生产中常用的方法。但是液氮的使用、操作过程的繁琐限制了该技术乃至其他生命科学技术的推广和发展。本文研究了不同方法提取细菌DNA的效果,简少了DNA提取步骤,为核酸提取方法的简化提供了思路。     

不同方法提取鳗鲡病原茵DNA模板的差异分析

利用吸光值、琼脂糖电泳及PCR差异扩增等指标,对酚一氯仿法、水煮法、碱裂解法3种方法制备的鳗鲡病原菌DNA模板进行了差异分析．结果表明：1）不同方法提取的病原菌模板DNA的浓度、纯度及分子质量大小存在差异,但以这3种方法提取的病原菌DNA为模板,均能成功扩增到细菌16SrD．NA和外膜蛋白的保守序列．其中,酚一氯仿提取的模板DNA浓度较低、纯度较高;水煮法和碱裂解法提取的模板DNA浓度较高、纯度较低．2）电泳显示,3种方法获得的模板DNA扩增出的16SrDNA保守序列条带均一,没有显著差异,但在外膜蛋白保守序列的扩增中却因菌种和模板提取方法的不同而存在差异．     

浓香型白酒窖泥中总DNA提取方法的研究

本研究针对5种白酒窖泥总DNA提取方法(预处理+DNA提取液+SDS法,改进的化学裂解法,CTAB+SDS+反复冻融,SDS细胞裂解法,玻璃珠+CTAB+溶菌酶法),探索适合微生物多样性研究的细菌16SrDNA和真菌ITS-5.8SrDNA的PCR扩增的窖泥总DNA提取方法.结果表明,采用玻璃珠+CTAB+溶菌酶法和化学裂解法提取DNA无明显降解、重复性好,可用于后续细菌16SrDNA和真菌ITS-5.8SrDNA的PCR扩增.     

肠道集聚性大肠杆菌基因组脱氧核糖核酸提取方法比较与改进

为了得到一种高效的肠道集聚性大肠杆菌基因组脱氧核糖核酸(DNA)提取方法,比较OMEGA、天根、宝生物、全式金4种细菌基因组DNA提取试剂盒对肠道集聚性大肠杆菌基因组DNA的提取效果,并对宝生物、全式金试剂盒提取方法进行优化;测定所提取的基因组DNA的纯度及浓度,并进行基因组完整性检验及特征基因检测.结果表明,使用全式...     

一种简便高效提取细菌总DNA和RNA的方法

本科实验教学中,细菌总DNA和RNA的提取是一个基础实验.但该实验中经常出现DNA提取不出来、产量低、条带不清晰、RNA降解、蛋白残留多等问题,影响了学生对细菌DNA和RNA的直观认识,降低了实验教学效果.将常规提取方法进行精简优化,摸索出一种简便、稳定、高效、成功率高的DNA和RNA同时提取的方法.所获样品电泳条带清晰,无降解,蛋白残留少;且实验步骤少,基本每个学生都能获得理想结果,明显改善了教学实验效果,值得在本科生物化学实验教学中推广.     

基于PCR-DGGE技术的渤海湾滩涂原油降解菌群分析

采集天津渤海湾滩涂沉积物,以原油为唯一碳源富集原油降解菌群.采用三种不同细菌DNA提取试剂盒提取原油降解菌总DNA,结果显示New Probe细菌基因组DNA小量提取试剂盒提取出的细菌总DNA质量和纯度最理想.通过对PCR体系中引物量、模板量和PCR程序中退火温度、循环数的优化,确定优化的PCR条件为:25μL Master、3μL DNA模板、1μL Primer-1、1μL Primer-2、20μLdd H_2O.扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性1 min、55℃退火1 min、72℃延伸1 min,25个循环;72℃延伸6 min.原油降解菌的DGGE指纹图谱分析表明原油降解菌群的群落结构相对稳定,没有出现明显的减弱趋势.     

不同土壤微生物DNA提取方法比较

用4种土壤微生物DNA提取方法提取了3种类型土壤的微生物总DNA,利用分光光度法测定4种DNA的OD260、OD280,并计算和分析DNA提取物的产率和纯度.研究发现：方法4即改良的DNA提取方法,无论是提取DNA的产率,还是提取DNA的纯度,都较其他3种方法高,说明改良的DNA提取方法能够准确有效地提取3种类型土壤的...     

中药材贝母DNA不同提取方法的比较

目的探讨中药材贝母DNA的不同提取方法,为中药贝母的分子生物学鉴定提供参考.方法利用苯酚法、CTAB法、SDS法从中药贝母中提取DNA,通过紫外分光光度和琼脂糖凝胶电泳对所得DNA样品含量及纯度进行检测.结果利用3种不同的方法提取,药材贝母DNA的A260/A280在1.80±0.23左右.结论利用3种不同DNA提取方...     

实时荧光定量PCR技术检测牙周炎致病菌中16S rRNA DNA探针的制备

利用实时荧光定量PCR和细菌16S rRNA测定技术制备牙龈卟啉菌染色体探针,并进行检测,为进一步研究牙周病可疑致病菌提供方法.主要方法是:厌氧环境下培养牙龈卟啉菌,抽提细菌DNA;根据基因库已知牙龈卟啉菌16S rRNA DNA序列,设计特异性的TaqMan探针和一对引物;经实时荧光定量PCR仪进行细菌DNA样本的PCR反应获得反应曲线.结果表明,细菌DNA样本经PCR反应后,在15个循环时,开始出现扩增曲线,此后荧光逐渐增强,在26个循环后达峰值.由此可见,利用细菌16S rRNA技术制备致病菌染色体探针,经实时荧光定量PCR测定,可以对目标微生物进行准确定性和定量.     

3种不同方法对标本基因组DNA固定和抽提效果研究

利用常规基因组DNA抽提方法,对分别用甲醛、乙醇、聚乙二醇3种固定液固定的鲫(Carassius auratus)肌肉样品基因组DNA提取进行了比较研究。结果表明:5%甲醛保存的样品很难提取到完整的基因组DNA,乙醇95%和聚乙二醇(分子量为600)保存的样品均能成功提取出基因组DNA,并能成功地进行18S rDNA的扩增。同时探讨了不同固定方法对基因组DNA提取的影响。     

M48磁珠法提取脱落细胞DNA的改良方法

目的:对M48磁珠法提取脱落细胞DNA进行改良。方法:在常规M48磁珠法基础上省略MW1试剂及一次酒精的洗涤步骤,同时利用磁力架快速倾倒溶液法及吸瓶加液法减少提取时间。结果:采用两种方法提取DNA,在STR检验成功数及图谱上没有明显差异,但用改良的M48磁珠法提取时间少于常规的M48磁珠法。结论:采用改良的M48磁珠法提取纯化DNA,可以缩短提取时间,并能保证提取质量。     

厦门市区10月份大气气溶胶中细菌群落结构的初步研究

为了全面准确地研究厦门大气气溶胶的细菌群落构成,使用不依赖于培养的分子生态学手段对厦门市区10月份大气气溶胶中的细菌群落结构多样性进行了分析.通过气溶胶采样器在10月份3次收集了气溶胶样品,利用膜DNA提取试剂盒能够较有效地提取到气溶胶中的环境DNA,并且所提取的DNA能够用于后续的PCR扩增及细菌16S rRNA基因克隆文库的构建.克隆文库中的100个克隆子分别分布在3个细菌类群中,分别是:壁厚菌门(Firmicutes),β及γ变形细菌门(Proteobacteria).其中厚壁菌门的克隆子占71%,β变形细菌门占28%,γ变形细菌门占1%.细菌气溶胶的优势菌为Solibacillus属、微小杆菌属(Exiguobacterium)、罗尔斯顿菌属(Ralstonia).在所构建的克隆文库中,发现有部分的克隆子的序列与致病菌或机会致病菌的16S rRNA基因的序列相似,包括引起医院血液感染的细菌不动杆菌属(Acinetobacter)和皮氏罗尔斯顿菌(Ralstonia pickettii),坏疽性口炎及口腔溃疡病原菌(Caryophanon sp.)等.为长期全面监测厦门市微生物气溶胶的组成与变化以及评估空气中微生物对人类健康的潜在影响提供了重要信息.     

人类外周血中提取基因组DNA方法的探索

目的:传统的酚、氯抽提法的基础上进一步改进DNA提取方法，为分子遗传学研究打下基础.方法:人类基因组DNA提取传统方法和改进方法.结果:改进的方法可以得到大量的较完整的基因组DNA,并且纯度达到1.8～2.0.结论:本改良法提取的DNA总量明显较高,提取效率高,PCR扩增的效果好,是外周血基因组DNA提取首选考虑的方法.     

全血基因组DNA3种提取方法的比较

目的:比较从全血中3种提取DNA方法所需要的时间、样本量、提取的DNA纯度、产量以及方法本身的优缺点.方法:采用蛋白酶K法、氯仿.异戊醇法、碘化钾法直接从全血中提取基因组DNA.结果表明:3种方法所提取的DNA质量均能达到分子生物学的实验要求,但碘化钾法提取的DNA纯度最高,且操作时间最短,该法简便、快速和DNA收获率高.