以分子动力组学的方法探究嗜盐酶的嗜盐机理

通过分子动力组学的方法,从原子尺度上分析4组嗜盐酶及其同源非嗜盐酶的分子动力学特性.结果发现:嗜盐酶所形成的盐桥和氢键明显多于非嗜盐酶,嗜盐酶的溶剂可及性表面要小于非嗜盐酶.通过比较嗜盐与非嗜盐的均方根偏差、回旋半径及末端距等参数,发现嗜盐酶的结构较非嗜盐酶更具刚性.同时,非嗜盐酶多个部位的氨基酸残基柔性比嗜盐酶的要大很多.研究表明:能形成较多的盐桥、氢键,较小的溶剂可及性表面和整体结构的刚性,很可能是嗜盐酶在高盐环境中维持其结构稳定的主要原因.     

新疆达坂城盐湖嗜盐微生物数量分布的研究

嗜盐微生物作为一类微生物资源,已经在很多方面应用。从新疆达坂城盐湖18样品中分离得到不同类型的嗜盐菌。其中细菌数量和类型最多,土样中微生物数量多于其它样品。     

青藏高原盐湖嗜盐微生物资源及应用前景

 青藏高原盐湖极端的自然地理条件孕育了一类独特的嗜盐微生物。阐述了青藏高原盐湖嗜盐微生物的主要类群及其对盐胁迫的适应机制,分析了青藏高原盐湖嗜盐微生物的特点、研究进展,以及盐湖嗜盐微生物资源的应用前景。青藏高原盐湖极端环境嗜盐微生物的研究具有重要的理论意义和应用价值,为探索生命的本质与起源,开发新型的食物、药品以及新材料、新技术,提供了宝贵的独特生物资源。     

大肠杆菌嗜盐α-淀粉酶基因的分子改造及其酶学特性

【目的】对大肠杆菌Escherichia coli嗜盐α-淀粉酶基因进行改造,并探索嗜盐α-淀粉酶的嗜盐特性。【方法】从非嗜盐的大肠杆菌JM109中克隆到一个嗜盐α-淀粉酶基因k6并进行重组表达。通过同源建模,确定Na+结合位点上的氨基酸残基,并对相应位点进行定点突变。最后对突变酶的酶学性质进行研究。【结果】相对于野生酶,突变酶更加嗜盐,其最适NaCl浓度由2mol/L增加到3mol/L,最适pH值为7,最适温度为50℃,酶活力为4 831U/mg,提高近4倍。经HPLC检测,突变酶与2%(W/V)可溶性淀粉反应后的产物为葡萄糖、麦芽糖、麦芽三糖的混合物。【结论】嗜盐α-淀粉酶基因k6的嗜盐特性与Na+结合位点具有直接联系。     

浅谈嗜盐菌微生物的特性和发展前景

嗜盐菌纲是古生菌的一个主要类群,盐杆菌科细菌是呼吸代谢、好氧的化能异养型,生长需要复杂的营养物,一般是蛋白质和氨基酸,其种不能运动或通过丝鞭毛运动。     

人类病毒蛋白质磷酸化修饰位点的识别研究

蛋白质磷酸化翻译后修饰在病毒的复制和抑制宿主细胞功能方面发挥重要的作用。然而,利用实验的方法识别磷酸化位点既费时费力又耗财。因此基于蛋白质氨基酸序列发展一种机器学习方法对病毒蛋白磷酸化位点进行预测显得非常有必要。研究结合支持向量机提出识别病毒蛋白磷酸化位点的新方法。采用权重氨基酸成分和属性分组编码对病毒蛋白残基的氨基酸物理化学性质和序列信息进行特征提取,通过10倍交叉验证,丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点的预测准确率分别达到82.0%、85.8%和92.4%。运用该预测模型对丝氨酸残基磷酸化的激酶组进行分类评估,CMGC、AGC和CAMK激酶组的马氏相关系数分别达到69.3%、68.8%和68.2%。结果表明:构建的方法可以有效地预测激酶特异性的磷酸化位点。     

嗜盐真菌多样性及其抗肿瘤活性研究

为探讨海盐田中的嗜盐真菌类型及其抗肿瘤作用,采用稀释涂布法和平板划线法分离海盐田中的可培养真菌,并基于ITS基因序列分析鉴定菌株,通过FGFR2过表达和未过表达的肿瘤细胞增殖抑制活性以及酶联免疫吸附法（Enzyme-Linked Immunosorbent Assay,ELISA）评价真菌的抗肿瘤作用。本研究分离得到11种嗜盐真菌,隶属于3科4属。真菌Epicoccum sorghinum（编号GXIMD02001）的提取物对FGFR2过表达的乳腺癌细胞MDA-MB-231-（S252W）增殖有较强的抑制作用,其半抑制浓度IC₅₀为11.02 μg/mL,而对FGFR2未过表达乳腺癌细胞MDA-MB-231几乎没有抑制活性,该提取物在1 mg/mL浓度下对FGFR2蛋白激酶活性抑制率为91.5%;两株真菌（编号GXIMD02004和GXIMD02009）对FGFR2表达乳腺癌细胞MDA-MB-231和MDA-MB-231（S252W）增殖抑制的IC₅₀为11.94-16.41 μg/mL;5株真菌的IC₅₀为219.2-449.7 μg/mL。嗜盐真菌（编号GXIMD02001）是首次报道具有靶向FGFR2抗肿瘤作用的海洋真菌,部分嗜盐真菌具有较好抗肿瘤作用,本研究为北部湾海洋微生物来源的抗肿瘤药物开发利用提供科学依据。     

嗜盐菌的基本特性分析

嗜盐菌是一类能够在高盐极端环境下生存、生长的原核微生物.嗜盐菌具有特殊的生理机制和生理特性,作为一类极具应用前景的新型的微生物资源,近年来在嗜盐机理、相容性溶质、细菌视紫红质和嗜盐菌素等基础研究,以及环境生物治理、酶制剂、生物电子和医药工业等应用研究方面引起了广泛关注.     

嗜盐蛋白高级结构对其稳定性的影响

选择30对具有晶体结构的嗜盐和非嗜盐同源蛋白,通过计算氨基酸所处的结构状态,找出二者在统计学上具有显著差异的氨基酸.研究结果表明:在总的氨基酸组成上,嗜盐蛋白中天冬氨酸含量更多,而苯丙氨酸和赖氨酸含量显著较少.在不同二级结构区域,β-折叠中两种蛋白氨基酸组成差异最大;而在不同溶剂可及表面,两种蛋白在分别表面氨基酸组成差异最大,嗜盐蛋白表面酸性氨基酸显著较多,而碱性氨基酸则较少;48种高级结构结构参数中有4种存在显著差异,这4种结构参数都与可及性表面积有关.     

支持向量机及其在羽绒识别中的应用研究

在分析支持向量机原理的基础上,对支持向量机近年来在羽绒识别中的应用进行了综述和探讨.实践和实验证明基于支持向量机的羽绒自动识别是羽绒检测领域的一个创新和尝试,最后,指出了支持向量机的优点和不足,并且对其在羽绒识别方面的应用前景进行了展望.     

氨基酸约化分类对亚线粒体蛋白定位的预测

在Du和Li构建的首个亚线粒体定位数据库基础上,将线粒体蛋白依据亚线粒体位置细分为四大类进行预测.对基于氨基酸的亲疏水特征、物理化学特征和结构特征的蛋白质序列约化信息做出讨论.给出在单肽组分和六类亲疏水约化情形下的蛋白质序列最佳分割位点,结果不仅符合真实生物学现象而且范围更加精确,可为相关实验研究提供参考.提出了最佳组合参数,该参数是ω=0.10,λ=22时亲疏水残基指数值及平行相关形式的伪氨基酸组分结合全序列单肽组分,利用支持向量机算法进行预测,达到了较好的预测结果.利用本文提出的最佳组合参数对未知蛋白序列进行检验,结果显示有一定注释作用,特别是对于Inner membrane类和Matrix类的预测精度较高.     

G/11木聚糖酶最适pH值的预测及其与氨基酸位置的关系

把木聚糖酶全序列均分为N端,中间端(I端)及C端3个部分,并分别以全序列及分段氨基酸的组成作为模型输入值.通过主成分分析(PCA)方法探讨全序列及分段氨基酸组成和最适pH值的相关性,运用均匀设计法分别优化支持向量机和BP神经网络运行参数.研究结果表明:支持向量机获得的预测模型优于神经网络,其中RBF支持向量机是最佳的模型.主成分分析结果显示:I端主成分跟最适pH值相关性最高;相关系数R绝对值为0.68,得到的结果与支持向量机结果一致.     

氨基酸分类与蛋白质二级结构相关性

从氨基酸序列和蛋白质二级结构相关性出发 ,定义信息剩余度 ,通过信息剩余度极大化 ,推导出从 2 0组到 2组的氨基酸分类结果 ,同时也得到了信息剩余度极大值 (RMAX)与约化次数的关系     

手性氨基酸尾式卟啉锌配合物对氨基酸酯的手性分子识别

手性氨基酸尾式卟啉锌配合物对氨基酸酯的手性分子识别罗国添刘海洋黄锦汪彭小彬计亮年（中山大学化学系，广州５１０２７５）关键词氨基酸尾式卟啉锌配合物，氨基酸酯，手性识别分类号Ｏ６１４．２４１在蛋白质的生物合成中，氨酰ｔ－ＲＮＡ合成酶对氨基酸表现出极为专...     

黄姑鱼仔稚鱼发育过程中氨基酸和脂肪酸的变化

分别测定1、5、10、20、45日龄黄姑鱼仔稚鱼中的氨基酸、游离氨基酸、脂肪酸组成。结果表明黄姑鱼仔稚鱼的氨基酸组型和游离氨基酸组型是不断变化的。必需氨基酸中的精氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、赖氨酸5种氨基酸占必需氨基酸总量的70%左右。非必需氨基酸中的天冬氨酸、谷氨酸和丙氨酸占非必需氨基酸总量的60%左右。随着仔稚鱼的生长,游离氨基酸含量呈显著降低的趋势。1日龄仔鱼的游离氨基酸含量最高,为12.134 g/100 g;45日龄稚鱼的游离氨基酸含量最低,为1.497 g/100 g。黄姑鱼仔稚鱼的主要脂肪酸为:16:0、18:0、16:1、18:1和DHA。各日龄黄姑鱼仔稚鱼体脂肪酸含量差异较大,但仔稚鱼的必需脂肪酸DHA、EPA和ARA始终保持较高的含量。     

多值分类环境下基于SVM增量学习的用户适应性研究

用户适应问题是智能化人机接口设计中的一个重点和难点，它为人机接口的人性化、智能化和个性化提供支持。由于用户自身的特殊性，例如笔迹、口音、绘画习惯等，系统很难同时适应多个用户的使用，支持向量机(SVM)的学习方法是基于小样本的学习方法，它实现了结构风险最小化，避免了在学习过程中存在的过学习现象。增量学习能有效地利用历史训练结果，从而能在很小的时间空间代价下实现新样本的学习，基于SVM增量学习的方法，能从用户的历史数据中找到根本特性，而不会将可能造成用户冲突的、特定用户习惯的特征也记录下来，因此也就不会产生用户冲突．在在线图形识别系统中，与基于规则的用户适应方法相比，基于SVM增量学习的方法可以适应多个用户．对基于SVM的学习方法进行了分析，将其与用户适应紧密结合起来，对涉及到的3个方面进行了理论和实验上分析和对比：重复学习和增量学习；Syed等提出的和Xiao等提出的两种不同的基于SVM增量学习方法；“一对一”和“一对多”两种不同的多值分类构造方法。从而得出结论：两种增量学习方法都要明显优于重复学习；Syed等提出的增量学习方法在精度和效率都好于Xiao等提出的方法；一对一的多值分类构造方法要优于一对多的多值分类构造方法。     

基于多类支持向量机的遥感图像分类及其半监督式改进策略

基于神经网络的遥感图像分类取得了较好的效果,但存在固有的过学习、易陷入局部极小等缺点.支持向量机机器学习方法,根据结构风险最小化(SRM)原理,表现出很多优于其他传统方法的性能,本研究的基于多类支持向量机分类器的遥感图像分类取得了达95.4％的分类精度.但由于遥感图像分类类别多,所需训练样本较大,人工选择效率较低,为此提出以人工选择初始聚类质心、C均值模糊聚类算法自动标注训练样本的基于多类支持向量机的半监督式遥感图像分类方法,期望能在获得适用的分类精度的基础上有效提高分类效率.     

用于分类的支持向量机

支持向量机是20世纪90年代中期发展起来的机器学习技术,建立在结构风险最小化原理之上的支持向量机以其独有的优点吸引着广大研究者,该文着重于用于分类的支持向量机,对其基本原理与主要的训练算法进行介绍,并对其用途作了一定的探索．     

电渗析处理氨基酸废水的试验研究

用电渗析技术对低浓度微酸性L－谷氨酸－水物系的分离进行了可行性研究。在实验条件下，氨基酸溶液经多次循环，浓相达饱和浓度0.05mol/L，稀相出料COD值小于100mg/L，达到排放标准，同时得到描述设备特性的经验模型。     

氨基酸突变的统计理论

假定氨基酸突变频率(观察值)决定于两个因子,一是由碱基突变决定的突变系数,二是决定突变型在选择压力下存活水平的相似因子,由此假定出发计算了380对氨基酸的突变频率,在一定的允许误差范围内和观察值符合对数可达95％以上。