基于12S、16S和Cyt b基因部分序列的丽棘蜥系统发育分析

本文测定丽棘蜥12SRNA、16SRNA、Cyt 6基因部分序列,并从GenBank中下载15种有鳞目动物的同源序列,以鳄目的2个种(Alligator sinensis和Cairman crocodilus)作为外群,构建MP、NJ和ML分子系统树,探讨它们的系统发育关系.MP、NJ和ML分子系统树聚类的结果显示:蛇蜥亚目、壁虎亚目、蚓蜥亚目、石龙子亚目和鬣蜥亚目能够完全分开,蛇亚目和蜥蜴亚目在有鳞目中为姐妹支关系.     

基于基因组和转录组数据的甲壳类系统发育研究

甲壳类是节肢动物的一个亚门,在水生环境中占主导地位,在生态学和渔业中具有重要的地位。在过去的十多年间,利用基因序列探讨甲壳纲深层次的系统发育关系已取得初步进展,但是大多数系统发育研究是基于线粒体基因和少量的核基因进行的。随着高通量测序的普及,利用转录组和基因组数据研究物种间系统发育关系已成为可能。筛选足够的单拷贝基因是构建可信系统发育树的关键。本文根据BUSCO建立的节肢动物1 066个单拷贝的直系同源数据库,利用hmmsearch将甲壳纲的10个物种的氨基酸序列与之比对,最终筛选出346个直系同源单拷贝基因,并以此构建了系统发育树,讨论了等足目、端足目、哲水蚤目、枝角目和十足目的系统发育关系,包括十足目对虾科的亚属划分问题。本文建立的基于基因组和转录组构建系统发育树的方法为其他物种系统发育关系的讨论提供了重要的方法参考。     

七鳃鳗(Lampetra japonica)白细胞cDNA文库构建及生物信息学分析

以复合免疫日本七鳃鳗(Lampetra japonica)外周血中分离的单个核白细胞为材料,构建库容量为4.5×106pfu.mL-1的cDNA文库,随机挑选单克隆菌落测序共得到10 500条有效ESTs(expressed sequence tags)序列.经PHRAP软件对序列拼接组装后得到3 382个转录本,其中有1 080个重叠群和2 302个单一序列,有59.08%的转本录在NCBI数据库中搜索到同源序列.运用Blast2GO软件进行Gene Ontology注释,分别有27.47%、25.20%和10.01%的转录本参与细胞生理、代谢和生物调节等生物学途径;分别有48.43%、22.10%和10.69%的转录本起到结合、催化和结构分子活性等分子功能.统计数据显示,与细胞自身基因转录、蛋白质合成及转运等生命过程密切相关的基因如真核转录延长因子、反转录酶、核糖体蛋白、腺苷酸转运体、细胞色素C氧化酶和热休克蛋白等在血液白细胞群中大量表达.另外,与固有免疫密切相关的白细胞衍生趋化因子、抵抗素、颗粒体蛋白等表达量相对较高,说明固有免疫系统在七鳃鳗感染初期的免疫防卫方面起着主要作用.     

甘薯耐旱和耐盐基因的挖掘和表达分析

甘薯是世界第7大粮食作物,具有产量高、营养丰富、耐干旱和盐碱等优点.通过转录组学方法,基于国内3个甘薯品种的综合转录组数据库中进行耐旱和耐盐相关转录本序列的挖掘,共获得238个转录本,随机选取9条具有全长编码序列的转录本进行PCR扩增、克隆和测序后,测定序列与组装序列相似度均高于98%,表明转录本序列是可靠的.分析这些转录本在不同甘薯品种间的表达水平时发现,耐旱基因在京薯6号中表达量普遍较高,而在徐薯18中则普遍偏低,而耐盐相关基因的差异表达模式却与之相反.利用数字基因表达谱数据进一步分析耐旱和耐盐基因在徐薯18的6个组织或生长发育阶段中的差异和特异表达,结果显示:耐旱和耐盐基因在成熟叶和膨大期块根中相对于其他组织具有高表达且差异显著.采用荧光定量PCR方法验证结果表明,耐旱和耐盐基因在徐薯18不同组织器官或发育阶段表达情况与数字基因表达谱分析结果基本一致.     

柚(Citrus grandis Osbeck cv.)MADS box基因的表达分析

以De novo转录组学方法分析柚(Citrus grandis Osbeck cv.)MADS box基因家族的基因.以特早熟龙柚(变异型)和琯溪蜜柚(参照型)嫩果(不超过5天)和新叶为材料,经过RNA提取、反转录、测序、组装得到Unigene序列.Unigene序列在Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG四大数据库中进行比对,获得MADS box转录因子家族基因注释结果.采用数字基因表达标签(digital gene expression tag,DGE)技术,对样本中基因转录丰度以RPKM值表示,比较处理组和对照组的RPKM值,以倍性变化≥2确定差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).从特早熟龙柚和琯溪蜜柚嫩果和叶片中,总共注释到28个MADS box基因家族基因.在龙柚嫩果(FE)和蜜柚嫩果(FL)中表达的有25个,其中有6个属于差异表达基因.在龙柚叶片(LE)和蜜柚叶片(LL)中表达的有27个,其中有7个属于差异表达基因.注释到的28个MADS box基因家族基因在克莱门特柚(Citrus clementina)和中国甜橙(Citrus sinensis)报道过的分别有18个和20个,其中有5个基因既在中国甜橙和克莱门特柚都没有报道过,也没有发现在其它Citrus物种报道过.     

医蛭形亚目常见物种系统发育基因组学研究

本研究基于GenBank中10个医蛭形亚目物种及2个近缘外类群的基因组或转录组数据,提取COI、18 S和蛋白编码核基因的直系同源序列（Orthologs）,开展系统发育分析。比对后的COI、18 S和Orthologs序列长度分别为1533、1832、220095 bp。最大似然法和贝叶斯推断法分析显示,基于Orthologs序列构建的系统发育树在几乎所有节点上的支持率都达到100%,明显优于COI和18 S序列得到的结果。研究表明,医蛭科的欧洲医蛭、东方医蛭和侧纹医蛭组成一个单系群,医蛭科的日本医蛭与黄蛭科的宽体金线蛭和尖细金线蛭组成另一单系群,而黄蛭科的马蛭与上述6个物种形成姐妹群。医蛭科的两种牛蛭（菲牛蛭和棒纹牛蛭）组成一个单系群,此单系群与医蛭科的其他物种的遗传关系比马蛭更疏远;山蛭科的洞穴山蛭在10个医蛭形亚目种类中处于最基部位置。本研究阐明了医蛭形亚目常见物种的系统发育关系,为这些物种的资源开发利用和保护提供科学依据。     

簸箕柳SPL基因家族分析

【目的】确定SPL基因家族在不同物种之间的选择性保留和丢失情况,为后续研究被子植物花发育提供参考。【方法】通过在拟南芥(Arabidopsis thaliana)、毛果杨(Populus trichocarpa)、簸箕柳(Salix suchowensis)、葡萄(Vitis vinifera)、番木瓜(Carica papaya)、水稻(Oryza sativa)6种被子植物基因组中查找SPL结构域,寻找6个物种的SPL同源序列。对所找到的SPL序列进行BLASTN比对鉴定同源基因类型。使用自编Perl脚本结合KaKs_Calculator计算SPL同源基因的非同义突变(K_a)以及同义突变(K_s)值,采用共线性分析确定该基因家族的复制和扩张方式。【结果】在6种被子植物基因组中,共发现120个SPL基因。根据种内和种间旁系同源、直系同源基因以及这些同源基因选择压的计算显示:杨柳科SPL同源基因最多,共有旁系同源基因24对,直系同源基因50对; 番木瓜没有旁系同源基因。6个物种中,木本植物比草本植物直系同源基因更多,双子叶植物比单子叶植物直系同源基因更多; 所有旁系同源和直系同源基因的K_a/K_s值均小于1。系统发育树的分析结果与基因同源性分析基本吻合,证明了这两种分析方法具有较高的可靠性。此次研究选取了簸箕柳同一植株上开花和不开花的枝条进行了转录组测序分析,差异表达分析发现了1个SPL基因(willow_GLEAN_10025160)在两种枝条的转录组中表达差异显著(P≤0.01),其在开花枝条中的表达量显著高于未开花枝条,该基因被选为SPL基因家族中参与簸箕柳开花调控的候选基因。【结论】通过对6个物种SPL基因家族的分析,发现6个物种中所有直系同源和旁系同源基因都经历了纯化选择(K_a/K_s<1),基因功能保守。这6个物种除了经历过全基因组复制事件,还发生过大规模的基因丢失或者通过其他方式产生的基因扩张,阐明了它们在进化历史上的复制事件及SPL基因在不同物种中的选择性保留与丢失情况,为进一步研究其在调控簸箕柳开花中的作用提供了有力证据。     

用于Roche/454高通量测序的12个多重标签转录组文库的构建

利用第二代测序技术测定海洋生物转录组已成为揭示海洋生物分子生物学机制的重要工具.以长度为10 nt的不同多重标签(multiplex identifier)进行区分,构建了 杂色鲍(Haliotis diversicolor)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)和亚心形扁藻(Platymonas subcordi ormis)3种海洋生物的12个多重标签转录组文库.以合适的比例对各文库进行混合,利用定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000等3种DNA浓度测定方法测定每个多重标签转录组文库的DNA浓度,3种方法的数值均一化并加权平均后,按照预定比例混合.为评估文库质量,先采用传统的Sanger测序测定了混合文库的192条序列,发现191条序列具有符合Roche/454高通量测序要求的AB格式,即一端为454A序列,另一端为454B序列;其中189条序列能分辨出其带有的多重标签;插入的平均长度为348 bp.然后通过Roche/454的滴定测序获得了34642条序列,其中32872条序列(94.9％)能分辨出其带有的多重标签,能够精确地分配到12个转录组,并且利用滴定测序结果计算出每个转录组文库的真实比例,对定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000进行了评估,结果表明定量PCR是相对准确的定量方法.以上的评估表明所建立的转录组文库构建方法是稳定可靠的,可以广泛应用于转录组学研究.     

一个人类线粒体转录终止样因子基因的克隆

比较血清培养细胞和血清饥饿细胞的基因表达差异,获得了一段血清饥饿细胞中表达的cDNA序列,通过搜索表达序列标签(EST),拼接出完整的基因序列,通过PCR克隆获得全长cDNA序列.该基因全长1472bp,编码框预测有365个氨基酸.GenBank搜索,该基因与已有的人类线粒体转录终止因子有较大的同源性.所以,该基因可能是一个线粒体转录终止样因子.     

大鼠Neuritin mRNA鉴定、编码序列及蛋白结构分析

为探讨一种新型的神经营养因子,Neuritin在神经系统成熟及其损伤后的再生修复过程中发挥着重要的调节作用。为了获得大鼠Neuritin基因转录本及其蛋白结构的基础数据,本研究利用比较基因组学分别设计与小鼠2个转录本同源的引物,采用RT-PCR的方法钓取大鼠Neuritin基因。采用生物信息的方法对大鼠Neuritin的序列同源性及蛋白结构进行全方位分析。结果表明,大鼠只存在一个Neuritin转录本,编码142个氨基酸,与其他动物的编码序列高度同源;三级蛋白结构分析结果显示大鼠Neuritin蛋白富含有α螺旋,其结构和理化性质无异于人类Neuritin基因。由此可知,本研究首次厘定了大鼠Neuritin mRNA,其蛋白质结构的深入分析也为进一步理解大鼠Neuritin基因的生理功能奠定了基础数据。     

加权的~Coxeter~群~$\widetilde{\bm C}_{\bm n}$~的左胞腔

仿射~Weyl~群~($\widetilde{A}_{2n},\widetilde{S}$)
在某个群同构~$\alpha$~(其中~$\alpha(\widetilde{S}) =
\widetilde{S}$)~下的固定点集合
能被看作是仿射~Weyl~群~($\widetilde{C}_n,S$). 那么加权的~Coxeter~群\
($\widetilde{C}_n,\widetilde{\ell}$)的左和双边胞腔($\widetilde{\ell}$
是仿射~Weyl~群~$\widetilde{A}_{2n}$~的长度函数),
就能通过研究仿射~Weyl~群~($\widetilde{A}_{2n},\widetilde{S}$)
在群同构~$\alpha$~下的固定点集合而给出一个清晰的划分.
因此给出了加权的~Coxeter~群~($\widetilde{C}_n,\widetilde{\ell}$)
对应于划分\ $\textbf{k}\textbf{1}^{\textbf{2n+1-k}}$~和~$(2n-1,2)$
的所有左胞腔的清晰刻画, 这里对所有的~$1\leqslant k \leqslant 2n+1$.     

白蚁肠道木质素分解菌PY12的分离鉴定及lip基因的克隆

利用苯胺蓝平板法从白蚁肠道中分离到一株木质素分解高效菌株PY 12,经形态观察、生化鉴定和16 SrRNA鉴定为肠杆菌属的霍氏肠杆菌(Enterobacterhormaechei).根据已报道的lip(木质素过氧化物酶,Lignin Peroxidase)基因序列设计特异性引物,克隆该菌的lip基因,将其克隆入pMD19-T载体,获得的核苷酸序列为918 bp,并与GenBank中已知的lip序列进行同源性对比,同源性不高,但该核苷酸翻译后的氨基酸序列比对结果发现,其与假单胞杆菌Pseudomonas sp.编码蛋白质的氨基酸序列同源性为88.5%.     

与例外函数列相关的正规族

设{fn}是区域D内的亚纯函数列,其零点的重级均≥3,且均仅有一个重级极点.{hn}是D内的亚纯函数列,且hn■h于D,h■∞,h≠0.若f′n≠hn;则{fn}在D内正规.     

最小的Mobius不变空间到Bloch型空间的一个积分型算子

利用分析和构造检验函数给出了积分型算子$C_\varphi ^g
$从最小的M$\ddot{\rm o}$bius不变空间到
Bloch\,型空间的有界性和紧性的一些新的等价条件.
这些等价条件更加完整地刻画了$C_\varphi^g $,
也为其他积分型算子的研究提供很好的参考价值.     

—类特殊的拟几乎Einstein度量直径的下界估计(英)简

加权~Myer~型定理给出了具有带正下界的~$\tau$-Bakry-\'{E}mery~曲率的完备黎曼流形直径的上界估计,
紧致流形直径的下界估计也是有趣的问题.
本文首先运用~Hopf~极大值原理证明了一类特殊的~$\tau$-拟几乎~Einstein~度量势函数的梯度估计.
运用该梯度估计得到了该度量直径的下界估计.
该结果推广了王林峰的关于紧致~$\tau$-拟~Einstein~度量直径下界估计的结果.     

拟分裂情形下仿射Weyl群_n的胞腔(英文)

仿射Weyl群_n可以看做仿射Weyl群_2n在某个群自同构下的固定点集合.通过研究_2n在这个群自同构下的固定点集合,可以给出加权的Coxeter群_n对应于划分2ⁿ1的所有胞腔的清晰刻画.     

拟分裂情形下仿射Weyl群_4的胞腔

仿射Weyl群(_4,S)可被看成仿射Weyl群(_7,S)在某个群自同构α下的不动点集合.记l:_7→N是仿射Weyl群_7上的长度函数.则l在_4上的限制为_4的权函数记作L.本文给出带权Coxeter群(_4,L)的胞腔分解.     

$\overline{\emph{\textbf{U}}}_{{\bm r},{\bm s}}\textbf{(}{\bm sl}_{\bf 2}\textbf{)}$\,关于主不可分解模的直和分解

描述了限制型双参数量子群\,$\overline{U}_{r,s}(sl_2)$\,的一类不可约模, 构造出\,$\overline{U}_{r,s}(sl_2)$\,所有的主不可分解模. 把\,Casimir\,元素的左乘作用看作\,$\overline{U}_{r,s}(sl_2)$\,到自身的线性变换, 得到了\,Casmir\,元素作用在\,$\overline{U}_{r,s}(sl_2)$\,上的极小多项式和\,$\overline{U}_{r,s}(sl_2)$\,本原幂等元的全部共轭类.     

给定权集的赋权双圈图的谱半径(英文)

令B_(n,n+1)~W表示阶为n的赋权双圈图的集合,W={w_1,w_2,…,w_n+1},其中w_1≥w_2≥…≥w_n+1>0为权集合.本文确定了它们中谱半径最大的赋权双圈图的结构及部分权值的分布情况.     

双跳-扩散过程下时间依赖型的脆弱期权定价

在公司价值风险模型的基础上,研究对手单方违约风险的衍生产品定价.假设标的资产价格和合约出售方的资产-债务比均服从跳-扩散过程,其中无风险利率r(t)、标的资产的波动率σ(t)以及红利率d(t)均为关于时间的函数;而后运用结构化方法建立了双跳-扩散过程下的公司价值型脆弱期权定价模型,应用Ito引理和等价鞅测度变换,导出了期权价格的解析表达式.