我国2020年下半年SARS-CoV-2病毒株的基因突变分析

基于2020年6月1日—12月1日GISAID网站(http:∥platform.gisaid.org)公布的来自中国(不含台湾地区)的全部21条病毒基因组序列,以2019年12月公布的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)参考株NC_045512和MN996528进行各基因组错义突变位点分析,计算突变频率,寻找各突变最早出现的时间和地点,GISAID网站内搜索相似病毒株.结果显示:我国2020年下半年公布的北京市、浙江省、辽宁省大连市、云南省、山东省青岛市五地全部21个病毒株中共有18处错义突变,集中分布于Spike(S)、ORF1ab和Nucleocapsid(N)基因.S蛋白的D614G突变和NSP12(RdRp)蛋白的P323L突变具有最高的突变频率;除北京市的病毒株中发现的一个新突变位点外,其他位点突变均主要出现于欧洲或北美洲.根据突变位点分类,病毒株均属于欧洲的G支系,其中云南省的病毒株属于GH支系,与来自于泰国等亚洲的病毒株相似;山东省青岛市、辽宁省大连市、浙江省、北京市的病毒株属于GR支系,与来自欧洲的病毒株相似.综上,2020年下半年我国SARS-CoV-2病毒株主要为外源输入病毒株,在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)防控策略上要在各运输环节严防外源输入;病毒新突变在严格的防控措施下未发生扩散,进一步说明我国采取的防控措施非常有效.     

靶向SARS-CoV-2的纳米抗体研究进展

席卷全球的新型冠状病毒病(corona virus disease 2019,COVID-19)是由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引起的,SARS-CoV-2是继严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV)和中东呼吸综合征冠状病毒(middle east respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV)后人类发现的第三种引起全球大流行的冠状病毒.刺突蛋白(spike protein, S)的受体结合域(receptor binding domain, RBD)可以与细胞表面的血管紧张素转换酶2(angiotensin converting enzyme2,ACE2)结合,进而入侵细胞内部,启动病毒的复制.为了预防和治疗新冠病毒肺炎,研究人员研发了多种疫苗、小分子药物及抗体药物.纳米抗体(nanobodies, Nbs)是可识别抗原的最小结...     

夹心ELISA检测新冠病毒及其抗原方法的建立和验证

研究制备了快速检测新冠病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）及其表面刺突糖蛋白受体结合域（receptor-binding domain,RBD）的ELISA试剂盒.该试剂盒由一对RBD单克隆抗体作为捕获抗体与检测抗体，其中检测抗体进行辣根过氧化物酶（HRP）偶联，通过方阵滴定法确定双抗夹心ELISA的最适工作条件.另外，对检测试剂盒进行线性、特异性、准确度、精密度等进行了验证.结果表明，双抗夹心ELISA方法中捕获抗体和酶标检测抗体的效价分别为1∶160 000和1∶320 000，试剂盒的定量检测下限为31 ng/mL.经验证，组装的试剂盒精密度为0.71%～1.59%，平均准确度为96.53%，与其他的同种属灭活病毒无交叉反应.试剂盒各项参数均符合《中国药典》（三部）2020版标准，表明该试剂盒适用于新冠病毒以及RBD抗原的快速检测.     

SARS-CoV-2病毒全基因组序列比对及进化分析

SARS-CoV-2病毒株是β属冠状病毒,它包括S、N、E、M4个主要编码蛋白,是造成中国湖北省武汉市爆发重大公共卫生事件的罪魁祸首,目前对该病毒的系统性研究分析并不是很多.运用计算机辅助软件工具来对筛选自NCBI基因文库中的36条来自不同国家地区的SARS-CoV-2病毒株序列进行全序列比对分析,从而找出SARS-C...     

传染力堪比水痘, "德尔塔"为何这么毒?

德尔塔变异株传染力堪比水痘 德尔塔是新冠病毒的一个突变株,最早于2020年9月发现于印度,从2021年4月逐渐显露出来并迅速蔓延,逐步取代了英国株(Alpha)和巴西株(Gamma)成为主要流行株.目前,德尔塔在全球的毒株中占70％左右. 据世卫组织的疫情周报显示,一项新研究发现,感染德尔塔毒株的人群从暴露于病毒环境中到首次核酸检测结果呈阳性平均时间为4天,而其他变异毒株的平均时间是6天.此外,德尔塔毒株感染者的首次检出病毒载量比原始版本新冠毒株感染者高1200倍以上,这意味着德尔塔毒株在感染初期的复制速度更快、更具传染性.     

空气中SARS-CoV-2病毒富集方法的建立及应用（英文）

冠状病毒可以通过许多不同的方式传染,气溶胶是SARS-CoV-2的传播方式之一.为了避免交叉感染,有必要对定点医院不同大气环境中新型冠状病毒含量进行监测.分析了SARS-CoV-2疫情期间在兰州定点医院的公共区域(低风险区域)、隔离病房缓冲间(中风险区域)和隔离病房(高风险区域)收集的21份气溶胶样本.气溶胶样本检测结果均为阴性,表明定点医院不同区域的严格消毒措施能有效消杀SARS-CoV-2病毒,降低定点医院空气传播病毒的风险.     

COVID-19粪便传播可能性的研究

2019年12月由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染引发的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)爆发,并在短时间内迅速蔓延至全世界,对全球公共卫生造成了严重威胁.SARS-CoV-2主要通过飞沫和近距离接触进行传播,具有较高的感染率.病毒进入人体后,主要在肺泡中复制,引起肺中炎症反应加剧,损害肺组织,严重患者出现急...     

SARS相关冠状病毒及与动物冠状病毒的关系

比较了6株人、5株禽、4株鼠、7株牛、2株猫、9株猪、4株犬和5株人非典型肺炎共42株冠状病毒S糖蛋白基因序列。DNAstar软件比较表明，人冠状病毒S基因核苷酸序列同源性介于27．2％～99．5％；禽的介于81．5％～100％；鼠的介于79．5％～89．6％；牛的介于97．7％～100％；猫的介于56．2％～93．9％；猪的介于54．8％～100％；犬的介于64．9％～98．8％；人非典型肺炎病毒的介于99．9％～100％。非典型肺炎冠状病毒与所有比较的42株序列的同源性均低于30．8％，预示该病毒似乎不是其它病毒株变异进化的结果，而是人类和畜禽从未接触过的一种新型病毒。     

冠状病毒感染过程中血管紧张素转换酶2作用的研究进展

冠状病毒可引起人类呼吸道、肠道等多系统感染.严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV,2003年)、人冠状病毒NL63(HCoV-NL63,2004年)以及目前的新型冠状病毒(SARS-CoV-2,2019年)均已被证实通过与黏膜的血管紧张素转换酶2(ACE2)结合感染人体.因此研究冠状病毒感染过程中ACE2的作用有助于了解冠状病毒的致病机制,为新型冠状病毒肺炎的防治提供参考.该文综述了ACE2在3种冠状病毒感染人体过程中作用的研究进展,主要涉及病毒棘突蛋白识别ACE2胞外域顶端,且有跨膜蛋白酶丝氨酸2(TMPRSS2)等因子参与其中.针对冠状病毒与ACE2结合的机制,可以从多个靶点设计防治药物.     

之江生物：疫情防控的“硬支撑”

<正>新冠肺炎疫情这场阻击战中,新冠病毒核酸检测方法是疫情控制的重要支撑。2020年初,新冠肺炎疫情突然暴发,病毒迅速扩散至大半个中国,随后确认该疫情的病原体为新型冠状病毒（2019-nCoV）,后被正式命名为“SARS-CoV-2”。严峻的形势下,上海之江生物科技股份有限公司（以下简称“之江生物”）第一时间研发出新型冠状病毒核酸检测试剂盒（荧光PCR法）并产业化应用,通过试剂盒可以及时、准确地检测出新冠病毒,从而进行隔离和治疗,快速有效地控制了疫情恶性发展,成为防疫的重要支撑。     

基于分子对接技术从虾夷扇贝中筛选抗SARS-CoV-2活性肽研究

为从食品原料中筛选具有抗2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)能力的生物活性肽段,选用虾夷扇贝肌球蛋白为目标序列,利用计算机对虾夷扇贝肌球蛋白进行模拟酶解,对酶解所得的肽段进行毒性和生物活性预测。选取活性评分超过0.5且无毒性的肽段,以SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白和COVID-19 Mpro水解酶为靶标进行分子对接,鉴定其病毒抗性。结果表明:肽段CSNAIPEL可以与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的GLN42和GLU329两个关键氨基酸结合,LibDock Score为136.03;肽段LPIY不仅能与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的ASP38和TYR491氨基酸结合,还能够与COVID-19 Mpro上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score 分别为142.85和168.04;肽段QRPR与COVID-19 Mpro 水解酶晶体上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score为154.93。研究表明,肽段CSNAIPEL、LPIY和QRPR三者表现出较好的抗SARS-CoV-2能力。本研究旨在为抗新型冠状病毒功能食品的研发提供新的思路。     

冠状病毒感染导致急性肺损伤的天然免疫机制研究进展

世界卫生组织在2020年1月31日宣布新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的肺炎为国际关注的突发公共卫生事件,目前疫情已在全世界范围蔓延.肺部是SARS-CoV-2作用的主要靶器官,该病毒通过感染肺泡细胞诱发细胞因子风暴,导致组织损伤并最终造成严重急性呼吸综合征,而天然免疫是人体抗病毒的第一道防线.该文综述肺部宿主细胞通过激活其天然免疫应答抵御冠状病毒入侵以及免疫反应过激后导致肺组织损伤的分子机制,以期为SARS-CoV-2引发的肺损伤治疗提供创新的药物靶标,并为预防和治疗方案设计提供免疫学和病理学基础.     

新型冠状病毒主蛋白酶天然产物抑制剂的筛选

为寻找新型冠状病毒主蛋白酶天然产物抑制剂,本文以SARS-CoV-2主蛋白酶为研究对象,通过计算机辅助药物筛选方法初步筛选出16个潜在抑制剂并进行体外酶活测试.其中,野黄岑素对SARS-CoV-2主蛋白酶的IC50为（10.79 ± 2.116 ） μmol/L,没食子儿茶素没食子酸酯抑制SARS-CoV-2主蛋白酶的IC50为（2.104 ± 0.346） μmol/L.最后,将两种天然产物与主蛋白酶进行分子动力学模拟发现没食子儿茶素没食子酸酯和野黄岑素与新型冠状病毒主蛋白酶结合时的复合物RMSD都在0.22 ?附近,说明两个天然产物与新型冠状病毒主蛋白酶结合较为稳定,可以作为新型冠状病毒主蛋白酶的抑制剂或先导化合物.     

新型冠状病毒引起消化系统表现的研究进展

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)作为2019年新发急性呼吸道传染病,在全球范围呈现大流行趋势,继而引发了大面积的人员伤亡和严重的经济损失,对全球各国公共卫生构成了严重威胁.COVID-19已被确认是由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染引起.该病毒除侵犯呼吸系统外,还侵犯消化系统,主要引起腹泻、...     

SARS-CoV-2感染诱导宿主炎性损伤的毒理学机制研究进展

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)已成为国际关注的突发公共卫生事件.SARS-CoV-2的传播、致病机制、疫苗研发等成为当前研究焦点,其感染可诱导宿主靶细胞中病原体相关分子模式(PAMPs)和损伤相关分子模式(DAMPs)激活、介导细胞器损伤和细胞毒性作用,并...     

基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的蛋白质二级结构

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)有4种关键的结构蛋白,而核衣壳蛋白就是其中的1种.本实验从公开数据库NCBI上选取的SARS-CoV-2核衣壳蛋白质序列数据,分析SARS-CoV-2核衣壳蛋白与SARS-CoV核衣壳蛋白的序列相似性,对SARS-CoV-2核衣壳蛋白的理化性质和疏水性进行分析;在此基础上提出基于位点...     

新型冠状病毒复制依赖基因MTHFD1的表达及功能

【目的】研究新型冠状病毒(SARS CoV 2)复制依赖基因MTHFD1在人群间的功能差异以及该基因与病毒蛋白的相互作用关系。【方法】使用千人基因组计划和gnomAD数据库，系统分析MTHFD1基因的重要功能变异(包括有害错义变异和eQTL变异)在世界不同人群间的分布。并进一步通过蛋白互作数据库STRING和IntAct，以及手工文献检索，寻找与MTHFD1蛋白有相互作用的其他蛋白。【结果】MTHFD1基因上有419个错义突变，其中有害变异195个；大部分的有害变异都是低频的，唯一的例外是变异位点rs10813，它在全世界总人群中等位基因频率大于001且该位点在物种间具有保守性。此外，在肺组织中发现了1个MTHFD1基因的eQTL变异(rs57087457)，该位点在东亚人群中具有更低的等位基因频率，说明在东亚人群中MTHFD1基因可能具有较高表达水平。通过蛋白相互作用研究，发现GGH，ACSL3，MAT2B，ARF6，CUL2，BRD4等6个蛋白与MTHFD1蛋白存在蛋白互作。【结论】在不同人群中，MTHFD1存在天然抗性变异，这些变异的等位基因频率在人群间存在差异，可能对新型冠状病毒的易感性和感染后症状有影响；蛋白互作研究结果则提示MTHFD1基因在新型冠状病毒感染细胞中发挥了多种功能。     

泛素样蛋白ISG15抗冠状病毒感染作用的研究进展（英文）

干扰素刺激基因15(ISG15,interferon-stimulated gene 15)是一种泛素样蛋白，在调节机体天然免疫和抗病毒感染过程中发挥重要作用。ISG15在针对流感病毒、乙型肝炎病毒、HIV病毒、埃博拉病毒、SARS病毒、中东呼吸综合征冠状病毒、巨细胞病毒等病毒的抗病毒研究已有文献报道。除此以外，最新的研究表明ISG15分子会在新型冠状病毒的木瓜蛋白酶样蛋白酶的作用下失活，从而抑制其抗病毒功能。因此抑制新型冠状病毒木瓜蛋白酶样蛋白酶，除能直接阻断病毒的生命周期、抑制病毒在体内的复制以外，同时也会提升ISG15分子水平，继而间接提升机体免疫能力，降低感染风险。该文介绍ISG15抗新冠病毒的过程，重点介绍ISG15抗冠状病毒作用的特异性，此外，总结新冠病毒通过木瓜蛋白酶样蛋白酶阻断ISG15介导的天然免疫实现免疫逃避的机制，并罗列了潜在的木瓜蛋白酶样蛋白酶的抑制剂。本文从ISG15抗病毒天然免疫的分子机制角度，总结抗SARS-CoV-2药物的最新进展，并对相关药物的研发前景进行展望。     

中国大陆H9N2亚型禽流感病毒HA基因遗传分析及抗原相关性研究

为研究我国大陆H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因的分子进化及抗原相关性, 本研究对来自15个省、市、自治区的34株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因进行了测序及系统发育分析, 并采用交叉血凝抑制试验及交叉攻毒保护试验对不同遗传分支下毒株间抗原相关性进行了分析. 结果表明, 所有34个毒株HA基因均符合低致病性禽流感病毒的特征, 但毒株间变异程度增加. 系统发育分析表明, 我国大陆H9N2亚型禽流感病毒主要分为三个系列, 各系列内毒株没有明显的地区及时间特征. 抗原相关性研究表明, 不同遗传系列下的毒株其抗原相关性明显低于同一系列内部毒株间的抗原相关性, 说明我国H9N2亚型禽流感病毒抗原性差异较大. 此外, 本研究同时筛选得到了用于制备多价苗的代表毒株.     

瑞德西韦对冠状病毒抑制作用的研究进展

冠状病毒(CoV)作为人畜共患病毒,轻可致人出现轻度呼吸道感染症状,重可致高传播性和严重肺部感染等,例如严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)与中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV).2019年底新出现的严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)标志着高致病性冠状病毒在全球的再次流行,目前这种新冠状病毒肺炎被WHO命名为COVID-19.而新型核苷酸类似物抗病毒药瑞德西韦(Remdesivir;GS-5734)作为一种广谱抗病毒药物,对SARS-CoV与MERS-CoV表现出一定的抗病毒活性.本文综述冠状病毒的起源与发展、种类、结构及对人类健康的影响,并针对瑞德西韦的分子结构特点、抗病毒的特点及其治疗人冠状病毒感染的国内外新进展做一系统总结,以期为抗冠状病毒的药物选择提供参考.